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棉叶卷曲疾病抑制的微生物群移植⠎核心微生物组和转录组动力学
微生物群移植是管理植物性疾病的强大工具。这项研究研究了微生物群移植对棉叶毛皮疾病（CLCUD）抗性的影响，该物种长度良好，但对生物胁迫的敏感性很高。分析了抗clcud抗性物种gossypium arboreum的v3-v4 16S rRNA基因扩增子，来自根际和腓骨层的微生物馏分以及易感棉花品种。已经确定了与疾病抗性相关的独特细菌分类群。进行了种间和种内微生物群移植，然后进行CLCUD发病率分析。可以看出，从G. arboreum fdh228中移植的根际微生物群体显着抑制了G. hirsutum品种中的Clcud，表现优于外源水杨酸的施用。虽然浮游移植也降低了疾病的发生，但它们的效率不如根际移植。差异表达分析DESEQ2用于识别与Clcud抑制相关的关键细菌属，包括pseudoxanthomonas和stenotrophomonas在G. arboreum fdh228的根际中。功能途径分析揭示了耐受物种中应力反应和代谢的上调。转录组学揭示了与蛋白质磷酸化和种间根际微生物群移植中有关的基因上调。这项研究强调了微生物群移植是一种可持续的方法，用于控制CLCUD以及有助于Clcud耐药性的特定微生物和遗传机制。
微塑料上的微生物搭便车
抽象的微塑料（MPS）具有修改水生微生物通讯和分布微生物（包括病原体）的潜力。这给水生生命和人类健康带来了潜在的风险。尽管如此，在MPS上的“搭便车”微生物的命运在不同的水生栖息地仍然在很大程度上未知。为了解决这个问题，我们进行了50天的微型COSM实验，操纵河口条件，以使用长阅读的元法编码方法来研究河流，海洋和塑料之间细菌和微核细胞的交换。我们的发现表明，塑料上的细菌有显着增加，包括假单胞菌，鞘氨拟型，杂种，菌丝，Brevundimonas，aquabacterium和thalassolituus，所有这些都以其污染物降解能力，特定多余的聚糖水纤维剂而闻名。我们还观察到降解的真菌（即cladosporium和plectosposposella）和早期分化的真菌（隐菌菌，也称为rozellomycota）与plastisphere的早期分化真菌有很强的关联。SEA MPS主要由真菌（70％）殖民，其中一小部分河流向微生物（1％ - 4％）殖民。海水中仅有MPS的存在将浮游生物真菌的相对丰度从2％增加到25％，这表明浮游生物和质地群落之间的交流很大。使用微生物源跟踪，我们发现MPS仅分别分散了3.5％和5.5％的河流细菌和微核生素群落。因此，尽管MPS选择并促进了生态意义的微生物的扩散，但不太可能在不同的水生栖息地之间进行急剧的组成变化。
使用合并的微生物学，酶，质谱和元法编码方法
摘要这项研究旨在将海洋真菌财团（曲霉菌CRM 348和laurentii CRM 707）应用于柴油油在微量环境下的柴油污染土壤的生物修复。研究了研究对柴油生物降解，土壤质量和微生物群落结构的生物刺激（BS）和/或生物加工（BA）处理的影响。使用真菌财团以及营养物质（BA/BS）导致TPH（总石油烃）降解比自然衰减（NA）在120天内高42％。在同一时期，BA/BS获得了72％至92％的短链烷烃（C12至C19），而NA仅实现了3％至65％的去除。ba/bs在120天时还显示出长链烷烃（C20至C24）的较高降解效率，分别达到了乙烷和Heneicosane降解的90％和92％。相比之下，在综合群体处理的土壤中观察到了环氧烷的水平（以细菌生物乳化剂和生物表面活性剂为特征）。相反，NA最多显示了这些烷烃分数降解的37％。与NA相比，使用BA/BS处理的5圈PAH Benzo（a）pyre被明显更好地去除（48 vs。占生物降解的38％，从事分解）。metabarcoding分析表明，BA/BS导致土壤微生物多样性的下降，随之而来的是特定微生物群的丰度，包括碳氢化合物降解（细菌和真菌），以及土壤微生物活性的增强。我们的结果突出了柴油机溢出后该财团对土壤处理的巨大潜力，以及大规模测序，酶，微生物学和GC-HRMS分析的相关性，以更好地了解柴油生物修复。
环境DNA作为在高能环境中捕鱼监测的一种经济高效的替代方法
由于海上能量转换器（例如，波浪和潮汐设备，海上风力涡轮机，浮动太阳能）具有影响周围海洋栖息地的潜力，监管机构通常需要进行固定前后的监测以跟踪潜在的变化。对海洋栖息地和物种进行海洋影响评估（MRE）项目（MRE）项目的常见方法包括主动和被动齿轮类型和方法。传统的主动采样方法包括底部和上层拖网，网和抓取，而被动抽样可以包括非侵入性水下视觉调查或声音声音。虽然后者很少为物种水平提供真正可靠的识别，但前者是杀死大部分捕获物的固有缺点。结合通常针对MRE部署的高能环境，抽样可能特别具有挑战性（例如，时间，成本，观察的可靠性）。环境DNA（EDNA）方法不仅可以提供更可靠的方法来检测生物体，还可以减轻这些挑战，还可以提供比传统抽样技术可节省大量成本的方法[1]。为了鉴定本地生物，每只动物都会在其环境中脱离其环境中的细胞，并从中提取DNA。在过去的十年中，这种非侵入性方法被称为Edna Metabarcoding（类似于使用宽网捕获所有内容）或EDNA分析（类似于目标的挂钩钓鱼）。虽然与Edna相关的科学和技术已应用于众多水生环境，但在水生环境中，该方法已用于检测和监测罕见[2]和/或入侵物种[3]，并且在许多情况下已显示出优于其他几种抽样方法[1]。尽管Edna脱落和衰减率在生物体之间有所不同[4]，但Edna社区在抽样位置内似乎稳定，并且在抽样位置内潮汐周期[5]。
在勃兰登堡 - 伯林地区建立一个用于跨学科森林研究和长期监测的生活实验室
密集的研究地点位于布兰丹堡东北部的Schorfheide-Chorin生物圈保护区的Joachimsthal附近。它是含有欧洲蛋白质的含苔藓的苏格兰松树林，带有eolian沙子，平均每年降水量为585毫米。过度刻板由75岁的苏格兰松树（Pinus sylvestris L.）和苏格兰松树的植被组成Liebl。 ）不规则分布在该站点上。Kienhorst强化研究地点分为三个子站点，并在2023年秋天首次接受了不同的过度治疗。根据当前在勃兰登堡州立森林的实践，“传统管理”网站每七年就会变薄。“结构多样性”的治疗方法增加了枯木的数量，以及通过产生冠层缝隙并减少过度整体树木的竞争来增加自然再生的丰度和多样性。不再积极管理“无治疗/控制”站点。在25 m的网格中产生了327个永久标记的地块，我们配备了30个图，带有自动点树状仪，用于测量树木生长，沉淀和垃圾收集器，以及用于土壤和环境空气水分和温度的传感器（图3）。其他有关植被的数据，包括脊椎动物的静脉复发，枯木，光的可用性，树木活力和生物多样性，无脊椎动物和来自edna metabarcoding的树木微生境基材的真菌也被定期汇总。计划的其他长期监测活动包括土壤物理学，垃圾分解，碳固存和鹿浏览。Kienhorst强化研究网站也适用于其他研究，欢迎科学家和学生将其用于自己的研究。该网站还将与不同的利益相关者讨论勃兰登堡 - 伯林地区未来的森林管理以及测试创新思想。
岩池作为环境 DNA 来源，用于检测濒危的皮尔巴拉橄榄蟒 ( Liasis olivaceus barroni )
环境 DNA (eDNA) 研究正在改变全球范围内的生物监测，但由于爬行动物的脱落率较低，其适用性受到限制。因此，eDNA 作为一种生物监测工具在澳大利亚可能有相当大的局限性，因为 40% 的陆地脊椎动物都是爬行动物。然而，有必要评估方法改进（例如针对某些底物）是否可以提高检测爬行动物 eDNA 的能力。皮尔巴拉橄榄蟒（Liasis olivaceus barroni）是一种罕见且难以捉摸的澳大利亚顶级捕食者，具有较高的保护优先权。与许多其他蛇类一样，皮尔巴拉橄榄蟒很难用传统的调查方法监测；因此，探索基于 eDNA 的方法非常重要。众所周知，蟒蛇偶尔会栖息在岩石池中。因此，开发一种可靠的基于 eDNA 的方法来检测水中的蟒蛇将提供一种急需的替代方法。在这里，我们使用之前开发的针对爬行动物的宏条形码检测方法，对从西澳大利亚皮尔巴拉地区六个广阔地点的 40 个岩石池和排水池中采集的总共 228 个水样进行测序，并确认在六个广泛采样地点中的三个地点的 12 个水池中的 37 个样本中存在皮尔巴拉橄榄蟒 eDNA。还检测到了其他脊椎动物，包括其他爬行动物、两栖动物、哺乳动物和鸟类。我们记录的从岩石池水样中检测皮尔巴拉橄榄蟒 eDNA 的能力代表着朝着基于 eDNA 的该物种精确监测迈出了重要一步。
通过基于 DNA 的监测发现波罗的海地区独特的细菌和原生浮游生物多样性动态
沿海水域的浮游微生物构成了食物网和生物地球化学循环的基础。波罗的海地区具有明显的环境梯度，是典型的沿海环境。然而，迄今为止，对这些环境梯度的微生物多样性评估既缺乏分类范围，也缺乏空间和时间尺度的整合。在这里，我们使用 DNA 宏条形码分析了 398 个样本的原生生物和细菌多样性，这些样本与波罗的海和卡特加特海峡-斯卡格拉克海峡的国家监测同步。我们发现，与其他环境因素不同，盐度对细菌群落组成的影响大于对原生生物群落组成的影响。同样，贝叶斯模型表明，在较低（<9 PSU）和较高（>15 PSU）的咸水盐度中，细菌谱系出现的可能性都小于原生生物。尽管如此，原生生物的 α 多样性还是随着盐度的增加而增加。细菌 α 多样性的变化主要是季节性的，与冬季通过垂直混合引入深水生物群有关。我们认为原生生物在生态上对盐度不太敏感，因为区室化使它们能够将基本代谢过程与细胞膜分离。此外，细菌进一步和更频繁地扩散可能会阻碍局部适应。最终，基于 DNA 的环境监测扩展了我们对微生物多样性模式和潜在因素的理解。40
在欧洲沿海地区发生的海洋无脊椎动物非土著物种（NIS）的DNA条形码的汇编，修订和注释
摘要：引入非土著物种（NIS）是对欧洲沿海生态系统完整性的主要威胁之一。基于DNA的评估已越来越多地用于监视NIS。但是，基于DNA的分类学分配的准确性在很大程度上取决于DNA条形码参考库的完成和可靠性。因此，我们旨在编译和审核欧洲发生的海洋无脊椎动物NIS的DNA条形码参考库。为此，我们使用三个数据库编制了NIS列表：欧洲外星物种信息网络（EASIN），关于水生非土著和隐性物种（Aquanis）的信息系统以及引入海洋物种（WRIMS）的世界登记册。对于每个物种，我们从生命数据系统（BOLD）的条形码（BOLD）中检索了可用的细胞色素C氧化酶亚基I（COI）线粒体基因序列，并使用了条形码，审计和等级系统（BAGS）来检查形成型名称和条形码索引编号（BINS）之间的一致性。从编译的1249种物种中，大约42％的物种有BOLD的记录，其中56％是不和谐的。我们进一步分析了这些案例，以确定不一致的原因并归因于其他注释标签。成功解决了35％，这增加了元法数据集中检测到的NIS数量的12个。但是，相当数量的垃圾箱仍然不一致。参考条形码记录的可靠性在NIS的情况下尤其重要，如果不需要时，错误的识别可能会触发动作或无所作为。
极地海洋中的硅藻含量由基因组大小
au：PleaseconfirmthatalleheadinglevelsarerepresentedCorrected：生态学的主要目标是确定自然中物种丰富的决定因素。身体大小已成为丰度的基本且可重复的预测指标，其生物体的数量较小。一个生物地理成果，称为伯格曼的统治，描述了跨分类学群体的优势，较冷地区的大型生物体。尽管不可否认，但这些模式的关键特征的程度尚不清楚。我们在硅藻中探索了这些问题，对于通过海洋食品网中的碳固定和能量流中的作用，全球重要性的单细胞藻类都具有重要意义。使用来自全球分布的单个谱系的系统基因组数据集，我们发现体型（细胞体积）与基因组大小强烈相吻合，基因组的大小在50倍上变化，并由重复性DNA的差异驱动。但是，定向模型确定了温度和基因组大小，而不是细胞大小，因为对最大种群增长率的影响最大。全球元编码数据集进一步将基因组大小确定为海洋中物种丰度的强大预定指数，但只有在高纬度和低纬度地区的较冷地区，其中具有大基因组的硅藻占主导地位，这是与Bergmann统治一致的模式。尽管物种丰度是由无数相互作用的非生物和生物因素塑造的，但仅基因组大小是丰度的明显强烈预测指标。在一起，这些结果突出了出现特征，基因组大小，这是生物体中最基本和不可约束特性之一的宏观进化变化的层层细胞和生态后果。
毒素-Agritrop
摘要：patulin是一种主要由真菌膨胀物合成的次生代谢产物，该代谢物在苹果上负责蓝色霉菌病。后者在后阶段非常容易受到真菌感染的影响。全年都要处理要生产组成的苹果，这意味着在受控大气下需要长时间存储。P。膨胀能够在整个过程中感染苹果，并且可以在最终产品中检测到patulin。在本研究中，有455个苹果（有机和传统生长），注定要产生“黄金美味”的组成部分，并在多个后的阶段进行了采样。分析了苹果样品的patulin含量，并使用实时PCR定量膨胀。patulin的结果显示两种栽培技术之间没有显着差异。但是，确定了两个临界控制点：在运输前，苹果在环境温度下的长期存储和甲板存储。此外，通过应用元法编码方法研究了各个步骤中真菌和细菌的附生微生物群的改变。Alpha和Beta多样性分析强调了长期存储的效果，导致细菌和真菌对苹果的多样性增加，并在不同的后步骤中显示了微生物群落的显着差异。不同的网络分析显示了种类内的关系。观察到多对真菌和细菌竞争关系。在膨胀和多种真菌和细菌物种之间也观察到阳性相互作用。这些网络分析为水果疾病生物防治的进一步真菌和细菌相互作用分析提供了基础。