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World File Search Systemmetagenomics
基于弱缩放指数和对神经科学中MEG录音的应用多型分析
背景：多环芳烃（PAHS）具有环境和公共卫生的关注，并导致皮肤不良属性，例如过早的皮肤老化和色素疾病。但是，关于慢性城市PAH污染物在皮肤微生物群中的潜在作用的信息很少。鉴于皮肤微生物群在健康和不良的皮肤表型以及PAH和皮肤特性之间的关系中具有作用，我们假设PAH的暴露可能与皮肤微生物群的变化有关。在这项研究中，来自中国两个城市的200多个中国人的皮肤菌群具有不同的PAH曝光水平，其特征是细菌和真菌扩增子和shot弹枪宏基因组学测序。结果：皮肤遗址和城市是改变微生物群落及其组装过程的强大参数。降低细菌 - 真菌微生物网络结构完整性和稳定性与皮肤条件（痤疮和头皮屑）有关。多变量分析揭示了丙酸杆菌和马拉西亚的丰富性与宿主特性和污染物暴露水平之间的关联。香农多样性的增加与剂量依赖性的PAH的暴露水平相关。shot弹枪元基因组学分析样品（n = 32）的PAH的个体的样本（n = 32）进一步强调了量化的PAH和减少皮肤分子的丰富性与口腔细菌的增加之间的关联。功能分析确定了PAH的水平与代谢和其他途径的微生物基因之间的关联，具有潜在的重要性在宿主 - 微生物相互作用以及芳香族化合物的降解中。结论：这项研究的结果证明了与PAH的长期暴露水平相关的皮肤微生物群的组成和功能能力的变化。这项研究的发现将有助于制定利用微生物群保护皮肤免受污染物的策略。
metagenomickg：元基因组应用的知识图
动机：微生物群落中的庞大的体积和种类的基因组含量使宏基因组学成为丰富的生物医学知识的领域。为了穿越这些复杂的社区及其众多的未知数，宏基因组学通常取决于不同的参考数据库，例如基因组分类数据库（GTDB），基因和基因组（KEGG）的京都百科全书（KEGG）以及细菌和病毒生物影响中心（BV-BRC），以便各种分析。这些数据库对于微生物群落的遗传和功能注释至关重要。尽管如此，这些数据库的命名法或标识符不一致提出了有效整合，表示和利用的挑战。知识图（kgs）通过将生物学实体及其相互关系组织到凝聚力网络中提供了适当的解决方案。图形结构不仅促进了隐藏模式的揭幕，而且还通过更深入的见解丰富了我们的生物学理解。尽管KG在各种生物医学领域都表现出了潜力，但它们在宏基因组学中的应用仍未得到充实。结果：我们介绍了元素元，这是一个专门针对宏基因组分析的新知识图。metagenomickg从广泛使用的数据库中整合了与广泛使用的数据库的分类学，功能和发病机理相关的信息，并将这些信息与已建立的生物医学知识图联系起来，以扩大生物学联系。通过几种用例，我们证明了它在微生物和疾病之间的关系，生成特定于样品的图形嵌入并提供可靠的病原体预测方面的假设产生的实用性。可用性和实现：构建Metagenomickg和复制所有分析的源代码和技术详细信息，请访问github：https：//github.com/koslickilab/metagenomickg。我们还托管了一个neo4j实例：http：//mkg.cse.psu.edu：7474用于访问和查询此图。联系人：dmk333@psu.edu补充信息：在线生物信息学上获得。
男性不育的肠道，尿液和精液的功能和分类性营养不良
背景：关于泌尿生殖器和胃肠道菌群在男性不育症发病机理中的作用知之甚少。目的：比较肠道，精液和尿液微生物的分类和功能性填充物。设计，设置和参与者：我们前瞻性地招募了25名具有特发育原发性不孕症的男性和12名健康的父亲，我们收集了直肠拭子，精液样本，中游尿液样本和实验控制。结果测量和统计分析：我们对定量高分辨率分类法进行了全面的精液分析，16S rRNA测序以及shot弹枪元基因组学，中位数为1.4亿个样品，用于功能代谢途径。结果和局限性：我们确定了与尿液微生物组相似的多种精液微生物组。不育男性藏有增加的a -di -dectity和独特的B多样性，精确的空气菌和直肠呼吸菌的减少。prevotella的丰度与精子浓度成反比，假单胞菌与总运动精子数直接相关。输精管切除术似乎改变了精液微生物组，表明睾丸或附睾的贡献。厌氧菌在具有静脉曲张的不育男性精液中高度代表性，但是氧化应激和白细胞植物植物仅与微妙的差异有关。结论：这项试验研究代表了对男性不育症中微生物组的第一次全面研究。宏基因组学数据鉴定出S-ade-Nosyl-L-甲硫代周期中的显着改变，该循环可能在通过DNA甲基化，氧化应激，/或多胺合成中在不孕症的发病机构中起多方面的作用。这些发现为未来的研究提供了基础，以探索因果关系，并为患有这种复杂且情绪上破坏性疾病的男性确定基于微生物组的新型诊断和治疗疗法。
种子微生物组和生物信息学（M/f/d） 博士学位的科学家（100％）专注于人工... dofdoc土壤微生物组和动物群（m/f/d）（100％） 生物信息学（M/f/d）中的DostDoc
微生物学，生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。具有高通量测序数据分析（例如元基因组学，扩增子测序）及其在种子或植物微生物中的应用。强大的编程技能（例如Python，R）和对生物信息学工具（例如Qiime2，dada2，Silva）的熟悉。出版记录，显示了微生物组科学或相关领域的高质量研究，尤其是植物或种子微生物组。微生物技术的知识，包括种子相关微生物的培养和表征。愿意为研究建议和项目报告做出贡献。英语中出色的沟通技巧；对德语的了解是一个优势。能够独立工作并作为协作团队的一部分。
种子微生物组和生物信息学（M/f/d） 意大利的MSCA机会| EURAXESS “非洲倡议II” -Ueraxess-欧盟 BEPA和BATT4EU合作伙伴关系简介
微生物学，生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。具有高通量测序数据分析（例如元基因组学，扩增子测序）及其在种子或植物微生物中的应用。强大的编程技能（例如Python，R）和对生物信息学工具（例如Qiime2，dada2，Silva）的熟悉。出版记录，显示了微生物组科学或相关领域的高质量研究，尤其是植物或种子微生物组。微生物技术的知识，包括种子相关微生物的培养和表征。愿意为研究建议和项目报告做出贡献。英语中出色的沟通技巧；对德语的了解是一个优势。能够独立工作并作为协作团队的一部分。
人工智能驱动的微生物组数据分析，用于估计死后间隔和犯罪位置
微生物群落证明了尸体和周围环境的动态变化，为法医研究提供了宝贵的见解。微生物组测序数据分析的常规方法由于主观性和效率低下而面临障碍。人工智能（AI）提出了一种有效而准确的工具，具有自主处理和分析高通量数据并吸收多矩数据的能力，其中包含元基因组学，转录组学和蛋白质组学。这有助于对验尸间隔（PMI），犯罪位置的检测以及微生物功能的准确估算。本评论概述了尸体和犯罪现场的微生物概述，强调了微生物组的重要性，并总结了AI在高吞吐量微生物组数据处理中在法医微生物学中的应用。
Quick-16S™NGS库Prep Kit
产品描述16S rRNA测序是微生物组组成分析的常规技术。与shot弹枪宏基因组测序相比，16S rRNA测序更具成本效益，更健壮。它通常需要较少的输入DNA，并且受宿主DNA的存在影响较小。但是，16S rRNA测序有其自身的挑战。一个主要挑战是形成PCR嵌合序列，这是由两个或多个PCR模板重组产生的人工序列。此外，对于共同的16S引物，很难同时实现物种水平的分辨率和广泛的系统发育覆盖率。此外，尚未对现场使用的常见16S库制备协议进行优化，以对大规模应用具有成本效益。
圣地亚哥UC兽医研究培训计划
寡糖在人和牛牛奶纤维化和脂肪肝病过敏和哮喘中的作用，食物过敏性T细胞生物学在炎症性肠道疾病粘膜粘膜免疫中对呼吸道或泌尿生殖道感染的感染，可在胃肠道质谱中氧化应激的氧化应激症中的氧化应激症中的氧化应对疾病，这些疾病在胃肠道质量质量上的疾病中的疾病中的疾病中的动物疾病，在Morpoplation sytek sytike症中，抗胃肠道的疾病，在Morpoplation sytok质量疾病中，MORTOKINE SYTOKINES在MORPOMENTIN胃肠道疾病糖生物学在从非人类灵长类动物到人类生物信息学的进化过程中，在健康和疾病代谢和线粒体疾病中，以及宏基因组学对感染性疾病的反应可构成对感染性疾病的反应，使干细胞生物学对生殖性膜和疾病的疾病疾病疾病的疾病促进性膜中的疾病疗法，疾病/王室逆转录病毒，HIV比较病理学和表型
