XiaoMi-AI文件搜索系统
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高度重排的非洲假鳃鳉鱼核型中卫星 DNA 基序保守，间质端粒位点缺乏
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 3 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.03.28.534604 doi：bioRxiv 预印本
心肌缺血再灌注（I/R）损伤的特征是心肌细胞中线粒体损伤。包含
心肌缺血再灌注（I/R）损伤的特征是心肌细胞中线粒体损伤。跨膜bax抑制剂基序含有6（TMBIM6）和Presenilin-2（PS2）参与多个线粒体途径；因此，我们研究了这些蛋白质对急性再灌注损伤期间线粒体稳态的影响。心肌后再灌注胁迫损害心肌功能，诱导结构异常，并通过破坏野生型小鼠的线粒体完整性，但在TMBIM6转基因小鼠中促进心肌细胞死亡。我们发现TMBIM6直接与PS2结合并促进其转录后降解。在小鼠中敲出PS2可通过改善线粒体完整性来减少I/R损伤引起的心脏功能障碍，炎症反应，心肌肿胀和心肌细胞死亡。这些发现表明，足够的TMBIM6表达可以防止心脏I/R损伤期间PS2的积累，从而抑制了再灌注诱导的线粒体损伤。因此，TMBIM6和PS2是治疗心脏再灌注损伤的有希望的治疗靶标。
两亲物模拟转录簇在细胞核中的扩散
可以使用完全合成的，分离的DNA-纳米动物模仿生物分子冷凝物，从而模仿相位分离，从而在几种功能性纳米材料中实现明显的控制和性能的增加。干细胞表现出控制和执行基因转录到RNA的大分子的突出簇，这也通过相分离机制形成。由于两亲性效应，被转录的基因可以展开甚至分散这些簇。在这里，我们用具有纳米固定剂的聚胸腺素尾巴部署两亲性DNA的纳米t，以重现由DNA-纳米动物形成的液滴的生物学观察到的诱导型。我们使用多能斑马鱼胚细胞中转录簇的超分辨率显微镜图像作为生物参考数据。延时显微镜，两亲性滴定实验和Langevin动力学模拟表明，将两亲 - 莫蒂夫添加到合成系统中会重现胚胎细胞中转录簇看到的形状变化和分散。我们的工作说明了生物模型系统的组织原理如何指导实施新的方法来控制合成纳米材料的介观组织。
dipwmsearch：用于搜索 di-PWM 图案的 Python 包
摘要 动机 在序列中寻找概率基序是注释假定转录因子结合位点 (TFBS) 的常见任务。有用的基序表示包括位置权重矩阵 (PWM)、双核苷酸 PWM (di-PWM) 和隐马尔可夫模型 (HMM)。双核苷酸 PWM 结合了 PWM 的简单性（矩阵形式和累积评分函数），但也加入了基序中相邻位置之间的依赖关系（不同于忽略任何依赖关系的 PWM）。例如，为了表示结合位点，HOCOMOCO 数据库提供了来自实验数据的 di-PWM 基序。目前，两个程序 SPRy-SARUS 和 MOODS 可以在序列中搜索 di-PWM。结果 我们提出了一个 Python 包 dipwmsearch，它为这项任务提供了一种原创且高效的算法（它首先枚举 di-PWM 的匹配词，然后立即在序列中搜索它们，即使它包含 IUPAC 代码）。用户可以通过 Pypi 或 conda 轻松安装，使用文档化的 Python 界面和可重复使用的示例脚本，从而顺利使用 di-PWM。可用性和实施：dipwmsearch 可在 https://pypi.org/project/dipwmsearch/ 和 https://gite.lirmm.fr/rivals/dipwmsearch/ 下根据 Cecill 许可获得。
揭示 α-Al2O3 表面自由基的结构模式
量子信息技术为提高设备相干性，对材料和界面的质量提出了严格的要求。然而，人们对顺磁杂质的化学结构和来源知之甚少，这些杂质会产生通量/电荷噪声，导致脆弱量子态的退相干，阻碍大规模量子计算的发展。在这里，我们对量子器件的常见基板-Al 2 O 3 进行高磁场电子顺磁共振 (HFEPR) 和超精细多自旋光谱分析。在无定形形式下，-Al 2 O 3 也不可避免地存在于铝基超导电路和量子比特中。检测到的顺磁中心位于表面之内，具有明确但高度复杂的结构，延伸到多个氢、铝和氧原子。建模表明，这些自由基可能源自许多金属氧化物中常见的活性氧化学。我们讨论了 EPR 光谱如何有益于寻找表面钝化和退相干缓解策略。
SARS-CoV-2 基因组中的短序列基序动态表明胞嘧啶脱氨在 CpG 减少中起着作用
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2021 年 1 月 5 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.06.19.161687 doi：bioRxiv 预印本
人工智能在汽车制造行业流程中的落地
roy.dosen@gmail.com 摘要 — 在人工智能 (AI) 中，机器可以从经验中学习，对输入和输出进行调整。此后，新机器可以像人类一样执行任务。因此，尽管不是完全取代，但人类的某些功能已被机器取代。如今，我们经常在现代住宅、工业、工厂、教育等领域发现人工智能的实现。例如，在汽车制造业，在实施人工智能之前，制造系统问题和工程规划（制造系统和设计和施工问题）实际上非常复杂，很难使用传统技术解决。所以随着人工智能的实施，经常出现的问题就可以得到克服，因此人工智能可以帮助人类完成任务。近年来，人工智能技术受到广泛关注，并具有作为汽车制造业优化技术的潜力。关键词：遗传算法、模拟退火、禁忌搜索、免疫算法、人工智能、制造、汽车、商业价值、预测性维护、机器学习 1.简介
基于OCT4免疫显性基序抗原的抗癌疫苗的合成及免疫学研究
摘要 目的：肿瘤干细胞是肿瘤形成的重要原因之一，也是恶性肿瘤治疗的药物靶点，但目前尚无针对该细胞的免疫疫苗。八聚体结合转录因子4（OCT4）是胚胎干细胞和生殖细胞的标志，往往在肿瘤形成的早期阶段高表达，是开发肿瘤疫苗的良好候选者。方法：为寻找最佳的载体和佐剂组合，我们化学合成了三种不同的OCT4表位抗原并将其连接到载体蛋白海兔血蓝蛋白（KLH）上，并与Toll样受体9激动剂（TLR9）结合。结果：OCT4-3+TLR9免疫小鼠产生的免疫应答最强。在预防试验中，用OCT4-3+TLR9处理的BABL/c小鼠的肿瘤生长明显受到抑制（P<0.01）。重要的是，结果显示，在用OCT4-3与TLR9联合免疫的小鼠中，细胞毒性T淋巴细胞活性和肿瘤生长抑制得到增强。同时，在用OCT4-3 + TLR9免疫的小鼠中，多种促进细胞免疫反应的细胞因子[例如干扰素（IFN）-γ（P <0.05），白细胞介素（IL）-12（P <0.05），IL-2（P <0.01）和IL-6（P <0.05）]被证明大大增强。此外，我们在疫苗成分方面考虑了安全性，以帮助促进有效的下一代疫苗的开发。结论：总之，这些实验表明与TLR9激动剂的联合治疗可诱导肿瘤特异性适应性免疫反应，从而抑制睾丸胚胎癌的原发性肿瘤生长。关键词癌症预防；癌症免疫学；OCT4；TLR9激动剂
通过连接蛋白RNA结合基序募集RNA分子：通过微覆物和外泌体在RNA和DNA转运中的含义
连接素（CXS）是形成高导质质膜通道的整体膜蛋白，可从细胞到细胞（通过间隙连接）以及从细胞到细胞外环境（通过半通道）的通信。最初描述的是它们在连接可激发细胞（神经和肌肉）中的作用，间隙连接（GJ）几乎在固体组织中的所有细胞之间都发现，对于功能协调至关重要，可以通过直接传递小信号分子，代谢物，离子，离子和电信号从细胞到细胞到细胞。几项研究揭示了CXS的多种渠道非依赖性功能，其中包括控制细胞生长和肿瘤性。connexin43（CX43）是人体中最广泛的CX。CX43的无数作用及其对癌症，炎症，骨关节炎和阿尔茨海默氏症的疾病的发展的影响引起了许多新的问题。使用不同的计算方法预测了CX43和CX26序列中的几个RNA和DNA结合基序。本综述提供了对CXS新的，破裂功能的见解，突出了未来工作的重要领域，例如通过细胞外囊泡转移遗传信息。我们讨论了电位RNA和DNA结合域在CX43和CX26序列中的含义中，在信号通路的细胞通信和控制中。©2017作者。由Elsevier B.V.这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。