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lncrna Hotair调节Atorvastatin HEPG2处理的细胞中HMGCR基因的功能= DIV>
简介：他汀类药物是诊所中使用的批准药物之一，该药物是为了减少患者血液中胆固醇量的规定。然而，该药物在减少脂肪量和副作用的发生中的影响在患者中并不相同。由于LNCRNA在调节基因表达中的关键作用，Hotair LncRNA和Atorvastatin处理在调节HMGCR基因表达作为胆固醇合成中的主要调节剂中的可能作用。方法：通过文献综述，确定了几种在细胞维持和稳态中发挥作用的LNCRNA。生物信息学分析用于在HMGCR基因和候选LNCRNA之间找到常见的调节因素。MTT分析用于确定HEPG2细胞系中阿托伐他汀治疗的最佳剂量。RNA提取，cDNA合成和基因表达的定量分析通过qPCR进行。最后，通过蛋白质印迹技术评估了HMGCR蛋白表达。结果：生物信息学分析表明，HMGCR表达与某些LNCRNA之间存在关系（Hotair，Tug1，Malat1，Gas5，JPX，DLX6AS）。在细胞培养物中，阿托伐他汀治疗增加了HMGCR在mRNA和HEPG2细胞系中蛋白水平的表达。在候选LNCRNA中，在Atorvastatin治疗下，Hotair LncRNA表达降低了80％。下调热水基因导致在RNA和蛋白质水平下的HMGCR表达增加。关键字：胆固醇，阿托伐他汀，HMGCR，lncrna Hotair，基因表达结论：这项研究的结果表明，除了阻止HMGCR酶结合位点外，Atorvastatin还可以通过更改HOTAIR表达来调节HMGCR mRNA和蛋白质的表达。
通过生成变压器学习人类疾病的自然史
大多数患者在寻求治疗时失去了最好的手术机会[3，4]。因此，确定结肠癌的新型诊断和治疗靶标对于增强其诊断和治疗以及改善患者预后至关重要。衰老代表对各种应力信号的细胞反应，可保护细胞免受不必要的伤害。在癌症的背景下，衰老具有双重功能：它通过抑制受损细胞的增殖而充当肿瘤抑制因子，同时通过促进炎症环境来促进癌症。此外，癌细胞也可以表现出衰老反应。这既提出了癌症顺序治疗的挑战和机会，然后利用衰老疗法进行了鼻溶疗法[5]。长的非编码RNA（LNCRNA）是一种超过200个核苷酸的非编码RNA。它通过调节基因表达而在生物学上发挥作用，并且对癌症的发展和进展至关重要[6]。lncRNA在调节结肠癌中的各种过程中发挥了重要作用，包括细胞增殖凋亡和细胞死亡，以及影响细胞周期迁移，能力，艾symal转变（T），癌症干细胞行为以及对结肠癌疗法的耐药性[7]。E2F1反应LncRNA LIMP27与P27 mRNA竞争与细胞质HNRNP0结合，选择性下调P27表达。这种相互作用会导致G0/G1相细胞周期，并促进缺乏p53的结肠腺癌细胞的增殖，肿瘤性和治疗性[8]。研究结肠腺癌中与衰老相关的LincrNA可以增强我们对这种癌症发作和进展的分子机制的理解，同时也为发展新的潜在干预策略铺平了道路。
使用新的稀疏监督自动编码器神经网络
基于CRISPR的单细胞转录组筛选是有效的遗传工具，可同时评估由一组指南RNA（GRNA）靶向的细胞的表达式，并从观察到的扰动中推断靶基因函数。然而，由于各种局限性，这种方法在检测弱扰动方面缺乏灵敏度，并且在研究主调节器（例如转录因子）时基本上是可靠的。为了克服检测微妙的GRNA诱导的转录组扰动和对响应最快的细胞进行分类的挑战，我们开发了一种新的监督自动编码器神经网络方法。我们稀疏的监督自动编码器（SSAE）神经网络提供相关特征（基因）和实际扰动细胞的选择。我们将此方法应用于基于基于缺氧的长期非编码RNA（LNCRNA）的子集的基于内部单细胞CRISPR干扰（CRISPRI）转录组筛查（CROCPRI）转录组筛选（CROP-SEQ），该子集受缺氧调节的疾病，该疾病在肺腺癌（Lung adenacoarcinoma）（LUAD）的背景下促进了肿瘤的侵略性和耐药性。针对LNCRNA的子集进行了经过验证的GRNA的农作物序列库，并且作为阳性对照，HIF1A和HIF2A（低氧反应的2个主要转录因子）在3、6或24 h期间在正态氧中培养的A549 LUAD细胞中转导的2个主要转录因子。我们首先通过确定在低氧反应的时间开关期间确定其敲低的特定效应，从而验证了HIF1A和HIF2上的SSAE方法。接下来，SSAE方法能够检测出稳定的短缺氧依赖性转录组特征，该特征是由某些LNCRNA候选者的敲低诱导的，表现优于先前发表的
一种集成的全基因组 CRISPRa 方法，用于功能化 IncRNA 的耐药性
化疗耐药性在癌症死亡率中起着重要作用。为了确定影响对阿糖胞苷（AML 的主要治疗方法）敏感性的基因单元，我们基于双蛋白质编码和非编码集成 CRISPRa 筛选 (DICaS) 开发了一个全面的全基因组平台。最初使用来自 517 种人类泛癌细胞系的药物遗传学数据确定了假定的抗性基因。随后，通过 CRISPR 激活对编码和 lncRNA 基因进行了基因组规模的功能表征。对于 lncRNA 功能评估，我们开发了一种 CRISPR 激活 lncRNA (CaLR) 策略，针对 14,701 个 lncRNA 基因。计算和功能分析确定了新的细胞周期调控、存活/凋亡和癌症信号基因。此外，我们分析中确定的 GAS6-AS2 lncRNA 的转录激活导致 GAS6/TAM 通路过度激活，这是包括 AML 在内的多种癌症的耐药机制。因此，DICaS 代表了一种新颖而强大的方法，用于识别与治疗相关的综合编码和非编码途径。
lncRNA测序揭示神经变性 - ...
1在美国德克萨斯州休斯敦休斯敦市卫理公会研究所神经外科中心神经病室中心内的DNA维修研究部； vprovasek@houstonmethodist.org（v.e.p。 ）; mkodavati@houstonmethodist.org（M.K。 ）; whb.bio@gmail.com（H.W.） 2，德克萨斯农工大学，德克萨斯州大学站，德克萨斯大学77843，美国3 INSERM，UMR-S1118，MéCanismesCentraux etpériquesde laneuroodégénénénénénénénénénénénénénénénénénénénénedede de strasbourg，crbs，crbs，crbs，crbs，67000 strasberg，frances，弗朗斯，弗朗斯，弗朗西斯; woting.guo@inserm.fr 4 VIB，大脑与疾病研究中心，比利时3000卢文5卢文5卢文脑研究所（LBI），比利时3000卢文6干细胞研究所，开发与再生部，Ku Leuven，3000 Leuven，Belgium，Belgium; ludo.vandenbosch@kuleuven.be Be 7微生物学和免疫学系，德克萨斯大学医学分公司，加尔维斯顿，德克萨斯州77555，美国； sboldogh@utmb.edu 8美国德克萨斯州休斯敦休斯顿卫理公会研究所神经外科部； gbritz@houstonmethodist.org 9美国纽约市威尔康奈尔医学院神经外科部，美国10065，美国 *通信：mlhegde@houstonmethodist.org1在美国德克萨斯州休斯敦休斯敦市卫理公会研究所神经外科中心神经病室中心内的DNA维修研究部； vprovasek@houstonmethodist.org（v.e.p。）; mkodavati@houstonmethodist.org（M.K。）; whb.bio@gmail.com（H.W.）2，德克萨斯农工大学，德克萨斯州大学站，德克萨斯大学77843，美国3 INSERM，UMR-S1118，MéCanismesCentraux etpériquesde laneuroodégénénénénénénénénénénénénénénénénénénénénedede de strasbourg，crbs，crbs，crbs，crbs，67000 strasberg，frances，弗朗斯，弗朗斯，弗朗西斯; woting.guo@inserm.fr 4 VIB，大脑与疾病研究中心，比利时3000卢文5卢文5卢文脑研究所（LBI），比利时3000卢文6干细胞研究所，开发与再生部，Ku Leuven，3000 Leuven，Belgium，Belgium; ludo.vandenbosch@kuleuven.be Be 7微生物学和免疫学系，德克萨斯大学医学分公司，加尔维斯顿，德克萨斯州77555，美国； sboldogh@utmb.edu 8美国德克萨斯州休斯敦休斯顿卫理公会研究所神经外科部； gbritz@houstonmethodist.org 9美国纽约市威尔康奈尔医学院神经外科部，美国10065，美国 *通信：mlhegde@houstonmethodist.org2，德克萨斯农工大学，德克萨斯州大学站，德克萨斯大学77843，美国3 INSERM，UMR-S1118，MéCanismesCentraux etpériquesde laneuroodégénénénénénénénénénénénénénénénénénénénénedede de strasbourg，crbs，crbs，crbs，crbs，67000 strasberg，frances，弗朗斯，弗朗斯，弗朗西斯; woting.guo@inserm.fr 4 VIB，大脑与疾病研究中心，比利时3000卢文5卢文5卢文脑研究所（LBI），比利时3000卢文6干细胞研究所，开发与再生部，Ku Leuven，3000 Leuven，Belgium，Belgium; ludo.vandenbosch@kuleuven.be Be 7微生物学和免疫学系，德克萨斯大学医学分公司，加尔维斯顿，德克萨斯州77555，美国； sboldogh@utmb.edu 8美国德克萨斯州休斯敦休斯顿卫理公会研究所神经外科部； gbritz@houstonmethodist.org 9美国纽约市威尔康奈尔医学院神经外科部，美国10065，美国 *通信：mlhegde@houstonmethodist.org
FGF/FGFR改动的景观...
背景：门静脉肿瘤血栓形成（PVTT）是晚期肝细胞癌（HCC）的频繁而严重的并发症，通常会导致预后不良。尽管PVTT具有显着的临床相关性，但驱动其形成的分子机制尚不清楚。长的非编码RNA（LNCRNA）已成为PVTT进展的潜在贡献者，促使这项研究探索LNCRNA作为PVTT的潜在生物标志物。方法：我们分析了来自基因表达综合的公开可用数据集，以识别三个比较的差异表达的LNCRNA和mRNA：正常与HCC，正常与PVTT和HCC与PVTT。转录曲线，并使用在线数据库筛选了与HCC和PVTT特异性LNCRNA相互作用的蛋白质，表明所有相互作用的蛋白质都是转录因子（TFS）。我们通过从每次比较中与TF靶基因与差异表达的基因（DEG）相交的LNCRNA – TF – TF -TARGAT基因调节网络。蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络分析以识别关键簇和集线器基因，并突出显示了AR和ESR1之类的TF。进行了基因本体分析，以了解调节网络的生物学功能。结果：该研究确定了正常，HCC和PVTT样品的不同转录曲线。构建了涉及LNCRNA，TFS和靶基因的关键调节网络，并将包括AR和ESR1在内的重要集线器基因确定为潜在的治疗靶标。PPI网络分析揭示了与PVTT进展相关的重要集群，而基因本体分析则提供了对相关生物学功能的见解。结论：本研究提出了一个新的理解LNCRNA – TF介导的基因调节的框架。它确定了潜在的治疗靶标和预后生物标志物，这些靶标可以促进PVTT的靶向疗法的开发，从而提供新的机会来改善临床结果。
lncRNA 44s2 研究对 45-设计的适用性......
1 SU，INSERM UMRS974，AIM，肌肉学研究中心，Piti é -Salp ê tri è re 医院，75013 巴黎，法国； s.falcone@institut-myologie.org（旧金山）; s.ziyyat@institut-myologie.org (SB-Z.)； laura.julien003@gmail.com （左翼）； france.pietri-rouxel@upmc.fr (FP-R.) 2 神经肌肉疾病 AOC 参考中心，波尔多大学医院神经儿科，法国波尔多 33000； guilhem.sole@chu-bordeaux.fr 3 神经肌肉疾病参考中心 AOC，CHU Angers，49933 Angers，法国； JuDurigneux@chu-angers.fr 4 法国巴黎 Pitié-Salpêtrière 医院肌肉学研究所，75013； ja.urtizberea@free.fr 5 北部/东部/法国岛神经肌肉疾病参考中心，物理医学和康复系，CHRU de Lille，59000 Lille，法国； jm-cuisset@chru-lille.fr 6 CEA，巴黎萨克雷大学国家人类基因组学研究中心，91057 埃夫里，法国； boland@cng.fr（AB）; sandron@cng.fr（FS）； meyer@cng.fr（虚拟机）; deleuze@cng.fr (JFD) 7 INSERM，马赛医学遗传学，艾克斯马赛大学，13005 马赛，法国； david.salgado@univ-amu.fr （DS）; jean-pierre.desvignes@univ-amu.fr（J.-PD）; christophe.beroud@inserm.fr （CB）； martin.krahn@univ-amu.fr（MK）; nicolas.levy@univ-amu.fr (NL) 8 法国马赛拉蒂莫内儿童医院 APHM 医学遗传学系，13005 9 法国巴黎综合理工学院 CNRS、INSERM、巴黎综合理工学院、综合理工学院光学与生物科学实验室 (LOB)，91120 Palaiseau； anatole.chessel@polytechnique.edu 10 IRIS，施维雅国际研究所，92150 Suresnes，法国； alexia.blesius@servier.com 11 AP-HP，遗传学和分子生物学实验室，科钦医院，巴黎笛卡尔-索邦大学，巴黎城市大学，75014 巴黎，法国； France.leturcq@inserm.fr * 通讯地址：elena_gargaun@hotmail.com
研究论文 lncRNA MNX1-AS1下调促进非小细胞肺癌铁死亡和细胞凋亡
非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要组织学类型，对人类健康构成严重威胁。越来越多的证据表明，长链非编码RNA（lncRNA）MNX1-AS1参与了癌症（包括肺癌）的发生发展。细胞凋亡和铁死亡是两种受调控的细胞死亡形式，可由抗癌药物诱导。然而，MNX1-AS1在细胞凋亡和铁死亡中的作用尚不清楚。本文我们发现，敲低MNX1-AS1可促进RSL3诱导的NSCLC细胞铁死亡，导致细胞活力下降，活性氧（ROS）和丙二醛（MDA）水平升高。吖啶橙/溴化乙锭(AO/EB)双染、末端脱氧核苷酸转移酶介导的dUTP缺口末端标记(TUNEL)实验及Annexin V/PI双染实验均显示敲低MNX1-AS1可促进紫杉醇诱导的NSCLC细胞凋亡。此外，敲低MNX1-AS1还导致促凋亡蛋白BAX、cleaved caspase-3及PARP1表达增加，抗凋亡蛋白Bcl-2表达减少。RNA测序及实时荧光定量PCR检测发现，敲低MNX1-AS1后，ACSL4表达增加，而ABCG2表达减少。挽救实验显示，ACSL4和ABCG2分别参与了MNX1-AS1介导的铁死亡和细胞凋亡。此外，敲低 MNX1-AS1 可增加 NSCLC 细胞对 RSL3 和紫杉醇组合的敏感性。总之，我们的数据表明 MNX1-AS1 可能是肺癌的潜在治疗靶点，尤其是与铁死亡和/或凋亡诱导药物组合使用时。
lncRNA HULC-MIR-556-5P轴通过AMPK/FOXO3途径调节心脏微血管内皮细胞功能
用1％RIPA裂解缓冲液（Elabscience Biotechnology Co.，Ltd，Ltd，Wuhan，中国）提取HCMEC的总蛋白质，并具有磷酸化抑制剂（MCE）。蛋白质浓度，并通过12％SDS-PAGE分离30 µg蛋白质样品，然后转移到PVDF膜（Millipore，Billerica，MA，美国）。在室温下用5％非脂肪干牛奶用5％的非脂肪干牛奶阻塞膜，并在4°C下与一抗的一抗孵育过夜。随后，将膜与相应的二抗在室温下孵育2小时。使用增强的化学发光检测系统（ECL系统； Millipore，Billerica，MA，USA）可视化的蛋白质条带。ImageJ软件用于量化Western blot数据。
