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World File Search SystemncRNA
圆形RNA：癌症化学抗性的新生物标志物
抽象化学治疗药是晚期癌症患者的常规治疗方法。然而，随着化学治疗剂的持续应用，化学抗性通常可以预测不良的预后，近年来逐渐成为人们的关注。圆形RNA（CIRCRNA）是一类具有闭环结构的内源性非编码RNA（NCRNA），据报道是预后，诊断和治疗许多疾病，尤其是癌症的预后，诊断和治疗的明显靶标和标记。尽管数十种研究表明，circrnas在肿瘤中的药物抗性活性中起着重要作用，但尚未探索CircrNA影响化学耐药性的机制。在这篇综述中，我们描述了各种癌症中CircrNA和化学治疗剂的详细机制，并总结了对药物耐药性肿瘤的潜在治疗靶标。关键字圆形RNA;化学抗性；耐药性；癌症
关于研究主题表观遗传药物和上皮恶性肿瘤的治疗抗性的社论
表观遗传修饰因其在癌症的发展和发展中，尤其是在上皮恶性肿瘤中的重要作用而被广泛认可。这些变化涉及对DNA分子及其相关蛋白的修饰，这些蛋白可以影响基因表达而不会改变DNA序列本身。鉴于它们的遗传性和可逆性，表观遗传修饰已成为癌症治疗的有吸引力的靶标。近年来，人们对开发表观遗传药物的兴趣越来越大，这些药物可以针对特定的修饰并可能克服治疗性抗性。许多癌症，例如乳腺癌，肺癌和大肠癌，是全世界最常见的上皮性恶性肿瘤。尽管在开发有针对性的疗法方面已经取得了显着进步，但耐药性仍然是一个重要的挑战，通常会导致治疗衰竭和疾病进展。表观遗传修饰，例如核动力学，DNA甲基化，共价组蛋白修饰，组蛋白变体和非编码RNA（NCRNA）（包括microRNA（miRNA/miR）和长NCRNA（LNCRNA）），都显示出在癌症中起着至关重要的作用。表观遗传修饰在癌症患者的耐药性发展中起着重要作用。然而，靶向这些修饰的药物，例如DNA甲基转移酶抑制剂和组蛋白脱乙酰基酶抑制剂，有可能逆转它们并恢复对标准疗法的敏感性（Steele等，2009; Vijayaraghaghavalu and Labhasetwar，2018; vijayaraghaghavalu and labhasetwar，2018; bao; bao; bao et al an and and and and and and and and。成功治疗的一个例子是使用5-aza-2' - 脱氧胞苷（5-aza-d）在膀胱癌细胞中逆转顺铂的耐药性。这种作用归因于Hoxa9基因启动子的脱甲基化（Xylinas等，2016）。使用这种药物是对抗耐药性的有前途的方法，特别是在血液学癌症类型的患者中。该研究主题的重点是上皮恶性肿瘤的表观遗传事件，尤其是其发展，性质和机械研究。首先，已知表观遗传改变在上皮恶性肿瘤的发展中起着重要作用，也可以作为预测其结果的生物标志物。在这个研究主题中，Ye等。探索84个与甲基化相关基因（MRGS）的作用
多囊卵巢综合症与表观遗传DNA甲基化调控的研究进展
多囊卵巢综合征（PCOS）是育龄妇女中最常见的内分泌疾病。尽管其发病率很高并且被认为是无排卵性不孕的主要原因，但人们对该综合征的了解仍然很少，仍存在诊断不足和治疗不足的情况，导致女性患者治疗方案的研究进展缓慢。这种复杂疾病的异质性是遗传、环境、内分泌和行为因素共同作用的结果。它通常与卵巢增大和功能障碍、雄激素水平升高和胰岛素抵抗有关。目前，尚无单一病因可以完全解释 PCOS 的发病机制。大多数证据表明 PCOS 是一种复杂的多因素疾病，具有高度的遗传性。表观遗传学是指基因组和基因表达的可遗传变化，而 DNA 序列没有任何改变。表观遗传学包括DNA甲基化、组蛋白修饰（乙酰化、磷酸化、甲基化等）和非编码RNA（ncRNA）含量的改变。现有研究认为表观遗传学，特别是DNA甲基化在PCOS的发病机制中起着至关重要的作用。
神经元功能障碍和基因调节帕金森氏病和突触核酸的非编码RNA
Over the last few decades, emerging evidence suggests that non-coding RNAs (ncRNAs) including long-non-coding RNA (lncRNA), microRNA (miRNA) and circular-RNA (circRNA) contribute to the molecular events underlying progressive neuronal degeneration, and a plethora of ncRNAs have been identified significantly misregulated in many神经退行性疾病，包括帕金森氏病和突触性疾病。尽管在许多情况下尚未清楚地确定神经病理学与致病候选者之间的直接联系，但NCRNA对导致神经退行性疾病中细胞功能障碍的分子过程的贡献已经解决，这表明它们可能在这些疾病的病理学中起作用。本综述的目的是概述和讨论最近的文献，这些文献涉及帕金森病和突触核苷模型中神经病理学不同方面的基于RNA的机制的作用。
P170019 SSED - accessdata.fda.gov
该检测采用单一 DNA 提取方法，从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 50-1000 ng DNA，构建全基因组散弹枪文库，并基于杂交捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、1 个启动子区域、1 个非编码 RNA (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（请参阅下表 2 和表 3，了解 F1CDx 中包含的基因完整列表）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina ® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定的文库可进行高均匀深度测序（目标中位覆盖率 > 500X，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。序列数据使用定制的分析流程进行处理，该流程旨在检测所有类型的基因组变异，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数变异（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。此外，还将报告基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI)、肿瘤突变负担 (TMB) 和阳性同源重组缺陷 (HRD) 状态（tBRCA 阳性和/或 LOH 高）。
分子生物学的当前问题
亲爱的同事，表观遗传修饰和染色质重塑通过动态调节基因表达而不改变DNA序列，在癌症中起着核心作用。异常的DNA甲基化，组蛋白的修饰和染色质可及性的变化可以激活癌基因或沉默的肿瘤抑制剂，从而有助于肿瘤的启动和进展。该特刊探讨了了解癌症中表观遗传失调和染色质重塑的分子机制的最新进展。我们重点介绍了用于检测ctDNA表观遗传改变的新技术，这些技术提供了有希望的非侵入性癌症生物标志物。此外，我们讨论了关键的染色质重塑剂，组蛋白修饰酶和NCRNA在塑造癌症表观基因组中的作用。特刊还涵盖了新兴的治疗策略，包括表观遗传抑制剂和靶向染色质改良药物。通过整合表观遗传学，功能基因组学和精度肿瘤学的发现，该系列旨在提供有关癌症染色质动力学及其临床应用潜力的全面观点。
综述非编码 RNA 在慢性淋巴细胞白血病靶向治疗和免疫治疗方法开发中的作用
摘要：在过去十年中，BTK抑制剂和Bcl2阻滞剂等新型靶向治疗方法以及调节针对癌细胞的免疫反应的创新治疗方法（如单克隆抗体、CAR-T细胞疗法和免疫调节分子）已经建立，为患者的治疗提供支持。然而，药物耐药性和复发仍然是慢性淋巴细胞白血病治疗的主要挑战。多项研究表明，非编码RNA在慢性淋巴细胞白血病的发展和进展中起着主要作用。具体而言，微小RNA（miR）和tRNA衍生的小RNA（tsRNA）被证明是出色的生物标志物，可用于诊断和监测疾病，并可能预测药物耐药性和复发，从而支持医生根据患者的需求选择治疗方案。在这篇综述中，我们将总结慢性淋巴细胞白血病靶向治疗和免疫治疗领域的最新发现，并讨论ncRNA在慢性淋巴细胞白血病患者新药和联合治疗方案开发中的作用。
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因
糖尿病介导的MALAT1表达诱导胶质母细胞瘤侵略性
长的非编码RNA（LNCRNA）是一类NCRNA，大小超过200个核苷酸，在不同的细胞过程中起多种作用，包括调节许多生物学过程，例如通过抑制蛋白质编码靶基因来调节增殖，侵袭和凋亡（26）。因此，LNCRNA被认为是包括癌症在内的各种疾病中的新型生物标志物和治疗靶标（26）。lncRNA转移相关的肺腺癌转录本（MALAT1）已被证明可以调节IGF-1/ PI3K/ AKT信号传导（28），并与各种癌症类型的恶性转化有关（3）。以前，我们表明了Malat1表达升高是IDH1/2野生型原代GBS总体生存的不利预后因素的重要性（3）。此外，在DM中观察到Malat1的高表达并导致胰岛素抵抗（7）。但是，MALAT1在GB发育中的潜在作用仍需要充分说明。因此，在这项研究中，我们旨在描述GB中MALAT1与DM共存的MALAT1及其对疾病进展的潜在影响。
通过长的非编码RNA（LNCRNA）的转录后调节
从真核基因组中发现了数千种非编码RNA（NCRNA）已彻底改变了生物学的“中心教条”，并转移了对RNA作为调节分子的作用的关注，而不仅仅是基因组信息的传统介体。非编码RNA是不编码蛋白质的转录本，通常根据其平均大小（<或> 200 nt）分类为短或长。在几乎所有生物体中都发现了非编码RNA。其中，长期的非编码RNA（LNCRNA）在许多生物过程中在发育和疾病中起关键作用。自发现以来，lncRNA领域已经爆炸，而lncrnas的新作用不断出现，这使得他们的研究是研究任何水平的基因表达调节的优先事项。本期特刊涵盖了NCRNA场专家的七篇评论论文和一篇原始研究文章，并说明了LNCRNA在转录后层次调节基因表达的主要机制。此文章集提供了其多功能角色的完整概述，并在基因表达和相关细胞过程的调节中提出了额外的复杂性。lncRNA的长度，低表达和缺乏序列保守性经常代表其识别和表征的主要技术限制。在他们的评论中，Carter等。提供了详尽的指南，在硅和低到高的吞吐量实验方法中，以帮助研究人员面对这一挑战。Sadeq等。在扩散的大B细胞淋巴瘤细胞中发现他们还提供了关键的见解，以促进我们对LNCRNA如何参与肿瘤发生的理解[1]。已显示出多种RNA结合蛋白（RBP）与LNCRNA合作以调节基因表达。在评论中，Briata和Gherzi引起了人们对LNCRNA – RBP关联的复杂性的关注[2]。它们说明了LNCRNA-RBP复合物可以控制细胞中所有转录过程的各种机制。讨论了内源性LNCRNA相关的DSRNA结构的耐受性，而病毒衍生的DSRNA触发了一个复杂的防御网络；并进一步研究了自身免疫性疾病和癌症治疗的潜在影响[3]。在他们的综述中，Pisignano和Ladomery描述了LNCRNA有助于调节替代剪接的多种机制，以及它们的作用如何进一步增强了mRNA刺激变体的表达，从而增加了复杂生物体中蛋白质组织的多样性[4]。在更细胞质的环境中，卡拉卡斯和Ozpolat讨论了LNCRNA如何通过控制正常和肿瘤条件下的翻译因子和信号通路来影响mRNA的翻译[5]，而Sebastian-Delacruz等。强调了LNCRNA在调节mRNA稳定性和离职率方面的重要性，这是细胞过程和稳态的正确功能的基础[6]。在这方面，在本期特刊中提出的另一项工作中，Munz等。