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毒力表型是由病原体倍性和遗传背景相互作用产生的
图 1 白色念珠菌遗传背景对健康宿主适应性有不同的影响。 （a）未感染（仅暴露于大肠杆菌食物源，灰色）或感染不同白色念珠菌菌株（图例中所示）的健康野生型线虫宿主种群的生存曲线。误差线表示±SE。每个处理中分析的宿主数量（n）如表 S1 所示。使用生存曲线的成对比较和 Log-rank（Mantel-Cox）检验来检验统计学显着性。星号表示与未感染对照相比具有统计学显着性（* 表示 p < .05；**** 表示 p < .0001）。具有相同字母的白色念珠菌处理没有显著差异，而具有不同字母的处理在统计学上存在差异。 (b) 宿主谱系生长的箱线图，以 7 天内产生的单个创始宿主的 F1 和 F2 后代的总种群大小表示。方框表示 25 到 75 分位数，平均值表示为一条线。误差线是标准化的数据范围，圆圈表示异常值。未感染对照处理的平均值和 95% 置信区间分别用灰色虚线和阴影灰色方框表示。使用单因素方差分析检验统计显著性。星号表示与未感染对照相比的统计差异（* 表示 p < .05；*** 表示 p < .001）。事后 Dunn 多重比较检验表明，字母相同的白色念珠菌处理没有显著差异，而字母不同的处理有统计学差异。 （c）感染白色念珠菌的宿主成年期第 1-3 天（正常繁殖时间）产生的（d）宿主幼虫总数和宿主幼虫百分比。数据和统计分析与（b）相同。（e）二倍体（dip）和四倍体（tet）白色念珠菌菌株在第 7 天的宿主存活率（彩色符号表示特定的白色念珠菌遗传背景）。使用 Wilcoxon 配对符号秩检验检验统计学意义，并标明 p 值。（f）感染白色念珠菌二倍体和四倍体菌株的宿主的谱系生长、（g）幼虫数量和（h）繁殖时间。数据和统计分析与（e）相同
设施服务工作人员（不包括家政服务）血源性病原体暴露控制计划
第 1 部分：法规职业安全与健康管理局 (OSHA) 的使命是拯救生命、防止伤害和保护美国工人的健康。作为劳工部的一部分，OSHA 促进美国每个工作场所的工人安全和健康。1992 年 3 月 6 日，OSHA 制定了血源性病原体 (BBP) 标准来保护从事可能接触血液或其他潜在传染性物质 (OPIM) 的员工。您可以在 OSHA 网站 (www.osha.gov) 上获取“血源性病原体标准”全文，也可以联系 EHS 生物安全部门获取。OSHA 法规要求雇主制定书面的暴露控制计划 (ECP)，该计划涵盖大学保护其工人健康和安全的政策和程序。北卡罗来纳大学教堂山分校 (UNC) 致力于为全体员工提供安全健康的工作环境。为了实现这一目标，根据 OSHA 标准 29 CFR 1910.1030“职业性血源性病原体暴露”，制定了以下 ECP 以消除或最大限度地减少职业性血源性病原体暴露。该计划是为设施服务部门从事可能接触血液或 OPIM 的职业的成员制定的。保洁人员有单独的 ECP，应参考该文件 ( https://ehs.unc.edu/biological/bbp/ )。所有被确定有职业暴露的 UNC 员工必须：1) 熟悉 ECP；2) 知道其位置；3) 作为就业条件，遵守 ECP，每年完成血源性病原体培训；4) 接种或拒绝接种乙肝疫苗。第 2 部分：责任环境、健康和安全部 (EHS)
在病例对照研究中使用病原体检测数据来估计疫苗的直接效果
保留所有权利。未经许可不得重复使用。（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 1 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.01.15.20017749 doi：medRxiv preprint
评估 CRISPR/Cas9 基因组编辑对小麦病原菌 Parastagonspora nodorum 的功效
摘要背景：基因组编辑工具 CRISPR/Cas9 提供了一种产生靶向突变的有效方法，彻底改变了基因操作。该技术利用 Cas9 内切酶和向导 RNA (sgRNA)，它们相互作用形成 Cas9-sgRNA 复合物，通过引入双链 DNA 断裂来启动基因编辑。我们测试了 CRISPR/Cas9 方法作为促进小麦致病真菌 Parastagonospora nodorum 中各种反向遗传方法的有效性。结果：用 Cas9 蛋白和 sgRNA 转化 Parastagonospora nodorum 原生质体，以 Tox3 效应基因为靶点的预组装核糖核蛋白 (RNP) 复合物的形式转化。随后对 P. nodorum 转化子的筛选表明，筛选出的突变体 100% 被编辑。我们进一步测试了 RNP 复合物与含有 1 kb 同源侧翼 DNA 的 Tox3 -同源定向修复盒共转化时的功效。随后对所得转化子进行筛选，结果显示同源重组效率超过 70%。使用含有 50 bp 微同源侧翼的可选择标记的 Tox3 -同源定向修复盒进一步转化也实现了 25% 的同源重组效率。这些同源定向修复方法的成功表明 CRISPR/Cas9 适用于其他体内 DNA 操作方法，例如插入 DNA 和产生点突变。结论：这些数据突出了 CRISPR/Cas9 在加速 Parastagonospora nodorum 中无转基因基因敲除以及促进其他基因操作方法方面的巨大潜力。使用这些工具将大大减少评估疾病基因需求和进行功能研究以确定其作用所需的时间。关键词：CRISPR/Cas9、基因编辑、核糖核蛋白复合物、Parastagonospora nodorum
Fecundity-Immunity权衡的强度调节宿主进化动力学，病原体传播和宿主丰度
图2：此数字描述了繁殖力转移权衡。面板A显示了繁殖力（黑色曲线）和传输（蓝色曲线）作为在资源分配轴x上的主机位置的函数。黑色和蓝色的垂直线分别表示最佳的繁殖力（X F）和免疫（Xβ）的位置。Optima之间的距离，| x f -xβ| ，固定权衡强度，如面板b所示。参数：x f = 0，σf = 1，f max = 1，σβ= 1，βmax = 1，qβ= 1，qβ= 1，xβ= 2在面板A和xβ= 1上。3，1。8，2。3，2。9和3。5在面板上b。
表征两个卫星DNA家族在卵形植物病原体植物质体的基因组中
卫星DNA是一类重复序列，在大多数真核生物中的串联重复单元中都组织起来。长期以来被视为selfh dNA，现在提出了卫星序列有助于基因组完整性。尽管由于基因组数据的匮乏和组装高度保守的卫星阵列而尚未在卵菌中研究卫星DNA，但尚未在卵菌中研究卫星DNA。却获得有关卵菌病原体基因组的结构和演变的知识，对于理解适应其环境的机制以及提出有效的疾病控制策略至关重要。phytophthora寄生虫基因组的从头组装是一种重要的卵植物病原体，导致鉴定了几个串联重复的序列的家族，大小，拷贝数和序列保守序列变化。其中，两个大量的家庭，指定为PPSAT1和PPSAT2，显示了卫星DNA的典型特征，并被统称为PPSAT。这两个卫星家族的长度，序列，组织，基因组环境和进化动力学不同。PPSAT1，但不是PPSAT2，呈现了Oomycetes中的同源物。这一观察结果以及PPSAT家族的转录本的表征表明，这些卫星DNA家族可能在这一重要的病原体中起着保守的作用。
泰国采后储存的大蒜鳞茎中蓝霉病原体的鉴定及其杀菌剂敏感性
摘要 青霉病是影响大蒜采后的主要病害之一。2023年，该病害在泰国清迈府的大蒜[Allium ampeloprasum var. ampeloprasum (Borrer) Syme]采后储藏期间被发现。从大蒜中分离得到3个真菌分离株，根据形态特征和核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)、β -微管蛋白(BenA)、钙调蛋白(CaM)和RNA聚合酶II第二大亚基(rpb2)基因组合序列的系统发育分析，鉴定为大蒜青霉菌(Penicillium allii)。在致病性测定中，接种分离真菌的大蒜表现出与采后储藏期间观察到的症状相似的症状。在杀菌剂筛选试验中，多菌灵、苯醚甲环唑 + 嘧菌酯和苯醚甲环唑在半剂量和推荐剂量下均能有效完全抑制该真菌，而该真菌对克菌丹和代森锰锌不敏感。此外，多菌灵、氧氯化铜、苯醚甲环唑与嘧菌酯的组合以及苯醚甲环唑单独使用时，双倍推荐剂量可完全抑制该真菌。据我们所知，这是泰国首次报道由 P. allii 引起的大蒜鳞茎采后蓝霉病。此外，杀菌剂敏感性筛选的结果有助于制定有效的管理策略，以控制由 P. allii 引起的大蒜鳞茎采后蓝霉病。
RSero：一个用户友好的 R 包，用于根据血清流行率研究重建病原体传播历史
1 传染病数学建模部，巴黎城市大学巴斯德研究所，U1332 INSERM，UMR2000 CNRS，法国巴黎，2 巴黎城市大学，INSERM，IAME，F-75018，法国巴黎，3 巴斯德研究所，抗菌药物逃避流行病学和建模研究部，法国巴黎，4 巴黎萨克雷大学，UVSQ，INSERM，CESP，抗感染逃避和药物流行病学研究小组，法国蒙蒂尼勒布勒托讷，5 MRC 全球传染病分析中心，伦敦帝国理工学院公共卫生学院，英国伦敦，6 普林斯顿大学生态与进化生物学系，美国新泽西州普林斯顿，7 全球卫生系，传染病流行病学和分析 G5 部门，法国巴黎西岱大学巴斯德研究所，8 英国剑桥大学遗传学系
病原体salmonicida achromogenes在彩虹鳟鱼中诱导快速免疫和微生物群修饰
摘要：环境压力源可以破坏微生物群与宿主之间的关系，并导致其功能的丧失。包括烈膜病的气管菌引起的细菌感染是雌激素的病因，导致鲑鱼水产养殖的死亡率很高。在这里，使用16s rrna sequercct的V1 – V3区域，在6和72 h感次染色（HPI）（HPI）（HPI）时，在6和72 h的感染（HPI）（HPI）时，对salmonicida achromogenes及其对菌群分类学组成和结构的影响进行了对分类学组成和结构的影响。通过qPCR评估了病原体和免疫基因反应的感染。我们的结果表明，α-多样性是高度多样的，但占主要分类单元的主导，而β多样性在6小时后在g的感染中很早就受到了影响，随后影响了皮肤和尾骨的微生物群。也鉴定出了微生物群的营养不良和已知为机会病原体（Aeromonas，pseudomonas）的属增加。此外，在鳟鱼头肾脏中观察到促炎细胞因子和毒力蛋白阵列（VAPA）的增加，直到6 hpi升高，直到72 hpi直到72 hpi，而抗渗透基因似乎被压抑。这项研究表明，在感染后几个小时，salmonicida achromogenes的感染可以改变ill的菌群。此结果对于开发一种非侵入性技术可能是有用的，以防止水产养殖中的疾病爆发。
植物和病原体基因组学：小麦秆锈病抗性基因组合的基本方法
目前，抗病基因的部署是最经济、最环保的农作物保护方法。然而，由于病原体的不断进化，抗病基因可能会迅速失效，尤其是当它们被单独部署时。因此，多基因抗性被认为是最持久的，但通过育种将这些基因组合起来并维持起来是一个费力的过程，因为有效基因通常是不相连的。部署具有单基因座遗传的多基因抗性是一项有前途的创新，它克服了这些困难，同时提高了抗性的持久性。由于基因组技术的重大进步，越来越多的植物抗性基因被克隆，从而能够开发抗性转基因堆栈 (RTGS)，这些抗性基因都位于单个基因座上。目前，转基因小麦中已经开发出编码五种秆锈病抗性基因的基因堆栈，既提供了育种的简单性，又提供了潜在的抗性持久性。在植物病原体中开发类似的基因组资源，促进了效应基因的分离，在某些情况下，还能够验证 RTGS 中单个抗性基因的功能。这里以小麦秆锈病病原系统为例，说明宿主和病原体基因组学的进步如何有助于 RTGS 的发展，RTGS 是一种适用于许多其他农作物物种的策略。