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百日咳免疫策略评估......
在免疫覆盖率高的国家开展的研究表明，百日咳复发可能是由于全细胞百日咳疫苗 (WPV) 被无细胞百日咳疫苗 (APV) 取代导致保护时间缩短所致。中国于 1978 年引入 WPV。百日咳疫苗接种程序从全 WPV 程序（1978 – 2007 年）发展为 WPV/APV 混合程序（2008 – 2009 年），再发展为全 APV 程序（2010 – 2016 年）。近年来，济南和中国其他城市报告百日咳发病率有所增加。然而，很少有基于中国人群的研究关注程序变化的影响。我们从济南市法定传染病数据库获得了 1956 年至 2016 年的年度百日咳发病率。我们采用了间断时间序列和分段回归分析来评估每年年初百日咳发病率的变化以及干预期间的年平均变化情况。1978年引入 WPV 后，百日咳发病率立即下降了每 100 000 人口 1.11 例（P = 0.743），在 1978 年至 2001 年间，每年每 100 000 人口 1.21 例（P < 0.0001）。在 2008 年 APV 取代第四剂 WPV、2009 年取代第二和第三剂以及 2010 年取代所有四剂之后，百日咳发病率分别下降了每 100 000 人口 1.98、1.98 和 1.08 例。然而，结果并不具有统计学意义。 APV 疫苗更换后百日咳发病率呈明显上升趋势，2008-2016年、2009-2016年和2010-2016年分别为1.63、1.77和1.78例/年。本研究显示全WPV接种方案的效果可能小于WPV/APV序贯接种方案的效果。APV的短期效果优于WPV，但APV的保护持续时间不理想。国产APV的保护性免疫效果和持续时间有待进一步评估。济南市百日咳疫苗接种效果也需要进一步研究。
FDA 批准首批婴儿无细胞百日咳疫苗
今年夏天，美国食品药品管理局 (FDA) 批准 Connaught Laboratories 的无细胞百日咳疫苗 (商品名 Tripedia) 作为婴幼儿的主要产品使用。这是第一种获准用于婴儿的无细胞疫苗，此类产品很可能在儿童中得到更广泛的使用，随着对这种疾病的了解不断加深，将百日咳疫苗接种范围扩大到青少年甚至成年人的势头也越来越大。尽管无细胞百日咳疫苗于 1992 年开始在美国作为儿童加强剂使用，但迄今为止，主要疫苗接种仍需要使用传统产品 - 灭活的细菌病原体百日咳博德特氏菌全细胞。这种老疫苗通常与白喉和破伤风类毒素联合使用，具有多种有害副作用，引发了关于其潜在危险的激烈而漫长的争论。几年前，包括英国、瑞典和日本在内的几个国家的卫生官员建议改用无细胞疫苗。然而，美国公共卫生官员在进行临床安全性和有效性试验以及向 FDA 提交适当的许可申请之前，却束手无策。就在 6 月，FDA 官员还表示沮丧，因为期待已久的产品许可申请仍在等待中。尽管关于老疫苗安全记录的某些说法尚无定论，但人们对它的恐惧仍然存在，尤其是一群直言不讳的家长，他们坚持认为百日咳疫苗会给他们的孩子造成永久性的脑损伤
Bordetella pelita pelita III的完整基因组序列，印尼全细胞百日咳疫苗的生产菌株
t Bio Farma（Persero）使用Borde-tella thea thea attuse pelita pelita III生产全细胞百日咳（WP）疫苗。百日咳菌株的抗原特性会随着时间的流逝而变化（1-3），因此，需要监测工作种子的这些特征以产生有效的疫苗。顺便说一句，最近的基因组学革命使全基因组shot弹枪进行了快速，准确且具有成本效益的途径，不仅检查疫苗抗原基因，而且还检查了生产过程至关重要的其他基因。但是，这取决于全基因组序列的可用性。出于这些原因，并且与其他百日咳疫苗生产菌株进行了详细比较，确定了百日咳芽孢杆菌菌株pelita III的整个基因组序列。The sequencing was performed at the University of Delaware Sequencing & Geno- typing Center (Newark, DE) on the PacBio RS II platform, employing single-molecule real-time (SMRT) technology (Pacific Biosciences, Menlo Park, CA) (4), yielding 141,140 reads totaling 888,059,822 bases.通过层次基因组组装过程（HGAP）工作流进行了从头基因组组装（4）。使用Gepard测试了组装序列的圆形，并用AMOS和Minimus2生成圆序（5，6）。最终组装产生了一个具有141.91覆盖率的4.1-MB基因组的重叠群。使用美国能源部联合基因组研究所（美国加利福尼亚州核桃溪）的综合微生物基因组综述（IMG/ER）平台进行了基因的初始识别和注释（7）。GenBank注释利用了NCBI原核基因组注释管道（8）。在基因组水平上，Pelita III与Bordetella buttussis tohama I（9，10），参考菌株（11）和百日咳疫苗的主要来源密切相关（3，12）。每种发病机理基因的核苷酸序列，包括疫苗抗原的核苷酸序列，即百日咳毒素（PT），心霉素（PRN），膜状血凝集素（FHA）（FHA）和纤维mbriae（FIM），在两种菌株中是相同的（13）。观察到的两个基因组之间的差异有两种类型：（i）Pelita III中的其他元素，可能是由于换位引起的，在两个位置的转座酶INSO的串联重复（BP 44713至