XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemplot
引用：Abdullah M，Furtado A，Masouleh AK，Okemo P，Henry RJ。 2024年。改进的单倍型解析基因组揭示了更多的水稻基因。热带植物
Nipponbare是一种Japonica水稻品种，已被广泛用作水稻的标准参考基因型[1]。大米（Nipponbare）基因组是20多年前测序的最早测序的作物基因组之一[2]。大米基因组的第1个序列于2002年完成，是国际水稻基因组测序项目，2005年的植物基因组学领域的主要英里石[3]。这些国际合作努力提供了作物工厂的第一个基因组。Nipponbare基因组组装含有间隙，主要是由于重复的DNA序列。在2005年，这些差距总共约为18.1 MB，大部分来自centromeres和端粒区域。对技术进步和正在进行的研究工作的测序，随着时间的推移改善了水稻基因组序列[4，5]。thor的努力，以提高2013年的裸露参考基因组组件的质量，从而大大提高了cDNA序列和基因注释的精度，而它仍然不完整[5]。在人类基因组中，在组装和特征化方面已取得了最新的迈进，先前未开发的8％的人类基因组，尤其是包括端粒序列[6]。
heplots：在多元线性模型中可视化假设检验
Heplots包装。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>3 AddShealth。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 5采用。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div>3 AddShealth。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 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坏死性到凋亡信号轴是炎症性肠病的基础
摘要。在测序相似序列的混合物时，重建单倍型很重要。长阅读测序可以将遥远的等位基因连接到分解类似的单倍型，但是处理误差需要专门的技术。我们提出了Devider，这是一种用于单倍序列（例如病毒或基因）的算法。Devider使用在信息性等位基因的字母表上使用序列到图形对准的位置de bruijn图，以提供与各种长阅读测序技术兼容的快速组装启发的方法。在包含七个HIV菌株的合成纳米孔数据集上，Devider恢复了97％的单倍型内容的97％，即下一个最佳方法的86％，同时服用<4分钟和1 GB的存储器，以> 8000×覆盖范围。基准对抗微生物耐药性（AMR）基因的合成混合物的基准测试表明，分离器恢复了83％的单倍型，比下一个最佳方法高23个百分点。在实际PACBIO和NANOPORE数据集上，Devider在几秒钟内概括了先前已知的结果，从而消除了具有> 10个菌株的细菌群落和HIV-1共感染数据集。我们使用Devider来研究富含AMR基因的长读牛肠元素的宿主内多样性，发现TET（Q）Tetracycline抗性基因具有13种不同的单倍型，具有> 18，000倍覆盖量和6个单倍型的cfxa2 beta-beta-beta-lacta-lacta-lacta-lacta抗体基因。我们发现了这些AMR基因单倍型的清晰重组块，展示了Devider揭示异质混合物生态信号的能力。
星际相：长阅读测序数据的综合阶段感知药物基因组学外交机
1。Behera，Sairam等。“使用龙加速算法进行大规模的全面，准确的基因组分析。”Biorxiv（2024）。2。Chen，Xiao等。 “ Cyrius：使用全基因组测序数据进行准确的CYP2D6基因分型。” 药物基因组学杂志21.2（2021）：251-261。 3。 Lai，Sheng-Kai等。 “使用基于探针捕获的靶向下一代测序和计算分析的人类白细胞抗原（HLA）基因分型的新型框架。” 计算和结构生物技术杂志23（2024）：1562-1571。 4。 Sangkuhl，Katrin等。 “药物基因组学临床注释工具（PharmCat）。” 临床药理学与治疗学107.1（2020）：203-210。 5。 Wang，Ting等。 “人类pangenome项目：绘制基因组多样性的全球资源。” 自然604.7906（2022）：437-446。Chen，Xiao等。“ Cyrius：使用全基因组测序数据进行准确的CYP2D6基因分型。”药物基因组学杂志21.2（2021）：251-261。3。Lai，Sheng-Kai等。 “使用基于探针捕获的靶向下一代测序和计算分析的人类白细胞抗原（HLA）基因分型的新型框架。” 计算和结构生物技术杂志23（2024）：1562-1571。 4。 Sangkuhl，Katrin等。 “药物基因组学临床注释工具（PharmCat）。” 临床药理学与治疗学107.1（2020）：203-210。 5。 Wang，Ting等。 “人类pangenome项目：绘制基因组多样性的全球资源。” 自然604.7906（2022）：437-446。Lai，Sheng-Kai等。“使用基于探针捕获的靶向下一代测序和计算分析的人类白细胞抗原（HLA）基因分型的新型框架。”计算和结构生物技术杂志23（2024）：1562-1571。4。Sangkuhl，Katrin等。“药物基因组学临床注释工具（PharmCat）。”临床药理学与治疗学107.1（2020）：203-210。5。Wang，Ting等。 “人类pangenome项目：绘制基因组多样性的全球资源。” 自然604.7906（2022）：437-446。Wang，Ting等。“人类pangenome项目：绘制基因组多样性的全球资源。”自然604.7906（2022）：437-446。
Quercus alba的单倍型分辨的参考基因组阐明了橡木的进化史| Biorxiv
（a）Q. Alba基因组组装的HAPA和HAPB之间的结构同步。两个反转超过1 Mb：3染色体上的1.1 Mb反转和染色体上的1.9 Mb反转。35S阵列的位置用红色正方形表示，5S阵列用红色圆圈表示。（b）中期染色体用两对35（绿色）和一对5s（红色）rDNA信号扩散。小型35S信号由白色箭头指示。
精英单倍型 OsGATA8-H 协调水稻氮吸收和生产性分蘖形成
过量的氮会促进水稻非生产性分蘖的形成，从而降低氮利用效率 (NUE)。通过平衡氮吸收和生产性分蘖的形成来开发高 NUE 水稻品种仍然是一个长期挑战，但这两个过程如何在水稻中协调仍然难以捉摸。在这里，我们将转录因子 OsGATA8 确定为水稻氮吸收和分蘖形成的关键协调因子。OsGATA8 通过抑制铵转运蛋白基因 OsAMT3.2 的转录来负向调节氮吸收。同时，它通过抑制分蘖的负调节因子 OsTCP19 的转录来促进分蘖的形成。我们将 OsGATA8 -H 确定为高 NUE 单倍型，具有增强的氮吸收和更高比例的生产性分蘖。OsGATA8- H的地理分布及其在历史种质中的频率变化表明其适应肥沃的土壤。总体而言，这项研究为NUE的调控提供了分子和进化方面的见解，并有助于培育具有更高NUE的水稻品种。
fillpattern：'ggplot2'和'grid'图形的图案填充图形
grid.newpage（）gp < - map（gpar，fill = fill_pattern（patterns = c（“ grid_3lwd”，“ stripe_longdash”，“ herringbone45”，“ herringbone45”，“ hexagon_lg”），fg = c（“黑色”，“白色”，“”，“”，“”，“”，“”，“”（“”，“”（“”，“”（“”，“”（“”（blake cyan） ）grid.circle（gp = gp [[1]，x = 1/4，y = 3/4，r = 1/5）grid.poly.polygon（gp = gp [[2]]，x = c（9,12,15）/16，y = c（15,9,9,15）/16）/16）/16）gp = gp = gp = gp = gp = gp = gp = gp = 3] 2/5，高度= 2/5）grect（gp = gp [[4]]，x = 3/4，y = 1/4，宽度= 2/5，高度= 2/5）
高温度超导体的临界温度及其对磁场的依赖性
•超导率：超导体，超导体类型，重要关系，公式，常见问题解答。在线。2014。dostupnéZ：https：//testbook.com/physics/superconductivity。[cit。2024- 06-18]。•史密斯，J.L.，Brooks，J.S。，Fowler，C.M。等。YBCO的低温临界场。 J SuperCond 7，269–270（1994）。 https://doi.org/10.1007/bf00724550•Grissonnanche，G.，Cyr-Choinière，O.，Laliberté，F。et al。 直接测量丘比特超导体中的上临界场。 nat Commun 5，3280（2014）。 https://doi.org/10.1038/ncomms4280•有史以来24个最伟大，最秘密的笑话。 在线。 in：https：//www.pinterest.co.uk/。 Neznamy。 dostupnéZ：https：//testbook.com/physics/superconductivity。 [cit。 2024-06-18]。 •应用高温超导体的材料方面图 1。 在线。 in：https：//www.researchgate.net/。 2003。 dostupnéZ：https：//www.google.com/url?sa = i＆url = https%3A%3A%2F%2F%2FP下profestuc_fig1_1936761＆psig = aovvaw2vtgzutgw5o_fmh8n5aonn＆ust = 1718712912156 000＆source = source = images＆cd = vfe＆opi＆opi = 89978449＆ved = 0ca8qjrjrjraya quotcljhaaa daaaaabae。 [cit。 2024-06-18]。YBCO的低温临界场。J SuperCond 7，269–270（1994）。https://doi.org/10.1007/bf00724550•Grissonnanche，G.，Cyr-Choinière，O.，Laliberté，F。et al。直接测量丘比特超导体中的上临界场。nat Commun 5，3280（2014）。https://doi.org/10.1038/ncomms4280•有史以来24个最伟大，最秘密的笑话。在线。in：https：//www.pinterest.co.uk/。Neznamy。 dostupnéZ：https：//testbook.com/physics/superconductivity。 [cit。 2024-06-18]。 •应用高温超导体的材料方面图 1。 在线。 in：https：//www.researchgate.net/。 2003。 dostupnéZ：https：//www.google.com/url?sa = i＆url = https%3A%3A%2F%2F%2FP下profestuc_fig1_1936761＆psig = aovvaw2vtgzutgw5o_fmh8n5aonn＆ust = 1718712912156 000＆source = source = images＆cd = vfe＆opi＆opi = 89978449＆ved = 0ca8qjrjrjraya quotcljhaaa daaaaabae。 [cit。 2024-06-18]。Neznamy。dostupnéZ：https：//testbook.com/physics/superconductivity。[cit。2024-06-18]。•应用高温超导体的材料方面图1。在线。in：https：//www.researchgate.net/。2003。dostupnéZ：https：//www.google.com/url?sa = i＆url = https%3A%3A%2F%2F%2FP下profestuc_fig1_1936761＆psig = aovvaw2vtgzutgw5o_fmh8n5aonn＆ust = 1718712912156 000＆source = source = images＆cd = vfe＆opi＆opi = 89978449＆ved = 0ca8qjrjrjraya quotcljhaaa daaaaabae。[cit。2024-06-18]。
四倍体中国樱桃（Prunus pseudocerasus）的单倍型解析基因组组装为果实硬度提供了见解
中国樱桃（Prunus pseudocerasus）是中国主要的核果作物之一，具有十分重要的意义。然而，由于缺乏高质量的基因组资源，人工改良其性状和遗传分析具有挑战性，这主要归因于难以解析其四倍体和高度杂合的基因组。在此，我们使用 PacBio HiFi、Oxford Nanopore 和 Hi-C 组装了品种‘诸暨短柄饼’的染色体水平、单倍型解析基因组，包含 993.69 Mb，组装成 32 条假染色体。单倍型内比较分析揭示了广泛的基因组内序列和表达一致性。系统发育和比较基因组分析表明，P. pseudocerasus 是一个稳定的同源四倍体物种，与野生的 P. pusilliflora 密切相关，两者大约在 1834 万年前分化。与其他李属植物类似，樱桃也经历了一次常见的全基因组复制事件，该事件发生在大约 1.3996 亿年前。由于果实硬度低，樱桃不适合长距离运输，从而限制了其在中国的快速发展。在成熟果实阶段，樱桃品种‘诸暨短柄梨’的硬度明显低于樱桃品种‘黑珍珠’。硬度的差异归因于果胶、纤维素和半纤维素含量变化的程度。此外，比较转录组分析发现了两个参与果胶生物合成的基因 GalAK-like 和 Stv1，这可能是造成‘诸暨短柄梨’和‘黑珍珠’果实硬度差异的原因。PpsGalAK-like 和 PpsStv1 的瞬时转化会增加原果胶含量，从而提高果实硬度。我们的研究为中国樱桃功能基因组学研究和重要园艺性状的提升奠定了坚实的基础。
Matplotlib 简介 - 不要失去情节
摘要 数据分析中，有多种工具和技术可用于创建信息图表，包括各种编程语言、库和软件包。本介绍将重点介绍 Matplotlib 库，特别是 Pyplot 模块，演示如何在 Python 中创建基本图表。我们将探索修饰和细化这些图表的技术，以提高其可视化和通信效果。主题将包括自定义绘图元素、使用不同的颜色选项以及添加注释和标签。目标是让与会者掌握制作清晰可视化的技能。