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生殖组织中蛋白质的空间表征
通过出现高通量抗体分析和测序方法，人类细胞的分子构建块已越来越多地映射到大型项目中。这些转变努力在解决许多人类细胞中蛋白质的表达水平和空间位置方面表现出了显着的进步。本论文旨在表征人类生殖组织，睾丸和输卵管（FT）的单细胞水平上的空间蛋白表达，并研究如何在非小细胞肺癌（NSCLC）中重新表达的睾丸蛋白如何影响免疫微环境。在纸I中，睾丸中有500多种RNA表达水平升高的蛋白在具有免疫组织化学（IHC）的八种不同的细胞类型中进行了分析。在精子发生的各个阶段，在细胞类型的水平上定位了几种特征性较差的蛋白质，即所谓的“缺失蛋白质”，从而提供了对其可能功能的新见解。在论文II中，通过组合单细胞转录组学和多重IHC来创建人类精子发生的时空图。高通量图像分析确定了近500种蛋白质的细胞状态特异性蛋白表达。通过检查RNA和蛋白质相关动力学，我们强调了人类睾丸的复杂时空景观。这些蛋白质是功能研究的靶标。在论文III中，IHC介绍了基于RNA水平升高的FT中升高的蛋白质编码基因，大多数蛋白质在功能上与纤毛运动有关，这是创建对受精至关重要的管状流动所必需的机制。，大多数是纤毛细胞独有的，其中包括以前在纤毛中未描述的几种蛋白质。在纸IV中，IHC在300多名免疫表型NSCLC患者中以IHC为特征。 ctas通常在睾丸和港口免疫原性中表达，由于NSCLC中异常表达而可能用作治疗靶标。 CTA与免疫谱有关，例如巨噬细胞和浆细胞浸润，可能表明原位免疫原性作用。 这些关联可以作为潜在的免疫疗法靶标进行研究和利用。 本论文在单细胞分辨率下定义了生殖组织的空间蛋白质组，并鉴定了许多蛋白质的蛋白质，并且具有先前未知功能的蛋白质。 在分子水平上绘制组织特异性细胞多样性的综合方法表明，将RNA和蛋白质检测方法结合在一起。 论文开发了新兴方法，例如多重染色和生物图像分析，这对大规模努力有希望。 这项工作显着有助于生殖组织的细胞图中，历史上没有得到充分研究。在纸IV中，IHC在300多名免疫表型NSCLC患者中以IHC为特征。ctas通常在睾丸和港口免疫原性中表达，由于NSCLC中异常表达而可能用作治疗靶标。CTA与免疫谱有关，例如巨噬细胞和浆细胞浸润，可能表明原位免疫原性作用。这些关联可以作为潜在的免疫疗法靶标进行研究和利用。本论文在单细胞分辨率下定义了生殖组织的空间蛋白质组，并鉴定了许多蛋白质的蛋白质，并且具有先前未知功能的蛋白质。在分子水平上绘制组织特异性细胞多样性的综合方法表明，将RNA和蛋白质检测方法结合在一起。论文开发了新兴方法，例如多重染色和生物图像分析，这对大规模努力有希望。这项工作显着有助于生殖组织的细胞图中，历史上没有得到充分研究。
β-葡聚糖结合蛋白是相互植物 - 微生物相互作用中免疫和共生的关键调节剂
摘要为了区分有害，共生和有益微生物，植物依赖于多糖，例如B-葡萄糖，它们是微生物和植物细胞壁的组成部分。将与细胞壁相关的B-葡聚糖聚合物转化为特定结果，该结果影响植物 - 微生物相互作用是由水解和非溶解度B-葡聚糖结合蛋白介导的。这些蛋白质在微生物定殖过程中起着至关重要的作用：它们会影响宿主和微生物细胞壁的组成和弹性，调节B-葡萄糖寡聚体的倍形浓度的稳态，并介导B -glucan的感知和信号传导。本综述概述了B-葡聚糖及其结合蛋白在植物免疫和共生中的双重作用，强调了最新发现，关于B-葡聚糖结合蛋白的作用，是免疫的模量，以及与伴有的共生受体有关的，涉及微生物良好调节的良好调查。
弓形虫线粒体转运蛋白 ABCB7L 对细胞浆和细胞核铁硫簇蛋白的生物合成以及细胞浆翻译至关重要
摘要 铁硫 (Fe-S) 簇是普遍存在的无机辅因子，是许多细胞必需途径所必需的。由于它们不能从环境中清除，因此 Fe-S 簇在细胞区室（如顶质体、线粒体和细胞质）中从头合成。细胞质 Fe-S 簇生物合成途径依赖于线粒体途径中间体的运输。一种称为 ABCB7 的 ATP 结合盒 (ABC) 转运蛋白在许多常见研究的生物体中负责这一作用，但它在医学上重要的顶复门寄生虫中的作用尚未被研究。在这里，我们识别并描述了一种弓形虫 ABCB7 同源物，我们将其命名为 ABCB7-like (ABCB7L)。基因耗竭表明它对寄生虫的生长至关重要，并且它的破坏会触发部分阶段转换。敲除系的表征突出了细胞质和细胞核 Fe-S 蛋白的生物合成缺陷，导致蛋白质翻译和其他途径（包括 DNA 和 RNA 复制和代谢）出现缺陷。我们的工作为广泛保留 Fe-S 簇生物合成中线粒体和细胞质途径之间的联系提供了支持，并揭示了其对寄生虫生存的重要性。
汀类药物通过靶向大肠癌中的SATB家族蛋白来减轻Wnt/β-catenin信号传导
最近，癌症治疗剂的一种显着方法涉及重新利用已经批准用于治疗不同疾病的药物。之所以选择这些药物，是因为它们的作用机理被很好地理解，靶向已知在肿瘤发生中被破坏的生理途径。选择重新利用的药物主要取决于该药物的预期靶标与肿瘤进展中观察到的趋势之间的联系。例如，有证据表明患有高胆固醇血症的人患结直肠癌的风险更高（2-4）。几项研究还表明，胆固醇途径与负责肿瘤发生（5-8）和转移（9,10）的致癌信号传导途径之间存在直接相关性。此外，据报道胆固醇水平升高的CRC患者经历了肝转移（11-13）。高胆固醇血症与CRC预后位置之间已建立的关联是他汀类药物作为抗癌药物的有前途的候选人。
可离子网络介导SH2信号蛋白中的pH依赖性变构
对于具有生理相关的预测PK A值的可离子残基，并且数据在3D结构或2D残基相互作用网络中可视化。（b）以卡通和表面格式显示的SHP2的晶体结构（PDB ID：2SHP）。蛋白质酪氨酸磷酸酶（PTP）结构域以灰色为灰色的SH2域颜色为黄色。（c）灰色和SH2结构域的SHP2（PDB ID：2SHP）的结构（PDB ID：2SHP）在黄色的灰色和SH2结构域中的结构。通过在球体中显示的可离子网络预测管道中通过的残基。带有预测PK A位移（青色）簇的残基，具有可离子相互作用的人（洋红色）跨磷酸酶-SH2域相互作用界面的残基。（d）在47 SHP2结构（平均值±SD）上使用硅离子化网络预测管道鉴定出的青色残基的预测PK A S的表。（e）残基的残基相互作用网络具有预测的PK A Shifts（Cyan）及其可电离相互作用器（Magenta）。边缘的长度反映了库仑相互作用的强度，在PTP-SH2相互作用界面处，较强的库仑相互作用具有更短的边缘长度（F）SHP2结构的变焦。来自A和B的网络残基显示在棒子中。残基有预测的PK a在青色和洋红色中的电离相互作用者的变化。
全基因组的DNA修复蛋白分析鉴定单细胞中的高阶配位
a，实验设置和集成的概述。b，染色体1p上的信号。左：在 +DSB条件下的单细胞热图（RPKM），其顶部为 +DSB（有色）和–DSB（灰色）条件的单细胞聚集体。右：带有覆盖MSR调用的单细胞线图。asisi图案，用黑线注释，红色三角形表示经常裂解（或“顶部”）位点。c，所有ASISI位点的条形图≥10％，每个位点的修复蛋白频率（靶蛋白和方法）都有颜色。通过增加绝对修复蛋白频率（即，任何数据集中的最高频率）。每个站点，通过增加每个数据集的修复蛋白频率（即前后；即未堆叠）来排序条。底部水平条表示先前的（缺乏）注释作为顶部位点。d，一个代表性核的共聚焦图像，显示DAPI，RAD51 DAMID M6A-Tracer和内源性γH2AX免疫荧光染色。e，信号共定位的定量（manders的a和a和b每个核），n = 33核。
全基因组的DNA修复蛋白分析鉴定单细胞中的高阶配位
a，实验设置和集成的概述。b，染色体1p上的信号。左：在 +DSB条件下的单细胞热图（RPKM），其顶部为 +DSB（有色）和–DSB（灰色）条件的单细胞聚集体。右：带有覆盖MSR调用的单细胞线图。asisi图案，用黑线注释，红色三角形表示经常裂解（或“顶部”）位点。c，所有ASISI位点的条形图≥10％，每个位点的修复蛋白频率（靶蛋白和方法）都有颜色。通过增加绝对修复蛋白频率（即，任何数据集中的最高频率）。每个站点，通过增加每个数据集的修复蛋白频率（即前后；即未堆叠）来排序条。底部水平条表示先前的（缺乏）注释作为顶部位点。d，一个代表性核的共聚焦图像，显示DAPI，RAD51 DAMID M6A-Tracer和内源性γH2AX免疫荧光染色。e，信号共定位的定量（manders的a和a和b每个核），n = 33核。
全基因组的DNA修复蛋白分析鉴定单细胞中的高阶配位
a，实验设置和集成的概述。b，染色体1p上的信号。左：在 +DSB条件下的单细胞热图（RPKM），其顶部为 +DSB（有色）和–DSB（灰色）条件的单细胞聚集体。右：带有覆盖MSR调用的单细胞线图。asisi图案，用黑线注释，红色三角形表示经常裂解（或“顶部”）位点。c，所有ASISI位点的条形图≥10％，每个位点的修复蛋白频率（靶蛋白和方法）都有颜色。通过增加绝对修复蛋白频率（即，任何数据集中的最高频率）。每个站点，通过增加每个数据集的修复蛋白频率（即前后；即未堆叠）来排序条。底部水平条表示先前的（缺乏）注释作为顶部位点。d，一个代表性核的共聚焦图像，显示DAPI，RAD51 DAMID M6A-Tracer和内源性γH2AX免疫荧光染色。e，信号共定位的定量（manders的a和a和b每个核），n = 33核。
针对含有...的质粒编码蛋白质
摘要 抗菌素耐药性 (AMR) 对人类健康构成重大威胁。尽管已经开发出疫苗来对抗 AMR，但将特定疫苗抗原与 AMR 关联起来却极具挑战性。细菌质粒在 AMR 的传播中起着至关重要的作用。我们最近的研究发现了一组细菌质粒（具体来说，IncHI 质粒），它们编码含有细菌免疫球蛋白样结构域的大分子量蛋白质。这些蛋白质位于细菌细胞的外表面，例如鞭毛或接合菌毛中。在这项研究中，我们表明这些蛋白质具有抗原性，可以保护小鼠免受携带其中一种质粒的 AMR 沙门氏菌菌株引起的感染。此外，我们成功生成了针对这些蛋白质的纳米抗体，这些纳米抗体被证明可以干扰 IncHI 质粒的接合转移。考虑到这些蛋白质也编码在其他质粒组中，例如 IncA/C 和 IncP2，针对它们可能是对抗由携带不同组 AMR 质粒的细菌引起的 AMR 感染的有效策略。由于选定的抗原与 AMR 本身直接相关，因此保护作用不仅限于特定微生物，还包括所有携带相应抗性质粒的微生物。
锌指蛋白：基因组稳定性的守护者
锌指蛋白 (ZNF) 是一类独特而多样的蛋白质，在转录调控、染色质重塑、蛋白质/RNA 稳态和 DNA 修复等基本细胞机制中发挥着关键作用。因此，ZNF 蛋白的错误调节可导致多种人类疾病，从神经发育障碍到多种癌症。考虑到 DNA 损伤修复 (DDR) 抑制在临床上取得了良好的效果，作为同源重组 (HR) 缺陷患者的治疗策略，确定其他潜在的可靶向 DDR 蛋白作为耐药肿瘤细胞中出现的弱点至关重要，尤其是考虑到获得性耐药的负担时。重要的是，越来越多的研究确定了新的 ZNF 并揭示了它们在几种 DDR 通路中的重要性，凸显了它们作为 DDR 抑制疗法新靶点的巨大潜力。尽管如此，仍有许多未表征的含 ZNF 蛋白具有未知的生物学功能。在这篇综述中，我们重点介绍了哺乳动物细胞中 ZNF 蛋白的主要类别和观察到的生物学功能。我们简要介绍了众所周知和新发现的 ZNF，并描述了它们的分子作用以及对人类健康和疾病（尤其是癌症）的贡献。最后，我们讨论了 ZNF 在 DNA 修复机制中的重要性、它们在癌症治疗中的潜力以及利用 ZNF 蛋白作为人类疾病未来治疗靶点的进展。