对于具有生理相关的预测PK A值的可离子残基,并且数据在3D结构或2D残基相互作用网络中可视化。(b)以卡通和表面格式显示的SHP2的晶体结构(PDB ID:2SHP)。蛋白质酪氨酸磷酸酶(PTP)结构域以灰色为灰色的SH2域颜色为黄色。(c)灰色和SH2结构域的SHP2(PDB ID:2SHP)的结构(PDB ID:2SHP)在黄色的灰色和SH2结构域中的结构。通过在球体中显示的可离子网络预测管道中通过的残基。带有预测PK A位移(青色)簇的残基,具有可离子相互作用的人(洋红色)跨磷酸酶-SH2域相互作用界面的残基。(d)在47 SHP2结构(平均值±SD)上使用硅离子化网络预测管道鉴定出的青色残基的预测PK A S的表。(e)残基的残基相互作用网络具有预测的PK A Shifts(Cyan)及其可电离相互作用器(Magenta)。边缘的长度反映了库仑相互作用的强度,在PTP-SH2相互作用界面处,较强的库仑相互作用具有更短的边缘长度(F)SHP2结构的变焦。来自A和B的网络残基显示在棒子中。残基有预测的PK a在青色和洋红色中的电离相互作用者的变化。
主要关键词