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肠道微生物和免疫反应对不同类型的饮食纤维的功能分析：迈向个性化饮食干预的一步
和短链脂肪酸的产生。为了测试这一点，采用了纵向跨界研究设计，其中健康的成年女性消耗了三种不同的饮食纤维补充剂：inulin（果酸 - 寡糖），vitafiber（Isomalto-oligosacacachiely）和一周的介入时间为2周的洗手间。每种补充剂每天消耗总共15克可溶性纤维。样品，通过16S rRNA测序和使用核磁共振测量的短链脂肪酸的16S rRNA测序和粪便水平分析肠道菌群的组成。使用光流式细胞仪进行干预后SCFA水平较高的参与者的子集研究了外周血单核细胞中的表型变化。结果表明，整个肠道细菌群落对纤维引起的变化的实质稳定性和韧性。但是，每种补充剂对肠道细菌α和β多样性，SCFA产生和免疫变化都有特定的影响。inulin始终发挥了在个体中最明显的作用，并且某些分类单元被确定为响应二氨蛋白的潜在产生指标。对于其他纤维补充剂没有观察到这种区分特征。需要进一步的大规模研究来确认这些发现。总体而言，我们的研究意味着个性化的饮食纤维干预措施可以量身定制，以促进有益细菌的生长，以最大程度地提高SCFA生产和相关的健康益处。
狗微生物组在健康与疾病中的作用
在土壤中。Marchesi和Ravel（1）在其对微生物基因和蛋白质表达的基因和模式的定义中，在给定的环境中以及其中占据了生物和非生物条件。根据这些作者，微生物生物群包括生活在特定的小众中，例如肠。这两种债务都表明，宏观生态学的一般概念可以轻松用于微生物 - 微生物以及微生物 - 宿主。另一方面，“微生物群”一词首先是由Lederberg和McCraya（2）定义的，以强调居住在健康和疾病中人体的微生物的重要性。摩尔生物是通过摩尔 - 斑点方法鉴定的，主要由16S rRNA基因，18S rRNA基因或其他营销基因和基因组区域的分析，放大和微生物组的测试。微生物组位于身体的严格定义位置，例如在消化道，皮肤，生殖系统，呼吸道，同时以定性和定量术语区分微生物组的微生物组。它们非常适合特定年龄范围内特定物种的个体中的个体（例如新生儿，青少年，成人）。通常，微生物群微生物组执行保护功能，这要归功于一个地方的竞争以及有条件疾病的微生物（3，4）。发现，人类和动物的微生物组也会影响身体的发展和各种功能，将他的研究（5）加强为“新发现的器官”，这对健康有重大影响，通常是决定性因素
vitae
科学利益：了解蛋白质翻译起始因子，核糖体生物发生，ABC转运蛋白和多药耐药的结构功能关系。蛋白质翻译起始：古细菌的翻译起始被认为与真核病相似，而不是细菌。我们试图识别和理解古细菌中推定起始因素的结构功能关系（Gogoi等，2016，Gene； Srivastava等，2016，《理论生物学杂志》； Gogoi和Kanaujia； Gogoi and Kanaujia，2018年，2018年，科学报告和FEBS LETTLES； GOGOI LETTERS; GOGOI等，2019年GEN。 Biotechnology Journal；核糖体生物发生和抗生素耐药性：假设约200个因素与核糖体生物发生有关。其中，rRNA甲基转移酶通过修饰rRNA分子在核糖体生物发生中起关键作用，并且也已知与抗生素耐药性有关。我们的兴趣是了解对它们的结构功能关系和设计抑制剂。ABC进口商：ABC进口商仅在原核生物中鉴定出来，尽管也在少数植物中。因此，细菌ABC进口商被认为是潜在的药物靶标，也被用作药物输送系统，生物传感器和生物标志物。也已知它们参与耐药性。在这种情况下，我们一直在努力阐明少数ABC糖，金属，金属，脂质和抗菌肽等少数ABC的结构（Chandravansi等，2016，Gene; Mandal等，2019，2019，2019，Metalallomics; Metallomics; Metalolomics; Chandravanshi等，2019，Gene; Chandravanshi; Chandravanshi; Chandravanshi等人，2021年，FEBS Journal； 2021年，国际生物大分子杂志；
摘要。 Lingga R，Adibrata S，Roanisca O，Sipriyadi，Wibowo RH，Arsyadi。 2023。乳酸细菌从细长的wa
摘要。Lingga R，Adibrata S，Roanisca O，Sipriyadi，Wibowo RH，Arsyadi。2023。从细长的cat鱼（Clarias nieuhofii）中分离出的乳酸细菌的益生菌潜力。生物多样性24：4572-4580。益生菌是活产生的微生物或生物活性剂，会对动物消化产生积极影响。他们已经成功地与各种来源隔离了。最近，我们从细长的步行鱼（Clarias nieuhofii valenciennes，1840年）中分离出来并表征了乳酸细菌（LAB）。鱼类样品是从印度尼西亚曼卡岛的Batu Rusa和Paya Benua河中获得的。实验室使用浇注板法从鱼肠中分离出来。然后根据其表型性状，生化特性和16S rRNA基因鉴定对孤立的实验室进行表征。测试所选的分离株以确定其产生乳酸，溶血和抗菌活性以及抗生素耐药性的能力。所有分离株具有具有革兰氏阳性特性的杆状和短杆状细胞的特征。分离株KP1显示浓度为1.85％的种群（2.89 x 107 cfu/ml）和乳酸产生的数量。所有分离株均未表现出溶血活性，并且对抗生素表现出敏感性。十二种乳酸菌形成了针对金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的透明区域。从细长的步行鱼中分离出的乳酸细菌表现出潜在的益生菌特征。16S rRNA基因鉴定的结果表明，分别属于kb4，kb7，kb8和kp1分别属于阴道乳酸乳杆菌，发酵乳乳杆菌，发酵乳杆菌和levilactobacillus brevis。
Zymobiomics®微生物社区DNA标准
产品描述Zymobiomics®微生物群落DNA标准是从八个细菌和两种真菌菌株的纯培养物中分离出的基因组DNA的混合物。在混合1之前将来自每个纯培养的基因组DNA分离和定量。含有基因组的GC含量2覆盖范围从15％到85％。微生物标准是准确表征的，并包含可忽略的杂质（<0.01％）。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。该产品是评估与图书馆准备，测序和生物信息学分析相关的偏见和错误的理想选择。它非常用作基准微生物学或元基因组学分析的性能或作为LAB间研究的质量控制工具的微生物标准。此标准也是帮助用户构建和优化工作流程的理想选择，例如评估PCR嵌合体速率（图1），并在16S rRNA基因靶向测序中删除假阳性（图2），并评估shot弹枪元基因组测序的测序覆盖范围中的GC偏置（图3）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株3的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。
口服微生物群的硝酸盐降低能力在牙周炎中受损：对系统性一氧化氮的潜在影响
背景：已经提出口服微生物群将硝酸盐还原为硝酸盐对口腔健康很重要，并导致一氧化氮形成可以改善心脏代谢状况，例如高血压和糖尿病。细菌组成在尺寸斑块中的研究表明，减少硝酸盐的细菌与健康状况有关，但是牙周炎对硝酸盐减少能力的影响，因此尚未评估一氧化氮的可用性。当前研究的目的是查看评估牙周炎和牙周治疗如何影响口服微生物群的硝酸盐降低能力。方法：首先，使用DADA2管道分析了来自不同国家的五项研究的16S rRNA测序数据，以比较减少硝酸盐的健康和牙周炎中的细菌。此外，在非手术牙周治疗（NSPT）之前和之后收集了来自42例牙周炎患者的subgingival斑块，唾液和血浆样本。使用16S rRNA基因的Illumina测序确定了尺寸的斑块细菌组成，并通过qPCR确定了硝酸盐还原生物标志物Rothia的数量。进行了唾液和血浆中硝酸盐和亚硝酸盐的测量，并在体外孵育三个小时后确定唾液硝酸盐还原能力（NRC），并与15个健康个体的NRC进行比较。结果：与健康个体相比，牙周炎患者的尺寸减少硝酸盐细菌均明显低（所有五个数据集中的p <0.05）。NSPT后，降低牙菌斑中硝酸盐还原细菌的增加（p <0.05），并与牙周炎相关细菌呈负相关（P <0.001）。
隔离和分子鉴定蛋白酶产生相关细菌
发酵技术，基因工程和酶应用技术的进步增加了酶的使用。酶。蛋白水解细菌或蛋白酶产生酶的细菌在含有蛋白质的食物或植物中，例如棕色海藻氢氯拉斯sp。这项研究旨在获得与海洋藻类氢化层相关的产生蛋白酶的细菌。从瓦卡托比地区霍加岛附近的水域，并根据其16S rRNA基因序列识别生物体。用营养琼脂（NA）培养基对细菌分离，而在脱脂牛奶琼脂（SMA）培养基上选择蛋白水解细菌。 然后使用27F-1492R引物的PCR（聚合酶链反应）方法鉴定出在SMA培养基上产生蛋白水解区域的细菌分离株，以靶向16S rRNA基因。 基于隔离结果，有3个独特的细菌菌落可以从藻类样品和编码HIHA-1培养到HIHA-3（HIHA代表Hoga Island Hyleolathrus acroalgae）。 SMA培养基上产生蛋白酶的细菌的选择过程导致1个分离蛋白水解细菌，即HIHA-1。 通过PCR在HIHA-1分离株上的分子鉴定导致电泳凝胶大小〜1500bp的单个DNA带。 测序结果显示了DNA序列，大小为1421bp，与aestuarii aestuarii菌株TF-16（同源性水平为99,93％）的大小相似性最高。 获得并确定为Aestuarii菌株HIHA-1。，而在脱脂牛奶琼脂（SMA）培养基上选择蛋白水解细菌。然后使用27F-1492R引物的PCR（聚合酶链反应）方法鉴定出在SMA培养基上产生蛋白水解区域的细菌分离株，以靶向16S rRNA基因。基于隔离结果，有3个独特的细菌菌落可以从藻类样品和编码HIHA-1培养到HIHA-3（HIHA代表Hoga Island Hyleolathrus acroalgae）。SMA培养基上产生蛋白酶的细菌的选择过程导致1个分离蛋白水解细菌，即HIHA-1。通过PCR在HIHA-1分离株上的分子鉴定导致电泳凝胶大小〜1500bp的单个DNA带。 测序结果显示了DNA序列，大小为1421bp，与aestuarii aestuarii菌株TF-16（同源性水平为99,93％）的大小相似性最高。 获得并确定为Aestuarii菌株HIHA-1。通过PCR在HIHA-1分离株上的分子鉴定导致电泳凝胶大小〜1500bp的单个DNA带。测序结果显示了DNA序列，大小为1421bp，与aestuarii aestuarii菌株TF-16（同源性水平为99,93％）的大小相似性最高。并确定为Aestuarii菌株HIHA-1。总而言之，蛋白水解细菌分离株HIHA-1与海洋棕色藻类氢层sp。
从...生物培训和分子鉴定淀粉酶...
摘要该酶在行业中的利用为生产过程带来了许多好处和优势。酶是生物催化剂，有效地催化反应和生化过程中的水解。但是，在行业中应用酶，尤其是有关酶稳定性的挑战。在高温下使用时，涉及工业酶应用的生产过程中遇到的障碍物是酶的低稳定性。热敏酶会受到损害或变性。嗜热微生物之所以选择产生嗜热酶的潜力。与其他酶相比，嗜热酶具有更好的热稳定性，使其成为未来工业生产过程的有效替代品。这项研究旨在将耐热剂细菌与Nglimut温泉沉积物，纤维素酶 - 产生的产生分离株的筛选，并使用16S rRNA条形码鉴定出最佳的分离株。结果表明，在温泉的沉积物中发现了22种细菌分离株。 TS-14是产生淀粉酶的最佳分离株，最高的平均淀粉液指数为2.38，而TS-15的纤维素解释指数最高为2.11。基于16S rRNA的识别，TS-14与阿贝洛杆菌法属芽孢杆菌的同源性身份为79％，而TS-15与叶肉芽芽孢杆菌具有100％同源性。版权所有：©2024，J.热带生物多样性生物技术（CC BY-SA 4.0）这些恢复是筛查细菌潜力的第一步，以生产嗜热酶，这些酶可以应用于未来的工业和生物技术公司的下游过程中。
稳定同位素探测宏基因组学的标准化定量分析策略
抽象稳定的同位素探测（SIP）促进了通过核酸的同位素富集对复杂生态系统中活性微生物种群的培养无关鉴定。许多DNA-SIP研究依赖于16S rRNA基因序列来识别活性分类单群，但是将这些序列与特定细菌基因组联系起来通常具有挑战性。在这里，我们描述了一个标准化的实验室和分析框架，用于使用shot弹枪元基因组学而不是16S rRNA基因测序以人均基因量化同位素富集。为了开发此框架，我们使用设计的微生物组探索了各种样本处理和分析方法，其中标记的基因组的身份及其同位素富集的水平得到了实验控制。使用此基础真理数据集，我们经验评估了不同分析模型的准确性，以识别活性分类单元，并检查了测序深度如何影响同位素标记的基因组的检测。我们还证明，使用合成DNA内部标准来测量SIP密度分数中的绝对基因组丰度可改善同位素富集的估计值。此外，我们的研究说明了内部标准的效用，以揭示样品处理中的异常情况，如果未被发现，可能会对SIP元基因组分析产生负面影响。最后，我们提出了SIPMG，这是一个R软件包，可促进绝对丰度的估计并执行统计分析，以识别SIP元基因组数据中标记的基因组。这个经过实验验证的分析框架增强了DNA-SIP宏基因组学的基础，作为准确测量环境微生物种群的原位活性并评估其基因组潜力的工具。
摘要。 Sabaria E，Yasmin Y，Ismail YS，Bessania MA，Putri I，Fitri L. 2024。
摘要。Sabaria E，Yasmin Y，Ismail YS，Bessania MA，Putri I，FitriL.2024。从IE Seum温泉，Aceh Besar，印度尼西亚作为蛋白酶酶的生产者的嗜热细菌表征。生物多样性25：1867-1874。嗜热细菌是微生物，可以在超过75°C的高温环境中生存。IE Seum Hot Springs在Aceh Besar，印度尼西亚是这些嗜热细菌居住的地方。在这种极端条件下，蛋白质和酶通常是变性的，由于它们适应和产生蛋白酶等酶的能力而引起了这些感兴趣的细菌。蛋白酶称为蛋白水解酶，可以在经济和医疗领域应用。这项研究旨在通过分析16S rRNA基因并使用生化测试来表征它们，旨在隔离和鉴定在IE Seum温泉中具有最高蛋白酶产生潜力的嗜热细菌。基于结果，获得了七个嗜热细菌分离株，即BT1，BT2，BT3，BT4，BT4，BT5，BT6和BT7，每种都显示出不同的菌落特征。生化测试还揭示了每个分离物的代谢活性。在这些分离株中，BT4表现出最高的蛋白水解指数（4.65）。此外，16S rRNA基因序列分析表明，BT4菌株属于芽孢杆菌属，与芽孢杆菌，B。licheniformis和B. sonorensis具有很高的相似性。这些发现表明，BT4作为嗜热蛋白酶酶的来源具有显着的潜力。