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通过无标记富集和重组基因工程位点 (MERGE) 实现快速、可扩展的组合基因组工程
‡ 通信地址：aashiq.kachroo@concordia.ca 关键词：基因组工程、CRISPR-Cas9、人源化酵母、蛋白酶体 缩写：CFU、菌落形成单位；DSB、双链断裂；HDR、同源定向 DNA 修复；HR、同源重组；CELECT、基于 CRISPR-Cas9 的选择以丰富基因型；MERGE、无标记富集和重组基因工程位点；SGA、合成遗传阵列
有证据表明牛结节性皮肤病病毒疫苗株与野生株发生重组，从而导致疾病
接种牛结节性皮肤病 (LSD) 疫苗对于维持动物健康和养殖的经济可持续性至关重要。由减毒活 LSD 病毒 (LSDV) 组成的同源疫苗或由减毒活羊痘或山羊痘病毒 (SPPV/GPPV) 组成的异源疫苗均可用于控制 LSDV。尽管基于 SPPV/GTPV 的疫苗的效力略低于减毒活 LSDV 疫苗，但它们不会引起疫苗诱导的病毒血症、发烧和接种后的临床疾病症状，这些症状是由减毒活 LSDV 的复制能力引起的。长期以来，人们一直认为野外羊痘病毒会重组，直到在俄罗斯发现了一种天然存在的重组 LSDV 疫苗分离株，而俄罗斯只使用羊痘疫苗。这是在 2017 年邻国启动使用 LSDV 疫苗的疫苗接种运动之后发生的，当时记录了首例疑似疫苗样分离株传播病例，同时在现场检测到了重组疫苗分离株。本文介绍的后续结果显示，在 2015 年至 2018 年期间，俄罗斯 LSDV 的分子流行病学分为两个独立的浪潮。2015-2016 年的疫情可归因于现场分离株。而 2017 年的疫情，尤其是 2018 年的疫情代表了新的疾病输入，与 2015-2016 年的现场入侵没有遗传学关联。这表明是新出现的，而不是现场疫情的延续。由于重组疫苗类 LSDV 分离株似乎已跨越国界，使用某些活疫苗的政策需要根据其所带来的生物安全威胁进行修改。
分裂标记介导的基因组编辑提高了 CTG 分支酵母中间假丝酵母中的同源重组频率
基因组编辑工具箱对于探索和利用非常规酵母物种作为细胞工厂至关重要，因为它们促进了基因组研究和代谢工程。非常规酵母中间假丝酵母 (Candida intermedia) 是一种在生物技术上很有趣的物种，因为它能够将多种碳源（包括林业和奶制品行业废弃物和侧流中的木糖和乳糖）转化为增值产品。然而，由于缺乏针对该物种的分子工具，迄今为止，进行基因操作的可能性有限。我们在此描述了一种针对中间假丝酵母 (C. intermedia) 的基因组编辑方法的开发，该方法基于电穿孔和基因删除盒，其中包含白色假丝酵母 NAT1 显性选择标记，两侧是与目标基因座同源的 1000 个碱基对序列。针对 ADE2 基因的线性删除盒最初导致的靶向效率 < 1%，这表明中间假丝酵母 (C. intermedia) 主要使用非同源末端连接来整合外来 DNA 片段。通过开发一种基于分裂标记的 C. intermedia 缺失技术，我们成功提高了同源重组率，实现了高达 70% 的靶向效率。对于无标记缺失，我们还将分裂标记盒与重组酶系统结合使用，从而能够通过标记回收构建双缺失突变体。总体而言，分裂标记技术被证明是一种快速可靠的 C. intermedia 基因缺失方法，这为揭示和增强其细胞工厂潜力提供了可能性。
全面的基因组分析（CGP）套件的演变，以简化工作流并检测同源重组缺陷
•提取优化：用1或3小时的孵育提取16个FFPE样品。使用随附的QPCR评估提取的DNA的浓度和质量。•连接研究：测试了缩短的程序，并针对原始条件分析了关键的测序指标，以减少图书馆的准备工作。•较高的吞吐量研究：合并，测序并与8个样本进行了汇总，测序。•变体灵敏度：用Avenio CGP KIT V2对317 FFPE DNA样品进行测序。变体检测与参考方法F1CDX进行了比较。样品包括由QPCR评估的多种DNA质量。测序是在每个样品读取> 60m的Illumina NextSeq序列上进行的。使用FoundationOneⓡ分析平台进行数据分析。结果
信息技术重组创新：人工智能渐进式 Web 应用如何促进可持续发展
摘要：人工智能 (AI) 和渐进式 Web 应用程序 (PWA) 代表了当今现代信息系统发展的两大趋势。AI 旨在实现智能行为的自动化，而 PWA 旨在提供快速、可靠且引人入胜的应用程序。这两项关键技术对组织和可持续发展的影响已经被探索过。然而，还没有研究将这些技术以重组创新的方式融合在一起，以展示它们的共同潜力。通过进行系统的文献综述，本文揭示了“人工智能渐进式 Web 应用程序”(AI-PWAs) 对可持续性的积极影响。结果表明，AI-PWAs 可以实现经济、环境和社会效益，从而支持实现联合国的可持续发展目标。
方案优化 CRISPR-Cas9/gRNA 核糖核蛋白复合物的电穿孔，用于人类多能干细胞中的无选择同源重组
d. 将培养板放入 37 C 培养箱中并孵育 10 分钟。每 3-4 分钟轻轻摇晃培养板一次有助于完全分离细胞。 e. 加入 1 mL 含有 10 m M Y-27632 的 StemFit 培养基，并轻轻吹打细胞直至 iPSC 完全分离。 f. 计数细胞，并将 1.0 3 10 4 –1.5 3 10 4 个细胞接种到 iMatrix 涂层的 6 孔板中，该板含有 2 mL 含有 10 m M Y-27632 的 StemFit 培养基，如步骤 cg 中所述，将细胞在 37 C 的 CO 2 培养箱中孵育过夜。 h. 第二天，用 2 mL StemFit 培养基更换培养基。如果有很多死细胞漂浮，继续向培养基中添加 Y-27632，最终浓度为 10 m M。 i.培养期间每 2 天更换一次培养基。j. iPSC 在第 6-8 天将达到半汇合状态。切勿让它们过度汇合。“半汇合”是指 iPSC 菌落直径小于 2 毫米，并且 iPSC 菌落之间仍有一些间隙。生长速度取决于 iPSC 系，因此应通过实验确定半汇合时间。
转化相关的重组（TAR）克隆及其在基因功能上的应用；基因组结构和进化；生物技术和生物医学
转化相关的重组（TAR）克隆代表了一种独特的工具，可以选择性，高效地从复杂的基因组（例如动物和植物）和简单基因组（例如细菌和病毒）中恢复给定数百KB的给定染色体片段。该技术利用了酵母菌酿酒酵母中高水平的同源重组。在这篇综述中，我们总结了先前针对复杂基因组开发的开拓性焦油克隆技术的多个应用，用于功能，进化和结构研究，并扩展了经过修改的焦油版本以分离生物合成基因簇（BGC），从微生物中分离出生物合成的属性，这些属性是新型的构造和工业构造的综合构造，并为工具制造了工具以及工具工程，并构成了工程工程的工程，以实现工程的工程，以实现工程的工程，以实现工程的工程构造，以实现工程构造的工具。疫苗。焦油克隆被改编为用于基础研究的合成微生物基因组组装的可靠方法。在这篇综述中，我们还讨论了焦油克隆与HAC（人造染色体）的结合如何以及基于CRISPR的技术可能有助于未来。
使用工程化的 CD4+ 细胞归巢 mRNA-LNP 实现高效的 CD4+ T 细胞靶向和基因重组
核苷修饰的信使 RNA (mRNA)-脂质纳米颗粒 (LNP) 是首批两种 EUA（紧急使用授权）COVID-19 疫苗的基础。核苷修饰的 mRNA 作为药理学药剂的使用为治疗、预防和诊断分子干预开辟了巨大的机会。特别是，基于 mRNA 的药物可以特异性地调节免疫细胞，例如 T 淋巴细胞，用于肿瘤、传染病和其他疾病的免疫治疗。然而，关键的挑战是 T 细胞对外源 mRNA 的转染具有众所周知的抵抗力。在这里，我们报告将 CD4 抗体结合到 LNP 上可以实现对 CD4+ 细胞（包括 T 细胞）的特定靶向和 mRNA 干预。全身注射给小鼠后，CD4 靶向放射性标记的 mRNA-LNPs 在脾脏中积聚，与非靶向 mRNA-LNPs 相比，从脾脏分离的 T 细胞中的报告 mRNA 信号高 30 倍。静脉注射载有 Cre 重组酶编码 mRNA 的 CD4 靶向 LNPs 可产生特定的剂量依赖性 loxP 介导的基因重组，导致脾脏和淋巴结中分别约 60% 和 40% 的 CD4+ T 细胞表达报告基因。T 细胞表型显示 T 细胞亚群的转染均匀，在幼稚细胞、中枢记忆细胞和效应细胞中 CD4 靶向 mRNA-LNPs 的摄取没有差异。本研究建立的特异性和高效 mRNA 靶向和转染 T 细胞的方法为毁灭性疾病的免疫治疗和 HIV 治愈提供了平台技术。
Elabela/apela/幼儿肽
乳腺癌易感性基因1（BRCA1）和乳腺癌易感性基因2（BRCA2）有害变体是第一个，如今，Poly（ADP）核糖聚合酶（PARP） - 抑制剂（PARPIS）的主要生物标志物。最近，增加了用于咨询和多基因面板测试的个体数量，而批准的PARPI的显着扩展，不仅限于BRCA1/BRCA2促成变体（PVS），因此对非BRCA生物标志物产生了强大的临床需求。存在当前测试和测定的重大局限性。确定同源重组缺乏症（HRD）的不同方法，例如种系和体细胞同源重组修复（HRR）基因PVS，测试显示出其后果，例如基因组疤痕，例如新颖的功能分析，例如在RAD51焦点测试中，不应将其视为替代性，并且在范围内被视为替代方法。非BRCA，HRD相关的肿瘤中的PARPI。今天，对HRR参与的所有蛋白质（不限于BRCA）之间的重要关系的更深层次的了解扩大了成功的非BRCA，HRD-PARPI合成致死性的可能性，同时，还需要增强对HRD生物标志物的定义，以预测PARPI受益的幅度。
靶向卵巢癌的同源重组缺乏症：parp抑制剂：影响整体生存的合成致命策略
简单的摘要：癌症治疗的合成致死性方法涉及将事件结合起来引起癌细胞死亡。使用这种策略，在治疗同源重组修复（HRR）途径缺陷的卵巢癌的女性方面已经取得了重大进展。由于HRR途径有缺陷，由于基因（例如BRCA1或BRCA2）的突变或表观遗传变化，细胞无法再精确地修复双链断裂（DSB）。利用这种弱点，对修复单链断裂（SSB）的聚（ADP-核糖）聚合酶（PARP）的药理抑制作用会导致HRR有缺陷的细胞中的合成致死性。PARP抑制剂（PARPIS），包括Olaparib，Niraparib和Rucaparib，被批准用于卵巢癌女性的临床管理。理解和克服对PARPIS的抵抗力的问题，扩展了这些策略，以使更多的患者受益，并将PARPI与其他药物（包括免疫疗法）相结合，在当今的领域中是很高的优先事项。