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使用 cas 定向 LINE-1 逆转录酶进行大型遗传有效载荷的定向插入
一个困难的基因组编辑目标是大型遗传构建体的位点特异性插入。我们在此描述了 GENEWRITE 系统，其中 Cas 内切酶的位点特异性靶向活性与人类逆转录转座子 LINE-1 的 ORF2p 蛋白的逆转录酶活性相结合。这是通过提供两种 RNA 来实现的：一种靶向 Cas 内切酶活性的向导 RNA 和一种编码所需插入的适当设计的有效载荷 RNA。我们使用大肠杆菌作为开发和部署的简单平台，表明通过适当的有效载荷设计和辅助蛋白的共表达，GENEWRITE 可以使用所述方法将大型遗传有效载荷插入精确位置，尽管存在脱靶效应。基于这些结果，我们描述了在更复杂的系统中实施 GENEWRITE 的潜在策略。
从 Lustre 到 Simulink：用于验证嵌入式系统应用程序的反向编译。
在构建嵌入式系统（更具体地说是控制器）时，基于模型的设计如今已不可避免。在可用的模型语言中，同步数据流范式（如 MATLAB Simulink 或 ANSYS SCADE 等语言中实现的）已成为关键嵌入式系统行业的主流。这两个框架都用于设计控制器本身，但也提供代码生成方法，从而能够更快地部署到目标，并在设计过程的早期阶段（模型级别）更轻松地执行 V&V 活动。同步模型还通过使用同步观察器简化了正式规范的定义，使用工程师掌握的同一种语言将需求附加到模型上，并使用模拟方法或代码生成工具。然而，很少有研究涉及从较低级别的模型或代码自动合成 MATLAB Simulink 注释。本文介绍了从 Lustre 模型到真正的 MATLAB Simulink 的编译过程，无需依赖外部 C 函数或 MATLAB 函数。此转换基于 Lustre 到命令式代码的模块化编译，并在生成的 Simulink 模型中保留输入 Lustre 模型的层次结构。我们实施了该方法并使用它来验证编译工具链，将 Simulink 映射到 Lustre，然后映射到 C，这要归功于等效性测试和检查。从 Lustre 到 Simulink 的反向编译还提供了自动生成 S
从预测模型到机器学习和胶体自组装的逆向工程
石器时代、青铜器时代和铁器时代是人类开始掌握这些自然界材料的历史时期。但是，如果我们只需按照需要排列原子，就能制造出具有特定特性的新材料，那会怎样呢？早在 1960 年，理查德·费曼就挑战我们“自下而上”思考，通过引导和操纵单个原子的排列来创造新材料 1。他邀请我们进入一个全新的物理学领域，在那里我们可以前所未有地控制新材料的性质和功能。虽然这在当时只是一个遥不可及的梦想，但现代实验合成技术的进步和纳米技术的革命已经让我们非常接近实现这个梦想。实现这一目标的一个有希望的方法是分层自组装，单个粒子自发组织成有序结构，也是自然界形成复杂生物功能结构的最重要策略。在这个过程中，材料的制备过程是先将原子组装成分子，再将分子组合成更大的单元，尺寸从几纳米到几微米不等，最后让这些悬浮在液体中的胶体结构块自组织成三维有序结构。这些自组装材料具有数十至数百纳米尺度的明确结构和极大的表面积体积比——这些特性使它们不仅非常适合光电、等离子体和光子应用，还非常适合催化和储能。这一策略的成功实施取决于合成和制造新型纳米颗粒和胶体颗粒的能力。尽管最近的进展已经产生了各种各样的新结构单元，这些单元的相互作用潜力可以从硬的到软的排斥的、吸引的、偶极的、形状各向异性的、不均匀的甚至自推进的，但尽管人们为开发新的合成路线付出了巨大的努力，但与化学家的分子“工具包”相媲美的无数可能的胶体结构单元中只有一小部分被制造出来。 提供更多关于胶体相互作用细节的评论包括参考文献 2 – 7 。 为了加速材料科学的进步，最好用理论预测来指导实验工作，以便
基因组编辑以建模并逆转与骨髓增生性肿瘤相关的普遍突变
脊髓增生性肿瘤（MPN）导致血液细胞（例如红细胞）（多余细胞增多症）或血小板（必需血小板病）过度生产。JAK2 V617F是许多MPN中最普遍的体细胞突变，但是在小鼠中，该突变的先前建模依赖于转基因过表达，并导致在某些情况下归因于表达水平的多种表型。CRISPR-CAS9工程提供了新的可能性，可通过精确修饰原代细胞中的内源性基因座进行建模并可能治愈遗传编码的疾病。在这里，我们开发了基于“无疤”的基于CAS9的试剂，以创建和逆转永生的人类红细胞肉体祖细胞系（HUDEP-2），CD34+成人人类造血干和祖细胞（HSPCS），以及免疫型长期型型血压素（Ltt-Hematopic-scs）。我们发现与内源性JAK2 V617F等位基因相关的增殖中没有明显的体外增加，但是与野生型细胞共同构建可以揭示突变提供的竞争性生长优势。的v617f等位基因的获取也促进了促红细胞骨的终末分化，即使在没有造血细胞因子信号传导的情况下。在一起，这些数据与MPN的逐渐进行性表现一致，并揭示了内源性获得的JAK2 V617F突变可能会产生更细微的表型，因为与转基因过表达模型相符。
禁食通过p53依赖性代谢协同作用逆转肝细胞癌中的抗药性
许多晚期实体瘤病例仅显示出对靶向治疗的暂时反应[1]，这是由于对最初有效的护理标准药物的抗性发展。随后的残留疾病[2]构成了无进展患者生存的严重障碍。癌细胞的适应性性质[3]和代谢柔韧性[4,5]是对靶向癌症治疗的耐药性的关键机制。组合疗法代表了有前途的策略，因为它们针对多种途径，为癌细胞的摆动空间较小，无法在替代增强增强的分子路线上繁衍生息。饮食干预措施，特别是养分限制方案，例如禁食或生酮饮食，具有支持常规癌症疗法的巨大潜力[6-9]。在癌症治疗中禁食的基本原理基于癌细胞的特定和一般特征：它们不服从抗增长信号[10]，并具有明显的合成代谢食欲[11,12]。因此，癌细胞无法正确适应禁食条件[13]。通过表现出降低的肿瘤发生，减轻治疗耐药性或减少不同的禁食方案与患者的标准药物相结合时，许多临床前研究支持了这种推理[13-18]。正在进行几项临床试验（在[19]中进行了综述），并将很快提供有关动物模型数据的适用性和转换性的数据。必须注意，对禁食的反应是针对癌症类型及其突变景观的[8]。因此，重点研究需要验证禁食/药物组合，包括癌症类型和患者以及肿瘤内异质性，以实现最近建议的分层方法[6]。肝细胞癌（HCC）是肝癌的主要形式[20]，是全球最致命的癌症之一，发病率上升[21]。这是由于缺乏对经典化学治疗药的反应（例如阿霉素，顺铂）和靶向药物在早期疾病中[22,23]。对于晚期HCC，索拉非尼长期以来一直是一线治疗的中流[24]，并且在其他治疗线中Atezolizumab/bevacizumab之后其他更昂贵的药物或进展后仍经常使用[25,26]。索拉非尼已被证明充当内皮细胞区室上多个激酶抑制剂（通过例如VEGF抑制）和肝细胞（主要作为RAF抑制剂）[27]。在具有里程碑意义的安慰剂对照临床试验中，索拉非尼可将总体生存提高三个月，而没有完全缓解的情况[28]。这种适度的疗法成功在很大程度上归因于索拉非尼抵抗的发展[29,30]。虽然已经提出了几种抗药性机制，但许多报道在索拉非尼治疗后PI3K/AKT/MTOR和MAPK信号的过度激活汇聚（在[31]中进行了综述）。因此，需要采用新型治疗方法和组合疗法，以改善HCC患者当前的临床状况。我们将敏化的机理定位为索拉非尼的协同作用，作为在这里，我们显示了体内和体外证据表明，营养限制可以使索拉非尼抗性HCC模型敏感并提高索拉非尼反应性模型的疗效。
靶向 Nrf2 或可逆转卵巢癌的耐药性
摘要背景：获得性耐药已成为卵巢癌治疗的重要问题。研究表明，卵巢癌普遍出现的化疗耐药（顺铂、紫杉醇等）部分原因是卵巢癌细胞线粒体活性氧生成减少。正文：核红细胞相关因子2（Nrf2）主要通过Keap1-Nrf2-ARE信号通路调控基因转录，通过对抗氧化应激、防御有害物质的侵害来保护细胞，这种保护作用体现在促进肿瘤细胞生长和对化疗药物的抵抗上。因此，抑制Nrf2通路可能逆转耐药性。本文在前期研究确定的Nrf2相关信号通路的基础上，综述了Nrf2在耐药中的作用。结论：进一步研究Nrf2的相关机制，有助于改善卵巢癌的治疗效果。关键词：Nrf2、耐药性、反应性氧化应激、卵巢癌
合成的高密度脂蛋白传递肝脏X受体激动剂通过增强反向胆固醇转运来预防动脉粥样硬化
肝脏X核受体（LXR）激动剂是有希望的抗动脉粥样硬化剂，可增加胆固醇转运蛋白在巨噬细胞触及型巨噬细胞上的表达，从而导致胆固醇增加到内源性高密度脂蛋白（HDL）受体。HDL随后通过反向胆固醇转运的过程将废水胆固醇传递给肝脏，从而减少了动脉粥样硬化斑块。然而，由于脂肪酸和固醇合成增加，LXR激动剂降解触发不良的肝脏脂肪变性和高甘油三酯血症。LXR诱导的肝毒性，药物溶解度差和目标患者种群中的内源性HDL受体的低水平限制了LXR激动剂的临床翻译。在这里，我们提出了一种通过封装在Syn thetic HDL（SHDL）纳米颗粒中的LXR激动剂T0901317（T1317）的双重抗动脉生成策略。SHDL在临床上被证明是胆固醇受体，导致动脉粥样硬化患者的斑块减少。此外，SHDL的疏水核心和内源性动脉粥样硬化靶向能力允许封装水不溶药及其随后递送到动脉粥样硬化。测试了SHDL的几种组成，以优化T1317的封装效率和T1317-SHDL对外排胆固醇的能力。优化的T1317-SHDL表现出来自巨噬细胞的更有效的胆固醇外排，相对于自由药物而言，促动障碍剂的靶向增强。T1317-SHDL药理功效的剂量低于先前对LXR剂的剂量，该剂量可能具有额外的安全益处。最重要的是，在载脂蛋白E缺乏症（APOE - / - ）动脉粥样硬化进展鼠模型中，T1317-SHDL与免费药物和空白SHDL相比，T1317-SHDL对动脉粥样硬化的抑制作用较高，高糖性血症副作用降低。此外，本研究中使用的空白SHDL纳米颗粒的既定临床制造，安全性和功效可以促进LXR负载的SHDL的未来临床翻译。
GLP-1 受体激动剂可以逆转免疫抑制
摘要 众所周知，实体器官移植后免疫抑制 (IS) 治疗中常用的一些药物会导致 β 细胞功能障碍，并导致移植接受者患上糖尿病。移植后糖尿病 (PTDM) 的一些相关风险包括心血管疾病 (CVD)、移植物衰竭和死亡率。自从认识到这一重要性以来，许多研究正在进行中，以改进 IS 治疗方案，以减少或停止使用皮质类固醇和钙调磷酸酶抑制剂 (CNI)。治疗 PTDM 的免疫抑制治疗方案的一个有希望的补充是胰高血糖素样肽-1 受体 (GLP-1R) 激动剂或肠促胰岛素类似物，通常用于治疗 2 型糖尿病 (T2D)。研究表明，在实体器官移植后，在免疫抑制方案中添加 GLP-1R 激动剂不仅有利于胰岛β细胞的健康，而且通过抑制 CD4+ T 淋巴细胞细胞因子表达的激活，对代谢紊乱中的免疫功能产生积极影响。其他好处包括减少心脏移植血管病变、改善肝脏脂肪变性、保留肾功能、提高移植物存活率以及改善实体器官移植接受者的全因死亡率。
甲状腺癌中的端粒酶逆转录酶启动子突变：精确肿瘤学的含义 - 叙事评论
v600e），或RAS突变或RET -PTC融合，而大多数FTC具有PAX8 -PPARγ融合或RAS突变，但很少表现出改变的BRAF。同时，BRAF和RAS突变都经常出现在PDTC和ATC中，并且抑制肿瘤抑制剂TP53的失活很常见，尤其是在ATC中（7,9,10）。此外，在大约三分之一和十分之一的ATC中看到了其他肿瘤抑制剂（包括CDKN2A-RB1和PTEN）的畸变（7,9）。与分化的FTC或PTC相比，肿瘤抑制器的失活显然是未分化的PDTC和ATC的定义特征。总体而言，上面的基因组和表观遗传改变以及对患者特定临床特征的认识的越来越多，使TC护理中的精确药物成为疾病诊断，风险分层，预后和治疗决策或靶向治疗药物的实现范式。