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双重靶向CRISPR-CASRX在体外和体内降低了C9orf72 ALS/FTD感官和反义重复RNA
额颞痴呆（FTD）和肌萎缩性侧索硬化症（ALS）的最常见遗传原因是G 4 C 2重复扩展在C9orf72基因的内含子中。这种重复的扩展经历了双向转录，产生了感觉和反义重复的RNA物种。在所有阅读帧中，有义务和反义的重复RNA都经历重复相关的非AUG翻译，以生成五种不同的二肽重复蛋白（DPRS）。重要的是，毒性与感官和反义重复衍生的RNA和DPR既相关。这表明针对感官和反义重复RNA可能会提供最有效的治疗策略。涉及RNA的CRISPR-CAS13系统为同时定位多个RNA转录本的途径提供了有希望的途径，因为它们成熟了自己的引导阵列，因此可以从单个构造中靶向一个以上的RNA物种。我们表明，源自Ruminococcus flavefaciens（CASRX）的CRISPR-CAS13D可以成功地将C9orf72 sense和反义重复记录和DPR降低到过度表达C9orf72重复的HEK细胞中的背景水平。CRISPR-CASRX还显着降低了三种独立的C9ORF72患者衍生的IPSC-神经元系中的内源性和反义重复RNA和DPR，而没有可检测到的脱靶效应。为了确定CRISPR-CASRX在体内是否有效，我们使用AAV递送处理了两种不同的C9orf72重复小鼠模型，并观察到在有意义和反义重复的转录本上都显着降低。这项工作共同介绍了将RNA靶向CRISPR系统作为C9ORF72 ALS/FTD的治疗方法的潜力。
禁食葡萄糖受损的粪便代谢物
前糖尿病是一种与肠道mi-Crobiome组成相关的代谢疾病，尽管机制仍然存在。我们搜索了142名IFG和1,105名来自英国成人双胞胎登记室（Twinsuk）的1,105名健康的知识分（Twinsuk）中的142名IFG和1,105名健康的Indi-Viduals（Twinsuk）中的142名IFG和1,105名健康的知识分，搜索了肠道微生物组功能的读数，与肠道微生物组功能的读数（IFG）有关。，我们使用了奥格斯堡（KORA）队列（318个IFG个人，689个健康个体）的合作健康研究来复制我们的发现。我们将八个IFG-正相关的代谢产物（1-甲基氧烷，烟酸，葡萄糖醛酸，尿苷，胆固醇，胆固醇，丝氨酸，咖啡因和原生化IX）组合为IFG-亚代谢特评分，与较高的赔率（或3. ORS）相关的IFG（ORS）（IFG）（IFG）（IFG）（IFG）（IFG）（IFG）（IFG（IFG））（ifg（OR）（IFG））（ifg（OR））（ifg（OR）） 3.02 - 5.02]，p <0.0001，kora：OR 1.3 [95％CI 1.16 - 1.52]，p <0.0001）和入射2型糖尿病（T2D; Twinsuk：危险比4 [95％CI 1.97 - 8]，p = 0.0002）。尽管这些是宿主产生的含有的tabolites，但我们发现肠道微生物组与它们的粪便水平有很强的相关性（曲线下的面积> 70％）。大量的粪便脂核酸，dorea fomicigenerans，ruminococcus torques和dorea sp。af24-7lb与IFG呈正相关，这种关联是由1-甲基黄嘌呤和烟酸酯部分介导的（方差为平均14.4％[SD 5.1]，p <0.05）。我们的结果表明，肠道微生物组不仅通过产生微生物代谢物，而且还通过影响肠道吸收/排泄宿主产生的代谢物和
消化系统疾病的诊断和治疗
摘要：消化疾病是受遗传易感性，微生物感染，饮食，压力和药物副作用影响的多因素疾病。研究的最新进展突出了肠道菌群在这些疾病的发展和管理中的重要作用。本文对肠道微生态和消化系统疾病（例如炎症性肠病和肠易激综合征）之间的相互作用进行了深入的分析，强调了肠道菌群平衡在维持消化健康方面的重要性。它还检查了各种诊断和治疗方法，包括使用益生菌，粪便菌群移植（FMT）和免疫靶向疗法。通过讨论营养，压力管理和药物副作用的作用，进一步探讨了疾病预防和治疗的复杂性。通过评估当前的方法论和新兴技术，这项工作旨在提供对消化疾病的全面理解，并为诊断精度和个性化医学的潜在未来发展提供见解。关键字：诊断，治疗，消化系统疾病，医学1。引入肠道菌群与消化系统疾病之间的关系非常复杂且紧密。健康人体的肠道微生态系统处于动态平衡状态，肠道菌群在其中起着至关重要的作用。人类肠道菌群主要由五个主要群体组成，即企业，杆菌，肌动杆菌，蛋白质细菌和verrucomicrobia。肠道菌群的多样性和丰富性不仅直接影响消化系统的功能，而且还参与了宿主的代谢调节，免疫反应和维持肠道屏障功能的功能。每个菌群在肠中具有不同的生理功能。例如，富富（Ruminocococcus）和牢固的梭状芽胞杆菌主要参与碳水化合物的代谢和发酵，而细菌植物则更多地参与蛋白质和脂肪代谢。
肠道微生物营养不良差异在两个不同的缓存肿瘤模型中不同的饮食
摘要：癌症恶病质对结肠微生物群的影响的特征很差。这项研究评估了如果发现类似的营养不良，则评估了两种缓存产生的肿瘤类型对肠道菌群的影响，以确定肠道菌群的影响。此外，还确定了含有富含免疫营养素的食物（核桃）的饮食是否已知可以促进结肠中益生菌的生长，这会改变营养不良和缓慢的卡希克西亚。男性Fisher 344只大鼠被随机分配给有或没有核桃的半纯化饮食。然后，在每个饮食组中，将大鼠随机分配到一个治疗组：肿瘤的特征喂养（TB），非肿瘤含量的Adibitum Fed（NTB-AL）和非肿瘤组对TB（NTB-PF）（NTB-PF）。TB组植入了病房结肠癌或MCA诱导的肉瘤，都是可移植的肿瘤系。粪便样品，并使用16S rRNA基因分析鉴定了细菌。两个结核病组都患有恶病质，但肠道微生物组的变化也有所不同。β多样性不受治疗（NTB-AL，TB和NTB-PF）的影响，无论肿瘤类型如何，但受饮食影响。此外，饮食始终改变了几种细菌类群的相对丰度，而治疗和肿瘤类型没有。对照饮食增加了曲霉曲霉的丰度，而核桃饮食则增加了Ruminococcus属。没有发现病虫的常见粪便细菌变化特征。饮食始终改变了肠道菌群，但是这些变化不足以减慢恶病质的进展，这表明癌症恶病质比几个肠道菌群变化更为复杂。
粪便代谢组及其在炎症性肠病中的决定因素
抽象客观炎症性肠病（IBD）是一种多因素免疫介导的肠道疾病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。通过表征粪便中的代谢产物，结合粪便宏基因组学，宿主遗传学和临床特征，我们旨在揭示IBD代谢改变。设计，我们在424例IBD患者和255个非IBD对照组的凳子样品中测量了1684种不同的粪便代谢产物和8个短链和分支链脂肪酸。回归分析用于比较病例和对照之间的代谢物浓度，并确定代谢物与每个参与者的生活方式，临床特征和肠道菌群组成之间的关系。此外，在粪便代谢物水平上进行了全基因组关联分析。结果，我们确定了300多个分子，这些分子在IBD患者的粪便中差异很大。鞘脂和L-尿蛋白之间的比率可以区分IBD和非IBD样品（AUC = 0.85）。我们发现胆汁酸微生物群落患者的胆汁酸池的变化以及粪便代谢组和肠道微生物群之间的牢固关联。例如，大量的Ruminococcus gnavus与色胺水平呈正相关。此外，我们发现了代谢物与饮食模式之间的158个关联，以及Nat2附近的多态性与咖啡代谢密切相关。考虑了微生物组对粪便代谢产物的影响，我们的结果为针对肠道炎症的将来的干预措施铺平了道路。在这项大规模分析中的结论中，我们确定了IBD患者代谢组的改变，这些变化与常见的混杂因素，例如饮食和外科史。
持续的术后疼痛中的肠道菌群...
持续性手术后疼痛（PPSP）被定义为疼痛，在手术手术中以显着形式进行至少三个月的手术手术后继续进行（与既往疼痛状况无关）。ppsp是一个常见的，不认可和重要的临床问题，影响了全球数百万患者。当前可用的预防措施包括选择微创手术技术和侵略性的多模式围手术型镇痛治疗方案。最近，肠道微生物群在疼痛调节中的作用变得越来越明显。本研究旨在研究肠道菌群与PPSP之间的任何关系。进行了一项对68名接受治疗乳腺癌手术的女性成年患者的前瞻性观察研究。粪便样品，以分析肠道菌群的组成。还采取了疼痛和状态性状焦虑的测量，以研究肠道菌群和PPSP之间任何关系的进一步维度。在术后12周时，有21例患者（51.2％）没有疼痛，有20例患者（48.8％）报告了当时持续存在的疼痛。对肠道菌群的分析显示，在术后60分钟和术后12周的术后60分钟的患者中，α多样性（使用三个措施）明显降低。我们首次报告肠道菌群组成与PPSP的存在或不存在之间的特定关联。A cluster of taxa represented by Bifidobacterium longum , and Faecalibacterium prausnitzii was closely associated with those individuals reporting no pain at 12 weeks postoperatively, while Megamonas hypermegale , Bacteroides pectinophilus , Ruminococcus bromii , and Roseburia hominis clustered relatively closely in the group of patients fulfilling the criteria for持续的术后疼痛。这可能会提供对肠道菌群在PPSP发展中作用的机制的进一步见解，并可以为未来的治疗策略提供信息。
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染与转录活性微生物群落的差异有关
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）每年在美国约30万住院，相关的货币成本为数十亿美元。肠道微生物组营养不良对CDI很重要。据我们所知，元文字组合（MT）仅用于表征肠道微生物组组成和功能，在一项涉及CDI患者的先前研究中。因此，我们利用MT研究了CDI+（n = 20）和CDI-（n = 19）样品在微生物类群和表达基因方面的活性群落多样性和组成的差异。根据CDI状态，未检测到有关丰富性或偶数的显着（Kruskal-Wallis，p> 0.05）的显着差异。但是，基于CDI状态的聚类对于活性微生物分类群和表达的基因数据集都很重要（Permanova，P≤0.05）。此外，与CDI-样品相比，CDI+中的差异特征分析表明，机会性病原体的肠球菌病原体和Ruminococcus gnavus的表达更大。仅考虑真菌序列时，糖霉菌科在CDI-中表达了更多的基因，而其他31种真菌分类群则被确定为显着（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）与CDI+相关。我们还检测到基于CDI状态的各种基因和途径（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）显着差异。值得注意的是，与生物膜形成相关的差异基因通过艰难梭菌表达。这为艰难梭菌对抗生素的抵抗和体内频繁复发提供了另一个可能的贡献。此外，更多的CDI+相关真菌分类群构成了额外的证据，表明该分枝杆菌对CDI发病机理很重要。未来的工作将集中于确定艰难梭菌在感染过程中是否积极产生生物膜，以及任何特定的真菌分类群在CDI中是否特别有影响力。
用锌氨基酸补充饮食对犊牛中免疫，抗氧化能力和肠道菌群组成的影响
摘要：这项研究的目的是研究以不同浓度的锌（Zn）氨基酸对犊牛中免疫，抗氧化能力和肠道菌群组成的影响。基于添加到饲料中的锌补充量的量，将24个一个月的健康安格斯犊牛随机分为三组（每组四个男性和四个女性）：40 mg/kg dm； B组，80 mg/kg DM;和C组，120 mg/kg DM。当犊牛达到三个月大（断奶时期）时，实验结束了。与组相比，C组的饮食锌氨基酸含量的增加促进了犊牛的生长，C组平均体重增加增加了36.58％（p <0.05）（p <0.05）。随着饮食锌氨基酸含量的增加，血清免疫功能的指标最初增加然后减少。特别是，A组和B组中免疫球蛋白M的含量高于C组（P <0.05），而B组中白介素-2的含量高于其他两个组（P <0.05）。此外，B组犊牛血清中超氧化物歧化酶和总抗氧化剂的含量高于C组（P <0.05），MDA水平低于C组（P <0.05）。此外，B组肠道肠道菌群中的α多样性高于A组和C组（P <0.05）；主要的门是坚硬和杆菌的，而主要的属是未分类的氯吡啶甲甲状腺顺c和ruminococcus。线性判别分析表明，B组牛肉中细菌的相对丰度高于A组中的小牛的相对丰度，并且与实验组相比，Prevotellaceae-UCG-003的相对丰度更高。调节肠道菌群的平衡，从而促进犊牛的健康生长。
肠道居民微生物及其基因与儿童的认知和神经解剖学有关
胃肠道，其驻留的微生物和中枢神经系统通过生物-5化学信号传导（也称为“微生物组 - 脑脑轴”）连接。在生命的头几年，人脑和肠道微型生物群落都具有关键的发育窗口，从而提高了他们的发育7是共同发生的，并且可能是共同依赖的。新兴证据暗示了肠道微生物和微生物群在认知结果和神经发育障碍中的位置（例如自闭症和焦虑），但是尚未详细探讨肠道微生物代谢对典型神经发育的影响9的影响。我们调查了微生物组与361名健康儿童的神经解剖学和认知功能的10个关系，demon-11阶段，即肠道微生物分类群和基因功能的差异与总体认知功能12有关，并且与多个大脑区域的大小差异有关。使用多元线性和机器13学习（ML）模型的组合，我们表明许多物种，包括Gordonibacter Pamelae和Blautia Wexlerae，14种与较高的认知功能显着相关，而某些物种（例如Gnavus 15）等一些物种在低认知能力量表的儿童中更常见于低认知能力的儿童中，这些物种的术后量表量很少。16个微生物基因，用于参与神经活性化合物代谢的酶，尤其是短链脂肪17酸，例如乙酸盐和丙酸酯，也与认知功能有关。25此外，ML模型是18个能够使用微生物分类群来预测大脑区域的数量，许多在预测认知功能方面被确定为重要的分类单元也占据了对单个大脑区域的特征指标。20，例如，B。Wexlerae是模型中最重要的物种，预测左右半球的Parahippocampal 21区域的大小，而来自类杆菌的几种物种，包括22种产生Gaba的Gaba B. ovatus，对于预测左Accumbens地区的大小，但不是右而不是右边的。23这些发现提供了神经认知和大脑发育的潜在生物标志物，并可能导致未来的24靶标进行早期检测和早期干预。
怀孕期间接触金属的关联...
摘要：已建议对肠道微生物组的改变和在怀孕期间接触金属的变化会影响炎症性肠病。尽管如此，产前接触金属的暴露最终如何对肠道微生物组产生长期影响，从而导致亚临床肠道炎症，尤其是在儿童晚期，尚未研究。也未知这种互动效应是否将特定的儿童亚组驱动到对肠道炎症的敏感性提高。我们将机器学习技术与基于回归的框架进行了合并，以探索是否具有不同肠道微生物组的儿童以及怀孕期间某些暴露于金属的模式（金属 - 微生物群）具有较高的肠道炎症的可能性，基于粪便Calprotectin（FC）（fc）（fc）。我们从墨西哥市的墨西哥城（n = 108）中获得了良好的纵向出生队列的样品。在妊娠的第二和第三种三物种中，全血中测量了11种金属。肠道微生物的丰度和FC在9-11岁儿童的粪便样品中测量。升高的FC定义为FC高于100μg/g的凳子。我们确定了微生物和金属 - 微生物集团特征的儿童亚组（错误发现率（FDR）<0.05）。这项探索性研究表明，在怀孕期间，患有特定肠道微生物的儿童和对金属的特定暴露模式可能在儿童晚期可能具有较高的粪便钙蛋白钙蛋白酶水平，表示肠道炎症的风险升高。，我们发现了两个金属 - 微生物簇的特征与FC的升高显着相关：（1）在三个月的较低剖宫产（CS）和铜（CU）和腹膜的相对丰度较低（或[95％CI]：10.27 [3.57,52]，第三个trim和fdr <0.001），以及（fdr <0.001），以及（2），以及（2）和（2）。 Roseburia Inulinivorans和Ruminococcus Torques的丰度（或[95％CI]：7.21 [1.81,28.77]，FDR <0.05）。关键字：杂物组，金属，机器学习，微生物组，环境流行病学，肠道炎症■简介