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细菌群落结构中的精细尺度一致性，来自iLlumina上的短读和纳米孔上的长阅读的海洋沉积物
在开发高通量测序仪后，环境原核生物群落通常是通过在16S域上用遗传标记来描述的。然而，由于底漆的选择和读取长度，简短读取测序遇到了系统发育覆盖率和分类分辨率的局限性。在这些关键点上，纳米孔测序（一种适用于长读的元编码的上升技术）被低估了，因为其每读的错误率相对较高。在这里，我们比较了模拟社区中的原核生物群落结构和两个对比的红树林遗址的52个沉积物样本，由16SV4-V5标记上的短读描述（Ca。0.4kpb）通过Illumina测序分析（Miseq，v3），由长读细菌对细菌的描述几乎完整16s（Ca。1.5 kpb）由牛津纳米孔（Minion，R9.2）分析。短读和长阅读从模拟中检索了所有细菌属，尽管两者都显示出与所期待的比例相似的偏差。从沉积物样品中，具有覆盖范围的读数稀有性，在单例过滤后，共同恩赐和Procrustean测试表明，从短读和长长读取的细菌社区结构显着相似，表明位点之间的相当对比度和站点内相干的海岸方向是可比的。在我们的数据集中，分别将84.7和98.8％的短阅读分别分别分配给了相同的物种和属，而不是长阅读所检测到的物种和属。长期16的底漆特异性使其能够检测到309个家庭中的92.2％，而在短16SV4-V5检测到的448属中，有87.7％。长阅读记录了973个未检测到的额外分类单元，其中91.7％被确定为该属等级，其中一些属于11个独家门，尽管仅占长期读数的0.2％。
粪便脂质标记与古代沉积物 DNA 相结合，可作为从土壤和沉积物中追踪过去畜牧业的工具
当考古材料缺失时，重建过去的环境可能具有挑战性。研究有机分子是克服这一缺点的一种方法，这些分子在环境中以痕迹的形式存在了数千年。粪便脂质标记物（类固醇和胆汁酸）和古代沉积物 DNA 提供了一种互补和交叉验证的分析工具，可以拓宽环境考古学中使用的方法范围。然而，人们对结合这两种方法的好处知之甚少。我们简要概述了目前对粪便脂质标记物和古代沉积物 DNA 的了解状况。我们确定了科学和方法上的差距，并提出了它们对更好地理解过去动态的人与动物关系的潜在相关性。通过这篇评论，我们旨在促进新的研究途径，既在既定学科中，也结合迄今为止很少结合的分析方法。
应用药物诱导的生长速率抑制和细胞内药物暴露用于全面评估细胞药物敏感性
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从印度洋中脊北部深海沉积物中分离出的革兰氏阳性发酵细菌对钒酸盐的还原作用
钒的氧化状态决定了它的迁移率和毒性，已有报道称多种微生物存在异化钒酸盐还原反应，突出了该途径在钒污染修复和生物地球化学循环中的潜在意义。然而，到目前为止，已知的大多数能够还原钒酸盐的微生物都是属于变形菌门的革兰氏阴性呼吸道细菌。在本研究中，我们从北部中印度洋脊的深海沉积物中分离出一株嗜热杆菌 VROV1 菌株，并研究了其还原钒的能力以及钒酸盐对其细胞代谢的影响。一系列培养实验表明，分离的菌株在发酵过程中能有效地将 V(V) 还原为 V(IV)，即使在 mM 水平上也是如此，而且这种还原涉及直接的生物过程，而不是通过代谢产物的间接还原。钒影响微生物的碳和氮代谢。值得注意的是，在钒酸盐存在的情况下，丙氨酸产量会减少，这表明代谢通量从转氨反应转向钒酸盐还原。T. mesophilus VROV1 是继 Lactococcus raffinolactis 之后第二种被鉴定为能还原钒的革兰氏阳性细菌，但这些细菌属于不同的类别：T. mesophilus 被归类为梭菌，而 L. raffinolactis 被归类为芽孢杆菌。VROV1 去除钒酸盐的特定速率高达 2.8 pmol/细胞/天，与金属还原细菌相当，明显超过 L. raffinolactis。我们的研究结果扩大了细菌领域内钒酸盐还原生物的分布。鉴于 T .嗜温杆菌及其近亲，我们推测发酵钒酸还原对钒的全球生物地球化学循环的影响可能比以前认为的更大。
原位产生的细菌脂质对沉积脂质组的实质性贡献
摘要：沉积脂质池由无数个单个成分组成。由于它们对有机碳固换的重要性及其在古气候和地球生物学重建中的应用，因此已经研究了数十年来的构图，但仍缺乏对其组成的总体看法。在某种程度上，这种不确定性与沉积物脂质的不同来源有关，它们都可以通过沉积物从上覆的水柱中传递，但也可以由沉积物居住的生物在原地中产生。另一种不确定性与脂质组之间的保存程度不同，并且相对于其他有机物。在这里，我们使用高分辨率质谱法对黑海中的沉积脂多组进行了不靶向的分析。除了发现了浮游植物衍生的化石脂质外，还发现了一套多种多样的鞘脂，占沉积性脂质体的约20％。这些鞘脂是由沉积性厌氧菌在原位产生的，厌氧菌可能使用鞘脂代替磷脂，这可能是由于缺氧沉积物中磷酸盐的缺乏。我们的结果表明，尽管浮游植物衍生的脂质贡献了50-60％的沉积脂肪组，但可能会忽略了细菌脂质的重要性，尤其是原位产生的鞘脂。
欧洲大西洋生物地理区域的海洋沉积栖息地研讨会
作为Life Marha项目的一部分，法国生物多样性办公室正在领导欧洲海洋栖息地的平台。这些会议的目的是召集科学家，成员国部门和环境经理，分享有关这些栖息地的地位，监测和管理经验的知识。沉积栖息地是西北大西洋，英国通道和北海的大陆架上海底的重要组成部分。这些栖息地承受着巨大的压力，但是在管理海洋环境的管理措施和行政法规中几乎没有考虑。然而，今天可用的信息强调了这些栖息地在海洋生态系统平衡，鱼类储备，碳储存等方面的重要性。
古老的DNA保存在热带湖沉积物的鱼类化石中
fi g u r e 3在映射的分类法分配的鱼类化石的绘图读物中损坏。（a）胞质脱氨基的事后损害沿映射的测序读数不均匀地分布。在参考为c的读取中t的组合分数和a引用为g的a在映射的读取中的位置绘制了从3'端计数或5'端计数。由于这种化学改变在单链的悬垂中尤为普遍，因此明显的c> t和g>的相对丰度在读取末端的变化表明了真实的古代DNA。连接每个图的左右部分的虚线仅用于说明目的。（b）单个样品中单链悬垂（δs）中脱氨基的细胞固体的比例，以及在陆地环境下24°C环境温度在24°C环境温度下按样品年龄的预期δs模型。（c）读取针对其各自的核参考基因组的分类学样本映射的长度分布。超过最大读取长度的插入物中的人工峰通过忽略最后3 bp箱中的计数而省略了。读取长度很短，而对于aDNA也是如此。面板B中的传说适用于所有面板。ci，置信区间； nt，核苷酸。
草稿关于水生和沉积物的更新指南...
4间或实验室内的可重复性定义为在不同实验室或在同一实验室使用特定方案（在可重复条件下）在同一实验室获得的两个单个测试结果之间的绝对差异，预计可预期为95％的概率。（经合组织，2005年）。请注意，TGS可能已在此GD完成后发布。
第一届国际生物沉积学大会
越来越多的证据表明，从远古地质时代到现在，大多数（如果不是全部）沉积过程都与生物活动有关。生物沉积学是生物学和沉积学之间的交叉学科，发展迅速。从出版物中可以看出，生物沉积学近年来在世界范围内引起了极大关注。为了探索从地质时代到现在的物理沉积中生物过程之间的相互作用及其可能的后果和控制，我们将于 2024 年底在中国武汉举办第一届生物沉积学国际会议。特别强调微生物在沉积过程中的参与、生物矿化过程和机制，以及它们对碳中和和宜居地球演化的贡献。
基于碳纳米管的传感器的进步，用于基于碳纳米管的传感器，用于使用Ellivation and dive
这项研究通过分析了这种环境的沉积物和梅奥菲纳河，表征了ipojuca河延伸的低音区。以两个分（点1：8°17'28.2” s; 35°59'38.6” W和点2：8°17'48.1” s; 35°56'12.2” W）和三个时期：夏季（2018年11月（2018年11月/2018年），过渡期（2018年3月）和2018年6月（2018年11月（2018年））。最具代表性的材料被归类为淤泥，在粗，中和细小之间变化。678个Meiofauna个体被计数，分布在四个代表性分类单元，rotifera（41％），Nematoda（40％），Annelida（11％）和Copepoda（5％）中。永久分析表明该周期（p = 0.0009）和空间（p = 0.0261）因子的显着差异。Meiofauna社区结构与低音环境变量之间没有显着的关系。观察到的差异可能与水质有关，水质在所研究的点和周期之间也有所不同。