XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemsplicing
在开发coprinoppis cinerea
摘要：confinopsis cinerea是真菌发育研究中使用的模型物种之一。这种形成蘑菇的基本菌真菌具有多个发展命运，以响应于改变的环境，并具有动态的生物体发展法规。尽管灰叶梭菌发育中的基因表达已经广泛地领导，但先前的研究仅集中在特定的阶段或真菌发育过程上。缺乏跨不同发育道路的全面观点，并且对生命周期中动态转录调节的全球观点和发展路径远非完整。此外，这种真菌中有关转录和后转录后修饰的知识仍然很少见。在这项研究中，我们在孢子发芽，营养生长，卵巢菌，硬化性菌根形成和成熟身体形成过程中调查了灰曲霉的转录变化和修饰，通过诱导有机体的不同发育路径，并使用高发射式序列序列序列序列序列方法来诱导转录组。在表达基因的身份和丰度中的过渡推动了生物体的生理和形态学改变，包括代谢和多细胞性构建。此外，进行了替代剪接和RNA编辑，并在C. c. c. c. c. c. c.这些修饰与基因的保护特征呈负相关，并且在真菌发育过程中可以为转录组提供额外的可塑性。我们建议C. cinerea在其发育调控中采用不同的分子策略，包括表达基因集的变化，遗传信息的多样化以及RNA分子的可逆差异。这种特征将在迅速变化的环境中提高真菌的适应性，尤其是在发展计划的过渡以及遗传和转录组差异的维持和平衡中。基因表达的多层调节网络是发育调控功能的分子基础。
大豆结瘤过程中线粒体的差异RNA编辑和内含子剪接
摘要：大豆固氮消耗大量能量，导致根瘤和未接种根的能量代谢和线粒体活动存在显著差异。尽管线粒体转录本的 C 到 U RNA 编辑和内含子剪接在植物物种中很常见，但它们与根瘤功能的关系尚不清楚。在本研究中，我们进行了 RNA 测序以比较大豆根瘤和根中线粒体基因的转录本谱和 RNA 编辑。在线粒体转录本上共鉴定出 631 个 RNA 编辑位点，其中 12% 或 74 个位点在从根瘤、剥离根和未接种根中分离的转录本中存在差异编辑。这 74 个差异编辑位点中有 8 个位于 matR 转录本上，其中 RNA 编辑程度在根瘤样本中最高。还检查了线粒体内含子剪接的程度。根瘤和剥离根中几个内含子的剪接效率高于未接种根。这些包括 nad1 内含子 2 / 3 / 4、nad4 内含子 3、nad5 内含子 2 / 3、cox2 内含子 1 和 ccmFc 内含子 1。在根瘤中还观察到 nad4 内含子 1 的更高剪接效率、更高的 NAD4 蛋白丰度以及超复合物 I + III 2 的减少，尽管这些观察结果之间的因果关系需要进一步研究。
定量分析质疑MECP2作为替代剪接的全球调节剂的作用
meCP2是成熟神经细胞中丰富的蛋白质，它与含甲基化胞嘧啶的DNA序列结合。MECP2基因中的突变引起严重的神经疾病RETT综合征（RTT），引发对基本分子机械性的深入研究。已经提出了多个功能，其中之一涉及剪接中的调节作用。在这里，我们利用高质量转录组数据集的最新可用性来定量探测MECP2对替代剪接的潜在影响。使用可以同时捕获线性和非线性关联的各种机器学习方法，我们表明MECP2级别差异很大，对三种不同系统中的替代剪接具有最小的影响。替代剪接显然也不对DNA甲基化水平的心理变化无动于衷。我们的结果表明，剪接的调节不是MECP2的主要功能。他们还强调了多变量定量分析在制定生物学假设中的重要性。
RNA编辑调控人类早期胚胎发育中的lncRNA剪接
RNA编辑是一种转录前或转录后修饰，某些细胞可以在转录后对RNA分子中的特定核苷酸序列进行离散改变。前期研究发现RNA编辑可能与癌症和衰老有着密切的关系，但RNA编辑在人类早期胚胎发育中的作用尚不明确。本研究通过分析单细胞RNA测序数据，发现36.7%的RNA编辑位点在胚胎早期发育阶段存在差异编辑率，并且在8细胞阶段RNA编辑率发生了较大的重编程，此时大多数差异编辑的RNA编辑位点（99.2%）的RNA编辑率降低。此外，在人类早期胚胎发育过程中，RNA编辑更可能发生在RNA剪接位点上。此外，我们还发现长链非编码RNA（lncRNA）编辑位点更有可能位于RNA剪接位点（风险比= 2.19，P = 1.37×10 − 8），而mRNA编辑位点的可能性较小（风险比= 0.22，P = 8.38×10 − 46）。此外，我们还发现lncRNA上的RNA编辑率与lncRNA外显子百分比剪接指数（PSI）具有显著更高的相关系数（R = 0.75，P = 4.90×10 − 16），这表明RNA编辑可能在人类早期胚胎发育过程中调控lncRNA剪接。最后，功能分析表明，那些受RNA编辑调控的lncRNA在信号转导、转录表达调控和线粒体钙离子跨膜转运方面富集。总的来说，我们的研究可能为人类发育生物学和常见出生缺陷中 lncRNA 的 RNA 编辑机制提供新的见解。
开发和纤毛功能需要剪接因子SRSF1的核总质班
抽象的穿梭RNA结合蛋白协调基因表达的核和细胞质步骤。SR家族蛋白调节细胞核中的RNA剪接，其中包括SRSF1（包括SRSF1）的子集，核和细胞质之间的穿梭，影响后切割过程。然而，这一点的生理意义尚不清楚。在这里，我们使用基因组编辑来敲入SRSF1中的核保留信号（NRS），以创建具有仅保留在细胞核中的SRSF1蛋白的小鼠模型。srsf1 NRS/NRS突变体显示出小体型，脑积水和免疫力精子，这些特征与纤毛缺陷有关。我们观察到了一部分mRNA的子集的翻译减少，并降低了参与多重生成的蛋白质的丰富度，并且在该小鼠模型中得出的细胞和组织中纤毛超微结构和运动性的破坏。这些结果表明，如此处观察到的，在高细胞需求的背景下，在高细胞需求的背景下，SRSF1穿梭用于重新编程基因表达网络。
评论文章 MDM4 可变剪接及其对 MDM4 靶向癌症治疗的影响
摘要：致癌基因MDM4最初被命名为MDMX，已被鉴定为p53相互作用蛋白和肿瘤抑制因子p53的关键上游负调节因子。越来越多的证据表明，MDM4在多种人类癌症的发生和发展中起着关键作用。MDM4在人类癌症中经常被扩增和上调，通过阻断p53通路下游靶基因的表达导致细胞过度生长和凋亡抑制。研究表明，MDM4-p53相互作用的阻断剂可以恢复p53在癌细胞中的抗肿瘤活性。MDM4具有多种剪接异构体，其表达由癌细胞中的致癌基因驱动。一些MDM4剪接异构体缺乏p53结合域，可能表现出p53独立的致癌功能。这些特征使MDM4成为癌症治疗的一个有吸引力的治疗靶点。在本综述中，我们主要关注 MDM4 剪接异构体的详细分子结构、启动 MDM4 剪接的候选调节剂、癌症中 MDM4 异构体的失调以及针对 MDM4 剪接异构体的潜在治疗策略。
HSV-1感染改变了MAPT剪接并促进
该预印本版的版权持有人于2024年10月16日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.10.16.618683 doi：Biorxiv Preprint
在现有BPA设施上安装，拼接和租赁 - 2025年至2029年
对拟议行动的描述：Bonneville电力管理（BPA）建议在现有导管中安装新的光纤电缆，在现有结构中或在现有结构上剪接现有的现有光纤电缆，并允许客户在BPA拥有的BPA服务设施的现有BPA光纤电缆上租用多余的导管空间或操作纤维，该设施在BPA范围内的BPA服务设施中，<2025年2月29日至2029年。将通过将电缆拼接或在现有结构上的现有导管或BPA或BPA设施的客户拥有的现有库中安装新的纤维电缆来获得对光纤电缆的访问。地面干扰（包括发掘）将不允许。
GPR56的剪接同工型通过磷脂酰丝氨酸结合介导小胶质细胞突触细化
发育突触重塑对于形成精确的神经回路很重要，并且其破坏与自闭症和精神分裂症等神经发育障碍有关。小胶质细胞修剪突触，但这种突触修剪与重叠和并发神经发育过程的整合仍然难以捉摸。粘附G蛋白偶联受体ADGRG 1 / GPR 56以细胞类型的方式控制脑发育的多个方面：在神经祖细胞中，GPR 56调节皮质层压层，而在少突甘胶祖细胞细胞中，GPR 56在GPR 56中控制发育的骨髓和肌蛋白。在这里，我们表明小胶质细胞GPR 56以时间和电路依赖性方式在几个大脑区域保持适当的突触数。磷脂酰丝氨酸（PS）在突触前元素上以域特异性方式结合GPR 56，而GPR 56的小胶质细胞特异性缺失导致突触增加，这是由于PS + PES +突触前输入的小胶质细胞吞吐量降低而导致的。非常明显，小胶质细胞介导的突触修剪需要特定的GPR 56的剪接同工型。我们的目前数据在复杂的神经发育过程的背景下提供了小胶质细胞GPR 56介导的突触修剪的配体和同工型特定机制。
发现BH-30236：一种新型的大环抑制剂靶向癌症中的替代剪接
证明与Venetoclax BH-30236有效抑制了FLT3-ITD和抗性突变BH-30236在癌症异常剪接中有效调节的异差替代剪接是一种新的认识的癌症的标志，在癌症中发挥了重要的作用，在癌症中起着重要的作用，在癌症中发挥了重要作用，并在癌症中起着至关重要的作用。增殖，凋亡减少，迁移和转移潜力增强以及诱导免疫监测的逃避。丝氨酸和精氨酸富含的剪接因子（SRSF）是调节本构和替代剪接的RNA结合蛋白（RBP）。SRSF通常在癌症中突变或过表达，从而导致剪接模式的广泛改变。CDC样激酶（CLK）家族和双特异性酪氨酸调节激酶（DYRK）磷酸化SRSFS，影响剪接体机械，外显子识别和拼接的组装。因此，靶向clk/dyrk激酶可以调节癌症特异性剪接同工型，为新的治疗干预措施开辟了途径。BH-30236被设计为一种新型口服生物利用，ATP竞争力的，巨环的CLK，IC 50 s的0.134、0.165和0.446 nm的CLK1，CLK2和CLK4分别在酶激酶分析中，分别为0.134、0.165和0.446 nm。在临床相关的浓度下，BH-30236也抑制了DyRK1A/1B/2，是Moloney Moirone鼠白血病病毒激酶3（PIM3）和FMS样酪氨酸激酶3（FLT3）的前病毒插入部位，具有0.110，0.110，0.148，0.148，0.562，0.562，0.248 nm，IC 50 s的IC 50 s。此外，BH-30236还用0.16 nm的IC 50抑制了FLT3磷酸化。在癌细胞中，BH-30236损害了SRSFS，TAU和4EBP1的磷酸化，CLK，DYRK和PIM激酶的直接下游底物分别为40-60，〜50和〜80 nm。总体而言，BH-30236主要通过诱导跳过的外显子来调节替代剪接，以支持抗肿瘤同工型，从而在癌细胞系和体内功效研究中导致癌细胞死亡和抑制癌细胞死亡和生长抑制。例如，BH-30236在FLT3-ITD阳性MV-4-11细胞中用IC 50的IC 50抑制细胞增殖，即使在MV-4-11肿瘤模型中也完全抑制了MV-4-11肿瘤模型的完全肿瘤消退，即使停止了剂量30天。在MV-4-11细胞中，BH-30236增加了促凋亡同工型BCL-XS，BCL2，MCL1和AML干细胞标记CD33和CD123的RNA表达下调。此外，BH-30236还表现出了良好的人类Adme和临床前的安全概况。总体而言，临床前研究最大程度地支持了这种新型多次峰酶CLK抑制剂BH-30236在血液恶性肿瘤和实体瘤中的临床应用，作为单一药物或与其他疗法结合使用。