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大豆六种组织中可及染色质区域的鉴定
可及染色质区域 (ACR) 与基因组中的基因表达紧密相关。保守的非编码顺式调控元件，如转录因子结合基序，通常存在于 ACR 中，表明 ACR 在植物基因组结构中起着重要的调控作用。然而，关于大豆 ACR 的研究很少，尤其是针对特定组织的研究。因此，在本研究中，我们利用便捷的 ATAC-seq，鉴定了六种大豆组织中的 ACR，包括根、叶芽、花、花芽、发育中的种子和豆荚。总的来说，ACR 约占整个大豆基因组的 3.3%。通过整合 RNA 测序和转录因子 (TF) ChIP-seq 的结果，发现 ACR 与大豆中的基因表达和 TF 结合能力紧密相关。总之，这些数据提供了对大豆 ACR 基因组特征的全面了解。作为重要基因组资源的集合，这些处理后的数据可在 datahub.wildsoydb.org 上获取。
EU资助的人类起源物质的行动 新规则，以提高血液，组织和... 的更高安全性和质量 公开呼吁兴趣表达
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评估脑和淋巴组织中档案HIV DNA
摘要HIV储量仍在解剖区室中。表征中枢神经系统（CNS）和其他组织中档案HIV DNA的表征对于治疗策略至关重要。我们评估了成对的尸检大脑 - 额叶皮层（FC），枕皮层（OCC）和基底神经节（BG）以及来自63名HIV患者的周围淋巴组织。参与者在上次访问中病毒地支持艺术时就去世了，没有CNS机会性疾病的证据。我们在所有参与者中量化了总HIV DNA，并从14个参与者的子集中获得了全长HIV-Envelope（FL HIV-ENV）序列。我们在大多数大脑（65.1％）和所有淋巴组织中检测到HIV DNA（GAG）。淋巴组织的HIV DNA LEVEL比大脑高（P，0.01）。BG和FC之间的HIV闭合水平相似（p。 0.2），而OCC的水平最低（p = 0.01）。 雌性在组织中的HIV DNA Leve较高（gag，p = 0.03; 2-ltr，p = 0.05），这表明HIV储层持久性可能具有性别 - 弥补机制。 大多数fl hiv-env序列（n = 143）完好无损，而42个有缺陷。 克隆序列是在14个特定群中的8个中发现的，其中1个参与者在大脑和脾脏中具有克隆缺陷序列，并具有细胞迁移的体现。 来自10个具有配对脑和淋巴样序列的供体，我们观察到了2个供体中分隔序列的证据。 我们的数据进一步说明了大脑是档案中档案中的艾滋病毒DNA的站点，在某些人群中可能会发生分隔的病毒。BG和FC之间的HIV闭合水平相似（p。0.2），而OCC的水平最低（p = 0.01）。雌性在组织中的HIV DNA Leve较高（gag，p = 0.03; 2-ltr，p = 0.05），这表明HIV储层持久性可能具有性别 - 弥补机制。大多数fl hiv-env序列（n = 143）完好无损，而42个有缺陷。克隆序列是在14个特定群中的8个中发现的，其中1个参与者在大脑和脾脏中具有克隆缺陷序列，并具有细胞迁移的体现。来自10个具有配对脑和淋巴样序列的供体，我们观察到了2个供体中分隔序列的证据。我们的数据进一步说明了大脑是档案中档案中的艾滋病毒DNA的站点，在某些人群中可能会发生分隔的病毒。未来评估HIV-促病毒和复制能力的未来研究是进一步评估组织中HIV储量的。
从淡水蜗牛组织中提取基因组DNA
基于自旋柱的DNA纯化试剂盒（例如Qiagen dneasy血液和组织试剂盒）一直是从包括腹足动物在内的各种生物体中提取基因组DNA的最爱。如前所述，这些套件的缺点是从某些样本类型（例如存储在乙醇中的样本类型）中可以实现的GDNA的数量和质量较低，但是在许多其他情况下，从其他样本类型中提取的GDNA可以很好地工作。可用的商业自旋柱套件的优点（例如Qiagen和Zymo品牌产品）是此过程中速度，易用性和缺乏有害化学物质的速度。蜗牛矢量工作组建议可以有效地使用几种基于自旋的柱子的试剂盒和方法，其中可以从新鲜组织中取出少量组织（例如部分头部脚），以避免过载和阻断旋转柱，并避免大量抑制物质的含量（请参阅Adema 2021）。此外，对于基于PCR的应用程序（甚至是扩增子面板），DNA质量和数量较低的DNA仍然适合使用，这些提供了一个不错的选择。注意，但是，使用Qiagen B＆T旋转柱套件提取的生物胶质蜗牛的基因组DNA产生了具有出色读取长度的PACBIO组件（Bollmann，OSU）。
ADAR 缺陷会扰乱小鼠组织的整体剪接格局
腺苷到肌苷的 RNA 编辑和前 mRNA 剪接主要在转录过程中发生并相互影响。在这里，我们使用缺乏两种编辑酶 ADAR（ADAR1）或 ADARB1（ADAR2）之一的小鼠来确定 RNA 编辑对不同组织剪接的转录组范围影响。我们发现 ADAR 对剪接的影响比 ADARB1 高 100 倍，尽管这两种酶都靶向相似数量的底物，并且有很大的共同重叠。一致地，差异剪接区域经常包含 ADAR 编辑位点。此外，催化失活的 ADAR 也会影响剪接，表明 ADAR 的 RNA 结合会影响剪接。相反，ADARB1 编辑位点在差异剪接区域的 5' 处富集。这些 ADARB1 介导的编辑事件中的几个会改变剪接共识序列，因此强烈影响某些 mRNA 的剪接。差异编辑位点和差异剪接位点之间的显著重叠表明，剪接的进化选择受到组织特异性编辑的调控。
基于图像的癌组织的多重免疫分析
图像 - 基础丰度多重免疫特征：翻译就业。国际免疫肿瘤boumarker;页，D.B。; Broeckx，G。；冈萨雷斯（C.A.）;伯基，c。墨菲，c。 Reis-Filho，J.S。; ly，a。; Harms，P.W。; Gupta，R.R。; Vieth，M。；血液，AI。;卡希拉（M。） Cosle，Z。；远处，P.J。van; Veranded，s。; Thasgaard，J。； Khiroya，r。 Abduljabbar，K。； Haab，G。Acosta； ACS，b。亚当斯（Adams） Almeida，J.S。; cover-cloud，i。 Azmoudeh-Ardalan，f。; Badve，s。; Baharun，N.B。; Bellolio，E.R。;祝福，诉； Blenman，K.R。; Fujimoto，L。Botiny Mendo；俄勒冈州汉堡； Chardas，A。; Cheang，M.C ..;复制，f。;库珀，洛杉矶； Coosemans，A。;站立，g。 Portela，F.L。dantes; Deman，f。; Demaria，s。; Dudgeon，S.N。; Elghazawy，M。； Fernand-Martin，c。 Fineberg，s。; Fox，S.B。; Giltnane，J.M。; Gnjatic，s。; Constance-Ericson，P.I。; Grigoriadis，A。; Halama，n。;汉娜（M.G.）; Harbhajanka，A。； Hart，S.N。; Hartman，J。； Hewitt，S。； H.M。; Husain，Z。； Irshad，s。; Janssen，E.A； Cataoka，T.R。; Kawaguchi，K。； A.I. Khramsov; Kiraz，U。 Kirtani，P。;代码，L.L。; Corsica，K。； Acturk，G。； Scott，E。; E。;厨师，a。; Laenkholm，A.V。; Lang-Schwarz，c。 Larsimont，d。; J.K. Reading； Lerossau，M。； li，x。; Madabhus，A。； Maley，S.K。; Narasimhamhamurthy，V。Manur； Marks，D.K。;麦当劳E.S.; Pinard，C.J。; Rau，T.T。; Mehrotra，r。 Michels，s。; Kharidehal，d。; mirs，f。;米塔尔（Mittal）摩尔，D.A。; Mushtaq，s。; Nighat，H。; Papathomas，T。； lon-lorca，f。; Pera，R.D。; Pinto-Karden，J.C。;李子，G。； Pusztai，L。;新泽西州拉杰普特；报告，B.L。; Ribeiro，J.M。2024，第（262，3，（2024），pp。271-288）
在顶点模型中实现细胞体积应力...
作者：SZ Lin · 2022 · 被引用 12 次 — 摘要 顶点模型将生物组织描述为多边形的平铺。在标准顶点模型中，组织动力学源于... 之间的平衡
硫化氢在哺乳动物细胞，组织和器官中的生理作用
H 2 S现在被认为是多种哺乳动物细胞和组织中的内源性生理调节剂。Produced, in a regulated and cell type-dependent manner, by three major enzyme systems, cystathionine c -lyase (CSE), cystathio- nine b -synthase (CBS), and 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase (3-MST), H 2 S is present intra- and extracellularly and interacts with proteins, DNA, and other members of the reactive species interactome （例如，氧和氮衍生的氧化剂和自由基）并在各种目标和途径上发挥作用。H 2 S的生理作用在基因转录和翻译，细胞生物能学和代谢，血管张力和免疫功能中的调节中得到充分认识，在中枢神经系统和周围神经系统的各种功能以及与生理学家和临床医生相关的许多其他领域的调节中。本综述对H 2 S在哺乳动物细胞和器官中的生理调节作用进行了全面概述。在生理状况下对这些作用的理解以及对H 2 S稳态的扰动的日益了解（例如，血管疾病，血管疾病，代谢性疾病，各种形式的中枢神经系统疾病，各种形式的中枢神经系统疾病，对跨性别疾病的疾病，其他机构的疾病以及其他机理疗法的诊断和诊断的新机会。在这种情况下，基于H 2 s的替换（通过H 2 s-释放的小分子）的新型实验治疗方法已经出现，并正在转化为临床竞技场。在本综述中突出显示，由于生物合成和/或降解增加，在某些疾病中，H 2 S水平在病理上降低了（例如，再灌注损伤，动脉粥样硬化，动脉粥样硬化以及许多其他形式的血管疾病，以及衰减）。在其他疾病（例如，各种形式的炎症，唐氏综合症和癌症）中，H 2 S水平增加，并且抑制H 2 S产生酶正在作为一种实验性治疗方法出现。进一步了解H 2 S的生理调节作用，再加上旨在调节H 2 S稳态的小分子的药理学和翻译科学的进步，预计将来会产生新颖的诊断和临床疗法方法。
甲状腺和甲状腺外组织中NIS表达和活性的复杂调节
钠/碘分类钠（NIS）是一种固有的质膜蛋白，可介导活性的碘化物转运到甲状腺，并介导了几种甲状腺外组织。NIS介导的碘化物摄取在甲状腺激素的生物合成中起关键作用，甲状腺激素是碘化物是必不可少的成分。80年来，放射性碘化物已用于甲状腺癌的诊断和治疗，甲状腺癌是一种成功的疗法剂，正在扩展其用于甲状旁腺外恶性肿瘤。本综述的目的是关注有关调节甲状腺和甲状腺外组织NIS的机制的最新发现。除其他问题外，我们讨论了控制不同组织中NIS转录的不同转录调节元件，调节其表达的表观遗传修饰以及miRNA在转录后在微调NIS中所起的作用。审查了如何提供激素，细胞因子和碘化物本身调节NIS。我们还回顾了当前理解癌症中NIS失调的阶段，主要由收敛信号通路和NIS通过不同的亚细胞隔室遵循的途径中的新见解所占据。此外，我们涵盖了表达共生蛋白的甲状旁腺外组织的NIS分布和功能，以及NIS在肿瘤进展中与其转运活性无关的作用。
微生物群对牙周组织炎症性疾病发生发展的影响
口腔器官和组织功能的一个重要特征是，其中发生的所有过程都是在各种微生物的不断存在下进行的，这些微生物会导致体内病理过程的发展或与之相关。在慢性全身性牙周炎的发病机制中，牙菌斑穿透牙龈沟底部，渗透到上皮下方进入结缔组织基质，引起其炎症。细菌会产生多种对周围组织有毒性作用的毒性物质。大多数细菌会产生链状脂肪酸，抑制白细胞和吞噬细胞的趋化作用。厌氧菌和螺旋体会分泌多种对大多数组织具有极大毒性的物质（丙酸和吲哚）。牙周组织中的炎症是由牙菌斑生物膜的微生物群引起的。随着牙周炎的发展，牙龈卟啉单胞菌、中间卟啉单胞菌和福赛丝菌的数量增加了100多倍。因此，给出的数据证明，在牙周组织炎症过程的发展和过程中，涉及复杂的菌群失调和组织-细胞相互作用，其动态平衡取决于其结果。