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评估人体组织单细胞 RNA 测序对药物靶标验证的影响
虽然使用单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 来了解靶标生物学已得到充分证实，但其在提高治疗靶标临床成功率方面的预测作用仍未得到充分探索。受先前关于遗传证据与临床成功之间关联的研究的启发，我们使用已知药物靶标基因的回顾性分析从 scRNA-seq 数据中识别靶标临床成功的潜在预测因子。我们研究了成功的药物靶标是否与疾病相关组织中的细胞类型特异性表达（细胞类型特异性）有关，以及与健康对照相比疾病患者中的细胞类型特异性过度表达（疾病细胞特异性）有关。通过分析疾病和组织的 scRNA-seq 数据，我们发现细胞类型和疾病细胞特异性都是进入临床开发的靶标中富集的特征，并且疾病相关组织中的细胞类型特异性可以可靠地预测靶标从 I 期到 II 期的进展。虽然 scRNA-seq 分析确定了比直接遗传证据更大且互补的靶标空间，但它与特异性和药物批准的关联似乎不太明确。我们讨论了如何进一步扩展和协调单细胞数据集、在目标发现中更复杂地整合这些数据、以及改进跟踪临床试验结果的方法，以增强我们在未来利用 scRNA-seq 洞察力进行药物开发的能力。
生殖组织中蛋白质的空间表征
通过出现高通量抗体分析和测序方法，人类细胞的分子构建块已越来越多地映射到大型项目中。这些转变努力在解决许多人类细胞中蛋白质的表达水平和空间位置方面表现出了显着的进步。本论文旨在表征人类生殖组织，睾丸和输卵管（FT）的单细胞水平上的空间蛋白表达，并研究如何在非小细胞肺癌（NSCLC）中重新表达的睾丸蛋白如何影响免疫微环境。在纸I中，睾丸中有500多种RNA表达水平升高的蛋白在具有免疫组织化学（IHC）的八种不同的细胞类型中进行了分析。在精子发生的各个阶段，在细胞类型的水平上定位了几种特征性较差的蛋白质，即所谓的“缺失蛋白质”，从而提供了对其可能功能的新见解。在论文II中，通过组合单细胞转录组学和多重IHC来创建人类精子发生的时空图。高通量图像分析确定了近500种蛋白质的细胞状态特异性蛋白表达。通过检查RNA和蛋白质相关动力学，我们强调了人类睾丸的复杂时空景观。这些蛋白质是功能研究的靶标。在论文III中，IHC介绍了基于RNA水平升高的FT中升高的蛋白质编码基因，大多数蛋白质在功能上与纤毛运动有关，这是创建对受精至关重要的管状流动所必需的机制。，大多数是纤毛细胞独有的，其中包括以前在纤毛中未描述的几种蛋白质。在纸IV中，IHC在300多名免疫表型NSCLC患者中以IHC为特征。 ctas通常在睾丸和港口免疫原性中表达，由于NSCLC中异常表达而可能用作治疗靶标。 CTA与免疫谱有关，例如巨噬细胞和浆细胞浸润，可能表明原位免疫原性作用。 这些关联可以作为潜在的免疫疗法靶标进行研究和利用。 本论文在单细胞分辨率下定义了生殖组织的空间蛋白质组，并鉴定了许多蛋白质的蛋白质，并且具有先前未知功能的蛋白质。 在分子水平上绘制组织特异性细胞多样性的综合方法表明，将RNA和蛋白质检测方法结合在一起。 论文开发了新兴方法，例如多重染色和生物图像分析，这对大规模努力有希望。 这项工作显着有助于生殖组织的细胞图中，历史上没有得到充分研究。在纸IV中，IHC在300多名免疫表型NSCLC患者中以IHC为特征。ctas通常在睾丸和港口免疫原性中表达，由于NSCLC中异常表达而可能用作治疗靶标。CTA与免疫谱有关，例如巨噬细胞和浆细胞浸润，可能表明原位免疫原性作用。这些关联可以作为潜在的免疫疗法靶标进行研究和利用。本论文在单细胞分辨率下定义了生殖组织的空间蛋白质组，并鉴定了许多蛋白质的蛋白质，并且具有先前未知功能的蛋白质。在分子水平上绘制组织特异性细胞多样性的综合方法表明，将RNA和蛋白质检测方法结合在一起。论文开发了新兴方法，例如多重染色和生物图像分析，这对大规模努力有希望。这项工作显着有助于生殖组织的细胞图中，历史上没有得到充分研究。
使用果蝇种系组织中的长阅读RNA-seq鉴定和定量可转座元件转录本
转座元件（TES）是重复的DNA序列，可能能够在整个基因组中移动。除了它们固有的诱变效果外，TE还可以通过捐赠其内在的调节序列（例如促进细胞基因的异位表达）来破坏附近基因。te转录不仅对于TE换位本身是必需的，而且还可以与Te-Gene Fusion转录本相关，在某些情况下也是普遍转录的产物。因此，正确确定了TE副本的转录状态，是为了理解TE在宿主基因组中的影响。识别和量化TE转录的方法主要依赖于简短的RNA-seq读取以在家庭级别估算TE表达，同时使用特定算法来区分副本特定的转录。但是，将简短的读数分配给其正确的基因组位置，基因组特征并不是微不足道的。在这里，我们检索了果蝇的全长cDNA（远程prime，词汇），并使用牛津纳米孔技术进行了对其进行验证。我们表明，可以使用长阅读RNA-Seq来识别和量化复制级别的转录TE。尤其是，使用长读数比简短读数更好地估计了插入过度插入的注释基因。尽管如此，长TE转录本（> 4.5 KB）并未得到很好的捕获。大多数表达的TE插入对应于失去其转置能力的副本，在家庭中，只有几份副本表示。长阅读测序还允许识别约107个TE副本的剪接转录本。总的来说，睾丸和卵巢之间TE的第一个比较在子类和插入水平上发现其转录景观中的差异。
使用中观尺度框架对工程心脏组织进行同步机电监测
由人类诱导性多能干细胞来源的心肌细胞 (hiPSC-CM) 生成的工程心脏组织 (EHT) 为人类心脏研究提供了强大的平台，尤其是在药物测试和疾病建模方面。在这里，我们报告了一个灵活的三维电子框架，该框架能够在生理负荷条件下对 EHT 中的电生理和机械信号进行实时时空分析，以进行动态、非侵入性、长期评估。这些机电监控的 EHT 支持在基线条件下和响应刺激时对整个组织进行多位点测量。演示包括用于跟踪对药理活性剂的生理反应和捕捉折返性心律失常的电生理特征。该平台有助于精确分析人类心肌细胞组织中的信号位置和传导速度，为广泛的高级心血管研究奠定基础。
CDAN1抑制ASF1的机制
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年8月10日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.09.606830 doi：Biorxiv Preprint
CD13的癌症特异性糖基化影响其在临床前癌组织中的检测和活性
总结利用癌症和非癌组织之间的差异为抗癌药物定位的新机会。 CD13是一种重度糖基化蛋白，是一个典型的例子，在癌症药物发现中具有重要的未经临床潜力。 尽管在癌症中表达高表达和活性，但在许多正常组织中也表达了CD13。 在这里，我们报告了跨组织CD13的差异组织糖基化，并在第一次证明了CD13在促晶癌组织中CD13的性质和模式与正常组织相比与众不同。 我们确定了CD13的癌症特异性O-糖基化，这在癌症模型中有选择地阻止其检测，但在正常组织中却没有。 此外，观察到癌症表达的CD13的代谢活性至关取决于其独特的糖基化。 因此，我们的数据证明了离散的癌症特异性CD13糖型的存在，并提出了癌症特异性CD13糖型，作为有效癌症靶向癌症治疗的临床上有用的靶标。总结利用癌症和非癌组织之间的差异为抗癌药物定位的新机会。CD13是一种重度糖基化蛋白，是一个典型的例子，在癌症药物发现中具有重要的未经临床潜力。尽管在癌症中表达高表达和活性，但在许多正常组织中也表达了CD13。在这里，我们报告了跨组织CD13的差异组织糖基化，并在第一次证明了CD13在促晶癌组织中CD13的性质和模式与正常组织相比与众不同。我们确定了CD13的癌症特异性O-糖基化，这在癌症模型中有选择地阻止其检测，但在正常组织中却没有。此外，观察到癌症表达的CD13的代谢活性至关取决于其独特的糖基化。因此，我们的数据证明了离散的癌症特异性CD13糖型的存在，并提出了癌症特异性CD13糖型，作为有效癌症靶向癌症治疗的临床上有用的靶标。
摘要 自身免疫性疾病是一组以免疫介导攻击人体自身组织和器官为特征的疾病。
摘要 自身免疫性疾病是一类以免疫介导攻击人体自身组织和器官为特征的多样化疾病。本综述全面概述了自身免疫性疾病，包括其定义、分类、流行病学、病因、发病机制、临床表现、当前治疗方法和未来研究方向。自身免疫性疾病可分为器官特异性（例如 1 型糖尿病、桥本甲状腺炎）和系统性（例如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎）疾病，每种疾病都有不同的临床表现和潜在机制。遗传易感性、环境触发因素和免疫失调在疾病发展中起着关键作用。常见症状包括疲劳、关节痛、皮肤表现和器官特异性功能障碍，导致严重发病率和生活质量下降。目前的治疗策略包括免疫抑制疗法、疾病改良药物和针对特定免疫途径的新兴生物制剂。基因组学、免疫学和精准医学的进步为个性化诊断和治疗优化提供了有希望的途径。未来的研究方向包括进一步阐明疾病异质性、识别新的生物标志物以及开发有针对性的免疫疗法以实现长期缓解并改善患者预后。了解遗传、环境和免疫因素的复杂相互作用对于推进治疗方法和减轻全球自身免疫性疾病负担至关重要。加强跨学科合作和持续投入研究对于将这些见解转化为临床实践并造福全球患者至关重要。引用此文章。Albarbar B, Aga H. 自身免疫性疾病综述：最新进展和未来展望。Alq J Med App Sci。2024；7(3):718-726。https://doi.org/10.54361/ajmas.247337 引言 在过去的一个世纪里，自身免疫性疾病的研究有了很大的发展。自身免疫性疾病的概念开始形成于 19 世纪末和 20 世纪初，当时人们对类风湿性关节炎和系统性红斑狼疮 (SLE) 等疾病进行了观察，这些疾病被怀疑是免疫系统在攻击人体自身组织。20 世纪中叶，诸如在狼疮患者中发现抗核抗体 (ANA) 等里程碑式的发现为了解某些疾病的自身免疫性质提供了关键见解。这一时期还出现了检测这些抗体的诊断测试 [1,2] 。20 世纪下半叶，免疫学技术迅速发展
X染色体超表达和雄性组织中灭活的动力学
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2024年7月3日。 https://doi.org/10.1101/2024.07.01.601468 doi：Biorxiv Preprint
从淡水蜗牛组织中提取基因组DNA
基于自旋柱的DNA纯化试剂盒（例如Qiagen dneasy血液和组织试剂盒）一直是从包括腹足动物在内的各种生物体中提取基因组DNA的最爱。如前所述，这些套件的缺点是从某些样本类型（例如存储在乙醇中的样本类型）中可以实现的GDNA的数量和质量较低，但是在许多其他情况下，从其他样本类型中提取的GDNA可以很好地工作。可用的商业自旋柱套件的优点（例如Qiagen和Zymo品牌产品）是此过程中速度，易用性和缺乏有害化学物质的速度。蜗牛矢量工作组建议可以有效地使用几种基于自旋的柱子的试剂盒和方法，其中可以从新鲜组织中取出少量组织（例如部分头部脚），以避免过载和阻断旋转柱，并避免大量抑制物质的含量（请参阅Adema 2021）。此外，对于基于PCR的应用程序（甚至是扩增子面板），DNA质量和数量较低的DNA仍然适合使用，这些提供了一个不错的选择。注意，但是，使用Qiagen B＆T旋转柱套件提取的生物胶质蜗牛的基因组DNA产生了具有出色读取长度的PACBIO组件（Bollmann，OSU）。
多能/多能干细胞在基质组织和外围血液中：探索多样性，潜力和治疗应用
摘要“茎”的概念结合了调节未分化原始细胞的典型的无限自我再生潜力的分子机制。这些细胞具有导航细胞周期，进出静态G0相的独特能力，并保持产生多种细胞表型的能力。干细胞作为具有非凡再生能力的未分化前体，在整个人体中表现出异质性和组织特异性分布。对各种组织中不同干细胞种群的识别和表征彻底改变了我们对组织稳态和再生的理解。从造血到神经和肌肉骨骼系统，组织特异性干细胞的存在强调了多细胞生物的复杂适应性。最近的研究表明，主要在骨髓和其他基质组织内，有多种非脊髓性干细胞（非HSC）以及造血干细胞（HSC）的群体。在这些非HSC中，一个罕见的子集具有多能特征。在体外和体内研究表明，这些假定的干细胞的显着分化潜力，包括各种名称，包括多功能成年祖细胞（MAPC），骨髓分离的成年成人多琳多诱导细胞（迈阿密），小血液干细胞（SBSC），很小的胚胎样细胞（vsels），非常小的干细胞（VSELS）和多重依赖（Muse）和多个依赖（Muse）。关键字干细胞，缪斯细胞，VSEL，SBSC，迈阿密细胞，MAPC，多能分配给这些原始干细胞种群的多种命名词可能来自不同的起源或不同的实验方法。本综述旨在提出对源自基质组织的多能/多能干细胞各种亚群的综合比较。通过分析与这些人群相关的隔离技术和表面标记表达，我们的目的是描述基质组织衍生的干细胞之间的相似性和区别。了解这些组织特异性干细胞的细微差别对于释放其治疗潜力和推进再生医学至关重要。干细胞研究的未来应优先考虑共享实验室环境中方法论和协作研究的标准化。这种方法可以减轻研究结果的变异性，并促进科学伙伴关系，以充分利用多能干细胞的治疗潜力。