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滑膜组织的靶向转录组分析
兽医考虑抗菌管理，以保持抗菌药物的有效性和可用性。3 抗菌耐药性的出现促使人们研究替代或辅助治疗策略以减少抗菌药物的使用，包括再生疗法，如基于间充质基质细胞 (MSC) 的治疗和血小板裂解物。4–8 MSCs 具有固有的抗菌和免疫调节特性，通过抗菌肽和细胞因子分泌来招募单核细胞/巨噬细胞和中性粒细胞。9 –23 该研究小组和其他研究小组先前的研究表明，这些特性可以通过在体内给药之前用 Toll 样 (TLR) 和 Nod 样受体配体体外调节 MSCs 来增强，6、7、24、25 导致对细菌生长、中性粒细胞细菌吞噬作用和免疫调节细胞因子分泌的直接抑制增加，这在诱发啮齿动物金黄色葡萄球菌生物膜和犬类自然感染模型中均得到证实。8 这些发现鼓励进一步研究大型动物（马）耐甲氧西林金黄色葡萄球菌化脓性关节炎模型中的免疫调节细胞疗法。5 马自然发生的脓毒性关节炎的发展已得到充分证实，发生在穿透性创伤、滑膜内注射、关节镜检查或小马驹的血源性败血症之后。26–30 此外，马临床前模型对于患有关节感染的人类具有转化意义，因为与许多其他实验室物种相比，马在软骨厚度、关节负荷力和关节体积方面与人类更相似。31 我们之前证明，与仅用万古霉素 (VAN) 治疗关节相比，用 TLR-3 激动剂聚肌苷酸：聚胞苷酸 (pIC) 加万古霉素 (TLR-MSC-VAN) 激活的 MSCs 治疗脓毒症关节可显著降低滑液和滑膜中的细菌数量以及滑液中的促炎细胞因子 IL-18 和 IL-6。5 重要的是，在接受 TLR-MSC-VAN 治疗的马中，因疼痛和炎症而导致的跛行明显减少。重复 IA 注射在临床上耐受性良好，表明这种治疗方法可以在临床实践中安全实施。报告的结果表明，有必要进一步研究免疫调节细胞疗法，以改善抗菌素耐药性感染的治疗。询问然而，迄今为止，这项工作的一个局限性是，TLR-MSC 疗法在马关节体内发挥作用的作用机制尚未完全阐明，包括评估接受和未接受 MSC 疗法治疗的滑膜组织中与免疫细胞浸润相关的基因表达谱。因此，我们进行了额外的研究，利用最近推出的 Nanostring 基因表达技术，通过一个旨在评估马免疫和软骨反应的靶向面板，从机制上研究了之前报道的 TLR-MSC 疗法在马脓毒性关节炎模型中的临床效果。
海绵状组织的单细胞转录组分析揭示了周细胞的关键作用
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热碱性裂解GDNA从福尔马林固定的档案组织提取
福尔马林对自然史标本和组织病理学材料的固定历史上一直被视为成功基因组分析的障碍。然而，专门定制的提取方法的开发是与重度交联的档案构成抗衡的，将数百万先前被忽视的标本重新连接为可行的分子资产。在这里，我们提出了一种易于遵循的方案，用于筛选档案湿标本，用于分子活力和随后的基因组DNA提取，适合测序。该协议始于对标本降解和保存介质条件的非破坏性评估，使博物馆策展人和研究人员都可以选择在短阅读DNA测序期间最有可能产生可接受的比例（20-60％）的内源性DNA的标本。提取方案在缓冲液中使用热碱性裂解（0.1M NaOH，1％SDS，pH 13），同时裂解组织并脱离组织。为了最大程度地提高DNA恢复，苯酚：氯仿提取与小碎片优化的Spri Bead清洁结合。适用于保存完好的档案组织，该方案可以产生每50 mg组织的1-2μgDNA，其平均碎片大小通常在50-150 bp的范围内，该尺寸适合恢复足以恢复足够的基因组DNA，足以重建完整的线粒体基因组并获得高达25X核基因组的覆盖率。我们提供了向参考基因组读取映射的指导，并讨论了依靠小片段进行SNP基因分型和从头基因组组装的局限性。该协议为历史标本的更广泛的遗传和系统发育分析打开了大门，有助于更深入地了解进化趋势和适应性，以响应不断变化的环境。
EU资助的人类起源物质的行动 新规则，以提高血液，组织和... 的更高安全性和质量 公开呼吁兴趣表达
©欧盟，2023年允许对本文件的重复使用，只要给出适当的信用并指示任何更改（Creative Commons Attribution 4.0国际许可证）。对于欧盟不拥有的要素的任何用途或复制，可能需要直接从各个权利持有人那里寻求许可。所有图像©欧盟，除非另有说明。
相对于不同组织之间的核DNA量的线粒体DNA拷贝数差异
线粒体DNA是研究和诊断领域的广泛测试的遗传标记。尽管如此，对不同组织中其丰度和质量的了解仍然很少。为了获得有关mtDNA含量和质量的更深入的知识，我们研究了九个组织，包括血液，骨骼，脑，头发（根和轴），心肌，肝脏，肺，肺，骨骼肌，骨骼肌和颊粘膜，以及使用两个实时定量PCR的个体使用，具有不同的基于PCR的个体，具有不同的MTDNA和NDNA和NDNA的ndnna和NDNDNA。结果表明，nDNA的数量是估计个体组织中mtDNA量以及跨个体组织的较弱的替代物。尤其是头发显示出极大的变化，描绘了每个头发碎片的多个mtDNA分子的范围。此外，降解可能会导致PCR可用的片段更少。结果要求在下游基因分型测定之前平行确定mtDNA的数量和质量。
通过深度学习显着特征的雏鸡胚胎组织的精确分期
最近的工作表明，HH10雏鸡大脑中祖细胞的发育潜力迅速变化，伴随着形态的细微变化。这需要在此阶段增加对大脑研究的时间分辨率，因此需要精确和公正的分期。在这里，我们调查了是否可以使用151个专业标记图像的小数据集训练深卷卷神经网络为次级HH10小鸡大脑。通过使用生物学知情的转换和数据驱动的预处理步骤来增强我们的图像，我们成功地将分类器训练为次级HH10大脑至87.1％的测试准确性。为了确定是否可以使用分类器，我们使用随机对照和实验性小鸡机翼的图像（269）对其进行了重新训练，并获得了类似的高测试准确性（86.1％）。显着性分析表明，生物学相关的特征用于分类。我们的策略可以培训图像分类器，用于具有有限的显微镜数据的发育生物学中的各种应用。
作者校正：跨哺乳动物组织的通用DNA甲基化年龄
A. Lu，A。A。Hahani，R。Robeck A. Zoller，C。Z。Z. N. C. Blumstein。 Clarke，L。N. Cooper，M。L. Cossette，J。 Day，J。Derocco，C。Dold，E。Ehmke，C。C. Emmons，St.Erbay，C。Farery，Erbay，C。Faulkes，St.H。L. Gerber，V。N. N. Gladyshev，V。Glob，R。G. Goya，M。J. Grant，C。B. 绿色，呃。 N. A. A. A. Mattison，M。McClure，J.M.Meudt，G.A。Montano，K。Mozhui，J。Munshi-South，A。Naderi，M。Nagy，P。Odom，D。T。T. T. T. T. T. T. T. T. G. Ophir，A。G。Ophir，St。Osborn，EA。 A. Odder，K。M。Parsons，K。Paul，M。Pellegrini，K。JPeters，A。 B.A. Lu，A。A。Hahani，R。RobeckA. Zoller，C。Z。Z. N. C. Blumstein。 Clarke，L。N. Cooper，M。L. Cossette，J。Day，J。Derocco，C。Dold，E。Ehmke，C。C. Emmons，St.Erbay，C。Farery，Erbay，C。Faulkes，St.H。L. Gerber，V。N. N. Gladyshev，V。Glob，R。G. Goya，M。J.Grant，C。B.绿色，呃。 N.A. A. A. Mattison，M。McClure，J.M.Meudt，G.A。Montano，K。Mozhui，J。Munshi-South，A。Naderi，M。Nagy，P。Odom，D。T。T. T. T. T. T. T. T. T. G. Ophir，A。G。Ophir，St。Osborn，EA。 A. Odder，K。M。Parsons，K。Paul，M。Pellegrini，K。JPeters，A。B.B. Pedersen，J。L. Petersen，D。W. Pieters，G。M. Pinho，J。Plassais，J。R. Pogank，N。A. Prado，P。Reddy，B。R. R. R. R. R. Ribbins，J。Ryguez，A。A.B. Salman，A。Sanghavi，K。M. Schtschneider，D。Schmiter，T。Schmitt，L。Schomacher，L。B. Schook，K。E. Sears，A。W. Seifert，A。SeluanovA. Shanmugatayam，A。V。Shindyapina，M。Singh，K。Singh，I。Sinha，J。Slone，R。G。Slonell，E。Soltanmaohahammadi，M。C。Sp。 T. Stewart，V。J. Sugrue，B。Szladovits，J。S. Takahashi，M。Takasugi，E。C. Teeling，M。J. Thompson，B。van Bonn，S。C. Vernes，D。Villar，H。V. Venters，M。C. Wallingford，N。Wang，R。K. Wayne，G。S. Wilkinson，C。K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. Williams，R。W. Yang，B。Zhao，B。
一种有效，易于使用的方法，用于从福尔马林固定和石蜡包裹的胃组织中提取幽门螺杆菌DNA
福尔马蛋白固定石蜡包裹的（FFPE）组织作为活检或通过手术切除，代表了遗传信息的宝贵来源（1，2）。使用此类样品的主要优点是将患者的遗传分析结果与临床疾病的遗传分析结果相关联（3，4）。此外，比较了过去对一名患者的样品的分子研究结果和当前时间可以提供重要数据，以显示疾病的发育或严重程度的趋势（5）。尽管如此，由于最初采样后几年通常收集了后续临床信息，因此用于制备和存储存档标本的程序的详细信息不容易到达，甚至可能未知（6，7）。因此，归档标本的处理，例如提取
用于高分辨率组织学的大容量脑组织标准化的冷冻保护和冻结的技术平台
理解和映射人类连接是神经科学的长期努力，但是在冷冻调查过程中，与人脑大脑的大尺寸相关的显着挑战尚未解决。虽然较小的大脑（例如啮齿动物和果果会）一直是以前连接项目的重点，但较大的人脑的处理需要显着的技术进步。这项研究解决了在对齐的神经解剖坐标中冻结大脑的问题，其组织损伤最小，从而促进了大规模无变形的冷冻效果。我们报告了最有效，最稳定的冰点技术，该技术利用了适当的冷冻保护和利用工程工具（例如大脑主图案，定制设计的模具以及连续的温度监测系统）的适当选择。这种冻结的标准化方法可实现高质量的无失真组织学，使全世界的研究人员能够在细胞水平上探索人脑的复杂性。我们的方法结合了神经科学和工程技术，可以通过有限的资源来应对这一长期存在的挑战，增强了大型科学努力以外的发达国家的努力，促进了多种方法，并促进了合作。
跨哺乳动物组织的通用DNA甲基化年龄
衰老通常被认为是随机细胞损伤的结果，可以使用DNA甲基化轮廓准确地估计，这是泛组织表观遗传钟的基础。在这里，我们使用了来自哺乳动物甲基化财团的11,754个甲基化阵列，证明了普遍的泛哺乳动物时钟的发展，该甲基化阵列包括185种哺乳动物物种的59种组织类型。这些预测模型以高精度估算哺乳动物组织年龄（r> 0.96）。年龄偏差与人类死亡率风险，小鼠体形轴突变和热量限制相关。我们鉴定出具有甲基化水平的特定细胞，这些甲基化水平随着许多物种而随着年龄的增长而变化。这些位点高度富含多孔抑制性复合物2结合位置，几乎与哺乳动物发育，癌症，肥胖和寿命有关。我们的发现提供了新的证据，表明衰老在进化上是保守的，并与所有哺乳动物的发育过程交织在一起。