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基于基因组DNA分析的基于寡核苷酸阵列的CGH - 血液，细胞或组织的酶促标记
此快速参考指南旨在适用于经验丰富的用户，这些用户已经熟悉处理16件包幻灯片上的Angilent HT微阵列，以进行比较基因组杂交（CGH）。如果您是新用户，请参阅出版物G4132-90000，使用Agilent HT Microars-azymatic-emzymatic标记GDNA的高通量ACGH分析，该标记使用SERETAG HT KIT协议，这是该快速参考指南的全长版本。全长协议包括其他说明和详细信息，以及程序注释，套件内容的信息，所需的材料和设备以及故障排除提示。
从任务特定的异型模式域移位数据集中学习组织和脑病变的联合分割
从多模式MRI中进行的脑组织分割是许多神经影像分析管道的关键基础。已建立的组织分割方法并未开发出来应对由病理学（例如白质病变或肿瘤）引起的大型解剖变化，并且在这些情况下通常会失败。同时，随着深神经网络（DNN）的出现，脑损伤的分割显着成熟。然而，现有的方法很少允许对正常组织和脑病变的联合分割。当前，注释的数据集通常仅处理一个特定任务，并且依赖任务特定的成像协议，包括任务特定的成像模式集，因此目前妨碍了针对此类联合任务的DNN。在这项工作中，我们提出了一种新的方法，可以从聚合的任务特异性异型模式结构域构建关节组织和病变分割模型。从关节问题的各种公式开始，我们展示了如何通过经验分解和优化预期的风险。我们利用了处理跨数据集的异质成像方式的风险上限。为了应对潜在的域转移，我们基于数据增强，对抗性学习和伪健康的生成进行了整合并测试了三种常规技术。对于每个单独的任务，我们的联合方法与任务特定的和完全监督的模型相比具有比较性能。对两种不同类型的脑损伤进行评估，该框架将进行评估：白质病变和神经胶质瘤。在后一种情况下，缺乏用于定量评估目的的联合基础真相，我们提出并使用一种新型的临床上相关的定性评估方法。
基因选择，用于从单细胞转录组数据中对细胞位置的最佳预测
单细胞RNA-Sequencing（Scrnaseq）技术正在迅速发展。尽管在标准的scrnaseq概述中非常有用，但是丢失了原始组织中细胞的空间组织。相反，旨在维持细胞定位的空间RNA-seq技术的吞吐量和基因覆盖率有限。将SCRNASEQ映射到具有空间信息的基因上，在提供空间位置时会增加覆盖范围。但是，执行此类映射的方法尚未标记。为了填补这一差距，我们组织了梦想的单细胞转录组学挑战，重点是从scrnaseq数据中从果蝇胚胎中的细胞进行空间重新构造，利用了银标准，并带有银色标准基因，具有原位杂交数据，来自伯克利果蝇转录网络项目的原位杂交数据。34个参与的团队使用了不同的算法选择进行基因选择和位置预测，同时能够正确定位细胞的簇。选择预测基因对于此任务至关重要。预测基因的表达熵相对较高，空间聚类较高，并包括显着的发育基因，例如间隙和成对基因和组织标记。将前10种方法应用于斑马鱼胚胎数据集，产生了相似的性能和
精神分裂症个体的大脑和外周组织中microRNA生物发生机制的广泛转录破坏
摘要在精神分裂症中，大脑和周围组织中转录的改变可能是由于microRNA生物发生机制基因的表达改变所致。在这项研究中，我们探索了这些基因在脑和外围水平上的表达。我们使用闪亮的GEO应用来分析来自十个基因表达综合数据集的基因表达，以对编码MicroRNA生物发生机制的八种基因进行差异表达分析。首先，我们比较了候选受试者和精神分裂症患者在七个不同大脑区域的死后脑样本中的表达。然后，我们比较了三个外围组织中对照组受试者和精神分裂症个体之间候选基因的表达。在精神分裂症个体的大脑和周围组织中，我们报告了microRNA生物发生机制基因的明显改变的表达模式。在具有精神分裂症的个体的背侧前额叶皮层，缔合纹状体和小脑中，我们观察到某些候选基因的过表达模式表明这些大脑区域中miRNA产生增强。此外，在海马中确定了混合的转录异常。此外，在精神分裂症个体的血液和嗅觉上皮中，我们观察到了候选基因的独特异常转录模式。miRNA生物发生机制的转录破坏可能有助于脑和外周组织中的精神分裂症发病机理。值得注意的是，在精神分裂症患者中，我们报告了背外侧前额叶皮层，海马和小脑的DICER1过表达，以及血液中的dicer1上调，这表明它可能代表外围标记。
利用细胞外囊泡的天然特性实现针对特定细胞和组织的靶向递送
1 Percuros BV, 2333 CL 莱顿，荷兰； p.lara_arenas@lumc.nl （波兰）; achan@percuros.com (ABC) 2 转化纳米生物材料和成像 (TNI) 组，莱顿大学医学中心放射科，Albinusdreef 2, 2333 ZD 莱顿，荷兰； LJCruz_Ricondo@lumc.nl 3 智利大学高级慢性疾病中心（ACCDiS），Santos Dumont 964 Independencia，8380000 圣地亚哥，智利 4 智利大学医学院生物医学科学研究所（ICBM），细胞通讯实验室，细胞和分子生物学计划，运动、代谢和癌症研究中心（CEMC），智利大学医学院，Av. Independencia 1027，8380453 圣地亚哥，智利 5 智利大学药理学和毒理学系，药理学和毒理学学院，Santos Dumont 964 Independencia，8380494 圣地亚哥，智利 * 通信地址：aquest@med.uchile.cl (AFGQ); mkogan@ciq.uchile.cl （MJK）;电话：+56-229-789-636（AFGQ）； +56-229-782-897 (孟买)
通过腺相关病毒递送对小鼠体细胞组织进行线粒体腺嘌呤碱基编辑
。CC-BY 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2024 年 12 月 13 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2024.12.10.627690 doi：bioRxiv 预印本
使用果蝇种系组织中的长阅读RNA-seq鉴定和定量可转座元件转录本
转座元件（TES）是重复的DNA序列，可能能够在整个基因组中移动。除了它们固有的诱变效果外，TE还可以通过捐赠其内在的调节序列（例如促进细胞基因的异位表达）来破坏附近基因。te转录不仅对于TE换位本身是必需的，而且还可以与Te-Gene Fusion转录本相关，在某些情况下也是普遍转录的产物。因此，正确确定了TE副本的转录状态，是为了理解TE在宿主基因组中的影响。识别和量化TE转录的方法主要依赖于简短的RNA-seq读取以在家庭级别估算TE表达，同时使用特定算法来区分副本特定的转录。但是，将简短的读数分配给其正确的基因组位置，基因组特征并不是微不足道的。在这里，我们检索了果蝇的全长cDNA（远程prime，词汇），并使用牛津纳米孔技术进行了对其进行验证。我们表明，可以使用长阅读RNA-Seq来识别和量化复制级别的转录TE。尤其是，使用长读数比简短读数更好地估计了插入过度插入的注释基因。尽管如此，长TE转录本（> 4.5 KB）并未得到很好的捕获。大多数表达的TE插入对应于失去其转置能力的副本，在家庭中，只有几份副本表示。长阅读测序还允许识别约107个TE副本的剪接转录本。总的来说，睾丸和卵巢之间TE的第一个比较在子类和插入水平上发现其转录景观中的差异。
X染色体超表达和雄性组织中灭活的动力学
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2024年7月3日。 https://doi.org/10.1101/2024.07.01.601468 doi：Biorxiv Preprint
对Pegasos组织清除方法以及口腔和颅面组织的深度成像的简短综述
背景：共聚焦显微镜的出现彻底改变了我们可视化整个组织和器官结构的能力。尽管有这些进步，但组织样品的固有不透明度将共焦显微镜的成像深度限制为大约100 mi cromenter。为了规避这一限制，已经开发了组织清除技术。这些方法采用物理和化学处理来使组织透明，从而减少了图像采集期间的光吸收和散射。与三型男性成像技术配对时，组织清除可以使整个组织结构的全面可视化。在该领域的最新广告中，是聚乙烯乙二醇（PEG）相关的溶剂系统（PEGASOS），这是一种新型的组织清除方法，由于其有效的硬组织和软组织的有效清除特性而显示出希望。
