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福尔马林对自然史标本和组织病理学材料的固定历史上一直被视为成功基因组分析的障碍。然而，专门定制的提取方法的开发是与重度交联的档案构成抗衡的，将数百万先前被忽视的标本重新连接为可行的分子资产。在这里，我们提出了一种易于遵循的方案，用于筛选档案湿标本，用于分子活力和随后的基因组DNA提取，适合测序。该协议始于对标本降解和保存介质条件的非破坏性评估，使博物馆策展人和研究人员都可以选择在短阅读DNA测序期间最有可能产生可接受的比例（20-60％）的内源性DNA的标本。提取方案在缓冲液中使用热碱性裂解（0.1M NaOH，1％SDS，pH 13），同时裂解组织并脱离组织。为了最大程度地提高DNA恢复，苯酚：氯仿提取与小碎片优化的Spri Bead清洁结合。适用于保存完好的档案组织，该方案可以产生每50 mg组织的1-2μgDNA，其平均碎片大小通常在50-150 bp的范围内，该尺寸适合恢复足以恢复足够的基因组DNA，足以重建完整的线粒体基因组并获得高达25X核基因组的覆盖率。我们提供了向参考基因组读取映射的指导，并讨论了依靠小片段进行SNP基因分型和从头基因组组装的局限性。该协议为历史标本的更广泛的遗传和系统发育分析打开了大门，有助于更深入地了解进化趋势和适应性，以响应不断变化的环境。
热碱性裂解GDNA从福尔马林固定的档案组织提取
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