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SLGH3.15，GH3基因家族的成员，通过调节番茄中的生长素稳态来调节横向根的发育和重力反应
多个Gretchen Hagen 3（GH3）基因通过其在维持激素稳态中的作用而与植物生长和发育的一系列过程有关。但是，关于GH3基因在番茄（Solanum lycopersicum）中的功能的研究有限。在这项工作中，我们研究了番茄GH3基因家族成员SLGH3.15的重要功能。SLGH3.15的过表达导致该植物的上述和地下部分的严重矮人，伴随着自由IAA含量的大幅降低，并降低了SLGH3.9的表达，SLGH3.9（SLGH3.15）的表达。IAA的外源供应对原始根的伸长产生了负面影响，并部分恢复了SLGH3.15 -ERCORTEXPRYSE线中的重力缺陷。 虽然在SLGH3.15 RNAi线中未观察到表型变化，但SLGH3.15和SLGH3.9的双基因敲除线对使用生长素极性转运抑制剂的处理敏感不太敏感。 总的来说，这些发现揭示了SLGH3.15在IAA稳态中的重要作用，并且是自由IAA积累和番茄中侧根形成的负调节剂。IAA的外源供应对原始根的伸长产生了负面影响，并部分恢复了SLGH3.15 -ERCORTEXPRYSE线中的重力缺陷。虽然在SLGH3.15 RNAi线中未观察到表型变化，但SLGH3.15和SLGH3.9的双基因敲除线对使用生长素极性转运抑制剂的处理敏感不太敏感。总的来说，这些发现揭示了SLGH3.15在IAA稳态中的重要作用，并且是自由IAA积累和番茄中侧根形成的负调节剂。
CRISPR/Cas 基因组编辑在番茄改良中的应用
番茄的遗传基础狭窄，给育种带来了严峻挑战。因此，随着成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 相关蛋白 9 (CRISPR/Cas9) 基因组编辑的出现，快速高效的番茄育种已成为可能。番茄的许多性状已使用 CRISPR/Cas9 进行编辑和功能表征，例如植物结构和花的特性（例如叶、茎、花、雄性不育、果实、单性结实）、果实成熟、品质和营养（例如番茄红素、类胡萝卜素、GABA、TSS、花青素、保质期）、抗病性（例如 TYLCV、白粉病、晚疫病）、非生物胁迫耐受性（例如热、旱、盐度）、CN 代谢和除草剂抗性。CRISPR/Cas9 已被证明可用于将野生近缘种的优良性状从头驯化到栽培番茄，反之亦然。 CRISPR/Cas 的创新允许使用在线工具进行单向导 RNA 设计和多路复用、克隆（例如 Golden Gate 克隆、GoldenBraid 和 BioBrick 技术）、强大的 CRISPR/Cas 构建体、高效的转化方案（例如农杆菌）和用于 Cas9-gRNAs 核糖核蛋白 (RNPs) 复合物的无 DNA 原生质体方法、Cas9 变体（例如无 PAM 的 Cas12a 和 Cas9-NG/XNG-Cas9）、基于同源重组 (HR) 的双生病毒复制子基因敲入 (HKI) 以及碱基/引物编辑（Target-AID 技术）。这篇小型评论重点介绍了 CRISPR/Cas 在番茄快速高效育种方面的最新研究进展。
樱桃西红柿和蔬菜西红柿中七种杀真菌剂的残留特性
使用GC-ECD进行了修改的Quechers方法，以确定pyraclostrobin，difenoconazole，dimethomorph和Azoxystrobin的多重残基，并通过GC-FPD（与S滤波器）间接确定MANEB，MANCOZEB和MANCOZEB和PROPINEB的总残留物（具有S滤波器）。同时，根据良好的农业实践（GAP）进行了现场试验，以研究其在广西省农业气候和农作物系统下残留降解的特征。每个目标峰的分离效应良好，线性范围为0.01 - 5 mg l 1，检测极限（LOD）为0.003 - 0.015 mg kg 1，量化量（LOQ）的限制为0.01 - 0.01 - 0.05 mg kg kg 1。蔬菜西红柿和樱桃番茄的平均回收范围分别为70.5 - 120.0％和70.8 - 119.8％，相对标准偏差（RSD）小于7.1％。对植物和樱桃番茄中七种杀菌剂的现场试验表明，二硫代氨基酸杀菌剂的半衰期（t 1/2）（t 1/2）（Metiram，Mancozeb和prepineb和PresineB）定义为总残留物，确定为CS 2），吡咯蛋白，二核蛋白酶，二核疫苗，以及5. difenocors，dimethobsy of 5 12.7 - 17.8，7.6 - 7.9，6.6 - 6.9和6.3 - 6.6 d分别为蔬菜西红柿。樱桃番茄的范围分别为4.3 - 4.5，10.8 - 11.8，6.7 - 7.0，5.4 - 5.5和5.9 - 6.2 d。因此，樱桃番茄可以被视为西红柿的代表性品种，以实现剩余的外推，以建立西红柿中杀真菌剂的最大残留限量（MRL）值并进行市场监测。结合最终的残基和市场监测结果，结果表明，樱桃番茄的末期残留物，初始沉积物和七种杀真菌剂的最大残留物比蔬菜西红柿高，可以在从三个市场购买的樱桃番茄中检测到这七种农药。
番茄野生近缘种在培育无病品种中的作用
摘要：栽培番茄（Solanum lycopersicum）是世界上经济价值最高、种植最广泛的蔬菜作物之一。然而，番茄植株经常受到生物和非生物胁迫的影响，从而降低产量并影响果实品质。栽培番茄的表型多样性很明显，特别是园艺性状，但遗传多样性相当狭窄。针对病毒、真菌、细菌和线虫等不同病原体的主要抗病基因主要来自野生番茄品种，并渗入栽培番茄中。在这里，我们列出了在 S. pimpinellifolium、S. habrochaites、S. peruvianum、S. chilense、S. pennellii、S. galapagense、S. arcanum 和 S. neorickii 中发现的主要病虫害抗性基因，并展望了当前对番茄野生近缘种的了解与所需了解之间的差距。
栽培番茄（Solanum lycopersicum）无DNA基因组编辑及原生质体再生方法的建立
摘要 关键信息 我们建立了一种基于核糖核蛋白的CRISPR/Cas9无DNA基因组编辑方法在栽培番茄中应用，并获得了高突变率的转染原生质体再生突变植株。 摘要 近年来，基因组编辑作为一种研究和育种方法的应用为许多作物的性状改良提供了许多可能性。在栽培番茄（Solanum lycopersicum）中，迄今为止只建立了携带CRISPR/Cas9试剂的稳定的农杆菌介导转化方法。转染原生质体芽再生是基于核糖核蛋白的CRISPR/Cas9无DNA基因组编辑方法在栽培番茄中应用的主要瓶颈。在本研究中，我们报道了利用CRISPR/Cas9技术实现栽培番茄的无转基因育种方法，包括优化原生质体分离和克服转染原生质体芽再生障碍。结果表明，含0.1 mg/L IAA和0.75 mg/L玉米素的芽再生培养基为最佳激素组合，再生率可达21.3%。原生质体分离转染4个月后，成功获得高突变率的再生植株。获得的110株再生M 0 植株中，有35株（31.8%）同时发生SP和SP5G基因突变，SP或SP5G基因中至少一个等位基因的编辑效率高达60%。
使用顺反组数据和可解释的深度学习进行番茄全基因组顺式解码以进行表达设计
* 通讯作者：takashia@okayama-u.ac.jp † 资深作者 T.Ak.、KM 和 EK 对本研究的贡献相同。T.Ak. 和 SU 构思了这项研究。T.Ak.、TK 和 T.Ar. 设计了实验。T.Ak.、KM、EK 和 TK 进行了实验。T.Ak.、KM、EK 和 KT 分析了数据。T.Ak.、YK 和 KU 建造并维护了设施。T.Ak.、KT 和 SU 开发了程序和分析代码。T.Ak.、KM、EK、TK、T.Ar. 和 SU 起草了手稿。所有作者均认可了手稿。根据作者须知 (https://academic.oup.com/plcell) 中所述的政策，负责分发与本文所述研究结果相关的材料的作者是：Takashi Akagi (takashia@okayama-u.ac.jp)。
基因1表达在野生西红柿2
现在可以理解，渗入可以充当强大的进化力，提供了31种遗传变异，可以影响性状进化的过程。渗入还引起了共有的32个进化史，该历史不会被物种系统发育所捕获，可能会使使用物种树的33个进化分析复杂化。这种分析通常是对跨物种的基因34表达数据进行的，其中数千个性状值的测量允许35个强大的推论，同时控制共享的系统发育。在这里，我们提出了一个布朗36运动模型，用于在多种族网络联合37框架下进行定量性状演化，这表明当数千种定量性状平均时，渗入可以产生38个进化的明显收敛模式。我们使用来自野生番茄属40茄的胚珠中的全转录组表达数据来测试我们的理论39预测。检查两个子层都有两者都有特种后渗入的证据，即41，但在其幅度上有很大差异，我们发现进化模式是一致的42，与胚珠基因表达的符号和幅度的渗入历史保持一致。43此外，在渗入速率较高的子层中，我们观察到局部基因树拓扑与表达相似性之间的相关性44，这暗示了渗入45个CIS调节性变化在产生这些宽尺度模式中的作用。48我们的结果揭示了一般作用46在数千种定量性状47的变化模式中渗入的一般作用46，并使用简单的模型信息预测为这些效果提供了一个框架。
利用原生质体再生技术对野生四倍体番茄 Solanum peruvianum 进行无 DNA CRISPR-Cas9 基因编辑
*通讯作者：yalin@sinica.edu.tw † 资深作者 C.-SL、Y.-CL、JS 和 M.-CS 构思并设计了实验。C.-TH 和 Y.-HY 进行了 CRISPR-Cas9 实验。C.-TH、Y.-HY、Q.-WC、J.-JY 和 F.-HW 进行了原生质体再生、细胞生物学、分子生物学和靶向诱变实验。SL 进行了 SpCas9 纯化。Y.-LW 进行了 WGS 文库制备和 qPCR 分析。P.-XZ、T.-LW 和 Y.-CL 进行了生物信息学分析。Y.-HC、C.-TH、C.-SL、Q.-WC 和 F.-HW 进行了病毒相关分析。C.-TH 进行了细胞生物学。C.-TH 和 S.-IL 进行了嫁接。 JS、M.-CS、Y.-CL 和 C.-SL 在所有合著者的帮助下撰写了手稿。所有作者都阅读并批准了最终稿件。根据作者须知 (https://academic.oup.com/plphys/pages/General-Instructions ) 中所述的政策，负责分发与本文所述研究结果相关的材料的作者是 Yao-Cheng Lin (yalin@sinica.edu.tw)。
CAS9商业番茄品种的基因组编辑
1。简介番茄（Solanum lycopersicum l。）是世界上几乎每个国家的田野和温室条件中广泛种植的世界主要蔬菜作物之一（Singh等，2017）。商业生产的西红柿被新鲜食用或用于生产番茄的产品。除了成为维生素A，C，K和钾的良好来源外，西红柿还与许多健康益处有关，因为其丰富的代谢物（如植物营养素，番茄红素和类胡萝卜素）（Tanambell等人，2019年）。其在食品行业的高消费和利用率导致番茄产量稳定，尤其是近年来。番茄也被用作模型植物，以了解水果质量改善，植物生殖增强和植物功能基因组学的遗传背景（Khan等，2006）。