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使用深度学习的建模胰岛增强剂可以确定与T2D和血糖性状相关的基因座的候选因果变异。
遗传关联研究已经确定了数百个与2型糖尿病（T2D）和相关性状相关的独立信号。尽管取得了这些成功，但鉴定遗传关联信号基础的特定因果变异仍然具有挑战性。在这项研究中，我们描述了一种深度学习（DL）方法，以分析序列变体对增强子的影响。专注于胰岛（T2D相关组织），我们表明我们的模型学习了胰岛特异性转录因子（TF）调节模式，可用于优先考虑候选因果变体。在与T2D和相关血糖性状相关的101个遗传信号中，在链接不平衡中发生多种变体，我们的方法提名每个关联信号的单个因果变体，包括先前显示的三种变体在胰岛含量与含量的细胞类型中改变了报告基因的活性。对于与血糖水平相关的另一个信号，我们使用胰岛β细胞系中的统计细胞映射测试所有候选因果变异，并显示出对模型定位变体TF结合的等位基因影响的生化证据。为了帮助未来的研究，我们公开分发了约6700万个遗传变异的模型和胰岛增强子扰动分数。我们预计，本研究中提出的DL方法将增强候选因果变异的优先级，用于功能研究。
杂种中微型玫瑰的交叉性以及定量和定性性状
盆栽微型玫瑰是流行的室内装饰植物。由于消费者的需求，每年都会将不同的品种引入市场。最广泛使用的用于开发盆栽缩影的方法是交叉育种。研究了六个不同的流行锅微型玫瑰，作为女父母，罗莎·奇异果（Rosa Centifolia）和黑人巴克卡拉（Backa Baccara）作为男性父母以及190个f 1杂种，以确定可交叉性和杂种效应的程度以及用于确定微型玫瑰繁殖潜力的几种定量和定性性状的杂种效应。花粉生存能力和花粉发芽率的百分比分别在48.61％和61.27％和23.26％和32.19％之间。所有品种在水果集，果实的重量，总组，种子的重量，每种水果的种子数量和种子发芽率之间表现出很强的相关性。品种罗莎·怀特（Rosa White Star）作为女性父母，表现出良好的果实和交叉成功，而胡安妮塔·科尔达娜（Juanita Kordana）的交叉成功率很差。穿越后的最大设置是Rosa White Star×R。Centifolia，占水果的75％，132个总种子和0.68 g的种子重量。从Rosa Bling Love Star×R.Centifolia获得的每种水果种子数量最多（12.63），红色浪漫×黑色Baccara的种子速率最大发芽（48％）。杂产和杂种的潜力各不相同，并且在F 1后代之间的各种定性和定量性状方面表现出对比度的表现。通过基于表型变异的聚类分析将父母和F 1杂种分为三组。
基因型、形态生理生化特性和生长介质对番茄保质期的影响以及基因编辑的未来前景
西红柿是蛋白质、矿物质、维生素和必需氨基酸最廉价、最容易获取的储存库（Stephen et al., 2014），含有丰富的抗氧化剂和生物活性化合物，如酚类、黄酮类、β-胡萝卜素和番茄红素，可作为对抗病原体的内源性防御机制（Simova-Stoilova et al., 2006; Bhowong et al., 2009; Pinela et al., 2012）。成熟西红柿中含有的番茄红素是一种抗氧化剂，可以抵御致癌成分。类胡萝卜素番茄红素是最重要的抗氧化剂之一，与降低多种癌症和心脏病的风险有关（Adeniyi and Ademoyegun, 2012）。研究发现，与使用传统肥料种植的番茄相比，有机种植的番茄对营养成分有显著影响 (Shankar 等人，2012)。多项研究表明，有机农业可以改善水果和蔬菜的营养特性 (Luthria 等人，2010)。相关研究表明，与传统种植的番茄汤相比，有机番茄汁含有更多的酚类物质和亲水性抗氧化剂 (Vallverdu 等人，2012)。有机肥料的使用在确保生产的可持续性方面发挥着重要作用，可以保护当前和后代的原始供应，同时提供高质量和更长的保质期 (Rembia ł kowska，2007)。向土壤中添加有机肥可以增强微生物活性，提高其保存肥料的能力，最终提高肥力和肥料利用率 (Nanwai 等人，1998)。大量可用的有机物质，例如农家肥、家禽粪便和泥炭肥料，应被视为替代且经济的肥料来源。此外，有机肥料可以作为土壤中微生物的能量来源，从而改善土壤成分和植物生长。为了减少天然岩石肥料对环境的不良影响，以及由于番茄果实的营养价值而导致消费者对番茄果实的需求不断增加，科学家和种植者纷纷开发满足延长保质期要求的方法。本研究旨在评估形态生理生化特性、有机无机营养源的影响，并确定保质期最好的番茄品种。
基于系统的基于图像的基于斑马鱼幼虫中复杂性状的遗传筛选
摘要具有数以千计的基因组关联研究对复杂特征鉴定的基因座，需要在体内模型系统中可靠，迅速推断大量候选基因的作用。基于F 0斑马鱼中的基于CRISPR/CAS9的功能屏幕代表这样的系统。然而，到目前为止使用的负面对照 - 包括加扰的指南RNA（GRNA），灭活的CAS9和假注射 - 不会引起与CRISPR/CAS9相同的细胞和有机反应，并且可能会加剧结论。在这里，我们表明，靶向KITA促进了成功的诱变，更高质量的成像数据以及病例和对照的有效分类的有效的光学预筛查。我们鉴定并测试了两个靶向具有类似高诱变效率和对色素作用的kita的GRNA，并且没有对心脏代谢性状的脱靶效应或主要影响。我们提出了几种方法，这些方法将得出有效的，公正的结论。
利用叶片光谱和偏最小二乘回归估计东亚森林树种的六个叶片性状
作者：Nakaji, Tatsuro;小熊，弘之；中村正宏；帕尼达姐妹；希望，路；马罗德，多克拉克；相叶正宏；黑川，弘子；小杉，Y；卡西姆，阿卜杜勒·拉赫曼；日浦津
基于Biobert的SNP特征协会从...
I。在全基因组关联研究（GWAS）中，分析了基因组之间的遗传变异，以鉴定与特定疾病或性状统计上有关的遗传变异。GWA旨在识别基因型与表型之间的关联[1]。他们检查了遗传变异的等位基因频率在遗传相关但表型差异的个体中的差异。GWA中研究的最常见的遗传变异是单核苷酸多态性（SNP）[2]。SNP是DNA水平上的单基突变[3]。这些多态性几乎位于每个基因附近，可以用作遗传标记。也可以使用SNP检测基因和表型之间的关联，尤其是在具有多因素遗传学的疾病中[4]。
退化河流沿岸的河岸森林组成和功能特征与自然演替的差异，具有多种压力源遗留
Philippe Janssen、John C. Stella、Hervé Piégay、Bianca Räpple、Bernard Pont 等人。退化河流沿岸森林组成和功能特征与自然演替的差异，具有多种压力源遗留。整体环境科学，2020 年，721，第 15/137730 页。10.1016/j.scitotenv.2020.137730。hal-03026265
通过相图和模糊递归图探索大脑功能中的非线性动力学
自然界中发现的大部分复杂性和多样性都是由非线性现象驱动的，这对于非线性动力学与大脑之间的关系也是如此。计算机模拟表明，包括大脑在内的许多生物系统都表现出近乎混乱的行为。非线性动力学理论已成功地从生物物理学的角度解释了大脑功能，统计物理学领域在理解大脑连接和功能方面继续取得实质性进展。本研究使用生物物理非线性动力学方法深入研究复杂的大脑功能连接。我们的目标是发现高维和非线性神经信号中隐藏的信息，希望提供一种有用的工具来分析功能复杂网络中的信息转换。通过利用相图和模糊递归图，我们研究了复杂大脑网络功能连接中的潜在信息。我们的数值实验包括合成线性动力学神经时间序列、物理上真实的非线性动力学模型和生物物理上真实的神经质量模型，结果表明，相图和模糊递归图对神经动力学的变化高度敏感，并且它们还可用于根据结构连接预测功能连接。此外，结果表明，神经元活动的相轨迹编码低维动力学，相图形成的极限环吸引子的几何特性可用于解释神经动力学。此外，我们的结果表明，相图和模糊递归图可以使用真实的 fMRI 数据捕捉大脑中的功能连接，并且这两个指标都能够捕捉和解释特定认知任务期间的非线性动力学行为。总之，我们的研究结果表明，相图和模糊递归图可以作为非常有效的功能连接描述符，为大脑中的非线性动力学提供有价值的见解。
中国水稻产量性状功能基因克隆及分子设计育种研究进展
水稻是我国的主要粮食作物，对国际粮食稳定有着重要贡献。随着水稻基因组测序、生物信息学和转基因技术的进步，我国科研人员发现了控制水稻产量的新基因，解析了遗传调控网络，建立了分子设计育种新框架，取得了许多变革性的成果。本文介绍了近年来我国在水稻产量性状研究方面的一些突破和分子设计育种方面的一系列成果，综述了产量性状相关功能基因的鉴定与克隆以及水稻功能基因的分子标记开发，以期对下一步的分子设计育种工作及进一步提高水稻产量起到借鉴作用。
通过对番茄和玉米分泌物的转录组反应揭示植物定植菌东湖假单胞菌 P482 的宿主适应性特征
假单胞菌具有代谢灵活性，可以在不同的植物宿主上茁壮成长。然而，宿主滥交所需的代谢适应性尚不清楚。在这里，我们通过采用 RNAseq 并比较东湖假单胞菌 P482 对两种植物宿主（番茄和玉米）根系分泌物的转录组反应来弥补这一知识空白。我们的主要目标是找出这两种反应之间的差异和共同点。仅由番茄分泌物上调的途径包括一氧化氮解毒、铁硫簇的修复、通过对氰化物不敏感的细胞色素 bd 进行呼吸以及氨基酸和/或脂肪酸的分解代谢。前两个表明测试植物的分泌物中存在 NO 供体。玉米特异性地诱导了 MexE RND 型外排泵的活性和铜耐受性。与运动相关的基因由玉米诱导，但被番茄抑制。对渗出液的共同反应似乎受到来自植物的化合物和来自其生长环境的化合物的影响：砷抗性和细菌铁蛋白合成上调，而硫同化、柠檬酸铁和/或其他铁载体的感知、血红素获取和极性氨基酸的运输下调。我们的研究结果为探索植物相关微生物的宿主适应机制提供了方向。