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肝内胆管癌患者的分子肖像，他们在化学疗法上以快速的进步者或长期生存者的身份分歧
抽象的客观细胞毒性剂是治疗肝内胆管癌（ICCA）的治疗的基石，尽管有异质益处。我们假设诊断活检的预处理分子谱可以预测患者从化学疗法中受益，并定义先天化学耐药性的分子碱基。设计，我们确定了具有可比基线特征的晚期ICCA患者的队列，这些患者在化学疗法方面具有极端异常值（RP Progressors，RP中的生存<6 m；长期存活者中的生存> 23 m，LS）。诊断活检的特征是数字病理学，然后经过散装和地理空间占地组织区域的全转录组分析。使用靶向数字空间分析（GEOMX）进行肿瘤浸润的髓样细胞的空间转录组学。 在切除的癌症中评估了转录组特征。 签名也使用体外细胞系，体内小鼠模型和单细胞RNA测序数据表征。 结果预处理转录组曲线分化的患者将成为RPS或LSS化学疗法的患者。 从生物学上讲，该签名源自肿瘤乳突动力学的改变，暗示肿瘤诱导的免疫耐受性，对化学疗法的反应不佳。 RPLS转录组签名与ICCA中的临床结局的关联以及肝外肝外CCA和结直肠癌的肝转移中的临床结局的关联，但在匹配的原发性肠肿瘤中没有。使用靶向数字空间分析（GEOMX）进行肿瘤浸润的髓样细胞的空间转录组学。在切除的癌症中评估了转录组特征。签名也使用体外细胞系，体内小鼠模型和单细胞RNA测序数据表征。结果预处理转录组曲线分化的患者将成为RPS或LSS化学疗法的患者。从生物学上讲，该签名源自肿瘤乳突动力学的改变，暗示肿瘤诱导的免疫耐受性，对化学疗法的反应不佳。RPLS转录组签名与ICCA中的临床结局的关联以及肝外肝外CCA和结直肠癌的肝转移中的临床结局的关联，但在匹配的原发性肠肿瘤中没有。结论RPLS签名可能是ICCA化学疗法结果的新型指标。有必要进一步开发和验证该转录组签名，以在这些情况下制定精确的化学疗法策略。引言肝内胆管癌（ICCA）是由
蛋白抑制基于新型多细胞性状的演变
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年1月22日。 https://doi.org/10.1101/2023.05.31.543183 doi：biorxiv preprint
社论：植物复杂性状遗传解析的统计方法进展
在实际数据分析中，最常用的全基因组关联研究（GWAS）方法往往会遗漏一些重要的位点和性状遗传力。针对这些挑战，Li等（2022a）基于压缩方差分量混合模型建立了一种创新方法3VmrMLM。在3VmrMLM中，数量性状核苷酸（QTN）、QTN与环境互作（QEI）和QTN与QTN互作（QQI）检测中的所有效应都被压缩到一个效应相关向量中，而所有多基因背景都被压缩到一个向量相关的多基因背景中。该方法特别适用于杂合基因型比例较高的物种，如人类、森林、菊花和草原。3VmrMLM能取代现有的方法吗？答案是否定的，尽管3VmrMLM表现出优于现有方法的优势。对于以加性效应为主导的位点的检测，现有方法仍然适用，如在水稻、小麦和大豆中观察到的。由于 GWAS 基于历史重组的连锁不平衡，因此方法之间存在互补性（Zhang et al., 2019 ）。然而，现有方法在检测显性效应和小等位基因替换效应方面面临挑战（Zhang et al., 2023 ）。在分析真实数据时，通货膨胀因子或分位数-分位数图是评估方法性能的常用指标。然而，这对于我们的 mrMLM 和 3VmrMLM 方法（Zhang et al., 2020 ; Li et al., 2022a ）并不重要，因为它们的全基因组扫描旨在选择潜在相关的标记，而不是识别
通过水产养殖中的基因编辑优化商业性状
这是根据Creative Commons Attribution-Noncormercial-Noderivs许可条款的开放访问文章，该许可允许在任何媒介中使用和分发，只要正确地提到了原始工作，该使用是非商业用途，并且没有进行修改或改编。©2023作者。在澳大利亚约翰·威利（John Wiley＆Sons Australia）发表的水产养殖评论
深入研究人工智能摘要的语言特征
科学学术文章的摘要是一种元话语，由明确的语言标记和表达方式组成，使作者能够总结自己的话语。它在传达研究意图方面起着至关重要的作用，并使读者能够决定文章是否有趣。写得好的摘要是一种连贯而有凝聚力的文本，它用有限的字数传达了研究目标、简要背景和研究结论。由于 ChatGPT 1 (CG) 生成的文本自信而流畅，研究人员最近使用它来生成科学学术文本。最近，CG 撰写的几篇期刊和会议出版物已经亮相[2、15、23]。然而，科学家们对 ChatGPT 在科学[21、22]和教育[1、17]中的使用提出了严重担忧。大型语言模型生成的语言流畅度令人震惊，它对人类编写的文本和人工智能生成的文本之间的区分提出了挑战。早期的研究工作在好奇心的驱使下，揭示了 QA [ 13 ]、通用 [ 8 , 14 , 19 ] 文本中人类书写文本和 CG 文本的语言模式差异。由于人工智能在成功生成科学学术文本方面已被证明有用 [ 2 , 15 ]，现在有必要开发工具来识别已提交论文中人工智能生成的内容并检测论文写作中的不道德行为。这方面的研究服务于
两个单倍型解析的基因组揭示了大叶绣球花（Hydrangea macrophylla）的重要花朵特征以及对菊科植物进化的见解
绣球花属属于绣球花科，属于开花植物山茱萸目，该目早期在菊科中分化，包括几种常用的观赏植物。其中，大叶绣球是苗圃贸易中最有价值的物种之一，但这种作物或密切相关的菊科物种的基因组资源很少。绣球花品种“Veitchii”和“Endless Summer”的两个高质量单倍型解析参考基因组[最高品质为 2.22 千兆碱基对 (Gb)、396 个重叠群、N50 22.8 兆碱基对 (Mb)]被组装并支架到预期的 18 条假染色体中。利用新开发的高质量参考基因组以及其他相关开花植物的高质量基因组，发现核数据支持菊科植物演化支中的单个分歧点，其中山茱萸目和杜鹃花目均与真菊科植物分化。使用 F 1 杂交种群进行基因作图证明了连锁作图与新基因组资源相结合的强大功能，可以识别位于 4 号染色体上的花序形状基因 CYP78A5 和位于 17 号染色体上的导致重花的新基因 BAM3。本研究开发的资源不仅有助于加速绣球花的遗传改良，还有助于了解最大的开花植物群——菊科植物。
大脑动力学的堆叠模型可以提高 fMRI 对受试者特征的预测
2 在 HMM-MAR MATLAB 工具箱和 glhmm Python 工具箱中，这由 'DirichletDiag'/'dirichlet_diag' 选项指定。3 𝐾= 6, 𝛿= 10 4 𝐾∈{3,6,9,12, 15},𝛿∈{10,100, 1000, 10000, 100000} 。有关详细信息，请参阅补充表 SI-3。
在水果作物中使用分子标记的特征和遗传多样性分析
摘要。引入分子标志物已导致水果作物的遗传多样性变化。它们对于多种学科至关重要，例如分类法，基因映射，系统发育分析和疾病抗性评估。这项广泛的研究着眼于各种分子标记，包括AFLP，RAPD，SSRS，SCOT和SNP，以表征水果作物基因组。我们研究了它们如何有助于我们对疾病抗病性，遗传多样性和进化论，在多种果实作物中的动态，例如坚果和热带，亚热带和温带水果。繁殖者现在可以创建具有改善性状，更快的繁殖时间表和更好遗传资源保护的新品种。他们使进行自定义的遗传分析并更深入地了解农业以外的其他领域的遗传学和进化是可行的。从水果作物，保护计划以及更大的科学和医学领域中遗传资源的可持续使用都受到这种历史观点的影响。
植物基因组利用和编辑以获得有用性状
住宿和交通补贴 学员将根据其有资格获得的旅行等级获得往返火车或公共汽车的交通费，但最高不得超过 AC II 级。交通补贴将根据旅行证明和资金情况支付。培训期间，学员将享受免费食宿（合租）。 如何到达 NIPB NIPB 位于 IARI、Pusa 校区的 LBS 大楼内，可通过地铁（最近的地铁站：Rajendra Place）、当地巴士、预付费汽车和出租车轻松抵达德里所有三大火车站。它位于新德里火车站以西约 8 公里处，距离州际巴士总站 10 公里。距离新德里英迪拉甘地国际机场 20 公里。 天气 德里位于北纬 28.38° 和东经 77.13°，位于印度北部。此期间天气寒冷，平均气温为 17-22°C。 CAFT 主任 Ramcharan Bhattacharya 教授，NIPB 主任 director.nipb@gmail.com 电话：011-25848783；传真：011-25843984 课程协调员 Tapan Kumar Mondal 博士，NIPB 首席科学家，新德里 - 110012。9958711064，011-25841787 分机：326 caftnipb2023@gmail.com
饮食质量的血液DNA甲基化特征和与心脏代谢性状的关联
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