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对转录因子剂量逐渐调制的非线性转录响应
与常见特征和疾病相关的基因组基因座通常是非编码的，并且可能影响基因表达，有时与目标基因中罕见的功能丧失变体相吻合。但是，我们对基因剂量逐渐变化如何影响分子，细胞和生物性状的理解是有限的。为了解决这一差距，我们使用CRISPR激活和失活引起了四个基因的基因表达的逐渐变化。使用靶向的单细胞多模式测序检查了三个与血细胞性状（GFI1B，NFE2和MYB）相关的三个主反式调节剂（GFI1B，NFE2和MYB）剂量调节的下游转录后果。我们表明，在TSS周围铺平的指导是调节各种倍数变化范围内CIS基因表达的最有效方法，其染色质可及性和组蛋白标记的进一步影响在抑制和激活系统之间有所不同。我们的单细胞数据使我们能够精确地检测到数十个反式基因的细微基因表达变化，这表明这三个TF的剂量变化的许多反应是非线性的，包括非单调的行为，即使在限制了主调节器对副本数量或损失的折叠时，也是非单调的。我们发现剂量特性与基因约束有关，其中一些非线性反应富含疾病和GWAS基因。总体而言，我们的研究提供了一种直接且可扩展的方法，可以精确调节基因表达并在高分辨率下对其下游后果进行见解。
DNA G-四链体是一种调节记忆的转录控制装置
研究文章 | 细胞/分子 DNA G-四链体是一种调节记忆的转录控制装置 https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.0093-23.2024 收稿日期：2023 年 1 月 17 日 修订日期：2024 年 2 月 14 日 接受日期：2024 年 2 月 20 日 版权所有 © 2024 作者
通过比较反馈
图1。侧翼序列可以差异地调节核酶自切解活性。（a）二胞胎核酶的二级结构和第三纪相互作用（PK1和PK2）。核酶结构根据其共有结构10绘制并表征了晶体结构。13-16裂解位点被指定为L1中的N-1和A1之间的红色箭头。显示了一般酸（A1）和一般碱（G）。（B- C）上游和下游侧翼序列和核酶分别为蓝色，洋红色和黑色。裂解位点用红色箭头标记用于活性核酶或用于灭活的核酶的“ X”。（b）侧翼区域与核酶之间缺乏相互作用，通过允许核酶假设其催化结构（R ACT）来促进催化。上游和下游侧翼序列分别采用自我结构P向上和p向下。（c）可以通过侧翼序列和核酶之间的相互作用来抑制自切解，从而产生替代配对P Zym，迫使核酶采用核酶原（R INTAC）采用灭活状态（R INTACT）。通过添加与抑制区域结合的互补ASO（蓝绿色）可以缓解这种抑制作用，此处是上游侧面。然后，核酶可以重新折叠以假定其催化结构（R ACT）和自裂。
使用疾病特异性药物反应谱和单细胞转录特征预测癌症治疗的药物组合
开发新型癌症治疗方法是一项具有挑战性的任务，将转录特征与大规模药物反应数据相匹配的计算技术可以使这项任务受益。在这里，我们介绍了“retriever”，这是一种基于来自 LINCS-L1000 项目的数百种化合物的细胞反应谱来提取强大的疾病特异性转录药物反应谱的工具。我们使用 retriever 提取三阴性乳腺癌 (TNBC) 细胞系的转录药物反应特征，并将其与单细胞 RNA 测序乳腺癌图谱相结合，以预测拮抗 TNBC 特异性疾病特征的药物组合。在系统地测试了 152 种药物反应谱和 11,476 种药物组合后，我们确定激酶抑制剂 QL-XII-47 和 GSK-690693 的组合是 TNBC 治疗最有希望的候选药物。我们的新计算方法可以识别针对个别患者特定肿瘤细胞类型和亚群的药物和药物组合。因此，它非常适合开发新的个性化癌症治疗策略。
使用新型的高通量方法探索噬菌体 - 宿主相互作用的转录景观
在过去十年中，出现了强大的高通量测序方法，以分析全球尺度的微生物转录组。迄今为止，这些方法应用于噬菌体等微生物病毒的应用仍然很少。根据感染病毒感染的细菌量身定制这些技术有望获得感染过程中未充分倍增的RNA生物学和分子过程的详细图片。此外，受感染细菌宿主噬菌体引起的应激和扰动的转录组研究可能揭示了细菌代谢和基因调节的新基本机制。在这里，我们提供参考和蓝图，以实施新兴的转录方法，以解决转录组体系结构，RNA – RNA和RNA - 蛋白质相互作用，RNA修饰，结构和转录谱的异质性和异质性的感染细胞中的转录谱性，这些概况将为噬菌体构型式治疗和微生物的未来指导提供指导，并提供指南。
鉴定白血病干细胞亚群具有不同的转录，表观遗传和
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年2月12日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.02.09.579319 doi：Biorxiv Preprint
人肝活检分析表明，较低的RNA转录可能导致FVIII水平下降，而AAV5-HFVIII-SQ基因疗法
1 Biomarin Pharmaceutical Inc.，美国加利福尼亚州诺瓦托； 2以色列特拉维夫萨克勒医学院血栓形成与止血研究所Amalia Biron研究所； Sheba医疗中心，以色列的Tel Hashomer； 3昆士兰州血友病中心，癌症护理服务，皇家布里斯班和妇女医院，昆士兰州大学，澳大利亚昆士兰州布里斯班大学； 4夏洛特·麦克斯克·约翰内斯堡学术医院，南非约翰内斯堡大学分子医学和血液学系，夏洛特·麦克斯·约翰内斯堡学术医院，血友病综合护理中心4；南非约翰内斯堡； 5美国俄亥俄州哥伦布市的全国儿童医院和俄亥俄州立大学医学院的血液学，肿瘤学和BMT司； 6牛津大学牛津大学生物医学研究中心，牛津大学医院NHS基金会信托基金会，英国牛津大学牛津生物医学研究中心，牛津血友病和血栓形成中心6；英国牛津大学牛津大学的拉德克利夫医学系； 7血友病和血栓形成中心，科罗拉多大学医学院，美国科罗拉多州Aurora； 8 Angelo Bianchi Bonomi Helemophilia和血栓形成中心，Fondazione Istituto di Ricovero E Cura E Carattere Sciente（IRCCS）CA'Granda ospedale Maggiore Policliclinico，病理生理学和植物学系，米兰，米兰，米兰，帕特里斯大学， 9美国加利福尼亚州戴维斯分校的血友病治疗中心，美国加利福尼亚州萨克拉曼多； 10伦敦，南安普敦大学医院和美国国家医疗研究所临床研究机构，英国南安普敦； 11 UNC血液研究中心，北卡罗来纳大学，美国北卡罗来纳州教堂山
有针对性的CRISPR-CAS9筛选确定转录因子网络控制着鼠血质 - 内皮命运承诺
1）瑞士苏黎世大学实验免疫学研究所。2）瑞士苏黎世大学疾病分子机制。3）瑞士苏黎世分子生命科学系4）奥地利科学学院（IMBA）的分子生物技术研究所，维也纳生物中心（VBC），维也纳，奥地利，奥地利。5）欧洲分子生物学实验室，EMBL罗马 - 意大利蒙特诺多的表观遗传学和神经生物学单位。6）荷兰乌得勒支大学生物学与生物复杂研究所，生物动力与生物复杂研究所，荷兰乌特雷赫特生物学系。7）新星科学技术学院，葡萄牙2829 - 516年，新星科学技术学院生命科学学院，诺维亚科学与技术学院生命科学系， 7）。 8）副实验室I4HB - 诺斯博亚大学科学技术学院卫生与生物经济学研究所，葡萄牙2829-516 CAPARICA，葡萄牙7）。8）副实验室I4HB - 诺斯博亚大学科学技术学院卫生与生物经济学研究所，葡萄牙2829-516 CAPARICA，葡萄牙
为人类细胞中的转录激活和碱基编辑而设计的最小 I 型 CRISPR-Cas 系统
预印本（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此版本的版权所有者于 2024 年 1 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.01.26.577312 doi：bioRxiv 预印本