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转录因子工程用于高通量菌株进化和有机酸生物生产：综述
微生物生产精细化学品（如有机酸）的基因表达代谢调控是后基因组代谢工程中的一个重要研究课题。特别是，转录因子 (TF) 能够在时间和空间上精确响应来自内部和外部环境的各种小分子、信号和刺激的能力对于代谢途径工程和菌株开发至关重要。作为关键组成部分，TF 用于使用合成生物学方法在体内构建许多生物传感器，可用于监测有机酸生产中细胞内代谢物的浓度，否则这些代谢物在细胞内环境中将保持“不可见”。基于 TF 的生物传感器还为快速菌株进化提供了一种高通量筛选方法。此外，TF 是重要的全局调节器，可控制有机酸生物合成途径中关键酶的表达水平，从而决定代谢网络的结果。在这里，我们回顾了 TF 识别、工程和代谢工程应用的最新进展，重点介绍了有机酸生物生产的代谢物监测和高通量菌株进化。
rs1137070 同义突变导致小鼠 Maoa 基因转录和翻译减少
单胺氧化酶 A ( MAOA ) EcoRV 多态性 (rs1137070) 是 MAOA 基因内独特的同义突变 (c.1409 T > C)，在 Maoa 基因表达和功能中起着至关重要的作用。本研究旨在探索小鼠 Maoa rs1137070 基因型与 MAOA 基因表达差异之间的关系。携带 rs1137070 CC 基因型的小鼠的 Maoa 表达水平明显较低，与 T 携带者相比的优势比为 2.44。此外，MAOA 的野生型 TT 基因型显示 mRNA 表达升高和半衰期更长。我们还深入研究了基因型之间的显著表达和结构差异。此外，很明显，Maoa 内不同的天冬氨酸同义密码子会影响 MAOA 表达和酶活性，突出了 rs1137070 与 MAOA 之间的关联。为了证实这些发现，双荧光素酶报告基因检测证实了 GAC 比 GAT 结合更有效。相反，同义突变改变了个体小鼠的 Maoa 基因表达。RNA 下拉检测表明，这种改变可能会影响与 RNA 结合蛋白的相互作用。总之，我们的结果表明，同义突变确实可以调节基因表达的下调，从而导致 MAOA 功能发生变化，并可能与神经系统相关疾病有关。
标题：“染色质在转录，拟南芥中的压力反应和减数分裂重组中的功能”
带有评论[PZ1]：也许从转录调节到重组的过渡更加顺利，您可以写出，这种“本地招聘”不仅导致了基因的转录，而且还会影响减数分裂的交叉形成
核小体呼吸促进了先锋转录因子
摘要：遗传信息的转移始于与DNA上特定位点结合的跨文字因子（TFS）。但在活细胞中，DNA主要被核小体覆盖。有蛋白质，称为先驱TF，可以有效地到达核小体隐藏的DNA位点，尽管不了解基本机制。使用最近提出的相互作用补偿机制的思想，我们开发了一个随机模型，用于核小体呼吸对DNA的目标搜索。发现，与没有呼吸的情况相比，核小体呼吸可以显着加速先锋TF的搜索。我们认为，这是相互作用补偿机制的结果，该机制使蛋白质可以通过外部DNA段进入内核小体区域。建议自然优化的先驱TFS利用核小体呼吸。所提出的理论图片为成功侵袭核小体埋藏基因提供了可能的微观解释。
jaspar 2024：转录因子绑定轮廓的开放式数据库20周年
1挪威分子医学中心（NCMM），北欧EMBL合作伙伴关系，奥斯陆大学，奥斯陆0318，奥斯陆，挪威2 Laboratoire Physiologie Pellulagie Cellulaire etvégétale，Univ。Grenoble Alpes，CNRS，CEA，INRAE，IRIG-DBSCI-LPCV，17 Avenue des Martyrs，F-38054，F-38054，法国格林诺布尔，法国3号3号3月3日生物信息学中心，OSLO大学OSLO大学，OSLO大学，OSLO，OSLO，OSLO，NORWAIND 4 MRC LONDY INTICER，MRC LONDY INSTICE of MEDICAL SCIINUTE，DU CANEE，DU CANEE ROADN，DU CANE ROADN，DU CANE ROADN，W1 22 02科学，医学院，伦敦帝国学院医学院，哈默史密斯医院校园，杜凯路，伦敦W12 0nn，英国6 u cane of Electronics，Ru-derBoškovi研究所，BIJENI ˇCKA CESTA，CCKA CESTA，CCKA CESTA，10000 ZAGREB，CROATIA，CROATIA，CROATIA 7 Stanford Cancer Schoolitute of Stanford Cornement of Stanford of Stanford of Stanford of Stanford，CANANFOURT，CAN FORMEREN，CANFOURD，CANANFOURT，CANANFOURD，CANANFOURT不列颠哥伦比亚大学医学遗传学系，医学遗传学系，不列颠哥伦比亚大学，950 W 28号大街，卑诗省V5Z 4H4，加拿大9 H4，加拿大9号肿瘤生物学系，奥斯陆大学医院研究所，奥斯陆大学医院0424 OSLO，挪威10号生物学研究和生物学研究和Innovation Centry of Innovation and Innerovation Centres，002.丹麦哥本哈根N，奥斯陆大学临床医学研究所和奥斯陆大学医院，奥斯陆，挪威奥斯陆医院
Chromwave：用深神经网络的转录因子与核小体之间的DNA编码竞争
转录因子（TFS）通过识别和结合特定的DNA序列来调节基因表达。有时，这些调节元件可能会被核小体遮住，从而使其无法访问TF结合。TFS和核小体之间DNA占用率的竞争以及相关的基因调节输出是基因组中编码的顺式调节信息的重要结果。但是，这些序列模式是微妙的，并且仍然难以解释。在这里，我们引入了Chromwave，这是一个深入学习模型，首次以显着的准确性来预测TF和核小体占用的竞争曲线。使用短片和长碎片MNase-seq数据训练的模型成功地学习了整个酵母基因组中TF和核小体占用的序列偏好。他们从区域概括了核小体驱逐
低价锰原子在陶瓷上稳定为一氧化二氮合成
心肌和心律不齐的纤维化变化代表系统性硬化症（SSC）的致命并发症，但是基本机制仍然难以捉摸。小鼠过度表达转录因子FOSL-2（FOSL-2 TG）代表SSC的动物模型。Fosl-2 tg mice showed interstitial cardiac fi brosis, disorganized connexin-43/40 in intercalated discs and deregulated expression of genes controlling conduction system, and developed higher heart rate (HR), prolonged QT intervals, arrhythmias with prevalence of premature ventricular contractions, ventricular tachycardias, II-degree atrio-ventricular blocks并降低了人力资源变异性。用异丙肾上腺素FOSL-2 TG小鼠刺激后，HR反应受损。与FOSL-2 TG相比，免疫dim dim rag2 - / - fosl-2 tg小鼠受到增强的心肌纤维化和ECG异常的保护。转录组学分析表明，FOSL-2-ERVERSESS是造成心脏纤维细胞的纤维性特征的原因，而FOSL-2 TG小鼠中的炎症成分激活了它们的纤维性和心律失常的作用表型。在人类心脏纤维细胞中，FOSL-2超过表达增强了肌纤维细胞的签名，在proinmotal或pro粘连刺激下。这些结果表明，在免疫性条件下，转录因子FOSL-2夸大了肌纤维纤维肌，心律不齐和对压力的异常反应。
核仁应力诱导化合物会影响RNA聚合酶I转录机械的rDNA占用率
图1。Oxaliptin和BMH-21诱导含有UBF和POL I（RPA194）的核仁帽的早期形成。用顺铂（Cispt，10 µM），Oxaliptin（Oxpt，10 µM）或BMH-21（1 µM）处理90 m和3 h处理后的代表性U2OS细胞图像。细胞对（a）UBF（绿色）或（b）RPA194（红色）和DNA（DAPI，蓝色）免疫染色。白色箭头指示核仁帽。比例尺= 5 µm。
饿了？ SNAC1的时间：氮饥饿 - 响应转录因子促进硝酸盐摄取
氮（N）是植物生存以及粮食安全的主要限制营养素。Modern农业的特征之一是化学肥料液化物的密集应用是确保作物产量的一种方式。尽管这种策略有助于应对农田的N短缺，但它同时发生了巨大的经济和环境影响。不仅施肥的工业生产是极度能量的，而且在施用肥料时，施肥剂也很大的结合在排水水中丢失或降解成一氧化二氮，这是一种非常有效的温室气体。简而言之，过度利用可以促进水生生态系统的欧盟研究，加速土壤降解并有助于全球变暖（Sutton等人。2011）。因此，肥料的使用是合理化的，并且我们提高了植物N使用效率（NUE），这在农作物中尚未臭名昭著。
基于Dynabeads的体外转录和RNA纯化用户指南（pub.no. man0029518 b）
A部分 - 生物素化模板是通过质粒或合成DNA构建体中靶序列的PCR扩增产生的。此过程使用T7启动子上游至少30-100个碱基对的生物素化正向引物和非生物素化的反向引物。在设计QPCR分析以评估模板浸出时，T7启动子和正向引物之间的距离更大。另外，可以使用Biotin-DUTP在5'悬垂序列中通过填充填充物进行生物素化，这取决于正确的质粒设计。然后将生物素化模板直接固定到dynabeads