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deepCac：基于多头自我注意和连接卷积神经网络的DNA转录因子分类的深度学习方法
©作者2023。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
Znf143结合DNA并刺激转录起始，以激活和抑制直接靶基因
转录因子与序列基序结合，并充当敏捷因子或阻遏物。带有辅助辅因子星座的转录因子界面，以调节调节转录的不同机械步骤。我们迅速降低了必需和普遍表达的转录因子Znf143，以确定其在转录周期中的功能。ZNF143促进RNA聚合酶起始并激活基因表达。ZNF143结合其几乎所有活化靶基因的启动子。Znf143还结合了遗传转录启动位点，直接抑制基因的子集。尽管Znf143刺激了Znf143抑制基因的启动（即那些在Znf143 depletion上增加表达的人，结合的分子环境会导致顺式代表。Znf143与其他更有效的激活因子竞争启动子的访问，物理遮挡了转录起始位点和启动子序列序列元素，并在早期eLon-grongation期间充当了RNA聚合酶的分子障碍。通常调用上下文术语上下文来描述具有激活和抑制函数的转录因子。我们定义了ZnF143介导的顺式激活和抑制的上下文和分子机制。
用于细胞疗法的工程转录调控。
合成生物学领域的主要目标是开发能够通过激活治疗相关的细胞功能来响应用户定义的输入的工具。响应外部刺激的基因转录和调控是正在探索的这些细胞功能中最强大和用途最广泛的功能之一。受嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞疗法成功的推动，基于跨膜受体的平台因其感知细胞外配体并随后激活细胞内信号转导的能力而受到欢迎。跨膜受体与转录激活平台的整合尚未发挥其全部潜力。质粒 DNA 的瞬时表达通常用于体外探索基因调控平台。然而，能够靶向治疗相关的内源性或稳定整合基因的应用更具临床意义。基因调控可能允许工程细胞进入感兴趣的组织并将功能性蛋白质分泌到细胞外空间或分化为功能性细胞。调节转录的跨膜受体有可能在包括癌症治疗和再生医学在内的众多应用中彻底改变细胞疗法。在这篇综述中，我们将研究当前控制哺乳动物细胞转录的工程方法，重点关注可以响应细胞外信号选择性激活的系统。我们还将推测这些技术的潜在治疗应用，并研究有希望扩展其功能并加强对细胞疗法中基因调控的控制的方法。
植物染色质的移动：转录和 DNA 修复过程中染色质移动性的概述
近年来，人们越来越清楚地认识到染色体是高度动态的实体。染色质的移动和重排涉及许多生物过程，包括基因调控和基因组稳定性的维持。尽管对酵母和动物系统中的染色质移动性进行了广泛的研究，但直到最近，对植物中染色质移动性的研究还不多。植物要实现正常的生长和发育，就需要对环境刺激做出快速而适当的反应。因此，了解染色质移动性如何支持植物的反应可能会为植物基因组的功能提供深刻的见解。在这篇综述中，我们讨论了与植物染色质移动性相关的最新技术，包括染色质在各种细胞过程中的作用的可用技术。
营养不良改变肺间隙内的转录程序
图1。三轴分类系统是分析肺间充质细胞成分的策略。（a）图显示了基于其支持的结构的单个间质细胞类型的一般解剖位置：血管树（血管平滑肌[VSM]，周围树），上皮树（Airway平滑肌[ASM]，导管和肺泡的肌肉肌纤维细胞和肌肌纤维细胞）和植物（proircimal instrastial superstitial institial softistial softsitial confiral [pic] pic]（b）表总结了间充质细胞类型的标记。（Narvaez del Pilar，O。et al。2022）
一步三型taqman定量逆转录聚合酶链反应，用于检测猫科罗尼亚病毒，猫Panleukopenia病毒和猫白血病病毒
冠状病毒家族[1]。病毒基因组（约29 kb）包含11个开放式阅读框，它们编码四个结构蛋白和7种非结构性（NS）蛋白质。FCOV根据其致病性分为两种生物型：猫肠病毒（FECV）和猫感染性骨膜炎病毒（FIPV）[2]。FECV感染主要限于肠道，导致轻度，自限制的胃肠道疾病。FIPV会导致致命的多系统，免疫介导的疾病，该疾病是大坝老化的各种组织和器官，腹膜炎甚至死亡是损害的最典型迹象[2，3]。fipv被认为是FECV的突变体，导致病毒致病性和向性欲的变化。然而，可以解释FECV和FIPV的不同致病性的遗传差异仍然不清楚[1，4，5]。根据病毒抗原>
DNA病变旁路和转录耦合修复的随机动力学
DNA碱基损伤是致癌突变和基因表达中断的主要来源。RNA聚合酶II（RNAP）在DNA损伤部位的失速和随后的修复过程触发在塑造基因组 - 突变的广泛分布，清除转录障碍以及最小化错误编码的基因产物的过程中具有重要作用。尽管对遗传完整性的重要性很重要，但这种转录耦合修复（TCR）过程的关键机理特征是限制或未知的。在这里，我们利用了一个井中的体内哺乳动物模型系统，以探索TCR的机械性能和参数，以良好的空间分辨率以及损坏的DNA链的区分，以烷基化损伤。为了进行严格的解释，开发了DNA损伤和TCR的可推广数学模型。将实验数据拟合到模型，模拟表明RNA聚合酶经常绕过不触发修复的病变，表明小烷基化加合物不太可能是基因表达的有效障碍。损害爆发后，转录 - 耦合修复的效率逐渐通过基因体衰减，对癌症驱动器突变的发生和准确推断的影响。重新修复修复位点的转录不是转录的一般特征 - 耦合修复，并且观察到的数据与重新定期永远不会发生。共同揭示了TCR的方向性但随机活性如何塑造DNA损伤后突变的分布。
拟南芥 CDF3 转录因子增加嫁接番茄植株的碳和氮同化和产量
番茄 (Solanum lycopersicum L.) 嫁接主要用于防止土传病原体的危害和非生物胁迫的负面影响，不过使用高活力砧木也可以提高产量和果实品质。在低养分投入农业的背景下，将优良品种嫁接到具有更高氮利用效率 (NUE) 的砧木上可支持直接的产量最大化策略。在本研究中，我们评估了使用过量表达拟南芥 (AtCDF3) 或番茄 (SlCDF3) CDF3 基因的植物作为砧木来提高低氮投入下嫁接接穗的产量，此前有报道称这些基因可提高番茄的 NUE。我们发现 AtCDF3 基因可诱导更多的糖和氨基酸产生，从而使生物量和果实产量在充足和有限的氮供应下都更高。相反，SlCDF3 基因没有发现积极影响。激素分析表明，赤霉素 (GA 4 )、生长素和细胞分裂素 (tZ) 可能参与 AtCDF3 对 N 的反应。这两个基因引发的不同反应可能至少部分与 AtCDF3 转录本通过韧皮部到枝条的移动性有关。在该嫁接组合的叶片中，我们持续观察到转录因子靶基因（如谷氨酰胺合酶 2 (SlGS2) 和 GA 氧化酶 3 (SlGA3ox)）的表达较高，这些基因分别参与氨基酸和赤霉素的生物合成。总之，我们的研究结果进一步深入了解了 CDF3 基因的作用方式及其在嫁接方法中的生物技术潜力。
当前对转录角色的见解（...
近年来，营养素对各种疾病的健康效果受到了增强的关注。衰老是一个连续的过程，其中个体的生理活性会随着时间的流逝而下降，其特征是各种不确定的标志，这些标志有助于一个人的衰老相关的合并症，其中包括许多神经退行性疾病，心脏问题，糖尿病，糖尿病，骨骼数量和癌症。细胞衰老是一种稳态生物学过程，在驱动衰老方面具有重要功能。当前，越来越多的证据证明了表观遗传修饰与衰老过程以及与衰老有关的疾病之间的联系。这些修饰现在被认为是新兴治疗干预措施的有希望的目标。考虑到几乎所有的生物过程都由RNA调节，已经发现许多RNA结合蛋白与衰老和与年龄相关的复杂性有关。目前，研究已经阐明了营养素肌nia somnifera（Ashwagandha）影响RNA表达，稳定性和加工的能力，从而提供了对其作用机理的见解。通过靶向与RNA相关的途径，Withania Somnifera可能在改善与年龄相关的分子变化方面表现出有希望的影响，其中包括基因表达和信号网络的修改。本综述总结了withania somnifera作为营养素在调节与衰老相关的RNA级别变化中的潜在作用，包括体外和体内研究。综上所述，Withania在调节关键RNA中的假定作用将提供了解了解衰老过程的见解，并促进采用营养型健康衰老的各种预防和治疗策略的发展。
MECP2直接与RNA聚合酶II相互作用，以调节人神经元中的转录
yi Liu，1，7 Anthony Flamier，1，5，6，7 George W. Bell，1 Annette Jun Dioo，2 Troy W. W. W. Whitfield，1 Hao-Che Wang，1 Yizhe Wu，1 Fabian Schulte，1 Max Friesen，1 Maxi friesen，1 Ruisi Guo，1 Maisi Guo，1 MaisaMitalipipova，1 shawn liu sen liu v。理查德A.Young，1，2和Rudolf Jaenisch 1，2，8， * 1 Whitehead生物医学研究所，剑桥，马萨诸塞州剑桥，马萨诸塞州02142，美国2，美国马萨诸塞州生物学系，马萨诸塞州剑桥，马萨诸塞州02142马萨诸塞州理工学院，剑桥，马萨诸塞州02142，美国5现在的地址：神经科学系，蒙特利尔大学，蒙特利尔大学，QC H3C 3J7，加拿大6的地址：Chu Sainte-Justine Center：Chu Sainte-Justine Research Center，Montreal，Montreal，Montreal，Montreal，QC H3T 1C5，QC H3T 1C5，加拿大7. superally 8 Leads nequime nesumit.sumit.mit.mit.sumit.mit.mit.mit.mit.imit.mit.mit.imit.mit.mit.mmitimit.mit.mmitimit.mit.mmitimit.mit.mit.mmitimit.mit.mmitimit.mit.mmitimit。 https://doi.org/10.1016/j.neuron.2024.04.007