XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemtranscription
转录因子同工型之间的分子相互作用和调节特性的广泛变化
1 1，美国马萨诸塞州波士顿的达纳 - 法伯癌研究所（CCSB），美国马萨诸塞州波士顿2遗传学系，Blavatnik研究所，哈佛医学院，波士顿，马萨诸塞州，美国马萨诸塞州3号，美国3号癌症生物学系，达纳 - 法伯癌症研究所生物学，波士顿大学，美国马萨诸塞州波士顿，美国6生物信息学计划，波士顿大学，美国马萨诸塞州波士顿，美国7年7次表格遗传学和分子致癌系辛辛那提医学院，美国俄亥俄州俄亥俄州，美国10号生物医学信息学部，辛辛那提儿童医院医疗中心，俄亥俄州辛辛那提市，美国11号Terra教学与研究中心，Liège，Gembloux，比利时12号列gemboux，lioun of combr of Viral Intervactium of combr of combr of combloux Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK 15 The Donnelly Centre, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada 16 Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada 17 Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute (LTRI), Sinai Health System, Toronto, Ontario,加拿大18分子和蜂窝生物学系，美国德克萨斯州休斯敦贝勒医学院1 1，美国马萨诸塞州波士顿的达纳 - 法伯癌研究所（CCSB），美国马萨诸塞州波士顿2遗传学系，Blavatnik研究所，哈佛医学院，波士顿，马萨诸塞州，美国马萨诸塞州3号，美国3号癌症生物学系，达纳 - 法伯癌症研究所生物学，波士顿大学，美国马萨诸塞州波士顿，美国6生物信息学计划，波士顿大学，美国马萨诸塞州波士顿，美国7年7次表格遗传学和分子致癌系辛辛那提医学院，美国俄亥俄州俄亥俄州，美国10号生物医学信息学部，辛辛那提儿童医院医疗中心，俄亥俄州辛辛那提市，美国11号Terra教学与研究中心，Liège，Gembloux，比利时12号列gemboux，lioun of combr of Viral Intervactium of combr of combr of combloux Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK 15 The Donnelly Centre, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada 16 Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada 17 Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute (LTRI), Sinai Health System, Toronto, Ontario,加拿大18分子和蜂窝生物学系，美国德克萨斯州休斯敦贝勒医学院1，美国马萨诸塞州波士顿的达纳 - 法伯癌研究所（CCSB），美国马萨诸塞州波士顿2遗传学系，Blavatnik研究所，哈佛医学院，波士顿，马萨诸塞州，美国马萨诸塞州3号，美国3号癌症生物学系，达纳 - 法伯癌症研究所生物学，波士顿大学，美国马萨诸塞州波士顿，美国6生物信息学计划，波士顿大学，美国马萨诸塞州波士顿，美国7年7次表格遗传学和分子致癌系辛辛那提医学院，美国俄亥俄州俄亥俄州，美国10号生物医学信息学部，辛辛那提儿童医院医疗中心，俄亥俄州辛辛那提市，美国11号Terra教学与研究中心，Liège，Gembloux，比利时12号列gemboux，lioun of combr of Viral Intervactium of combr of combr of combloux Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK 15 The Donnelly Centre, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada 16 Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada 17 Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute (LTRI), Sinai Health System, Toronto, Ontario,加拿大18分子和蜂窝生物学系，美国德克萨斯州休斯敦贝勒医学院
癌症中的大串联重复来自1个转录和DNA复制碰撞2
尽管癌症中的体细胞结构变化含量丰富（SV），但其形成的基本分子21机制仍不清楚。在这里，我们使用6,193个全基因组测序22个肿瘤来研究转录和DNA复制碰撞对基因组不稳定的贡献。在三个独立的泛伴侣队列中对稳健的SV签名后24，我们检测到转录依赖性的复制链偏置，转录的预期足迹-25复制碰撞（TRC），在大型串联复制（TDS）中。大型TD富含26个雌性的胃肠道和前列腺癌。它们与TP53，CDK12和SPOP中的27例患者生存和突变有关。灭活CDK12时，细胞28显示出更多的TRC，R-loops和大型TD。抑制G2/M检查点29蛋白（例如WEE1，CHK1和ATR），有选择地抑制30 CDK12中缺乏细胞的生长。我们的数据表明，由于TRC而引起的癌症形式的大型TD，它们的存在可以用作预后和治疗的生物标志物。32
通过体外转录实现 DNA 条形码的原位读取和单碱基编辑
唯一识别单个细胞的分子条形码技术受到条形码测量限制的阻碍。通过测序读取不会保留组织中细胞的空间组织，而成像方法保留了空间结构，但对条形码序列不太敏感。在这里，我们介绍了一种基于图像读取短（20bp）DNA条形码的系统。在这个称为Zombie的系统中，噬菌体RNA聚合酶在固定细胞中转录工程条形码。随后通过荧光原位杂交检测所得RNA。使用竞争匹配和错配探针，Zombie可以准确区分条形码中的单核苷酸差异。该方法允许原位读取密集的组合条形码库和由CRISPR碱基编辑器产生的单碱基突变，而无需在活细胞中表达条形码。Zombie可在多种环境中发挥作用，包括细胞培养、鸡胚和成年小鼠脑组织。通过成像灵敏地读取紧凑和多样化的DNA条形码的能力将促进广泛的条形码和基因组记录策略。
用于异源基因组编辑和转录调制
摘要1类I型CRISPR-CAS系统代表了本质上最丰富，最多样化的CRISPR系统。然而，它们在通用基因组编辑中的应用受到了在异源宿主中引入特定类别的多组分效应子进行功能的困难。在这里，我们建立了一个可转让的级联系统，该系统可以通过共轭在臭名昭著的顽固性和多样化的铜绿假单胞菌基因组中稳定的整合和表达。在不同的遗传背景下，转移的级联反应显示出比CAS9系统更高的DNA干扰活性和更高的编辑能力，包括以效率和简单性去除大型（21-kb）集成盒。在基因型中启用了一个高级λred-i-f系统，具有较差的同源重组能力，缺乏序列信息的临床分离株以及含有抗Crispr元素ACR的细胞。最后，通过同时引入级联反应和微型千里阵列，以单步中表达所需的crrna，开发了一个“多合一” I- F级别介导的CRISPRI平台，用于转录调制。这项研究提供了一个框架，用于扩展多种I型级联反应，用于广泛，异源基因组编辑和在非模型病原体分离株中的编辑技术的建立。引言定期间隔短的短质体重复序列（CRISPR）和CRISPR相关蛋白（CAS）构成原核生物中的适应性免疫系统，该系统通过RNA引导的核酸破坏来抵御异物元素（1,2）。基因组编辑和治疗应用已集中在2类CRISPR-CAS系统上，因为它们对单个多功能效应子（例如Cas9和cas12a）对DNA干扰（3,4）。但是，2类系统仅代表了在原核生物中自然编码的CRISPR-CAS系统的〜10％（5）。他们在编辑细菌基因组中的应用经常受到较差的转化，细胞毒性和对物种特异性优化的优化的要求，对大型CAS9/CAS9/CAS12A蛋白的异源表达（6-8）。与真核生物中工具的快速上升和扩展相反，到目前为止，基于CAS9/CAS12A的基因组编辑仅在几种模型细菌菌株中才能成功建立。缺乏一种基于CRISPR的主要编辑策略，很容易适用于各种细菌物种。非常明显，将近50％的细菌和90％的古细菌基因组编码本地CRISPR-CAS系统和90％的自然存在的CRISPR-CAS系统属于1类系统，这些系统属于1级系统，这些系统通过称为级联的多组分效应物复合物（CRISPR-PR-PR-PRAPER-COMPAIDE COMPLECT）（CRISPR-PRAPER-SAPERAPIDECTER complace for Attiviral Sevipers of Viviral Defersication）（9,10）（9,10）。尽管这些效应子的复杂性在某种程度上阻碍了它们在真核生物中的广泛应用，但它们的流行率和多样性，尤其是1类I型系统，占所有CRISPR-CAS系统的50％，占具有七个子类型的所有CRISPR-CAS系统（即i-a至i-f plus i-u）为细菌和古细菌中基于内源性CRISPR-CAS基于内源性CRISPR-CAS的遗传开发开辟了新的途径（11）。该方法通过简单地输送一个经常在单个质粒中组装的编程的微型CRISPR阵列和所需的维修供体来运行，并将其用于原核生物细胞，从而以简单性和效率实现基因组编辑。采用该策略，编辑了几种遗传性顽固生物，例如工业细菌梭状芽胞杆菌casteurianum atcc6013（I型I-B）（12）（12），抗多药耐药性pseudomonas aeruginosa aeruginosa Genotype pa154197（I型I-f）（I型I-F）（13）和
MECP2直接与RNA聚合酶II相互作用，以调节人神经元中的转录
yi Liu，1，7 Anthony Flamier，1，5，6，7 George W. Bell，1 Annette Jun Dioo，2 Troy W. W. W. Whitfield，1 Hao-Che Wang，1 Yizhe Wu，1 Fabian Schulte，1 Max Friesen，1 Maxi friesen，1 Ruisi Guo，1 Maisi Guo，1 MaisaMitalipipova，1 shawn liu sen liu v。理查德A.Young，1，2和Rudolf Jaenisch 1，2，8， * 1 Whitehead生物医学研究所，剑桥，马萨诸塞州剑桥，马萨诸塞州02142，美国2，美国马萨诸塞州生物学系，马萨诸塞州剑桥，马萨诸塞州02142马萨诸塞州理工学院，剑桥，马萨诸塞州02142，美国5现在的地址：神经科学系，蒙特利尔大学，蒙特利尔大学，QC H3C 3J7，加拿大6的地址：Chu Sainte-Justine Center：Chu Sainte-Justine Research Center，Montreal，Montreal，Montreal，Montreal，QC H3T 1C5，QC H3T 1C5，加拿大7. superally 8 Leads nequime nesumit.sumit.mit.mit.sumit.mit.mit.mit.mit.imit.mit.mit.imit.mit.mit.mmitimit.mit.mmitimit.mit.mmitimit.mit.mit.mmitimit.mit.mmitimit.mit.mmitimit。 https://doi.org/10.1016/j.neuron.2024.04.007
AXL和容易出错的DNA复制赋予耐药性，并提供治疗EGFR突变肺癌
抗生素耐药性细菌病原体是一个非常具有挑战性的问题。幽门螺杆菌是最广泛，最成功的人类病原体之一，因为它在世界一半的人群中分布，引起慢性和萎缩性胃炎，消化性溃疡，粘膜相关的淋巴样组织 - 淋巴瘤 - 淋巴瘤，甚至是胃腺癌。此外，它表现出对众多抗生素的抗性。幽门螺杆菌关键转录因子之一HP1043在调节必需细胞过程中起着基本作用。与其他细菌转录因子一样，HP1043不显示真核生物同源物。这些特征使HP1043成为发展新型抗菌策略的有前途的候选人。药物重新定位是药物开发中采用的相对较新的策略；测试对新目标的批准药物大大减少了此过程的时间和成本。组合的计算和体外方法进一步减少了要在体内测试的化合物的数量。我们的目标是确定能够防止HP1043结合DNA启动子的一部分。通过评估通过分子对接HP1043二聚体的结合能力在两个构象中，与DNA结合和未结合，从而达到了这一结果。采用包括MMGBSA分子动力学的临时管道，可获得七种药物。通过电泳迁移率转移测定法在体外测试了这些测定，以评估HP1043 - DNA相互作用。在其中，三个有希望的结果显示了HP1043的DNA结合活性的明显降低。总体而言，我们应用了一种计算方法，结合了结果的实验验证，以筛选幽门螺杆菌基本转录因子之一上的大量已知药物。这种方法允许快速减少测试的药物数量，并且药物重新定位方法大大降低了药物设计成本。鉴定的药物不属于同一药物类别，并且通过计算分析构成了不同的腔体，但都显示了DNA上HP1043结合活性的降低。
基本原理：核酸，DNA复制，转录，翻译和应用于分子检测
•什么是DNA？•细菌细胞中存在哪些类型的DNA分子？•典型细菌病原体的遗传物质大小是多少？•细菌病原体有多少个基因？•细菌基因的平均大小是多少？
大脑周细胞的发展需要在中间前体中表达转录因子NKX3.1
脑周细胞是调节内皮屏障功能和活性的关键细胞类型之一，从而确保足够的血液流向大脑。尚不清楚将未分化的细胞引导到成熟的周细胞中的遗传途径。我们在这里表明，斑马鱼的神经rest和中胚层的周细胞前体种群表示转录因子NKX3.1发展成脑周细胞。我们确定了这些前体的基因特征，并表明NKX3.1，FOXF2A和CXCL12B表达周围的周围前体群体存在于动脉形成和周细胞募集之前的基底动脉周围。前体随后散布在整个大脑中，并分化以表达规范的周细胞标记。cxcl12b- cxcr4信号传导是细节附着和分化所必需的。此外，随着损失的损失和增益增加，NKX3.1和CXCL12 B在调节周细胞数方面都是必需的，并且足够。通过遗传实验，我们为脑周细胞定义了前体群体，并确定了对其分化至关重要的基因。
DNA拓扑异构酶I充当大肠杆菌中转录伸长的超螺旋传感器
DNA topoisomerase I acts as supercoiling sensor for transcription elongation in E. coli Authors: Vita Vidmar 1,2,3,4,# , Céline Borde 5,# , Lisa Bruno 5 , Maria Takacs 1,2,3,4 , Claire Batisse 1,2,3,4 , Charlotte Saint-André 1,2,3,4 , Chengjin Zhu 1,2,3,4，OlivierEspéli5，ValérieLamour1,2,3,4，*和Albert Weixlbaumer 1,2,3,4，*摘要：当DNA转录为RNA时，DNA Double Helix会不断解开，并为RNA Polymerase（RNAP）提供访问权限（RNAP）。由于RNAP的下游和上游的DNA过度和扭转，这将诱导DNA超螺旋作为转录长度的函数。使用单粒子冷冻EM和体内测定法，我们研究了细菌RNAP和DNA拓扑异构酶I（topoi）之间的关系，该酶消除了RNAP上游积累的负超高。topoi与RNAP的放松DNA上游结合，表明具有感官作用，等待负超级锅的形成，并涉及托皮伊（Topoi）功能域中的构象转换。在DNA底物上模仿了否定超螺旋的DNA，topoi螺纹将一条线束进入活跃位点进行裂解，同时将互补链与辅助结构域结合。，我们在转录RNAP的背景下提出了一个用于DNA松弛的综合模型。1综合结构生物学系，Institut degénétiqueet de BiologieMoléculaireet Cellulaire（IGBMC）2UniversitédeStrasbourg
活细胞中GAGA转录因子的先驱功能的动力学原理 从神经1 的局部记录中解码皮质范围的脑活动 natora，一种相关性的方法，可最大程度地减少遗传和法学分析中数据集大小的损失 使用能量景观可视化方法来检查淀粉样蛋白β单体变体的集合及其倾向以形成纤维 视觉皮层的功能专业化是从训练平行途径中出现的 远程连接镜子和链接人脑中的微体系结构和认知层次结构 使用量子监督的机器学习分析SARS COV-2患者数据 组成限制的玻尔兹曼机器公开了神经组件的大脑范围组织 胎盘纳米粒子介导的IGF1基因治疗纠正豚鼠模型中的胎儿生长限制 使用多模式变压器网络的药物目标相互作用预测显示出高的蛋白质的普遍性
在体内对先锋因素与染色质的接口如何促进转录控制的可及性。在这里，我们通过活果蝇血细胞中的原型GAGA先驱因子（GAF）直接可视化染色质关联。单粒子跟踪表明，大多数GAF是染色质结合的，稳定的结合分数显示出在染色质上存放在染色质上的核小体样限量超过2分钟，比大多数转录因子的动态范围更长。这些动力学特性需要GAF的DNA结合，多聚化和本质上无序的结构域的完全补充，并且是招募的染色质重塑剂NURF和PBAP的自主性，其活动主要使GAF的邻居受益于HSF，例如HSF。对GAF动力学的评估及其内源性丰度表明，尽管有势动力学，但GAF组成且完全占据了染色质靶标，从而提供了一种时间机制，从而维持对体内稳态，环境和发育信号的转录染色质的开放式染色质。