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![卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]](/simg/g:\will\search\icon\source\7\7c3d5578fc1bd4a203743dea379e0d472e6c8090.webp)
卷柏属植物中 RNA 编辑的空前变异1[开放]
亲爱的编辑，有记录的最极端的叶绿体 RNA 编辑例子之一来自无籽维管植物卷柏（石松门），其中发现了惊人的 3494 个胞嘧啶到尿嘧啶的编辑事件（Oldenkott 等人，2014 年）。转录后叶绿体编辑在其他卷柏属物种中是否同样普遍？在这里，我研究了 Selaginella kraussiana 和 Selaginella lepidophylla 的整个质体基因组 RNA 编辑谱，并报告了编辑位点的数量和位置在卷柏质体基因组中可能存在极大差异，其程度目前在任何其他光合作用属中都是无与伦比的。通过将 S. kraussiana（GenBank 登录号 SRR2045379 – 82）和 S. lepidophylla（SRR6345606 – 15）的公开 Illumina RNA 测序 (RNA-seq) 读段映射到这两种石松的各自叶绿体基因组序列上，确定了 RNA 编辑位点（补充材料和方法；Mower 等人，2019 年）。对于每个物种，RNA 和质体基因组测序数据来自同一栽培品种（和实验室；Ge 等人，2016 年；VanBuren 等人，2018 年），大大降低了将样本之间的多态性误认为编辑事件的可能性。RNA-seq 读段的映射几乎完全覆盖（98%）参考叶绿体基因组，包括所有基因。质体基因组的平均覆盖率超过 500 3 ，为识别编辑位点提供了可靠的比对，这些位点仅在覆盖率 5 3 和读取支持率 25% 的区域中被表征（补充材料和方法）；因此，请记住，本研究未记录编辑效率低（ ，25%）的位点。在 S. kraussiana 和 S. lepidophylla 叶绿体转录组中分别鉴定出 1353 个和 720 个 C 到 U 的变化（表 1；补充材料和方法）
空间转录组学揭示了HBSAG损失患者的转录活性乙型肝炎病毒整合程度较低
抽象的客观丙型肝炎病毒（HBV）可以整合到感染的肝细胞的染色体中，从而有助于丙型肝炎表面抗原（HBSAG）和肝癌发生。在这项研究中，我们旨在探讨转录活性的HBV整合事件是否在慢性HBV感染的不同阶段中遍布整个肝组织，尤其是在HBSAG损失患者中。设计，我们构建了来自18个慢性HBV感染患者的13个059组织斑点的肝活检的高分辨率空间转录组，以分析转录活性病毒整合事件的发生和相对分布。进行了免疫组织化学，以评估HBSAG和HBV核心抗原的表达。通过实时qPCR定量肝内共价闭合圆形DNA（CCCDNA）水平。结果空间转录组测序鉴定出所有患者的肝组织斑点的存在1354个病毒宿主嵌合读数（13 059中的1026个），包括三名HBSAG丧失患者。这些HBV积分位点被随机分布在染色体上，可以定位于参与肝癌发生的宿主基因，例如Alb，Clu和ApoB。接受或接受过抗病毒治疗的患者的含病毒整合点的百分比明显较低，而嵌合读数的百分比明显少于没有治疗的患者。肝内CCCDNA水平与病毒整合事件很好地相关。结论在慢性HBV感染的患者的不同阶段，包括HBSAG损失患者，发生了转录活跃的HBV整合。抗病毒治疗与转录活性病毒整合的数量和程度降低有关，这意味着早期治疗干预措施可能会进一步减少病毒整合事件的数量。
1发育小鼠脑的空间转录表揭示了2个基因表达的时间动力学和3个claustrum的异质性4 5 6 7 y
14†同样贡献了这项工作15 *相应的作者16 16 17 Abstract 19 20 20在哺乳动物脑皮质的发展过程中，许多神经元在六层结构中排列了21个，并带有内而外的时装，形成了新皮层和线22 Neural Circits。此过程包括细胞增殖，分化，迁移和23个成熟，并由精确的遗传调节支持。要理解在细胞和分子水平上的24个过程的序列，有必要通过基因表达来表征25种基本解剖结构。然而，在26个成年大脑中建立的标记有时在胎儿大脑中的行为不同，在27个发育过程中积极变化。空间转录组从组织切片上图案的每个28个斑点产生全基因组基因表达谱，从新鲜切片中捕获RNA分子，并在保留空间信息的同时，从新鲜冻结的切片中捕获了RNA分子和29个启用测序分析。但是，对该数据的更深入的30理解需要计算估计，包括与31个单细胞转录组数据的集成以及单细胞群集级别上斑点的聚合。这种分析在生物标志物发现中的32应用才刚刚开始，其33在发育中的胎儿大脑中的应用很大程度上没有探索。在这项研究中，我们对发育中的小鼠脑进行了34个空间转录组分析，以研究发育过程中基因表达的35个时空调节。我们的数据驱动38分析确定了脉络丛，梨状皮层，丘脑，39和claustrum的新型分子标记。41 42 43使用这些数据，我们36进行了一项综合研究，其中包括公开可用的小鼠数据集，成人大脑的37个空间转录组和胎儿脑的单细胞转录组。此外，我们揭示了胚胎40 claustrum的内部结构由异质细胞种群组成。
在开发coprinoppis cinerea
摘要：confinopsis cinerea是真菌发育研究中使用的模型物种之一。这种形成蘑菇的基本菌真菌具有多个发展命运，以响应于改变的环境，并具有动态的生物体发展法规。尽管灰叶梭菌发育中的基因表达已经广泛地领导，但先前的研究仅集中在特定的阶段或真菌发育过程上。缺乏跨不同发育道路的全面观点，并且对生命周期中动态转录调节的全球观点和发展路径远非完整。此外，这种真菌中有关转录和后转录后修饰的知识仍然很少见。在这项研究中，我们在孢子发芽，营养生长，卵巢菌，硬化性菌根形成和成熟身体形成过程中调查了灰曲霉的转录变化和修饰，通过诱导有机体的不同发育路径，并使用高发射式序列序列序列序列序列方法来诱导转录组。在表达基因的身份和丰度中的过渡推动了生物体的生理和形态学改变，包括代谢和多细胞性构建。此外，进行了替代剪接和RNA编辑，并在C. c. c. c. c. c. c.这些修饰与基因的保护特征呈负相关，并且在真菌发育过程中可以为转录组提供额外的可塑性。我们建议C. cinerea在其发育调控中采用不同的分子策略，包括表达基因集的变化，遗传信息的多样化以及RNA分子的可逆差异。这种特征将在迅速变化的环境中提高真菌的适应性，尤其是在发展计划的过渡以及遗传和转录组差异的维持和平衡中。基因表达的多层调节网络是发育调控功能的分子基础。
单细胞RNA-SEQ分析揭示了BHLHE40驱动Pro
抽象的客观先天免疫在胰腺导管腺癌（PDAC）中起着重要作用，作为非T细胞富集的肿瘤。中性粒细胞是先天免疫系统的主要参与者。在这里，我们旨在探索PDAC中嗜中性粒细胞的异质性和促肿瘤机制。Design We analysed single-cell transcriptomes of peripheral blood polymorphonuclear leucocytes (PMNs) and tumour-infiltrating immune cells from five patients with PDAC, and performed immunofluorescence/ immunohistochemistry staining, multi-omics analysis and in vitro experiments to validate the discoveries of bioinformatics analysis.结果探索了肿瘤相关嗜中性粒细胞（TAN）的异质性的结果表明，与预后不良，炎症亚群（TAN-2）相关的终末分化了肿瘤的亚群（TAN-1），炎症亚群（TAN-2），这是一种过渡性的过渡阶段，这些阶段刚刚迁移到肿瘤的微观群（TAN-STERIMED STERMATIENT）竞争（TAN-3）和sumportuntim profestratient profestration profestration propperting（TAN-3） （tan-4）。糖酵解特征沿中性粒细胞过渡轨迹上调，而TAN-1则具有过度激活的糖酵解活性。TAN的糖酵解开关通过转录组学，蛋白质组学和代谢组学分析的综合多词方法验证。通过LDHA过表达通过中性粒细胞样分化的HL-60（DHL-60）细胞激活糖酵解活性。促肿瘤和免疫抑制功能。的机理研究表明，BHLHE40在低氧下游和内质网应激下游是中性粒细胞对TAN-1表型的极化的关键调节剂，并且通过染色体素免疫原蛋白免疫原化鉴定证明了tan-1标记基因上BHLHE40的直接转录调节。重要的是，PDAC组织的免疫组织化学分析揭示了BHLHE40 +中性粒细胞的不利预后值。结论本研究揭示的晒黑棕褐色的动态特性将有助于推进针对先天免疫力的PDAC治疗。
生物打印 - UTS的作品
3D生物打印斑块的心外膜移植代表了针对梗塞诱导的心肌损伤的有前途的保护策略。我们先前表明，含有心脏球体的3D生物打印组织（在藻酸盐/明胶（alggel）水凝胶中）促进了细胞活力/功能和内皮细胞管状自组件。在这里，我们假设生物打印的心脏球体斑块可改善心肌梗塞后心脏功能（MI）。为了确定单独或用细胞的水凝胶的治疗效果，将MI小鼠移植到：（i）Alggel caellular斑块，（ii）具有自由悬浮心脏细胞的alggel，（III）带有心脏球体的Alggel。我们包括对照MI小鼠（无治疗）和接受假手术的小鼠。我们进行了28天的测量，包括超声心动图，流式细胞仪和转录组分析。我们的结果测量了所有小鼠的基线基线（手术前）左心室射血分数（LVEF％），为66％。手术后，假（非敏感）的LVEF％为58％，MI（无治疗）小鼠为41％。斑块移植增加了LVEF％：55％（细胞； P = 0.012），59％（细胞； P = 0.106），64％（球体； P = 0.010）。流式细胞术表明宿主心脏组织免疫细胞种群随着治疗而变化。RNASEQ转录组显示了用心脏球形斑块处理的假和小鼠的类似基因表达谱。 挤出3D生物打印允许水凝胶斑块的产生，甚至可以保留直接悬浮在生物墨水中的微动心球体。RNASEQ转录组显示了用心脏球形斑块处理的假和小鼠的类似基因表达谱。挤出3D生物打印允许水凝胶斑块的产生，甚至可以保留直接悬浮在生物墨水中的微动心球体。炎症和遗传机制可能在梗塞心脏斑块移植后调节宿主反应中起重要作用。未来的研究来阐明这些初始发现的潜在的免疫细胞和基因表达相关的分子机制。
室心功能和生物标志物与Fallot的修复和肺动脉替换有关
抽象的客观心脏手术可能会导致心室性能和心肌损伤暂时受损。我们旨在表征对法洛（Tetrot）（TOF）进行修复或肺动脉瓣置换（PVR）患者围手术期损伤的反应。我们在一项前瞻性观察性研究中招募了从四个三级中心进行TOF修复或PVR的儿童。评估 - 包括血液采样和斑点跟踪超声心动图 - 发生在手术前（T1），在第一次随访（T2）（T2）和手术后1年（T3）。九十二个血清生物标记物被表示为主要成分，以减少多个统计测试。RNA测序是在右心（RV）流出样品上进行的。结果我们包括45例4.3（3.4 - 6.5）个月的TOF修复患者和16例PVR患者10.4（7.8 - 12.7）年。TOF修复后的心室功能显示出左心室全球纵向应变（GL）的降层模式（-18±4至-13±4至-20±2，每次比较）和RV GL（p <0.001）和RV GL（-19±5至-19±5至-14±4至-14±4至20±4，p <0.002）。对于接受PVR的患者没有看到这种模式。血清生物标志物表示为三个主要成分。这些表型与：（1）手术类型，（2）未校正的TOF和（3）早期术后状态。主成分在T2时增加了3个分数。TOF修复的增加比PVR高。RV流出道组织的转录组与患者的性别有关，而不是在研究人群中与TOF相关的表型有关。结论TOF修复和PVR后对围手术期损伤的反应以特定的功能和免疫学反应为特征。但是，我们没有确定与围手术期损伤相关的（DIS）有利恢复的因素。审判登记号荷兰试用登记册：NL5129。
比较转录组分析，用于鉴定候选性别相关的基因和深红色Seabream（Parargyrops Edita）中的途径
硬骨鱼在动物中显示最大的性别确定系统，导致各种生殖策略。对硬骨植物中与性别相关的基因的研究将扩大我们对过程的理解，并对脊椎动物中性别确定过程的可塑性提供重要的见解。Crimson Seabream（Parargyrops Edita Tanaka，1916年）是整个亚洲最有价值，最丰富的鱼类资源之一。但是，有关P. Edita的基因组信息很少。在本研究中，用RNA-Seq技术对男性和女性P. Edita的转录组进行了测序。从库中生成了总共388,683,472读。过滤和组装后，用2,921 bp的N50获得了总共79,775个非冗余单基因。The unigenes were annotated with multiple public databases, including NT (53,556, 67.13%), NR (54,092, 67.81%), Swiss-Prot (45,265, 56.74%), KOG (41,274, 51.74%), KEGG (46,302, 58.04%), and GO （11,056，13.86％）数据库。对P. Edita不同性别的单基因的比较表明，在男性和女性之间，有差异表达了11,676个单基因（女性为9,335，男性为2,341个）。在女性中特别表达了5,463个，在男性中特别表达了1,134个。此外，确认了十个单基因的表达水平，以通过QRT-PCR验证转录组数据。此外，在含SSR的序列中鉴定出34,473个简单的序列重复序列（SSR），然后随机选择50个基因座以进行引物发育。和途径（MAPK信号通路，p53信号通路等）成功扩增了36个基因座，19个基因座是多态性的。最后，我们的比较分析确定了许多与性别相关的基因（ZP，AMH，GSDF，SOX4，CYP19A等）P. Edita的。 此内容丰富的转录组分析提供了有价值的数据，以增加P. Edita的基因组资源。 结果将有助于阐明性别确定的分子机制以及对性相关基因的未来功能分析。。此内容丰富的转录组分析提供了有价值的数据，以增加P. Edita的基因组资源。结果将有助于阐明性别确定的分子机制以及对性相关基因的未来功能分析。
人类胰腺α细胞的异质性和轨迹推断分析，使用集成的单细胞和单核-RNA测序平台
先前的研究表明，胰腺α细胞可以转化为β细胞，并且β细胞脱离分化，并且很容易获得2型糖尿病（T2D）中的α细胞表型。但是，参与α-to-β细胞和β-β-to-α-α细胞转变的特定人α细胞和β细胞亚型尚不清楚。在这里，我们已经整合了分离的人类胰岛和人类胰岛移植物的单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）和单核RNA-SEQ（SNRNA-SEQ），并为α-β细胞命运转换提供了更多洞察力。使用这种方法，我们进行了七个新颖的观察结果。1）有五个不同的GCG表达人的α细胞子序列[α1，α1，α2，α-β-转移1（AB-TR1），α-β-透射2（AB-TR2）和α-β（AB）群集（AB-TR2）和α-β（AB）群集，具有不同的人类小动物的转录组概况。2）AB亚集群显示多摩尼语基因表达，主要从SNRNA-SEQ数据推断出，暗示通过mRNA表达鉴定。3）α1，α2，AB-TR1和AB-TR2亚clus子富含特异性的α细胞功能的基因，而AB细胞富含与胰腺祖先和β细胞途径相关的基因； 4）提取的α-和β细胞簇的轨迹推理分析以及RNA速度/PAGA分析表明，AB对α-和β-细胞的分叉过渡潜力。5）基因通用性分析识别Znf385d，TRPM3，CASR，MEG3和HDAC9是朝向β细胞和SMOC1和SMOC1，PLCE1，PAPAPA2，ZNF331，ZNF331，ALDH1A1，ALDH1A1，SLC30A8，SLC30A8，BTG2，TM4SF4，TM4SF4，NRR4A1和PSC的轨迹的签名α细胞。6）显着地，与体外事件相反，AB亚集群在人类胰岛移植物中没有在体内鉴定，而轨迹推断分析表明，仅在体内从α到β细胞的单向转变。7）对成年人类T2D供体胰岛的SCRNA-SEQ数据集的分析表明，从与去分化或转化为α细胞的β-到α细胞的单向单向过渡。总体而言，这些研究表明，可以利用SnRNA-SEQ和SCRNA-SEQ来确定人胰岛内分泌细胞在体外，体内，非糖尿病和T2D中的转录状态的过渡。他们揭示了参与α-和β细胞之间互连的常见轨迹的潜在基因特征，并突出了研究人类胰岛在体内的单个核转录组的实用性和功能。最重要的是，它们说明了研究人类胰岛在自然体内环境中的重要性。
伯氏锥虫的线粒体 RNA 编辑
动基体是单细胞鞭毛虫，其名称来源于“动基体”，这是单个线粒体内的一个区域，其中包含高 DNA 含量的细胞器基因组，称为动基体 (k) DNA。这种线粒体基因组的一些蛋白质产物被编码为隐基因；它们的转录本需要编辑才能生成开放阅读框。这是通过 RNA 编辑实现的，其中小调控向导 (g)RNA 指导在特定转录本区域内的每个编辑位点正确插入和删除一个或多个尿苷。很难准确了解动基体中 kDNA 的扩展及其独特的尿苷插入/删除编辑的进化。在这里，我们解析了早期分支动基体锥虫中的 kDNA 结构和编辑模式，并将它们与研究较为深入的锥虫进行比较。我们发现它的 kDNA 由约 42 kb 的环状分子组成，这些分子包含 rRNA 和蛋白质编码基因，以及 17 个不同的约 70 kb 的重叠群，每个重叠群平均携带 23 个假定的 gRNA 位点。这些重叠群可能是线性分子，因为它们包含重复的末端。我们的分析发现了一个具有独特长度和序列参数的假定 gRNA 群体，相对于这种寄生虫的编辑需求而言，这个群体是巨大的。我们验证或确定了四个编辑的 mRNA 的序列身份，包括一个编码 ATP 合酶 6 的 mRNA，该 mRNA 之前被认为缺失。我们利用计算方法表明，T. borreli 转录组包含大量具有不一致编辑模式的转录本，显然是非规范编辑的产物。与其他研究的动基体相比，该物种利用了最广泛的尿苷缺失来加强隐基因产物的氨基酸保守性，尽管插入仍然更频繁。最后，在三个经过测试的动质体线粒体转录组中，原始线粒体读段中尿苷缺失比与完全编辑的、具有翻译能力的 mRNA 对齐更常见。我们得出结论，kDNA 在已知动质体中的组织代表了编码 mRNA 和 rRNA 的环状分子的分区编码和重复区域的变异，而 gRNA 基因座位于高度不稳定的分子群中，这些分子在不同菌株之间的相对丰度存在差异。同样，虽然所有动质体都具有保守的机制来执行尿苷插入/缺失类型的 RNA 编辑，但其输出参数是物种特异性的。2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。