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从序列到分子：基于特征序列的基因组开采发现细菌铁载途径的隐藏多样性
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本于2024年6月26日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.10.30.564663 doi：Biorxiv Preprint
从序列到分子：基于特征序列的基因组开采发现细菌铁载途径的隐藏多样性
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年8月9日。 https://doi.org/10.1101/2023.10.30.564663 doi：Biorxiv Preprint
比较蛋白质组学揭示了番茄在有益和致病微生物相互作用过程中的不同生物标志物、蛋白质网络和防御反应
此预印本的版权所有者此版本于 2025 年 1 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.23.634544 doi：bioRxiv preprint
与医疗记录分析集成的靶标性药物预测发现了汀类药物的差异关联，而Covid-19患者的生存率增加
1 Wyss生物学启发工程研究所，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州，美国，美国，美国马萨诸塞州梅德福市的生物学系2，美国马萨诸塞州梅德福，美国3号巴卡尔计算健康科学研究所3 Francisco, California, United States of America, 5 Department of Pediatrics, School of Medicine, Stanford University, Stanford, California, United States of America, 6 Center for Academic Medicine, Stanford University School of Medicine, Stanford, California, United States of America, 7 Department of Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, Maryland, United States of America, 8 Vascular Biology Program and Department of Surgery, Boston美国马萨诸塞州波士顿的儿童医院和哈佛医学院，美国美国马萨诸塞州9哈佛大学约翰·鲍尔森工程与应用科学学院，美国马萨诸塞州剑桥市，美国美国美国
基于 CRISPR/Cas9 的小鼠基因组编辑揭示了 13 个睾丸或附睾富集基因，这些基因对于男性生殖而言是可有可无的
1 日本大阪大学微生物疾病研究所实验基因组研究系，2 日本大阪大学医学研究生院，3 美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院药物发现中心，4 美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院病理学和免疫学系，5 日本大阪大学药学研究生院，6 日本名古屋名古屋市立大学医学研究生院比较与实验医学系，7 日本茨城县筑波市筑波大学医学院解剖学与胚胎学系，8 美国德克萨斯州休斯顿休斯顿大学克利尔莱克分校生物与生物技术系，9 日本东京大学医学科学研究所
细胞到患者的机器学习转移方法揭示了替代剪接变体中的新型基底样乳腺癌预后标记
背景：乳腺癌是全球女性死亡的十大原因之一。约 20% 的患者被误诊，导致早期转移、治疗耐药和复发。许多临床和基因表达谱已成功用于将乳腺肿瘤分为 5 种主要类型，这些类型具有不同的预后和对特定治疗的敏感性。不幸的是，这些谱未能将乳腺肿瘤细分为更多亚型，以提高诊断率和存活率。可变剪接正在成为一种新的高度特异性生物标志物来源，用于将肿瘤分为不同等级。利用乳腺癌细胞系 (CCLE) 和乳腺癌肿瘤 (TCGA) 中的大量公共转录组学数据集，我们已经解决了可变剪接变体对高度侵袭性乳腺癌进行细分的能力。
与目标无关的药物预测与医疗记录分析相结合，揭示了他汀类药物与 COVID-19 患者生存率提高之间的不同关联
1 哈佛大学 Wyss 生物启发工程研究所，美国马萨诸塞州波士顿，2 塔夫茨大学生物系，美国马萨诸塞州梅德福，3 加利福尼亚大学旧金山分校 Bakar 计算健康科学研究所，美国加利福尼亚州旧金山，4 加利福尼亚大学旧金山分校儿科系，美国加利福尼亚州旧金山，5 斯坦福大学医学院儿科系，美国加利福尼亚州斯坦福，6 斯坦福大学医学院学术医学中心，美国加利福尼亚州斯坦福，7 马里兰大学医学院微生物学和免疫学系，美国马里兰州巴尔的摩，8 波士顿儿童医院和哈佛医学院血管生物学项目和外科系，美国马萨诸塞州波士顿，9 哈佛大学 John A. Paulson 工程与应用科学学院，美国马萨诸塞州剑桥
基于活动的 CRISPR 扫描揭示 DNA 甲基化维护机制中的变构效应 Kevin C. Ngan 1,2 , Samuel M. Hoenig 1 , Pallavi M. Gosavi
基于活动的 CRISPR 扫描揭示 DNA 甲基化维持机制中的变构 Kevin C. Ngan 1,2、Samuel M. Hoenig 1、Pallavi M. Gosavi 1,2、David A. Tanner 1、Nicholas Z. Lue 1,2、Emma M. Garcia 1,2、Ceejay Lee 1,2 和 Brian B. Liau 1,2 * 隶属关系：1 美国马萨诸塞州剑桥市化学与化学生物学系 2 美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学和麻省理工学院 Broad 研究所 02142 *通讯地址：liau@chemistry.harvard.edu 摘要 变构能够动态控制蛋白质功能。一个典型的例子是严格协调的 DNA 甲基化维持过程。尽管变构位点具有重要意义，但系统地识别变构位点仍然极具挑战性。在这里，我们使用基于活性的抑制剂地西他滨对必需的维持甲基化机制——DNMT1 及其伴侣 UHRF1——进行 CRISPR 扫描，以揭示调节 DNMT1 的变构机制。通过计算分析，我们确定了远离活性位点的 DNMT1 中假定的突变热点，这些热点包括跨越多域自抑制界面和未表征的 BAH2 域的突变。我们从生化角度将这些突变表征为增加 DNMT1 活性的功能获得突变。将我们的分析推断到 UHRF1，我们在多个域中辨别出假定的功能获得突变，包括跨自抑制 TTD-PBR 界面的关键残基。总的来说，我们的研究结果强调了基于活性的 CRISPR 扫描在提名候选变构位点方面的实用性，甚至超越了直接药物靶点。简介变构是一种基本特性，它使蛋白质能够将一个位点的刺激作用转化为调节另一个远端位点的功能。尽管进行了深入研究，但在不同的蛋白质靶标中识别变构位点仍然具有挑战性，并且高度依赖于上下文。与正构位点不同，变构位点在相关蛋白质之间的保守性通常较低，并且控制其结构特征和特性的原理尚不清楚。1,2 由于这些挑战，用于识别和表征变构位点的实验和计算方法较少。3 尽管如此，人们仍在努力开发小分子变构调节剂，因为与正构配体相比，变构位点的结构多样性具有更高的选择性、更低的毒性和蛋白质功能的微调潜力。1,2 因此，开发能够识别变构机制的新工具将进一步加深我们对蛋白质调控的理解并促进药物发现。同时利用药理学和遗传学扰动已广泛成功地用于靶标反卷积和阐明药物作用机制。4 特别是，识别出导致药物耐药性的突变可为靶向作用提供关键验证，并且通常可以阐明潜在的生物学原理。5 尽管许多耐药性突变发生在药物结合位点附近，但它们也可能出现在靶蛋白的远端位置。即使药物在正构位点内结合，这些远端突变也可以通过扰乱变构机制起作用。6–8 例如，对 ABL1 抑制剂（包括正构和变构抑制剂）的耐药性突变始终出现在药物结合位点之外，并通过破坏非活性构象或以其他方式中和 ABL1 自身抑制来驱动耐药性。8–12 此类
HALT 和 HASS
HASS 的优势包括： 发现由于工艺不良或制造流程而导致的隐藏或潜在故障 验证机械互连的完整性 防止有缺陷的部件到达最终用户/客户（早期故障/开箱即用故障） 检测组件和流程的变化 降低保修和现场服务成本 提高客户满意度 揭示制造过程中与流程相关的变化 发现软件和固件变化导致的问题 发现组件供应商质量问题和修订版本变化
引用 Wang J, Zhu W, Li X, Wu Y, Ma W, Wang Y, Zhao W, Wei F 和 Wang W (2025) 卵巢癌转录组分析揭示了
在女性生殖系统中，最致命的癌性生长被称为上皮性卵巢癌 (EOC)。根据 2020 年全球癌症统计数据，卵巢癌在全球女性恶性肿瘤中排名第七，每年新发病例超过 310,000 例（Lee 等人，2022 年；Konstantinopoulos 和 Matulonis，2023 年）。卵巢癌每年夺走约 210,000 人的生命。2020 年，中国有 60,000 例新诊断病例被诊断为卵巢癌，并导致 40,000 人死亡（Zhao 等人，2023 年）。晚期卵巢癌患者的 5 年生存率约为 30%。随着多次复发，治疗和复发的间隔变得更短，导致对铂类药物的敏感性降低，最终发展为铂类耐药性。该病的治疗难度大，预后往往较差（Marchetti等，2021；Porter和Matulonis，2023）。克服卵巢癌的化疗耐药性是一个紧迫而重要的临床问题。炎症反应主要分为急性和慢性两类。急性炎症主要发生在物理、化学或急性感染情况下，是机体的早期防御机制，通常很快可自行缓解（Yang等，2023）。慢性炎症则发生在慢性感染或自身免疫性疾病中，机体正常的反馈调节无法阻止炎症，导致慢性炎症（Liu等，2022）。统计数据显示，全球约20%的恶性肿瘤是由慢性炎症引起的（Kennel et al., 2023; Venakteshaiah and Kumar, 2021; Haas et al., 2021），非甾体抗炎药物在临床上可以降低各类实体瘤的发病率和转移率，降低肿瘤引起的死亡率。慢性炎症被认为对癌症的发生、生长和进展有显著的影响。慢性炎症引发肿瘤发生、发展的机制多种多样，但往往与炎症为肿瘤提供的微环境有关。癌相关成纤维细胞（CAFs）作为癌症基质的重要组成部分，与炎症和肿瘤免疫微环境（TME）密切相关（Chen et al., 2021）。 CAFs 与 NF- κ B、PI3K-Akt、IL6-JAK-STAT3 和 TGF- β 等各种信号通路相互作用，帮助形成和维持 TME，影响 ECM 结构并产生免疫治疗耐药性（Mao et al., 2021; Wu F. et al., 2021）。此外，活化的 CAFs 促进单核细胞粘附并驱动巨噬细胞向 M2 极化方向分化，进一步抑制 TME 中的免疫反应（Lavie et al., 2022; Galbo et al., 2021）。因此，分析与炎症相关的基因与肿瘤免疫环境之间的关系有助于