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通过其分泌的代谢物揭示枯草芽孢杆菌DSM 29784家禽益生菌的好处：一种体外方法
摘要益生菌枯草芽孢杆菌29784（BS29784）通过生物活性代谢物低黄嘌呤（HPX），烟酸（NIA）（NIA）和Pantothenate（PTH）来维持鸡的肠道健康，从而增强动物的韧性和性能。在这里，使用肠球菌在体外模型中，我们确定了这些代谢产物与肠道弹性的三个支柱之间的功能联系：免疫反应，肠壁和微生物群。我们在体外评估了BS29784营养细胞，孢子和代谢产物的能力，以调节全球免疫调节剂（使用HT-29-NF-κB和HT-29-AP-1报道细胞），肠道完整性），肠道完整性（HT-29-MUC2报道细胞）（HT-29-MUC2报道细胞和CACO-2细胞）以及CACO细胞（CACO-2），以及CACO-2-2。最后，我们使用鸡肉肠含量作为接种，模拟了肠发酵，以确定BS29784代谢产物对微生物群及其发酵型的影响。BS29784营养细胞比孢子更有效地降低了炎症反应，这表明它们的益处与代谢活性有关。为了评估这一假设，我们分别研究了BS29784代谢产物。结果表明，每个代谢产物都有不同的有益作用。pth和niA降低了促炎性途径AP-1和NF-κB的激活。HPX通过增强MUC2表达上调粘蛋白的产生。HPX，NIA和PTH增加了细胞增殖。PTH和HPX通过限制渗透性的增加来提高上皮弹性对炎症挑战。在盲肠发酵中，nia增加了乙酸乙酸盐，HPX增加了丁酸酯，而PTH则增加了乙酸乙酸酯，丁酸酯和丙酸酯。在回肠发酵中，PTH增加了丁酸酯。 所有分子调节菌群，解释了不同的发酵模式。 总的来说，我们证明了BS29784通过其分泌的代谢物在弹性的三条线上作用，从而影响了肠道健康。在回肠发酵中，PTH增加了丁酸酯。所有分子调节菌群，解释了不同的发酵模式。总的来说，我们证明了BS29784通过其分泌的代谢物在弹性的三条线上作用，从而影响了肠道健康。
croft-seq
图1。Croft-seq的示意图。（a）具有gDNA（橙色）的链球菌Cas9的示意图，与距离dsDNA（绿色）结合，其中包含与NGG PAM序列（黄色）近端的错配（红色）。（b）Croft-Seq工作流的简化示意图。人类基因组DNA在用Cas9核酸酶消化之前用磷酸酶处理。将所得的DNA末端选择性地绑扎到生物素化衔接子上。然后除去适配器的过量，然后将连接的DNA富含磁珠富集。除去互补的非生物素化DNA链，并合成新的第二个DNA链。所得的DNA从珠子中释放出来，并通过PCR扩增进行测序。（c）Croft-seq生物信息学分析的工作流程。成对末端读数，测序和清洁残留适配器序列，首先与参考基因组保持一致。对齐的读数，该脚本使用4 bp读取窗口搜索陡峭的读取深度变化，并优先考虑潜在的脱离目标脱离靶向的读数和目标序列相似性的双向。只有靶向位置
体外和体内 c - IRIS-AperTO
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体内，体外和计算机：...
使用三种补充方法研究了生活系统：活细胞，无细胞系统和计算机介导的建模。在理解中进展，使研究人员能够创建新颖的chass和工业过程，这基于结合体内，体外和计算机研究的周期。这种设计 - 构建 - 测试 - 在实验和分析之间学习迭代回路周期，将物理学，遗传学，生物化学和生物信息学结合在一起，以保持前进的方式。由于计算机辅助方法并非受到感兴趣实体的物质性质的直接限制，因此我们在这里插图该良性周期如何允许研究人员探索从整个底盘到新型代谢周期中存在的化学性质。特别强调进化的重要性。
长期暴露于多环芳烃污染物时，人皮肤菌群的变化
越来越多的证据表明，构成微生物组的人类肠道细菌与几种神经退行性疾病有关。在几项研究中发现了帕金森氏病（PD）和阿尔茨海默氏病（AD）患者的细菌种群的失衡。这种营养不良很可能会降低或增加分别具有保护性或有害人体的微生物组衍生的分子，并通过所谓的“肠脑轴”传达给大脑的这些变化。微生物组衍生的分子Queuine是一种富含大脑中的核酶，仅由细菌产生，并由人类通过其肠道上的表现来挽救。Queuine用枪支抗密码子在TRNA的Wobble位置（位置34）取代鸟嘌呤，并促进有效的细胞质和线粒体mRNA翻译。Queuine耗竭会导致蛋白质的折叠和激活，并激活小鼠和人类细胞中内质网应激和展开的蛋白质反应途径。蛋白质聚集和线粒体障碍通常与神经功能障碍和神经变性有关。为了阐明女王是否可以促进蛋白质折叠，并防止导致蛋白质病的聚集和线粒体缺陷，我们在几种化学合成的Queuine STL-101中测试了几种化学合成的女性STL-101的作用。用STL-101预处理神经元后，我们观察到高磷酸化的α-突触核蛋白的降低显着降低，α-突触核蛋白的标记是灰核核疗法的PD模型中α-突出蛋白聚集的标志物，并且在Accute and Actau consation and actau pyphosphoration中降低了Actuce and Actau phossephose contau pysease contau pysepy pd。此外，在AD模型以及PD的神经毒性模型中，在用STL-101预处理的细胞中发现了神经元存活的相关增加。测量180个神经健康个体血浆中的queuine表明健康的人类维持皇后区的保护水平。我们的工作已经确定了女性在神经保护中的新作用，从而发现了神经系统疾病中STL-101的治疗潜力。
肠上皮体外模型
肠上皮是一种多任务组织，拥有多种不同类型的细胞，可确保食物的消化并保护身体免受管腔内容物中有毒微生物和致癌物的侵害。它是体内更新最快的上皮，每 4-5 天完全更新一次。1 肠上皮的微环境复杂而动态。它的特点是特定的 3D 结构、一组生化梯度和机械线索，它们共同强烈影响细胞行为。2,3 多年来，源自肿瘤的细胞系以及最近的原代肠细胞已被广泛用作研究肠道生理和疾病的体外模型。然而，大多数这些模型都不能忠实地重现关键的体内特征。在这种背景下，人们越来越有兴趣以跨学科的方式结合组织工程和微制造技术，以创建更相关的组织模型。与传统的 2D 或 3D 模型相比，这些所谓的“微生理系统”提供了更复杂、更相关的系统，允许控制和标准化生产。4,5 我们将重点介绍为准确重建肠道环境的关键特征（例如 3D 结构、机械刺激或生化梯度）而开发的生物工程系统。6,7 这些模型有可能提高我们对
靶向 PHB1 抑制体内和体外去势抵抗性前列腺癌进展
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青蒿素体外生长抑素基因的出现和克隆扩增......
1 卢旺达生物医学中心 (RBC) 疟疾和其他寄生虫病科，卢旺达基加利。 2 法国巴黎巴斯德研究所疟疾遗传学和抗药性研究中心。 3 美国纽约哥伦比亚大学欧文医学中心微生物学和免疫学系。 4 瑞典哥德堡大学。 5 美国马里兰州巴尔的摩市母婴生存计划/JHPIEGO。 6 影响卢旺达疟疾协会，卢旺达基加利。 7 卢旺达基加利卫生部。 8 国家参考实验室 (NRL)、BIOS/卢旺达生物医学中心 (RBC)，卢旺达基加利。 9 美国总统疟疾倡议，卢旺达基加利。 10 法国巴黎生物信息学和生物统计学中心——计算生物学系。 11 法国巴黎巴黎大学科钦医院科钦研究所 INSERM 1016 寄生虫学-真菌学系。 12 西非和中非遏制疟疾行动，卢旺达基加利。 13 瑞士日内瓦世界卫生组织全球疟疾规划署。 14 美国纽约州纽约市哥伦比亚大学欧文医学中心医学系传染病科。 15 以下作者贡献相同：Aline Uwimana、Eric Legrand。 ✉电子邮件：Aline.Uwimana@rbc.gov.rw； dmenard@pasteur.fr
使用生物信息学工具
1。Numecan Institute（营养，代谢和癌症），Chu Rennes，Univ Rennes，Inserm，Inrae，umr_a 1341，UMR_S 1317，F-35000 Rennes，法国2。 雷恩大学医院，临床和法医毒理学实验室，F-35033 Rennes 3。 La Timone大学医院药代动力学和毒理学实验室，264 Rue Saint Pierre，13385 Marseille Cedex 5，法国4。 AIX Marseille University，Inserm，Ird，Sesstim，《健康与医疗信息处理》，法国马赛的经济和社会科学5。 雷恩大学医院，法国Rennes F-35033药房。Numecan Institute（营养，代谢和癌症），Chu Rennes，Univ Rennes，Inserm，Inrae，umr_a 1341，UMR_S 1317，F-35000 Rennes，法国2。雷恩大学医院，临床和法医毒理学实验室，F-35033 Rennes 3。 La Timone大学医院药代动力学和毒理学实验室，264 Rue Saint Pierre，13385 Marseille Cedex 5，法国4。 AIX Marseille University，Inserm，Ird，Sesstim，《健康与医疗信息处理》，法国马赛的经济和社会科学5。 雷恩大学医院，法国Rennes F-35033药房。雷恩大学医院，临床和法医毒理学实验室，F-35033 Rennes 3。La Timone大学医院药代动力学和毒理学实验室，264 Rue Saint Pierre，13385 Marseille Cedex 5，法国4。AIX Marseille University，Inserm，Ird，Sesstim，《健康与医疗信息处理》，法国马赛的经济和社会科学5。雷恩大学医院，法国Rennes F-35033药房。雷恩大学医院，法国Rennes F-35033药房。
开发人体体外血液 - 脑肿瘤屏障模型的弥漫性内在刺激性胶质瘤，以更好地了解化学抗性
摘要背景：小儿弥漫性内在的庞然神经胶质瘤（DIPG）代表了中位生存期为12个月的儿童中最具破坏性和致命的脑肿瘤之一。高死亡率可以通过患者对手术切除的无能为力来解释，这是由于肿瘤的扩散生长模式和中线定位。不幸的是，虽然治疗策略具有姑息性，但怀疑血脑屏障（BBB）对治疗效率低下负责。位于脑毛细血管内皮细胞（EC），BBB具有特定的特性，可以严格控制和限制分子进入脑实质，包括化学治疗量。但是，这些BBB特异性特性可以在病理环境中进行修饰，从而调节大脑暴露于治疗药物中。因此，这项研究旨在开发一种合成性人体脑肿瘤屏障模型，以了解DIPG的存在如何影响脑毛细血管EC的结构和功能。方法：一种由人类（ECS）（ECS）（与CD34 +茎细胞区分开），周细胞和星形胶质细胞组成的人类合成性BBB模型。曾经通过BBB表型验证，该模型可以通过通过DIPG -007，-013和-014细胞代替针对儿科DIPG的血脑肿瘤屏障（BBTB）模型。分析了BBTB EC的物理和代谢特性，并将其与BBB ECS进行了比较。评估了两种模型对化学化合物的渗透性。结果：根据临床观察，BBTB EC的完整性一直保持完整，直到孵育7天。dipg的存在并未强烈改变外排转运蛋白的转录表达和活性。EC对化学治疗药物的渗透性不受DIPG环境的影响。结论：这种原始的人类BBTB模型可以更好地理解DIPG对BBTB ECS表型的影响。我们的数据表明，针对DIPG所述的化学抗性不是来自“ Super BBB”的发展。这些结果，通过缺乏通过BBTB EC的药物转运的修饰来验证，点