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World File Search System中靶
哮喘中靶组织的遗传调节表达的预测和表征
长卷，也称为SARS-COV-2感染后急性后遗症（PASC），包括一系列症状，持续存在数周或几个月后Covid-19。这些症状影响多个OR-GAN系统，会显着影响生活质量。这项研究采用机器学习方法来识别用于治疗长相互作用的基因靶标。使用数据集GSE275334，GSE270045和GSE157103，应用递归结合特征选择（REFS）来识别与长相关相关的关键基因。该研究强调了靶基因，例如PPP2CB，SOCS3，ARG1，IL6R和ECHS1的治疗潜力。临床试验和药理学干预措施（包括双重抗血小板疗法和抗凝剂）在管理共同19-9相关并发症方面的功效探索。调查结果表明，机器学习可以有效地识别生物标志物和潜在的治疗靶标，从而为长期相互企业的患者提供了有希望的个性化治疗策略的途径。
基于Dynabeads的体外转录和RNA纯化用户指南（pub.no. man0029518 b）
A部分 - 生物素化模板是通过质粒或合成DNA构建体中靶序列的PCR扩增产生的。此过程使用T7启动子上游至少30-100个碱基对的生物素化正向引物和非生物素化的反向引物。在设计QPCR分析以评估模板浸出时，T7启动子和正向引物之间的距离更大。另外，可以使用Biotin-DUTP在5'悬垂序列中通过填充填充物进行生物素化，这取决于正确的质粒设计。然后将生物素化模板直接固定到dynabeads
通过基于 Cas12a 的 CRISPR 干扰对溶剂产气梭菌进行单基因和多基因抑制
构成梭菌属的革兰氏阳性、产芽孢、专性厌氧厚壁菌种具有广泛的原料消耗能力并产生增值代谢产物，但基因操作困难，限制了它们的广泛吸引力。CRISPR-Cas 系统最近已应用于梭菌种，主要使用 Cas9 作为反选择标记与基于质粒的同源重组结合。CRISPR 干扰是一种通过精确靶向核酸酶缺陷型 Cas 效应蛋白来降低特定基因表达的方法。在这里，我们开发了一种基于 dCas12a 的 CRISPR 干扰系统，用于抑制多种中温梭菌种的转录基因。我们表明，与源自其他细菌的 CRISPR Cas 系统相比，由于梭菌种中的 GC 含量低，基于新凶手弗朗西斯菌 Cas12a 的系统具有更广泛的适用性。我们证实，丙酮丁醇梭菌中靶基因的转录水平降低了 99% 以上，巴氏梭菌中靶基因的转录水平降低了 75% 以上。我们还通过使用单个合成 CRISPR 阵列证实了多重抑制，靶基因表达降低了 99%，并阐明了其表达降低的独特代谢特征。总体而言，这项工作为无需基因编辑的高通量遗传筛选奠定了基础，而基因编辑是梭菌群落当前使用的筛选方法的一个关键限制。
需要药物化学的项目的快速指南
工具化合物（也称为化学探针）通常是为了研究调节细胞测定中靶标的生物学后果。这样的化合物可能没有开发化合物的所有必要特性，但是它们通常是由化学塑造的，以回答特定的生物学问题（目标参与，选择性，细胞中的位置等）。以下原理适用于工具化合物：5质量化学探针应具有：（1）足够的效力和选择性，可以自信地将其体外谱与其细胞活性联系起来； （2）足够的化学和物理特性数据（例如渗透性，稳定性），以确保其细胞数据的质量； （3）
通过 CRISPR/Cas9 双重靶向对 StERF3 基因进行功能性抑制可增强 Solanum Tuberosum L. 对晚疫病的抵抗力。
分别使用嵌合引物UF/UT (-)和gRT (+)/gR-R进行扩增，其中靶序列被设计在gRT (+)和UT (-)引物中。在嵌套PCR位点特异性引物对的第二个PCR反应中，使用含有BsaI切割位点的Pps/Pgs来扩增带有靶序列的sgRNA表达盒。BsaI位点被设计在用于Golden Gate连接的位点特异性引物中。BsaI属于IIs型限制性内切酶，具有一种新的切割特性，可以产生非回文的独特粘性末端，从而避免自连接和连接不相容末端[39]。我们使用Golden Gate克隆策略制备了pYLCRISPR/Cas9Pubi-BstERF3构建体，该构建体携带两个由OsU6a启动子驱动的sgRNA表达盒，用于马铃薯的基因靶向。
癌症发病机制和治疗中的增强剂
增强子是决定细胞身份和肿瘤进展的必需顺式调控元件。增强子功能依赖于增强子与其局部染色质环境中靶启动子之间的物理相互作用。增强子重编程是癌症发病机制中的重要机制，可由顺式和反式因子驱动。超级增强子在许多癌症类型的致癌基因中获得，是癌症治疗的潜在靶点。BET 和 CDK 抑制剂通过增强子功能机制起作用，并在治疗各种类型的癌症中显示出良好的效果。基因组编辑是癌症治疗中重新编程增强子的另一种方法。过去几年，几位作者对增强子与癌症之间的关系进行了修订，主要关注增强子影响癌症的机制。在这里，我们强调 SE 在癌症发病机制中的作用以及涉及表观遗传调节剂（BETi 和 CDKi）的新疗法。我们认为了解活性机制将有助于这些抗癌药物的临床成功。
使用CRISPR介导的集成系统将转基因的靶向敲入转基因进入CHO细胞基因组
抽象的生物药物蛋白通常是通过培养重组中国仓鼠卵巢（CHO）细胞而产生的。高生产者细胞系从转染的细胞中筛选，并随机整合靶基因。由于转基因表达易受综合基因组基因座的周围环境的影响，因此应从大量具有异质转基因插入的重组细胞中选择生产者细胞系。相比之下，靶向集成在特征的基因组基因座中可以预测的转基因表达和较少的克隆变异性，因此可以预期稳定的靶蛋白产生。基于基于可编程核酸酶的基因组编辑技术最近已成为细胞基因组中靶基因座精确编辑的多功能工具。在这里，我们使用CRISPR/CAS9和CRISPR介导的精确整合到靶染色体（PIST）系统中，证明了将转基因的靶向敲入转基因的CHO细胞中的低黄嘌呤磷酸糖基转移酶（HPRT）基因座。我们还基于与同源性的靶向集成（HITI）系统生成了敲入CHO细胞。我们使用这些系统评估了转基因在HPRT基因座中的敲门效率。
CRISPR-Cpf1 激活内源性 BMP4 基因促进脐带间充质干细胞成骨分化
CRISPR 系统提供了强大的基因组编辑工具，广泛应用于生物和医学研究领域。然而，由于 CRISPR 的脱靶效应而产生的安全问题一直是其应用于再生医学的主要障碍之一。传统的 CRISPR 系统存在通过错误的双链 DNA 断裂 (DSB) 在非目标基因组位点诱发不可预测突变的内在危险。在本研究中，我们展示了一种最近发现的 CRISPR-Cpf1 的安全增强应用，用于靶向基因激活，而不会导致 DNA 双链断裂，从而促进人脐带间充质干细胞 (UC-MSC) 的成骨分化。为此，我们开发了一种与三部分转录激活域 (dAsCpf1-VPR) 融合的催化无活性 AsCpf1，可诱导哺乳动物细胞中靶基因表达的上调。我们观察到 CRISPR-dAsCpf1-VPR 激活剂可通过增加内源性 BMP4 基因的表达水平来增强人类 UC-MSCs 的成骨分化。结果表明 CRISPR-Cpf1 激活剂为骨再生和再生医学提供了多种方法。
利用抗菌肽和孢子形成因子的靶向基因编辑对短小芽孢杆菌菌株进行表征
摘要：许多芽孢杆菌属物种因能够产生可防止疾病生长的抗菌肽而对植物有益。在本研究中，我们研究了芽孢杆菌3-19菌株及其衍生物在靶向基因组编辑后的拮抗活性。利用CRISPR-Cas9系统特异性地失活了芽孢杆菌3-19基因组中的两个具有抗菌作用的肽基因——芽孢杆菌素 (bac) 和细菌素 (bact)，以及编码孢子形成西格玛因子的sig F基因。由于芽孢杆菌3-19基因组中靶基因的失活，对蜡状芽孢杆菌和布伦纳泛菌的抗菌活性降低，其中对芽孢杆菌素的影响明显。当 bac 、 bact 和 sig F 基因失活时，培养物的生长动态发生变化，并且变异菌株的蛋白水解活性较低。通过失活 sig F 基因获得了 B. pumilus 3-19 的无孢子突变体。已经证明，bacilysin 在 B. pumilus 3-19 对土壤微生物的拮抗作用的形成中起着独特的作用。
纳米孔传感的长度可触发DNA载体的合成
分子载体代表了纳米孔传感领域中日益普遍的策略，用于使用二级分子选择溶液中靶分析物的存在，从而允许对其他难以检测的小分子（例如小，弱，带电的蛋白质）进行敏感测定。但是，现有的载体设计通常会引入纳米孔实验的缺点，包括更高水平的成本/复杂性和载波孔相互作用，从而导致信号和堵塞率升高。在这项工作中，我们基于粘性的DNA分子提出了一种简单的载体生产方法，该方法强调了易于合成和与纳米孔感应和分析的兼容性。尤其是我们的方法结合了能够灵活地控制生产的DNA载体长度的能力，从而通过可分离的纳米孔信号增强了该载体系统的多路复用电位，它们可以生成不同的目标。还提出了概念验证纳米孔实验，涉及我们的方法产生的载体，该载体具有多个长度，并附着于DNA纳米结构靶标，以验证系统的功能。随着纳米孔的应用的广度不断扩大，此处介绍的工具的可用性将非常重要。