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Combi‐CRISPR：NHEJ 和 HDR 的结合提供了……
摘要 CRISPR-Cas9 广泛用于小鼠和大鼠的基因靶向。非同源末端连接 (NHEJ) 修复途径在受精卵中占主导地位，可有效诱导插入或缺失 (indel) 突变，从而在靶位点敲除基因，而通过同源定向修复 (HDR) 的基因敲入 (KI) 则难以产生。在本研究中，我们使用双链 DNA (dsDNA) 供体模板与 Cas9 和两个单向导 RNA，一个用于切割目标基因组序列，另一个用于切割 dsDNA 质粒的侧翼基因组区域和一个同源臂，在 G0 幼崽中产生 20-33% 的 KI 效率。 G0 KI 小鼠在一个靶位点携带 NHEJ 依赖的插入/缺失突变，该突变设计在内含子区域，而在另一个外显子位点携带 HDR 依赖的各种供体盒（例如 EGFP 、mCherry 、Cre 和感兴趣的基因）的精确 KI，这些供体盒的长度从 1 到 5 kbp 不等。这些发现表明，这种由 CRISPR-Cas9 系统介导的 NHEJ 和 HDR 组合方法有助于在小鼠和大鼠中高效、精确地 KI 质粒 DNA 盒。
crispr – cas9/长阅读测序方法以识别...
突变发现的抽象当前临床方法基于外显子和侧翼剪接位点的简短序列读取（100-300 bp）。短阅读测序对于检测单核苷酸变体，小插入和简单的拷贝数差异非常准确，但用于识别复杂插入和缺失以及其他结构重排的使用有限。我们使用CRISPR-CAS9从乳腺癌患者的淋巴细胞细胞中切除完整的BRCA1和BRCA2基因组区域，然后用长读数（> 10 000 bp）对这些区域进行测序，以完全表征所有非编码区域的结构变化。在受基因面板和外显子组测序中受到早发双侧乳腺癌的严重影响，并以阴性（正常）结果影响的家庭中，我们确定了一个内含子的正弦vntr-alu逆转录子插入插入，导致BRCA1消息中伪exon的构成并引入了置换。CRISPR – CAS9切除和长阅读测序的这种组合揭示了一类复杂，有害和其他隐性突变，这些突变可能在肿瘤抑制基因中特别频繁，并带有内含子重复序列。
2025 年 1 月 9 日
麦肯齐大学新生后卫阿米尔·恩菲尔德 (Amir Enfield) 带领队友，以 13 分、3 个篮板、1 次助攻和 1 次抢断领先全队。大三后卫威尔·迈斯特 (Will Meister) 贡献 9 分，包括 4-4 罚球和 4 次抢断。麦肯齐大学二年级后卫梅森·伯顿 (Masonn Burton) 以 4-8 的出色表现拿下 8 分，他与大二学生里斯·汉姆洛 (Rhys Hamlow) 并列球队第一，抢下 7 个篮板。汉姆洛拿下 5 分，并有 3 次抢断。大三后卫艾伦·阿塞维多 (Allen Acevedo) 贡献 5 分、5 个篮板、2 次抢断和 1 次助攻。大四前锋艾坦·穆诺兹-布朗 (Aytan Munoz-Brown) 和大一侧翼雅各布·诺伦德 (Jacob Norlund) 各得 2 分。穆诺兹-布朗贡献 4 个篮板、5 次抢断、2 次助攻和 1 次盖帽。诺伦德还贡献了 4 个篮板和 3 次抢断。小前锋诺亚·普拉多 (Noah Prado) 上场，没有得分，但抢下 1 个篮板并抢断 2 次。
番茄抗根病基因的定位......
根结线虫 (RKNs, Meloidogyne spp.) 会导致番茄严重减产。番茄中的 Mi-1.2 基因可产生对番茄种植区普遍存在的根结线虫种 M. incognita 、 M. arenaria 和 M. javanica 的抗性。然而，这种抗性会在土壤温度较高（>28°C）时失效。因此，必须寻找新的抗源并将其纳入商业育种计划。我们鉴定出一种番茄品系 MT12，它不含有 Mi-1.2，但在 32°C 土壤温度下对 M. incognita 具有抗性。通过将抗性品系与易感品系 MT17 杂交产生了 F 2 作图群体；分离比表明抗性是由单个显性基因赋予的，该基因被称为 RRKN1（抗根结线虫 1）。使用 111 个竞争等位基因特异性 PCR (KASP) 标记对 RRKN1 基因进行定位并对其进行了表征。连锁分析表明，RRKN1 位于 6 号染色体上，侧翼标记将该基因座置于 270 kb 间隔内。这些新开发的标记可以帮助聚合 R 基因并产生在高土壤温度下对 RKNs 具有抗性的新型番茄品种。
含 RGD 延伸肽的构象动力学
摘要：RGD 是用于生物材料中促进细胞粘附的大量三肽的例子，但游离或表面结合的 RGD 三肽的效力比天然蛋白质中的 RGD 结构域低几个数量级。我们设计了一组长度不等的肽，由中心三个残基为 RGD 的纤连蛋白片段组成，以便在不改变结合位点化学环境的情况下改变它们的构象行为。利用这些肽，我们测量了活性位点的构象动力学和瞬态结构。我们的研究揭示了侧翼残基如何影响构象行为和整合素结合。我们发现结合位点的无序对 RGD 肽的效力很重要，并且 RGD 位点附近的瞬态氢键会影响肽的能量景观粗糙度和肽结合。这种现象与长程折叠相互作用无关，有助于解释为什么短结合序列（包括 RGD 本身）不能完全复制细胞外基质蛋白的整合素靶向特性。我们的研究强调肽结合是一个整体事件，在设计功能性生物材料的肽表位时，应考虑比直接参与结合的片段更大的片段。■ 简介
安大略省西部和美国边境
历史上几乎没有类似的事情，比如现在的安大略省西部和美国联邦相邻各州之间一直存在着友好而有益的交往。他们共同历史中的某些段落令人不快——一个半世纪前的自相残杀、1812 年的惨烈战争，以及 30 年代和 60 年代的多次危机，当时反感而不是亲和力似乎是主旋律。但这些都来了又去；而一个多世纪以来，和平的环境和许多共同利益已经展示了睦邻友好和共同生活方式的福祉。奇怪的是，正如博士Shotwell 已经在其他地方指出的那样，本系列是首次全面尝试处理这些关系；本书付印之时，正值整个结构受到新的、毁灭性的世界秩序的威胁，而多年来，人们几乎认为这种结构太过平常，不便评论。在国际边界的任何一处，也许都没有像半岛这样直接地发挥地理作用，半岛从五大湖的侧翼伸入美国联邦。安大略省西南部比新英格兰大部分地区、“上流社会”的纽约、明尼苏达州、北达科他州、蒙大拿州和华盛顿州更靠南。它比密歇根州、威斯康星州、南达科他州、怀俄明州、爱达荷州和俄勒冈州的大部分地区更靠南。它最南到宾夕法尼亚州、爱荷华州和内布拉斯加州的部分地区。它比美国三十五个州更靠近美国人口中心。
通过比较反馈
图1。侧翼序列可以差异地调节核酶自切解活性。（a）二胞胎核酶的二级结构和第三纪相互作用（PK1和PK2）。核酶结构根据其共有结构10绘制并表征了晶体结构。13-16裂解位点被指定为L1中的N-1和A1之间的红色箭头。显示了一般酸（A1）和一般碱（G）。（B- C）上游和下游侧翼序列和核酶分别为蓝色，洋红色和黑色。裂解位点用红色箭头标记用于活性核酶或用于灭活的核酶的“ X”。（b）侧翼区域与核酶之间缺乏相互作用，通过允许核酶假设其催化结构（R ACT）来促进催化。上游和下游侧翼序列分别采用自我结构P向上和p向下。（c）可以通过侧翼序列和核酶之间的相互作用来抑制自切解，从而产生替代配对P Zym，迫使核酶采用核酶原（R INTAC）采用灭活状态（R INTACT）。通过添加与抑制区域结合的互补ASO（蓝绿色）可以缓解这种抑制作用，此处是上游侧面。然后，核酶可以重新折叠以假定其催化结构（R ACT）和自裂。
儿童重度抑郁症中的错误相关大脑活动
背景：错误相关负波 (ERN) 反映了错误监控的个体差异。然而，关于成人和青少年抑郁症的 ERN 研究结果并不一致。分析时域和时频域中的脑电图 (EEG) 数据有助于更好地量化对错误的神经反应。本研究旨在检查患有和不患有抑郁症的青少年早期的错误监控的皮层电测量。方法：在 29 名（25 名女性）患有抑郁症的青少年早期和 34 名不患有 MDD 的青少年早期（29 名女性）的箭头版侧翼任务中收集 EEG 活动。结果：与对照组相比，抑郁症组的 ERN 幅度降低、错误相关的 θ 功率降低和错误相关的 β 功率增加。当同时考虑与 MDD 诊断相关的所有变量时，θ 和 β 功率（而非 ERN）与被诊断为抑郁症的可能性增加独立相关。结论：通过检查时域和单独的时频测量，本研究提供了有关青少年抑郁症中错误监控变化的新证据，表明青少年时期的抑郁症可能以错误监控减少（即 ERN 和错误相关 θ 减少）和错误后抑制（即错误相关 β 功率增加）为特征。这些结果支持时频测量可能比时域测量更适合检查 MDD 中的错误相关神经活动。
青少年发展的行为和神经动力学的变化
摘要44 45青春期是一个重要的发育时期，在此期间发生重大变化46在大脑功能和行为中发生。执行功能的几个方面，包括响应47抑制作用，在此期间有所改善。相应地，结构成像研究的皮质和皮质下灰质体积有48个记录的一致降低，而49个验尸组织学研究发现，在50个前额叶皮质中，兴奋性突触的大幅度降低（〜40％）。最近的计算建模工作表明，突触51密度的变化是任务性能的改进。这些模型还可以预测与吸引子盆地深度相关的52个神经动力学的变化，其中更深层次的盆地可以在53个更好的任务绩效基础上进行。在这项研究中，我们分析了在青春期早期至后期的一大批纵向（男性和女性）中，分析了与任务相关的神经动力学。55我们发现年龄与埃里克森侧翼任务中的行为表现呈正相关。56名较旧受试者在特定的认知操作期间围绕与任务相关的更深吸引者盆地的特征是诱发了57个脑电图。因此，与检查兴奋性突触修剪的效果的计算58模型一致，老年青少年在任务性能过程中表现出更强的59个吸引力动力学。60 61
态势感知简报 - 普华永道博客
俄乌战争现状 赫尔松战线继续保持稳定。俄罗斯的重点是通过修建据点和战壕来加固整个战线。有报道和图片显示，克里米亚西海岸也在进行此类防御工事，目前正在修建数十公里的连续战壕系统。如果冲突升级为与西方列强的对抗，俄罗斯规划者似乎预计会在克里米亚进行两栖登陆。双方在扎波罗热战线沿线进行小规模行动，主要在奥里奇夫和胡利亚波尔附近，领土没有发生重大变化。在武赫莱达尔，俄罗斯的进攻继续进行，进攻方损失惨重，没有取得任何进展。乌克兰军队击退了马林卡和阿夫迪夫卡地区的进攻。在阿夫迪夫卡，俄罗斯军队似乎试图复制他们在巴赫克穆特的努力，选择对该镇进行更广泛的包围行动。他们的攻击集中在突出部的侧翼，但到目前为止，乌克兰军队阻止了任何重大突破。在巴赫克穆特，局势已达到关键的高潮。俄罗斯的侧翼攻击几乎包围了这座城市，要么切断了通往该镇的所有道路，要么对其进行了火力控制。这些道路是补给、增援和医疗后送的生命线，对于该镇的可持续防御至关重要。乌克拉