XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System催化亚基
循环肿瘤 DNA 突变分析及配对...
摘要：循环肿瘤DNA（ctDNA）是一种常规的液体活检样本，可通过采集来动态监测疾病状态。然而，其潜在的临床价值以及与腹水样本或肿瘤活检的一致性对于卵巢癌患者还有待进一步评估。因此，本研究比较了ctDNA、配对肿瘤组织和腹水样本之间的突变谱，以探讨它们在卵巢癌中的可能临床价值。使用靶向下一代测序筛查卵巢癌患者18个外周血样本、6个配对腹水样本和8个配对肿瘤组织中的突变。使用公共数据库进行功能分析。使用WebGestalt进行基因本体论和通路富集分析。使用cBioPortal for Cancer Genomics评估治疗靶点。使用Chilibot和检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具来获取关键基因及其功能相互作用。使用维恩图对三类样本进行比较分析。在ctDNA样本中共发现104个癌症相关突变基因，在肿瘤组织中共发现95个基因，在腹水样本中共发现44个基因。通过Chilibot分析获得了一个涵盖10个基因的簇，即NOTCH2、NOTCH3、赖氨酸甲基转移酶2A、PTEN、雄激素受体、DNA活化蛋白激酶催化亚基、肝细胞核因子1同源框A、SRC、胰岛素受体底物2和SRY盒转录因子10。该基因组可能具有监测卵巢癌转移和确定治疗靶点的潜力
PRKDC：检查点阻断免疫疗法的新生物标志物和药物靶点
摘要背景免疫检查点阻断可有效治疗各种恶性肿瘤。识别预测性生物标志物以协助患者选择免疫疗法已成为临床和研究环境中的优先事项。方法通过下一代测序识别对免疫疗法有反应的患者的突变。使用来自 Cancer Genome Atlas 的数据集分析了蛋白激酶、DNA 活化催化多肽 (PRKDC) 突变、突变负荷和微卫星不稳定性 (MSI) 之间的关系。通过进行体外研究和使用 34 名胃癌患者的组织样本验证了这些关系。CT26 动物模型用于评估 PRKDC 作为预测生物标志物的作用和 DNA-PK 抑制剂的疗效。结果从已发表的文献中，我们发现在肿瘤携带 PRKDC 突变的患者中，分别有 75%、53.8% 和 50% 的肺癌、黑色素瘤和肾细胞癌患者对免疫疗法有反应。这些突变大多是截短的，位于功能域或不稳定的PRKDC蛋白结构中。进一步分析表明，PRKDC突变与宫颈癌、结肠腺癌、头颈部鳞状细胞癌、肺腺癌、胃腺癌和子宫内膜癌中的高突变负荷显着相关。携带PRKDC突变的胃癌或结肠癌患者也与MSI-high状态高度相关。最后，我们发现敲除PRKDC或DNA-PK抑制剂（PRKDC编码DNA依赖性蛋白激酶的催化亚基）增强了抗程序性细胞死亡蛋白1途径单克隆抗体在CT26动物模型中的疗效。结论PRKDC不仅是一个预测生物标志物，也是免疫检查点抑制剂的药物靶点。
针对纤维板层肝细胞癌中的 BCL-XL
引言纤维板层肝细胞癌 (FLC) 是一种罕见且通常是致命的青少年和青年原发性肝癌 (1, 2)。手术切除是目前 FLC 的标准治疗方法；然而，这不足以治愈局部晚期或转移性疾病患者。目前尚无被证实有效的 FLC 全身疗法，尽管目前的临床研究评估了化疗、免疫疗法和靶向疗法的各种组合的效用 (1)。FLC 是由于 19 号染色体的 1 个拷贝中缺失约 400 kB 所致，这导致 DNAJB1 的第一个外显子（热休克蛋白 40 (Hsp40)）取代了 PRKACA 的第一个外显子（蛋白激酶 A 的催化亚基）。由此产生的 DNAJB1-PRKACA 是恶性基因组中发现的唯一复发性结构重排 (3–5)。使用 CRISPR-Cas9 重建产生融合嵌合体的约 400 kB 缺失足以在小鼠模型中重现 FLC (6, 7)。此外，使用睡美人转座子直接表达嵌合体会产生 FLC 样肿瘤 (7)，这表明嵌合融合蛋白的表达，而不是其他蛋白质的缺失，是 FLC 的致癌驱动因素。目前治疗 FLC 的主流方法是基于将其归类为亚变异型肝细胞癌 (HCC) (8)。然而，FLC 与 HCC 不同，具有独特的病理学分子驱动因素和独特的组织病理学特征。此外，HCC 导向疗法尚未证明对 FLC 有效。因此，许多研究人员已开始评估 FLC 中过度表达的致癌通路，包括极光激酶 A、EGFR、mTOR 和芳香酶 (9–11)。不幸的是，针对这些途径的方法尚未证明有希望进行进一步研究（12，13）。为了找到新的有效治疗方法，我们进行了一项无偏见的
FHD-286 暴露上调髓系成熟...
BAF（BRM/BRG1 相关因子）复合物（也称为 mSWI/SNF）是基因组染色质景观的关键调节器。通过控制染色质的可及性，BAF 调节谱系特异性转录程序，包括对 AML 母细胞生长和存活至关重要的程序。FHD-286 是 BAF 催化亚基 BRM 和 BRG1（SMARCA2/4）的强效抑制剂，正在开发用于治疗复发/难治性 AML 和 MDS。FHD-286 已证明在体外治疗来自不同遗传背景的 AML 患者样本中具有广泛的疗效，包括那些具有难以治疗的突变特征的样本，例如 mtNPM1、FLT3 ITD 和 EVI1 过表达的 Inv(3)。有趣的是，虽然较高浓度（≥90 nM）的 FHD-286 主要诱导细胞减少，但较低浓度（≤30 nM）诱导分化样反应。为了研究这种分化效应，我们在长期暴露于 FHD-286 后对细胞系和原发性 AML 样本进行了免疫表型分析。使用药理学相关浓度（5-20 nM）的 FHD-286 进行长期治疗（7 天以上）导致髓系成熟标志物 CD11b 的时间和剂量依赖性上调。CD11b+ 细胞表达较低水平的增殖和存活蛋白 Ki67 和 BCL2，以及 BRG1 蛋白，这意味着未成熟母细胞以高水平的 BRG1 为特征。这些结果表明 BAF 可驱动维持 AML 细胞处于未分化状态所需的转录程序，并且 FHD-286 可能通过克服这种分化阻滞来抑制 AML 细胞生长。我们还证明了在体外多种 AML 细胞系中与标准治疗细胞毒性药物联合使用具有益处，并且在体内具有显著的生存益处。总之，这些发现表明 FHD-286 能够靶向高度依赖 BRM/BRG1 的原始祖细胞群，并且与标准治疗药物联合使用可以在 AML 中实现显著的、突变不可知的抗肿瘤活性。
针对疾病的自噬：已建立和新策略
抽象的大型噬菌/自噬是一种进化保守的途径，负责清除胞质聚集蛋白，细胞器受损或入侵的微生物。功能失调的自噬导致货物的病理积累，这与一系列人类疾病有关，包括神经退行性疾病，传染性和自身免疫性疾病以及各种形式的癌症。在动物模型中的累积工作，遗传工具的应用和药物活性化合物，提出了自噬调节中疾病中的潜在治疗价值，例如亨廷顿，沙门氏菌感染或胰腺癌。正在探索自噬激活与抑制策略，而自噬在病理生理学中的作用并行研究。然而，自噬调节剂的临床前和临床发展的进展受到选择性药理学剂和生物标志物的缺乏，从而揭示了其对各种形式的自噬和细胞反应的精确影响。在这里，我们总结了自噬相关药物发现中已建立的新策略，并指出了建立更有效发现自噬选择性药物基因剂的途径。有了这些知识，对自动phagy的治疗性开发的现代概念可能会变得更加合理。缩写：ALS：肌萎缩性侧硬化； AMPK：AMP激活的蛋白激酶； ATG：自动phagy相关基因； Autac：靶向自噬的嵌合体；中枢神经系统：中枢神经系统； CQ：Chlor Oquine; GABARAP：Aγ-氨基丁酸A型受体相关蛋白； HCQ：羟氯喹； Lytac：溶酶体靶向嵌合体； MAP1LC3/LC3：微管相关蛋白1轻型链3; MTOR：雷帕霉素激酶的机械靶标； NDD：神经退行性疾病； PDAC：胰腺导管腺癌； PE：磷脂酰乙醇胺； PIK3C3/VPS34：磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基3型； PTDINS3K：III类磷脂酰肌醇3-激酶； PTDINS3P：3-磷酸磷脂酰肌醇； protac：靶向蛋白水解嵌合体； SARS-COV-2：严重的急性呼吸综合征冠状病毒2； SQSTM1/p62：隔离1； ULK1：UNC-51喜欢自噬激活激酶1。
使用 CRISPR/Cas9 进行 T 细胞 Nrf2/Keap1 基因编辑和实验性肾脏缺血-再灌注损伤
目的：T 细胞在肾脏缺血再灌注损伤 (IRI) 中发挥病理生理作用，核因子红细胞 2 相关因子 2/kelch 样 ECH 相关蛋白 1 (Nrf2/Keap1) 通路调节 T 细胞反应。我们假设成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR 相关蛋白 9 (Cas9) 介导的 Keap1 敲除 (KO) 增强了 CD4+ T 细胞的 Nrf2 抗氧化潜力，而 Keap1 -KO CD4+ T 细胞免疫疗法可预防肾脏 IRI。结果：CD4+ T 细胞 Keap1-KO 导致 Nrf2 靶基因 NAD(P)H 醌脱氢酶 1、血红素加氧酶 1、谷氨酸-半胱氨酸连接酶催化亚基和谷氨酸-半胱氨酸连接酶修饰亚基显著增加。体外，Keap1-KO 细胞没有显示出衰竭迹象，在常氧条件下白细胞介素 2 (IL2) 和 IL6 水平显著降低，但在缺氧条件下干扰素 γ 水平升高。体内实验中，与接受未编辑对照 CD4+ T 细胞的小鼠相比，IRI 前过继转移 Keap1-KO CD4+ T 细胞可改善 T 细胞缺陷 nu/nu 小鼠的肾功能。与从对照肾脏中分离的未编辑 CD4+ T 细胞相比，IRI 后 24 小时从受体肾脏中分离的 Keap1-KO CD4+ T 细胞活性较低。创新：使用 CRISPR/Cas9 编辑小鼠 T 细胞中的 Nrf2/Keap1 通路是一种创新且有前景的免疫治疗方法，可用于治疗肾脏 IRI 以及其他实体器官 IRI。结论：CRISPR/Cas9 介导的 Keap1 -KO 增加了小鼠 CD4+ T 细胞中 Nrf2 调节的抗氧化基因表达，改变了对体外缺氧和体内肾脏 IRI 的反应。针对 T 细胞中 Nrf2/Keap1 通路的基因编辑是治疗免疫介导肾脏疾病的一种有前景的方法。抗氧化剂。氧化还原信号。38，959–973。
与IRF2BPL基因变异的新型人类神经发育和神经退行性疾病 - 机械和治疗途径
确定新型的治疗方法，该方法利用了特定的肿瘤脆弱性。与成年癌症相比，通常表现出一生中积累的大量突变，小儿肿瘤通常在组织范围内的发育窗口中出现 - 特定方式 - 通常只有很少的突变驱动因素和低突变负担（4）。小儿实体瘤中的一个共同特征是融合癌蛋白的存在，由于染色体畸变而出现了（5）。此外，在某些儿科实体瘤中频繁进行肉体内和外肿瘤性癌基因的扩增，例如在神经母细胞瘤中，在神经母细胞瘤中，经常在ECDNA上发生myCN扩增，这是对不良预后的预测因子（6-10）。基因扩增和融合癌蛋白都难以直接治疗，尤其是在影响转录因子时，这阻碍了这些肿瘤实体中选择性疗法的发展。基因组不稳定性是癌细胞的标志（11），最近已证明它在治疗上可起作用（12）。癌细胞中的极端增殖率部分由融合型癌蛋白和癌基因扩增引起，可能会导致所谓的复制应力的DNA延迟或误差（13-15）。响应受损的DNA，细胞具有复杂的机制来识别和修复病变，同时确保细胞周期停止，称为DNA损伤响应（DDR）。DDR主要由三种激酶调节：共济失调突变（ATM），共济失调telangiectasia-和rad3相关（ATR）以及DNA依赖性蛋白激酶催化亚基（DNA-PKC; ref。16）。即使它们具有相似的蛋白质序列，并且它们的靶标重叠，但它们对它们对不同刺激的反应也被广泛接受（17）。尽管ATM和DNA-PKC在双链断裂后大部分被激活，但ATR主要响应复制应力与与DNA相关的DNA损伤，这通常涉及单链DNA中间体（18、19）。由于ATR响应于复制应力而被激活，因此有人提出，癌症比非转化的细胞更强烈地依赖于ATR来耐受高水平的复制应力（20，21）。这些发现激发了测试ATR抑制剂作为癌症治疗选择的兴趣，尤其是在具有较高复制应激的肿瘤中。一些预测的生物标志物