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Bafilomycins：一类来自微生物、动物细胞和植物细胞的膜 ATPase 抑制剂
在原核生物和真核生物中，大多数已鉴定的离子泵 ATPase 属于以下三种结构类型之一。（i）F1Fo ATPase（F 型）存在于线粒体内膜（2）、叶绿体类囊体膜（3）和细菌细胞质膜（4）中。（ii）E1E2 ATPase（P 型）存在于真菌（5）、植物（6）和动物的细胞质膜中[包括 Na'，K4-ATPase（7）和 H +，K + -ATPase（8）]，以及肌细胞的肌浆网（Ca 2+-ATPase）（9）和细菌细胞质膜（K+-ATPase）（10，11）。 (iii) 已鉴定出第三类 ATPase（V 型），并从真菌和植物液泡（参考文献 12 及其中的参考文献）、包被囊泡（13、14）和嗜铬颗粒（15、16）的膜中部分纯化。正如 Mellman 等人（17）所建议的，我们使用术语“液泡 ATPase”来指代第三类 ATPase。F1Fo ATPase 通常使用 H+ 的电化学梯度（18）或偶尔使用 Na+ 梯度（19）来合成 ATP。这种类型的酶也表现出 ATPase 活性，在某些情况下仅在用蛋白酶活化后才表现出 ATPase 活性（20）。叠氮化物和 N,N'-二环己基碳二酰亚胺可抑制 F1Fo ATPase 的酶活性；寡霉素也可抑制线粒体 ATPase（21）。在 E1E2 ATPases 中，ATP 水解释放的能量与阳离子跨膜转运偶联。酶循环通过构象状态，包括形成磷酸化中间体。酶活性不受叠氮化物或寡霉素的影响，但被钒酸盐特异性抑制，在大多数情况下被 N-乙基马来酰亚胺和异硫氰酸荧光素抑制，而对于 Na4 ,K4-ATPase，则被乌巴因抑制 (5-11)。液泡 ATPases 似乎会水解 ATP，产生质子梯度，用于酸化细胞内区室 (12、17、22)。这组 ATP 酶因其抑制剂特异性而与其他两组 ATP 酶区分开来。液泡 ATPase 不受叠氮化物、寡霉素、钒酸盐或乌巴因的抑制。相反，
Transformer 碱基编辑器在哺乳动物细胞和小鼠中的设计与应用
将载脂蛋白 B mRNA 编辑酶、催化性多肽样胞苷脱氨酶与催化功能受损的 Cas 蛋白（例如 nCas9 或 dCas9）融合，提供了一种新型基因编辑技术，即碱基编辑，可高效地实现靶向碱基替换。然而，在碱基编辑中观察到全基因组和全转录组脱靶突变，这引发了对治疗应用的安全性担忧。之前，我们开发了一种新的碱基编辑系统，即 transformer 碱基编辑器 (tBE)，可在哺乳动物细胞和小鼠中诱导高效编辑，且不会观察到全基因组或全转录组脱靶突变。这里我们描述了设计和应用 tBE 的详细方案。本方案包括设计单向导 RNA (sgRNA) 和辅助 sgRNA 对、构建构建体、确定全基因组和转录组范围的脱靶突变、生产含有 tBE 的腺相关病毒、将腺相关病毒递送到小鼠体内以及检查体内编辑效果的步骤。使用 sgRNA-辅助 sgRNA 对，tBE 的高精度碱基编辑可以在 2-3 周内（在哺乳动物细胞中）或 6-8 周内（在小鼠中）完成。整个过程可以由研究人员使用分子生物学、生物信息学和小鼠饲养的标准技术共同完成。
哺乳动物细胞中小分子诱导基因调控系统的研究进展及设计原理
小分子诱导基因回路是生物学中最重要的工具之一，因为它们提供了一种方便的方式来精确调节生物系统。这些系统通常旨在在多个层面上控制基因激活、抑制或破坏，例如通过基因组修饰、转录、翻译或蛋白质活性的翻译后调节。由于它们的重要性，过去几年已经创建了许多新系统来满足不同的需求或提供正交性。它们可以根据所使用的诱导剂、调节模式和实现调节的效应蛋白进行广泛的表征。此外，每个合成电路都有不同的性能指标和设计考虑因素。在这里，我们对最近开发的工具进行了简要比较，并推荐了标准化指标来评估它们作为生物检测剂或治疗剂的性能和潜力。
辐射杂种的汇总分析确定了哺乳动物细胞生长和药物作用的基因座
TN5转座子标记双链DNA和RNA/DNA杂交产生的核酸，这些核酸准备被放大以进行高通量测序。必须探索TN5转座子的核酸底物以增加TN5的应用。在这里，我们发现TN5转座子可以将寡核酸转置超过140个核苷酸的单链DNA的5'端。基于TN5的此属性，我们开发了一种基于标记和启用连接的单链DNA测序方法，称为Table-Seq。通过一系列反应温度，时间和酶浓度测试，我们将表格seq应用于链特异性的RNA测序，从总RNA的30 pg开始。此外，与传统的基于DUTP特异性的RNA测序相比，该方法检测到更多的基因，具有较高的链特异性，并且在基因之间显示出更均匀分布的读数。一起，我们的结果提供了有关TN5转座子特性的见解，并扩展了TN5在尖端测序技术中的应用。
缩回：优化SGRNA来改善CRISPR/CAS9敲除效率：特别关注人类和动物细胞
近年来，在各种情况下（医疗，工业等）中非侵入性脑界面（BCI）设备的扩展和应用的扩展为标志。这项技术允许代理“直接用思想行动”，绕过外围运动系统。有趣的是，值得注意的是，典型的非侵入性BCI范式与人类自愿行动的神经科学模型保持远距离。值得注意的是，在BCI实验中，动作和感知之间的双向联系不断忽略。在当前的观点文章中，我们提出了一种创新的BCI范式，该范式直接受到意识运动原则的启发，该原则假定自愿行动是由即将到来的感知效应的预期代表所驱动的。我们认为（1）适应BCI范式可以允许简单的动作效应结合和因此作用效应预测，并且（2）使用这些动作效应预测的神经基础作为AI方法中感兴趣的特征，可能导致更准确和自然主义的BCI BCI介导的动作。
定量分析和优化哺乳动物细胞中位点特异性蛋白生物结合
摘要：尽管有多种共价蛋白质修饰，但很少有用于定量细胞中蛋白质生物结合的技术。在这里，我们描述了一种通过与Halotag共价键形成在纤维素蛋白生物偶联中量化的新方法。这种方法利用不自然的氨基酸（UAA）诱变选择性地在蛋白质表面上安装小而生物串管的反应性手柄。我们利用了反电子二极管的快速动力学和高选择性 - 评估四嗪苯丙氨酸（TETF）与紧张的反甲环烯 - 氯酸酯（STCO-CA）（STCO-CA）和跨循环链烯（TETR-caclecten）（TETR-CATRE）的反应（TETF）与TETRECANE（TETRE）（TETER-CARORE（TETRE）。生物缀合后，叶绿素配体暴露于释放酶标记，以通过简单的蛋白质印迹分析直接定量生物缀合。我们证明了该工具的多功能性，以快速，准确地确定不同UAA/氯烷烃对的生物缀合效率以及对不同蛋白质的不同位点（包括EGFP和雌激素相关的受体ERR）的不同位点。■简介
作者校正：用指甲油烘干机辐射后哺乳动物细胞中的DNA损伤和体细胞突变
s1r-提案1，即DNA构象取决于“磷酸基团水化的经济学”所确定的，引起了相当大的兴趣”。的核心是，在DNA的a和z形式中，相邻的磷酸基团沿多核苷酸链之间的距离比B形链的距离短，因此，尽管水分子可以在A和Z中形成氢分子在A和Z之间形成氢分子，但对于B。这些建议是基于对相邻核苷酸中带电的磷酸盐氧和水氧的位置的距离的调查。与B-DNA中的情况相反，A-形式和Z形式中的Phosphate基团的水合被认为是“经济”的，因为B-DNA中的各种磷酸基团被称为“单独水合”。这个“水合经济”的概念被提出为B-A和B-Z转变的根本原因，当DNA的水合程度降低时，这两者都会出现，基于脱水将有利于与水分子更经济相互作用的构象。Saenger等。1还考虑了盐和有机极性溶剂对DNA所采用的构象的影响，并确定“如果添加盐或有机极性溶剂，则从DNA中撤出水分子，并且水合会变得更加经济化”。从这个论点中，DNA附近的盐将有利于
在哺乳动物细胞中细菌亮氨酸tRNA的定向进化，以增强非规范氨基酸诱变
图2。tRNA leu库设计和下一代测序选择数据。a）受体茎的序列对齐的WEBLOGO表示来自682个细菌trNA，表明每个位置在每个位置的每个残基相对丰度。编号方案相对于tRNA ecleu（面板b）。b）野生型大肠杆菌tRNA cuA leu的三叶草结构，通过随机使受体词干碱基对随机使图书馆生成方案。基础配对均通过根据框中显示的彩色方案在每个位置引入每个位置的成对替换来维护。随机化被限制以维持保守的序列元素（面板A）。c）在选择之后和之前，使用其在文库中的标准化丰度（以前/以前/丰度）在库中测量了库中每个突变体在库中的富集。进行了选择的两种生物学重复，并彼此绘制了这两种重复物中观察到的每个突变体的富集。d）显示了最高1％（最丰富）序列的共识序列。提供了WT-TRNA ecleu的序列作为参考。e）在存在或不存在1 mM帽的情况下，通过将每个tRNA ecleu突变体的活性与PLRS1和EGFP-39TAG一起转染中，与PLRS1和EGFP-39TAG进行了测试（另请参见图S5）。在无细胞提取物中测量了EGFP-39TAG的表达，
铜（II）肽螺旋在哺乳动物细胞中选择性切割DNA复制灶
体外和在哺乳动物细胞中的DNA复制灶。这是实现此类城市的第一次。3WJ是最简单的分支DNA结构，14由由三个收敛的dsDNA单元形成的对称组件组成，它们在一个称为分支点的中心点相遇，该单位形成了直径约为12Å的直径约为12Å，由三个B-DNA Arm臂的终端底座对de de de ned。15属金属分子螺旋螺旋物是选择性识别这些非规范性DNA结构的最合理的药物。6 - 12其选择性的关键因素之一是它们的形状与3WJ的分支点的三角对称性之间的高互补性。的确，这是其他3WJ粘合剂的关键结构特征，例如三联烯衍生物，16 C 3-对称阳离子azacryptands，17个自组装超分子超分子Fe II四面体金属金属18和3倍对称三倍的三肽。19