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World File Search System古细菌
MIDAS 5：厌氧消化剂中细菌和古细菌的全球多样性
1个微生物社区中心，化学与生物科学系，丹麦奥尔堡市阿尔堡大学13号。2生物工程中心，葡萄牙Minho的大学14号。3水，能源和环境学院，克兰菲尔德大学。15英国克兰菲尔德。4澳大利亚水与环境中心16生物技术（ACWEB），澳大利亚昆士兰州大学。5部门17部民事和环境工程系，马萨诸塞州阿默斯特大学，马萨诸塞州，美国18号。 6阿根廷萨尔塔国立大学。 7化学系19工程，瑞典隆德大学。 8英格·科尼特（Ingebi-Conicet），布宜诺斯大学20艾尔斯，阿根廷。 9环境生物技术实验室，Ecole Polytechnique 21FédéraledeLausanne（EPFL），瑞士。 10城市供水系统主席22工程，慕尼黑技术大学（TUM），德国Garching。 11水质和资源管理研究所，奥地利Tu Wien。 12欧洲国家科学技术研究所（UNIST）的24个城市与环境工程与研究生院24个城市与环境工程与研究生院。 13学院26化学工程学，希腊雅典国家技术大学。 14应用27环境生物技术实验室，Birla技术与科学研究所28（BITS-PILANI），印度。 15生物学和化学科学学院和瑞安29 Institute，爱尔兰戈尔韦大学。 16波兰Poznan技术大学环境工程与能源学院的供水和生物经济部31。5部门17部民事和环境工程系，马萨诸塞州阿默斯特大学，马萨诸塞州，美国18号。6阿根廷萨尔塔国立大学。 7化学系19工程，瑞典隆德大学。 8英格·科尼特（Ingebi-Conicet），布宜诺斯大学20艾尔斯，阿根廷。 9环境生物技术实验室，Ecole Polytechnique 21FédéraledeLausanne（EPFL），瑞士。 10城市供水系统主席22工程，慕尼黑技术大学（TUM），德国Garching。 11水质和资源管理研究所，奥地利Tu Wien。 12欧洲国家科学技术研究所（UNIST）的24个城市与环境工程与研究生院24个城市与环境工程与研究生院。 13学院26化学工程学，希腊雅典国家技术大学。 14应用27环境生物技术实验室，Birla技术与科学研究所28（BITS-PILANI），印度。 15生物学和化学科学学院和瑞安29 Institute，爱尔兰戈尔韦大学。 16波兰Poznan技术大学环境工程与能源学院的供水和生物经济部31。6阿根廷萨尔塔国立大学。7化学系19工程，瑞典隆德大学。8英格·科尼特（Ingebi-Conicet），布宜诺斯大学20艾尔斯，阿根廷。9环境生物技术实验室，Ecole Polytechnique 21FédéraledeLausanne（EPFL），瑞士。10城市供水系统主席22工程，慕尼黑技术大学（TUM），德国Garching。11水质和资源管理研究所，奥地利Tu Wien。12欧洲国家科学技术研究所（UNIST）的24个城市与环境工程与研究生院24个城市与环境工程与研究生院。 13学院26化学工程学，希腊雅典国家技术大学。 14应用27环境生物技术实验室，Birla技术与科学研究所28（BITS-PILANI），印度。 15生物学和化学科学学院和瑞安29 Institute，爱尔兰戈尔韦大学。 16波兰Poznan技术大学环境工程与能源学院的供水和生物经济部31。12欧洲国家科学技术研究所（UNIST）的24个城市与环境工程与研究生院24个城市与环境工程与研究生院。13学院26化学工程学，希腊雅典国家技术大学。 14应用27环境生物技术实验室，Birla技术与科学研究所28（BITS-PILANI），印度。 15生物学和化学科学学院和瑞安29 Institute，爱尔兰戈尔韦大学。 16波兰Poznan技术大学环境工程与能源学院的供水和生物经济部31。13学院26化学工程学，希腊雅典国家技术大学。14应用27环境生物技术实验室，Birla技术与科学研究所28（BITS-PILANI），印度。 15生物学和化学科学学院和瑞安29 Institute，爱尔兰戈尔韦大学。 16波兰Poznan技术大学环境工程与能源学院的供水和生物经济部31。14应用27环境生物技术实验室，Birla技术与科学研究所28（BITS-PILANI），印度。15生物学和化学科学学院和瑞安29 Institute，爱尔兰戈尔韦大学。16波兰Poznan技术大学环境工程与能源学院的供水和生物经济部31。17水技术与环境工程系，捷克共和国32化学与技术布拉格大学。18研究33芬兰Espoo研发中心Kemira Oyj的科学家。19化学工程34分校，哈利法大学，阿拉伯联合酋长国。20环境科学和35工程计划，生物与环境科学与工程学36分部，阿卜杜拉科学技术大学（KAUST），沙特37阿拉伯。21微生物生态技术中心（CMET），根特大学，比利时38。39
多种细菌和古细菌的快速比较基因组浏览器
败血症是临床实践中普遍存在的临界条件[1-3]，对急性肾脏损伤（AKI）的发展构成了重大风险[4]。肾脏特别容易受到降低的血液灌注和某些治疗干预措施的影响，例如侵袭性的液体复苏和机械通气，通常用于诊断为脓毒症的患者。当前，败血症与AKI结合的治疗主要是非特异性的，缺乏现场措施。研究表明，AKI败血症患者的死亡率可以从38.2％增加到70％[5，6]。[7]报道说，败血症患者的AKI发生率为40％至50％，AKI后的死亡率增加了6-8倍，比非sepsis患者高7.79倍。AKI是ICU患者的常见并发症，败血症约为60％，需要连续肾脏替代疗法（CRRT）治疗的患者中有25％，导致住院时间更长，死亡率更高，家庭对家庭的经济负担增加[8-10]。但是，对AKI败血症患者的早期鉴定和治疗可以促进肾脏恢复，缩短住院并提高存活率[11，12]。不幸的是，确定ICU中的高风险AKI患者正在为临床医生提供挑战。因此，迫切需要开发和促进可靠的预分辨率模型，以尽早识别这些患者，并为他们提供及时有效的干预措施。尽管AKI的医疗治疗方面取得了进步，但与这种情况相关的死亡率仍然没有变化[13]。败血症患者经常经历多器官衰竭，微血管功能障碍和全身性炎症反应综合征，这进一步使临床管理复杂化[14-16]。但是，早期有效的交流可能会扭转AKI并降低相关的死亡率[17]。因此，诊断为败血症的ICU患者中高危AKI患者的鉴定至关重要。改善AKI的早期鉴定和预防措施在增强患者的临床结果方面非常重要。预测败血症患者的AKI已成为重症监护医学领域的广泛讨论的主题[18]。目前，许多研究人员正在寻求广泛适用的AKI早期预测。据报道，几种生物标志物与败血症中的AKI相关，包括降钙素[19]，microRNA-22-3P [20]，中性粒细胞增生酶相关的脂蛋白[21] [21]，尿miR miR-26b [22]因子结合蛋白7（IGBP-7）[24]。但是，与这些生物标志物检测技术相关的高需求和成本阻碍了其临床适用性。也用于AKI预测的几个评分系统，例如简化的急性生理评分（SAPS-II），急性生理和慢性健康评分II（APACHE-II）以及序列器官衰竭评估（SOFA）。然而，这些评分系统在预测患有败血症的患者的AKI方面表现出较差的特异性和敏感性，从而导致结果不令人满意[25，26]。要解决上述局限性，研究人员提出了基于传统统计方法的多变量预测模型的使用，以预测
古细菌互动
元生物研究为我们对微生物及其宿主之间的相互作用以及它们的共同进化做出了重大贡献。大多数研究目前都集中在细菌群落上，而古细菌通常保留在与元素相关的研究中。在这里，我们描述了整个生命的系统发育树中总共有11种古典和新兴的多细胞模型生物的考古。为了确定每个宿主的微生物群落组成，我们利用了古细菌和细菌特异性16S rRNA基因扩增子的组合。在每个多细胞宿主中，描述了两个原核生物领域的成员。此外，确定了针对海洋模型的细菌和古细菌群落之间的特定宿主和可能的相互作用伙伴的关联。我们的数据表明，海洋中的考古宿主主要由硝基脂肪科和纳米章，这代表了Porifera中的Keystone分类单元。陆地宿主中的考古存在差异很大。关于大量的古细菌分类单元，它们在水生环境中具有更高比例的甲烷藻。我们发现，古细菌社区的多样性要比其细菌的多样性要少得多。古细胞扩增子序列变体通常是宿主特异性的，表明通过与宿主共进化来适应。我们的数据显示了很大的比例虽然水生细菌的丰富度比陆地宿主高，但在古细菌数据集中无法观察到这些群体之间的多样性和丰富性的显着差异。
人类肠道中古细菌与细菌之间的好坏处置：元基因组调查和共发生分析的新见解
古细菌是人类微生物组的研究成分。在这项研究中，通过全基因组shot弹枪测序分析了来自不同地区的60名健康成年人的肠道考古组和BAC TERIOME。古细菌无处不在，在广泛的丰度中发现了高达7.2％。主要的古细菌门是甲烷杆菌，特别是家族甲烷科，涵盖了50个样本中超过50％的古细菌。先前被低估的热质量，主要由甲基菌科菌科组成，主要由10名受试者（> 50％）组成，并且在其他所有受试者中都存在。hal ubacteriota，唯一的其他古细胞门，以微不足道的浓度发生，除了两个样品（4.6 - 4.8％）。这一发现证实了人类的肠道考古体主要由甲烷生物体组成，在已知的甲烷生成途径中：i）Co 2的氢化含量减少是前主要的，是甲苯基抗逆性杆菌属，物种甲烷基revibacter smithii是主要的smithii smithii，这是样品中主要的甲苯胺史密斯。 ii）涉及甲烷二菌的第二个途径是甲基化合物的氢养分还原。 iii）似乎不存在乙酸盐或甲基化合物的声誉。共发生的分析允许在古细菌和细菌之间揭示塑造微生物群落的整体结构的相关性，从而可以描绘出人类肠道古学的更清晰图片。
在海洋和陆地环境中，氨氧化古细菌的新颖秩序水平谱系
氨氧化古细菌（AOA）是地球上最普遍，最丰富的古细菌之一，在海洋，陆地和地热生态系统中广泛分布。与海洋和土壤系统相比，地下环境中AOA种群的基因组多样性，生物地理学和进化过程被大量研究。在这里，我们报告了一种新颖的AOA订单candidatus（CA.）硝基瘤，形成了嗜热ca的姐妹谱系。硝基层。宏基因组和16S rRNA基因读取映射表明，在各种地下水环境中，硝基瘤AOA大量存在及其在一系列地热，陆地和海洋栖息地的广泛分布。陆生氮气肌瘤AOA显示使用甲酸盐作为还原剂来源并使用硝酸盐作为替代电子受体的遗传能力。硝基瘤AOA似乎通过水平基因转移从其他中间人群中获得了关键的代谢基因和操纵子，包括编码尿素酶，亚硝酸盐还原酶和V-type ATPase的基因。获得的功能赋予的其他代谢多功能性可能已促进其辐射到各种地下，海洋和土壤环境中。我们还提供了证据表明，这四个AOA命令中的每一个都跨越了海洋和陆地栖息地，这表明主要AOA谱系比以前提出的更复杂的进化史。一起，这些发现建立了AOA的可靠系统基因组框架，并为该全球丰富的功能公会的生态学和适应提供了新的见解。
处理环境DNA样品的不同方法对鱼类，细菌和古细菌群落具有明显的影响
沿海泻湖是加利福尼亚州流行和受威胁物种的重要栖息地，这些栖息地影响了城市化和干旱的影响。环境DNA已被提升为帮助监测生物群落的一种方式，但在不同的方案中引入的偏见尚待理解，该方案旨在克服旨在克服研究中的独特系统提出的挑战。浑浊水是这些系统中EDNA恢复的一种方法论挑战，因为它迅速堵塞了过滤器，从而阻止了样品的及时处理。我们研究了两种解决方案产生的社区组合中的偏见，以克服由于浊度而缓慢的效果：冻结在填充前（用于存储目的和长期处理）和使用沉积物（与水样品相反）。在下游EDNA分析中对社区组成的偏差评估进行了两组底漆，12s（Fin）和16S（细菌和古细菌）。我们的结果表明，在使用较大的孔径（3 µm）的滤波器时，在填充前的冷冻水对每个底漆的社区组成有不同的影响。尽管如此，在关注菲什社区（12s）时，预冰的水样品仍然可以作为存储和处理浊度水样品的可行替代方案。应谨慎使用沉积物样品作为处理水样品的替代方法，至少应增加采样的生物复制和/或体积的数量。
重新编程 RNA 引导的古细菌 TnpB 核酸内切酶，用于基因组
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。
甲状腺营养ANME-1古细菌的进化多样化及其膨胀病毒蛋白
5 Albers，S. -V。 ＆Jarrell，K。F.古细菌：古细菌如何游泳。 微生物学中的边界6，doi：10.3389/fmicb.2015.00023（2015）。 6 Albers，S. -V。 ＆Jarrell，K。F. Archaellum：独特的古细菌运动结构的更新。 微生物学的趋势26，351-362，doi：https：//doi.org/10.1016/j.tim.2018.01.004（2018）。 7 Van Wolferen，M.，Orell，A。 ＆Albers，S. -V。 古细菌生物膜形成。 自然评论微生物学16，699-713（2018）。 8 Pohlschroder，M。＆Esquivel，R。N.古细菌IV pili及其参与生物膜形成。 微生物学的前沿6，190（2015）。 9 Walker，D。等。 hungatei的甲螺旋藻的古细胞是导电性的。 。 MBIO 10，E00579-00519（2019）。 10 Holmes，D。E.，Zhou，J.，Ueki，T.，Woodard，T。＆Lovley，D。R.在直接种间电子传输过程中，甲那粒乙酸盐乙酸盐摄取电子的机制。 MBIO 12，E02344-02321（2021）。 11 Quemin，E。R.等。 首先深入了解过度授予性古细菌病毒的进入过程。 J Virol 87，13379-13385，doi：10.1128/jvi.02742-13（2013）。 12 Baquero，D。P.等。 病毒研究的进展。 108（eds Margaret Kielian，Thomas C. Mettenleiter和Marilyn J. Roossinck）127-164（学术出版社，2020年）。 13 Briegel，A。等。 跨古细菌和细菌的趋化机制的结构保护。 环境微生物学报告7，414-419，doi：https：//doi.org/10.1111/1758-222299.12265（2015）。5 Albers，S. -V。＆Jarrell，K。F.古细菌：古细菌如何游泳。微生物学中的边界6，doi：10.3389/fmicb.2015.00023（2015）。6 Albers，S. -V。 ＆Jarrell，K。F. 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F.开关复合物Arlcde连接趋化系统和古细胞。 分子微生物学114，468-479，doi：https：//doi.org/10.1111/mmi.14527（2020）。 16 Meyerdierks，A。等。 元基因组和mRNA表达分析ANME -1组的厌氧性古细菌。 环境微生物学12，422-439，doi：doi：10.1111/j.1462-2920.2009.02083.x（2010）。 17 Chadwick，G。L.等。 比较基因组学揭示了电子转移和综合机制，从而区分了甲状腺营养和甲烷古细菌。 PLOS生物学20，E3001508，doi：10.1371/journal.pbio.3001508（2022）。 18 Zheng，K.，Ngo，P。D.，Owens，V。L.，Yang，X. -P。 ＆Mansoorabadi，S。O。 甲酶F430在甲烷和甲状腺营养古细菌中的生物合成途径。 Science 354，339-342，doi：10.1126/science.aag2947（2016）。 19 Michael，A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。 生物学杂志293，18693-18701，doi：https：//doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670（2018）。 20 Morimoto，N。等。 在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。 细菌学杂志192，4991-5001，doi：doi：10.1128/jb.00279-10（2010）。 21 Kanehisa，M。＆Goto，S。Kegg：基因和基因组的京都百科全书。14 Quax，T。E. F.，Albers，S. -V。＆Pfeiffer，古细菌的出租车。生命科学的新兴主题2，535-546，doi：10.1042/etls20180089（2018）。15 Li，Z.，Rodriguez -Franco，M.，Albers，S. -V。 ＆Quax，T。E. 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