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World File Search System合成酶
社论：转移RNA的合成生物学和治疗应用
在所有活细胞中，遗传代码定义了蛋白质编码基因中核酸序列与需要准确生产基因组中所有蛋白质所需的氨基酸序列之间的关系。氨基酰基-TRNA合成酶对转移RNA（TRNA）的氨基酰化是将氨基酸与TRNA守流量将氨基酸物理联系起来的关键步骤，从而决定了密码子与氨基酸的分配。由于它们在蛋白质合成中的核心作用，设计和合成的TRNA作为正交翻译系统的重要组成部分，旨在将非典型甚至不自然的氨基酸掺入细胞和无细胞系统中的蛋白质中。此外，最近的努力使用了正常的野生型或工程性TRNA来纠正引起人类疾病的遗传缺陷。由于11％的遗传遗传疾病是由过早的停止密码子引起的，因此废话抑制剂TRNA对tRNA疗法的应用越来越兴趣。我们认识到，TRNA的合成生物学和治疗应用都将依赖于胡说八道，在某些情况下，错过抑制tRNA，生成新型蛋白质或纠正遗传缺陷。因此，遗传学领域的研究主题具有遗传代码扩展和探索TRNA在合成生物学和医学应用中的应用中的作用的研究。
心血管医学中声波的治疗潜力：进一步的重要证据
在我们体内，许多潜在的自我修复能力仍然存在，并且可以响应运动和其他适当的身体刺激而被激活。声波，例如低强度冲击波（SW）和低强度脉冲超声（Lipus），提供了这种适当的机械刺激，以通过所谓的“ Me Chanotransduction”机制来促进各种自我修复反应。1 - 3的确，有趣的是，有趣的是，SW或Lipus的声波疗法会诱导特异性的RE生成反应，包括缺血性组织中的血管生成，骨髓组织中的淋巴 - 血管生成，受损神经组织中神经发生的神经发生以及其他通过微血管造成的图形性不足（图形生物学兴趣）的改善）。1这种具有声波刺激后期内源性自我修复能力的治疗方法似乎是可行的，并且在疗效，安全性和医疗成本方面与具有外源性的基因或细胞的分子生物学方法相比，在疗效，安全性和医疗成本方面都是可行的。1有趣的是，SW和Lipus具有机械转导的相同细胞内分子机制，在内皮caveolae中燃烧了β1-1-整合素/小窝蛋白-1络合物，而内皮含量氧化物合成酶（eNOS）则在降低的内皮小窝中。4，5
非模型酵母的代谢工程Issatchenkia Orientalis SD108用于5-氨基乙酸生产
多年来，摘要5-氨基乙烯酸（5- ALA）的生物产生受到了人们的关注。但是，由于产生5 -ALA，发酵汤将变得酸性，因此在5 -ALA生物合成和细胞生长之间存在权衡。为了解决这一限制，我们设计了一种耐酸的酵母，即Issatchenkia Orientalis sd108，以进行5 -ALA生产。我们首先发现I. Orientalis SD108的细胞生长速率被5 -ALA增强，其内源性ALA合成酶（ALA）的活性高于其他酵母中的同源物。通过优化质粒设计，过表达转运蛋白和增加基因拷贝数，将5- ALA的滴度从28 mg/L到120-，150-和300 mg/L的提高。使用丙酮酸脱羧酶（PDC）敲除菌株（SD108δPDC）并用尿素进行培养后，我们将510 mg/l的滴度提高到510 mg/l，13-折叠率增强性，证明了与新的IOIALAL活动的重要性，我们将510 mg/l的滴度提高到510 mg/l，这是13-倍数增强。这项研究证明了耐酸I. OrientalisSD108ΔPDC在将来大规模的5- ALA产生的潜力很高。
通过 ddRAD-seq 和重测序分析检测生菜中的候选基因 LsACOS5 并开发雄性不育的 InDel 标记
利用雄性不育性进行 F 1 杂交的新育种方法将为自花授粉作物莴苣育种开辟一个令人兴奋的新领域。雄性不育性是 F 1 杂交育种的一个关键性状。绘制利用雄性不育性的致病基因图谱至关重要。“CGN17397”的 ms-S 雄性不育 (MS) 基因通过 ddRAD-seq 定位到连锁群 (LG) 8，并使用两个 F 2 群体将其缩小到两个标记之间。该区域跨越约 10.16 Mb，其中根据莴苣参考基因组序列（版本 8 来自“Salinas”）注释了 94 个基因。 MS 系“CGN17397-MS”和雄性不育 (MF) 系“CGN17397-MF”的全基因组测序表明，只有一个基因在 Lsat_1_v5_gn_8_148221.1 区域有所不同，该基因是酰基辅酶 A 合成酶 5 (ACOS5) 的同源物，并且在 MS 系中被删除。据报道，ACOS5 是花粉壁形成所必需的，并且 ACOS5 的无效突变体在某些植物中完全是雄性不育的。因此，我得出结论，指定为 LsACOS5 的 Lsat_1_ v5_gn_8_148221.1 是 ms-S 基因座的生物学上合理的候选基因。利用 LsACOS5 的结构多态性，开发了 InDel 标记来选择 MS 性状。这里获得的结果为生菜的基因雄性不育提供了有价值的信息。
抗生素
摘要：由于免疫系统失调，败血症构成了重大的全球健康挑战。这篇叙述性评论探讨了抗生素与免疫系统之间的复杂关系，旨在阐明所涉及的机制及其临床影响。从临床前研究中，抗生素表现出各种免疫调节作用，包括调节促炎性细胞因子的产生，与Toll样受体的相互作用，p38/pmk-1途径的调节，抑制基质金属蛋白酶的抑制作用，基因氧化物合成酶的阻断和caspase caspase-apoptase-apoptase-apoptase-apoptase-natiral氧化物的阻断。此外，抗生素诱导的微生物组改变与全身免疫的变化有关，影响细胞和体液反应。败血症患者（尤其是大环内酯类）的抗生素使用抗生素由于其免疫调节作用而引起了人们的注意。但是，比较不同类型的大花环的数据有限。更有力的证据来自有关社区获得性肺炎的研究，尤其是在严重的炎症反应的严重病例中。对败血性休克的研究显示了有关死亡率和免疫反应调节的结果，但在急性呼吸遇险综合征中的大环内酯类药物也观察到了冲突的发现。总而言之，需要根据患者的免疫特征来调整抗生素治疗，以优化败血症治疗中的结果。
回顾DARS-AS1：具有癌症预后和治疗潜力的重要致癌LNCRNA调节剂
dars-as1，是Aspartyl-tRNA合成酶反义RNA 1的缩写，已成为癌症中的关键玩家。该lncRNA的上调是在各种癌症类型中观察到的一种复发现象，主要假定肿瘤作用，对肿瘤细胞生物学的多个方面发挥影响。DARS-AS1的这种异常表达引发了广泛的研究研究，旨在揭示其在癌症中的作用和临床价值。在这篇综述中，我们阐明了癌症患者失调的DARS-AS1表达和不良存活预后之间的显着相关性，从现有文献中汲取了癌症基因组图集（TCGA）的泛滥作用分析。此外，我们还提供了对DARS-AS1在各种癌症中各种功能的各种功能的全面见解。我们的评论涵盖了分子机制，CERNA网络，功能介质和信号传导途径的阐明，及其参与治疗耐药性，再加上DARS-AS1与DARS-AS1相关癌症研究的最新进步。这些最近的更新丰富了我们对DARS-AS1在癌症中扮演的关键作用的全面理解，从而为未来的DARS-AS1靶向策略在肿瘤预后评估和治疗干预措施中的应用铺平了道路。本评论提供了有价值的见解，以促进有效地打击癌症的持续努力。
一种新型的极高生长素转运的化学抑制剂通过HD -ZIP III转录局部增强
div de Novo射击器官发生是植物研究和繁殖中众多应用的先决条件，但通常是基因组编辑方法中的限制因素。III类同源核心蛋白拉链（HD-ZIP III）转录因子已被视为芽规范的关键调节剂，但是在芽再生过程中控制其活性的上流集成部分仅部分鉴定。在化学遗传筛选中，我们分离了ZIC2，这是HD-ZIP III活性的新型激活剂。使用拟南芥和阳光（Helianthus annuus）中的分子，生理和激素转运分析，我们检查了该药物促进HD-ZIP III表达的分子机制。ZIC2依赖性上调促进了拟南芥中的芽再生，并伴随着芽的指定因子WUS和RAP2.6L的诱导以及细胞分裂素生物合成酶的子集。ZIC2对HD-ZIP III的影响和再生是基于限制极性生长素转运的能力。我们进一步提供了证据，表明生长素的化学调节可以在再生顽固物种阳光下增强从头芽的形成。在芽再生过程中，HD-ZIP III转录的激活取决于生长素的局部分布和生长素转运的化学调节，可用于克服组织培养中较差的芽器官发生。
通过计算机驱动的化学基因组学再利用发现针对鲍曼不动杆菌的新型抗菌候选药物
鲍曼不动杆菌是一种世界范围内分布的高耐药率革兰氏阴性细菌，是造成多种医院内感染的元凶。我们应用计算化学基因组学框架来研究将已获批准的药物重新用于治疗鲍曼不动杆菌。这种综合方法包括汇编和准备蛋白质组学数据、识别药物-靶标数据库中的同源蛋白、评估靶标的进化保守性、进行分子对接研究和体外试验。我们选取了七种药物进行实验测定。其中，他伐硼罗表现出最有希望的抗菌活性，最低抑菌浓度 (MIC) 值为 2 μ g/ml，对几种临床相关菌株具有强效活性，在 16 μ g/ml 浓度下对多重耐药菌株的生物膜具有强大的功效。分子对接研究阐明了他伐硼罗在亮氨酰-tRNA 合成酶的编辑和活性域中的结合模式，从而深入了解了其抗菌活性的结构基础。他伐硼罗有望成为一种对抗鲍曼不动杆菌感染的抗菌剂，值得在临床前研究中进一步研究。
损伤相关分子模式纤维三糖改变蛋白质的磷酸化模式
摘要 我们最近证明，纤维素分解产物纤维三糖是一种损伤相关分子模式 (DAMP)，可诱导与细胞壁完整性相关的反应。下游反应的激活需要拟南芥马来酸二酯结构域内含有的纤维寡聚体受体激酶 1 (CORK1) 1。纤维三糖/CORK1 通路可诱导免疫反应，包括 NADPH 氧化酶介导的活性氧产生、丝裂原活化蛋白激酶 3/6 磷酸化依赖性防御基因激活以及防御激素的生物合成。然而，细胞壁分解产物的质外体积累也应激活细胞壁修复机制。我们证明，在将纤维三糖施用于拟南芥根部后数分钟内，参与活性纤维素合酶复合物在质膜中积累以及负责蛋白质运输到反式高尔基网络 (TGN) 和在反式高尔基网络内运输的多种蛋白质的磷酸化模式就会发生改变。参与半纤维素或果胶生物合成的酶的磷酸化模式和多糖合成酶的转录水平几乎不受纤维三糖处理的影响。我们的数据显示，参与纤维素生物合成和反式高尔基体运输的蛋白质的磷酸化模式是纤维三糖/CORK1 通路的早期靶标。
铁凋亡和杯凋亡
缩写：5-FU，5-氟尿嘧啶；AA-CoA，花生四烯酸辅酶 A；ABCC1，ATP 结合盒，C 亚家族（CFTR/MRP），成员 1；ACC，无定形碳酸钙；ACLS4，酰基辅酶 A 合成酶家族 4；AdA-CoA，肾上腺酸辅酶 A；ALDH，醛脱氢酶；AML，急性髓细胞白血病；APC，抗原处理细胞；ARE，抗氧化反应元件；ART，青蒿素；BAX，BCL-2 相关 X 蛋白；BCL-2，B 细胞淋巴瘤 2；BTIC，脑肿瘤起始细胞；CBR，临床受益率；CLL，慢性淋巴细胞白血病；CNSI-Fe(II)，碳纳米颗粒负载铁；CQ，氯喹；CRPC，去势抵抗性前列腺癌； CSC，癌症干细胞；CTL，细胞毒性 T 淋巴细胞；CuET，二乙基二硫代氨基甲酸铜 (II)；DAMP，损伤相关分子模式；DFO，去铁胺；DHA，双氢青蒿素；DLAT，丙酮酸二氢硫酰赖氨酸残基乙酰转移酶成分；DMT1，二价金属转运蛋白 1；DOX，阿霉素；DRD2，多巴胺 D2 受体；DSF，双硫仑；EGFR，表皮生长因子受体；EMT，上皮-间质转化；ER，内质网；ETO，依托泊苷；FDX1，铁氧还蛋白 1；FER-1，铁抑制蛋白 1；FMN，基于框架的纳米剂；FPN1，铁转运蛋白 1；FTH1，铁蛋白重链 1； FTL1，铁蛋白轻链 1；GPX4，谷胱甘肽过氧化物酶 4；GSH，谷胱甘肽；GSS，谷胱甘肽合成酶；H 2 O 2，过氧化氢；HNC，头颈癌；HO-1，血红素加氧酶-1；ICD，免疫细胞死亡；ICIs，免疫检查点抑制剂；IDH1，异柠檬酸脱氢酶 1；IFN-γ，干扰素-γ；IREB2，铁反应元件结合蛋白 2；IREs，铁反应元件；IRP-2，铁调节蛋白 2；IRPs，铁调节蛋白；JAK，Janus 酪氨酸激酶；KEAP1，kelch 样 ECH 相关蛋白 1；KRAS，Kirsten 大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物；LA，硫辛酸； LC3II，微管相关蛋白 1 轻链 3α；LDH，乳酸脱氢酶；LiMOFs，锂基金属有机骨架；LIPRO-1，利普司他丁 1；LOX，脂氧合酶；LPCAT3，溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶 3；MDA，丙二醛；MFC-Gem，载吉西他滨的碳质纳米粒子；MGMT，甲基鸟嘌呤甲基转移酶；MMNPs，磁性介孔二氧化硅纳米粒子；MMP-2，金属蛋白酶-2；MnFe 2 O 4 ，锰铁氧体；mRNAs，信使 RNA；NEPC，神经内分泌前列腺癌；NF- κ B，活化 B 细胞的核因子 κ 轻链增强子；NFS1，半胱氨酸脱硫酶；NK，自然杀伤细胞； NOX，NADPH 氧化酶 1；NRF2，核因子红细胞 2 相关因子 2；NSCLC，非小细胞肺癌；OC1，耳蜗毛细胞；OS，总生存率；P62，隔离小体 1；PET，正电子发射断层扫描；P-GP，P-糖蛋白；PCC，持久癌细胞；PCN(Fe) MOFs，Fe 3 + 卟啉金属有机骨架上的 PEG；PD-L1，程序性死亡配体 1；PDAC，胰腺导管腺癌；PEG，聚乙二醇；PGE2，前列腺素 E2；PGRMC1，孕酮受体膜成分 1；PHPM，ROS 敏感聚合物；PTX，紫杉醇；PUFA，多不饱和脂肪酸；PUFA-OOH，磷脂多不饱和脂肪酸过氧化物；RIPK-1/2/3，受体相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 1/2/3；ROS，活性氧；RR，反应率；siRNA，小干扰 RNA；siSLC7A11，SLC7A11 siRNA；SLC3A2，溶质载体家族 3 成员 2；SLC40A1，溶质载体家族 40 成员 1；SLC7A11，溶质载体家族 7 成员 11；STAT1，信号转导和转录激活因子 1；TAM，肿瘤相关巨噬细胞；TCA，三羧酸循环；TFR，转铁蛋白受体；TME，肿瘤微环境； TMZ，替莫唑胺；TP53，细胞肿瘤抗原 p53；TRADD，肿瘤坏死因子受体 1 型相关死亡结构域蛋白；TTP，进展时间；US FDA，美国食品药品管理局；UTRs，非翻译区；VDAC，电压依赖性阴离子通道；xCT，谷氨酸-胱氨酸反向转运蛋白；Z-VAD-FMK，羧苄氧缬氨酰丙氨酰天冬氨酰-[O-甲基]-氟甲基酮；γ-GCS，γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶。 * 通讯作者。电子邮箱地址：mateusz.kciuk@biol.uni.lodz.pl (M. Kciuk)。