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多维综合分析显示 BCL2L1 甲基化是儿童恶性肿瘤中 MCL1 依赖性的预测因子
简介高级别胶质瘤 (HGG) 是一种中枢神经系统恶性肿瘤，在成人和儿童中均有发生（1、2）。WHO 将 HGG 归类为 3 级和 4 级肿瘤，其特征是细胞过多、细胞核异形性、微血管增生和中心坏死（3-5）。HGG 在成人中更为常见，超过一半 (60%) 的胶质瘤被诊断为 HGG，而儿童中只有大约 10%-15% 的中枢神经系统肿瘤被诊断为 HGG，而低级别胶质瘤更为常见（6-8）。治疗包括手术、放疗和化疗相结合的多模式方案。然而，这些治疗无效，不到 20% 的患者在诊断后 5 年内存活（9-11）。因此，迫切需要寻找这种毁灭性疾病的创新疗法并改善生存结果。
潜在的酮基化革命化 - 再生 - 现代...
kenogen是生物化学和医学领域中相对较新的术语，开始引起人们对影响各种治疗方法和生物学理解的潜力的关注。随着我们的科学景观的发展，研究人员正在发现Kenogen在从细胞生物学到药理学的领域中的显着意义。kenogen是一个术语，它是指以独特方式与生命的细胞机制相互作用的一类分子或化合物。虽然Kenogen的细节仍在研究和探索中，但人们普遍认为它与细胞通信，代谢或蛋白质修饰的一种形式有关，该形式对细胞和组织的功能产生了深远的影响。
与青少年时期认知和大脑结构发育相关的共甲基化网络
1 神经影像和数据科学转化研究中心 (TReNDS)：（佐治亚州立大学、佐治亚理工学院和埃默里大学），美国佐治亚州亚特兰大，2 佐治亚州立大学神经科学研究所，美国佐治亚州亚特兰大，3 佐治亚州立大学计算机科学系，美国佐治亚州亚特兰大，4 俄亥俄州立大学韦克斯纳医学中心精神病学和行为健康系，美国俄亥俄州哥伦布，5 心智研究网络，美国新墨西哥州阿尔伯克基，6 杜兰大学生物医学工程系，美国路易斯安那州新奥尔良，7 男孩城国家研究医院人类神经科学研究所，美国内布拉斯加州奥马哈，8 佐治亚州立大学心理学系和神经科学研究所，美国佐治亚州亚特兰大
H3K4-H3K9组蛋白甲基化模式和肿瘤发育网络作为小儿高级神经胶质瘤中细胞命运决定的驱动因素
3 Oxford Immune Algorithmics, Reading, UK ABSTRACT This study employs systems medicine approaches, including complex networks and machine learning- driven discovery, to identify key biomarkers governing phenotypic plasticity in pediatric high-grade gliomas (pHGGs), namely, IDHWT glioblastoma and H3K27M diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG).通过整合单细胞转录组学和组蛋白质量细胞术数据，我们将这些侵略性肿瘤概念化为复杂的自适应生态系统，该系统由被劫持的oncofetal发育程序和病理吸引力动力学驱动。Our analysis predicts lineage-plasticity markers, including KDM5B (JARID1B), ARID5B, GATA2/6, WNT, TGFβ, NOTCH, CAMK2D, ATF3, DOCK7, FOXO1/3, FOXA2, ASCL4, PRDM9, METTL5/8, RAP1B, CD99, RLIM, TERF1, and LAPTM5, as drivers of细胞命运控制论。此外，我们确定了内源性生物电特征，包括Grik3，Grin3，Slc5a9，Nkain4和KCNJ4/6，是潜在的重编程靶标。此外，我们验证了先前发现的可塑性基因，例如PDGFRA，EGFR靶标，OLIG1/2，FXYD5/6，MTSSS1，SEZ6L，MTRN2L1和SOX11，证实了我们复杂系统方法的鲁棒性。此系统肿瘤学框架为精确医学提供了有前途的途径，通过指导由单细胞多摩学告知的组合疗法来优化患者的结果，并以PHGG表型可塑性为治疗性脆弱性。此外，我们的发现表明肿瘤表型可塑性（即过渡疗法）和PHGG生态系统中疾病的表观遗传重编程性能朝向稳定的，转分化的状态。因此，了解关键字：小儿神经胶质瘤；表型可塑性；癌症多组学；数据科学；系统医学；精度肿瘤学。引言小儿高级神经胶质瘤（PHGGS）代表致命疾病，没有任何精确诊断，有效的治疗或预防（Swanton等，2024）。这些侵略性肿瘤破坏了发育过程和组织稳态，导致形态发生，对治疗的抵抗力和免疫逃避（Senft等，2017; Jessa等，2019）。对其病理学的中心是表型可塑性 - 细胞在谱系身份之间适应响应微环境压力的能力。This plasticity arises from epigenetic dysregulation, such as oncohistone mutations like H3K27M (H3F3A) and driver mutations like TP53, ACVR1, etc., which destabilize chromatin structure, trapping cells in metastable, multipotent states and impairing their differentiation hierarchy (Shpargel et al., 2014; Paugh et al., 2011; Jessa et al., 2019）。实际上，这些塑料状态促进了肿瘤的进展和耐药性作为新兴行为，从而创造了不稳定的生态系统。
![[新闻信息]《基于DNA甲基化谱的表观基因组》](/simg/c/c96354db414e1e22ae7ae3ecb3e4643505cd6928.webp)
综合基准基于纳米孔的DNA甲基化检测的基准测试onkar kulkarni 1,2，*，Reuben Jacob Mathew 1，*，Lamuk Zaveri 1，*
总结多巴胺神经元（DAN）的渐进性变性定义了帕金森氏病（PD）。然而，前驱PD中最脆弱的DAN种群的身份和功能仍然不确定。在这里，我们确定具有膜联蛋白A1（Anxa1）表达的质体nigra dans在多个前驱PD模型中有选择性地易受伤害，并且在患者衍生的DAN中显着降低了。我们发现Anxa1+ Dans具有独特的功能概况，因为它们没有信号奖励或增强动作，并且对于动机行为而言并不是必需的。相反，Anxa1+ Dan轴突的活性与自定进度探索过程中的剧烈运动相关，但是它们的沉默只会破坏反映PD Bradykinesia曲线的动作序列。重要的是，Anxa1+ Dans对于迷宫任务和灵活动作的运动学习至关重要。这些发现确定了PD中Anxa1+ DAN的早期脆弱性，其功能可以解释程序性运动学习中的前驱动物脑力和障碍。
CDH1甲基化和乳腺癌中E-钙粘蛋白和其他标记的表达
总统阿尔贝托·利马·德·莫拉伊斯·库蒂尼奥（1959–1961）乔治·德·马西拉克（Jorge de Marsillac）（1962–1963）爱德华多·桑托斯·马查多（Eduardo Santos Machado）（1964–1965） 71）1973）豪尔赫·德·马西拉克（Jorge de Marsillac）（1974–1975）Alberto Lima de Morais Coutinho（1976–1977）JoãoSampaioGóisJr。 （1978–1982）Hiram Silveira Lucas（1983–1986）JoséAntonioRibeiro Filho（1987-1989）Antonio S.Figueira Filho（1990-1992） –2001）Gio（2005–2007）Carlos Ricardo Chagas（2008–2010）Carlos Alberto Ruiz（2011–2013）Ruffo de FreitasJúnior（2014–2016）Antonio Luiz Frasson（2017–2019）
CDH1甲基化和乳腺癌中E-钙粘蛋白和其他标记的表达 第34卷，2024年ISSN 2594-5394 乳腺癌的组织学和分子分类
简介：由CDH1基因编码的E-钙粘着蛋白是与细胞粘附有关的糖蛋白，CDH1的甲基化可以防止有利于肿瘤浸润的蛋白质表达。这项研究研究了从乳腺癌患者的肿瘤和非肿瘤组织中提取的DNA中CDH1的甲基化。此外，通过免疫组织化学分析了E-钙粘蛋白，人表皮生长受体2（HER-2），雌激素受体（ER），孕酮受体（PR）和增殖KI-67（KI-67）的标志物的表达。方法：乳房切除术时诊断为乳腺癌的15名妇女肿瘤和非肿瘤乳腺组织的样本，以分析CDH1甲基化。提取DNA，通过Bisulfite方法修饰，并通过聚合酶链反应（PCR）扩增。通过免疫组织化学评估了E-钙粘蛋白，HER-2，ER，PR和KI-67的表达。结果：所有15例患者在肿瘤组织中均具有CDH1甲基化，而在非肿瘤乳腺组织中有9例CDH1甲基化。免疫组织化学分析表明，一名患者具有E-钙粘蛋白的表达，三个患有HER-2，五个患有ER，六个患有PR，九个患有KI-67。结论：我们的发现表明，CDH1基因甲基化阻止了乳腺肿瘤中的e-钙粘蛋白表达，曾经仅通过免疫组织化学分析测试的九名患者中只有一名显示了该蛋白质。在九名患者中观察到的非肿瘤乳腺组织中CDH1的甲基化可能表明存在浸润的肿瘤细胞或非肿瘤性遗传转化的细胞。
染色质调节剂 HELLS 介导 SSB 修复和对 DNA 烷基化损伤的反应
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 12 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.12.19.629292 doi：bioRxiv preprint