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肠道寄生虫与肠道微生物群之间的相互作用：对肠道免疫反应的影响Andhost Defence
摘要：肠道寄生虫，包括蠕虫和原生动物，占全球健康负担的很大一部分。胃肠道（GI）不仅是这些寄生虫感染的阶段，而且还可以作为数百万微生物的住所。随着GI微生物环境的复杂性继续展开，越来越明显的是，宿主，寄生虫和常驻微生物之间的相互作用有助于决定寄生虫的存活，并最终疾病结果。在临床模型和实验模型中，肠道寄生虫都被证明会影响微生物组成和多样性。相互地，微生物可以直接影响寄生生存，定殖和驱逐。肠道菌群还可以通过宿主的影响和操纵来间接影响寄生虫。研究这种宿主 - 寄生虫 - 菌轴轴可能有助于为肠道寄生虫感染以及炎症性肠病（IBD）等肠道寄生虫感染以及疾病带来新的治疗策略。在这篇综述中，我们探讨了肠道寄生虫之间的关系，特别关注普通原生动物和蠕虫，以及肠道菌群，以及这些相互作用如何影响宿主防御和肠道免疫反应。我们还将探讨这种三方关系在临床环境中的影响及其对人类健康的广泛影响。
人机协作翻译和回译...
近年来，由于各个学科的在线文本大量产生，机器翻译系统的重要性日益增加。事实证明，传统的翻译方法不足以满足全球翻译需求。虽然翻译工具在处理不同学科和文本类型方面非常出色，但它们的可用性和可靠性面临相当大的争议，尤其是应用于文学文本时。因此，本研究旨在探索人工智能 (AI) 翻译工具（例如 ChatGPT）对文学文本翻译和回译的影响。该研究采用定性方法中的实验模型，以翻译测试为主要研究工具。伊玛目穆罕默德伊本沙特伊斯兰大学 (IMSIU) 的 80 名英语专业学生被随机抽取并分成四组：两个对照组和两个实验组。要求学生翻译和回译一篇英文短篇小说，并通过各种比较对测试中的定性数据进行了分析。对于统计分析，采用独立样本 t 检验来比较两个独立组。研究结果显示，使用人工智能工具的学生能够比使用传统方法的学生提供更好的翻译和回译，回译的表现略好。
PTEN 与 PAFR 以及 PAFR 与 EGFR 通路之间的串扰对癌症的影响
肿瘤抑制和致癌信号通路之间的整合控制着癌细胞的各种细胞活动，包括细胞生长和凋亡。致癌基因的激活促进了癌症进展和逃逸机制，而肿瘤抑制因子则调节和抵消了致癌信号的负面影响。值得注意的是，磷酸酶和张力蛋白同源物 (PTEN) 是肿瘤抑制基因的重要家族成员之一，在调节肿瘤细胞的活动中起着关键作用。因此，PTEN 的受损、突变或缺失与癌症患者的低存活率或高肿瘤复发率有关。重要的是，G 蛋白偶联血小板活化因子受体 (PAFR) 的肿瘤高表达与肿瘤进展增加以及非小细胞肺癌 (NSCLC) 等恶性肿瘤的总体存活率下降和预后不良有关。类似地，在各种人类恶性肿瘤中检测到表皮生长因子受体 (EGFR) 信号的过度激活或突变，并且与预后不良有关。当前小型评论的目标是强调 PTEN 和 PAFR 以及 PAFR 和 EGFR 通路之间的机制见解在影响实验模型系统中的癌症生长和/或治疗剂的功效方面的重要性。
肿瘤球体结构的定量分析
肿瘤球体是无血管肿瘤生长的体外实验模型。与传统的二维培养物相比，肿瘤球体更紧密地模仿无血管肿瘤微环境，其中养分可用性的空间diûerence强烈影响生长。我们表明，使用明显的Diûer数量的细胞生长到相似的限制大小，这表明血管肿瘤具有极限结构。与肿瘤球体经典数学模型的未经测试的预测一致。我们开发了一种新型的数学和统计框架，以研究从用荧光细胞周期指示器转导的细胞中播种的肿瘤球体的结构，使我们能够区分被捕的和循环细胞并识别被捕的区域。我们的分析表明，瞬态球体结构与初始球体大小无关，并且极限结构可以独立于播种密度。标准实验协议比较球体大小与时间的函数；但是，我们的分析表明，将球体结构与总体大小的函数进行比较会产生对球体大小的变异性相对不敏感的结果。我们的实验观察是使用两种黑色素瘤细胞系进行的，但是我们的建模框架适用于各种球体培养条件和细胞系。
硬皮病纤维化中可能的分子靶标
全身性硬化症（SSC）是一种罕见的，免疫介导的结缔组织疾病，其特征是皮肤和内部器官的进行性纤维化。该疾病的标志是微血管病变，自身抗体的产生以及细胞外基质（ECM）的沉积增加。SSC主要影响女性性别及其进展和严重性在个体中差异很大。皮肤，肺和胃肠道（GI）的可变程度是该疾病的最常见表现，死亡的主要原因是间隙肺病（ILD）和肺动脉高压（PAH）[1，2]。这种复杂的全身性疾病的发病机理尚未完全理解。SSC临床表现的异质性可能反映了多种致病途径的相互作用，其中一些途径具有很好的特征，但与疾病亚群和临床表型没有明确相关[3，4]。新实验模型和OMIC方法的贡献[5-8]取得了许多最新进展。然而，除了时代[9，10]和Nintedanib [11]，尚无批准的特定目标疗法。因此，缺乏药物会阻碍SSC的最佳临床管理。可能会填补这一差距，本文回顾了PDGF及其受体作为SSC中关键信号促链途径和潜在的治疗靶标的作用。
胆道癌和临床意义中的起源细胞
摘要胆道癌（BTC）是侵略性的上皮恶性肿瘤，在胆道树的任何时刻可能会出现。尽管很少见，但在过去的40年中，它们的发病率和死亡率一直在稳步上升，这突出了需要改善当前诊断和治疗策略的必要性。BTC在形态学和分子水平上都显示出较高的肿瘤间和肿瘤内异质性。如此复杂的异质性为有效干预措施带来了重大障碍。被广泛接受的是，观察到的异质性可能是不同元素的复杂相互作用的结果，包括危险因素，不同的分子改变和多个原始电位细胞。在实验模型中使用遗传谱系追踪系统具有鉴定胆管细胞，肝细胞和/或祖细胞样细胞为BTC的起源细胞。基因组证据支持了不同原始假设的分子。在这篇综述中，我们关注BTC的组织病理学亚型的最新进展，讨论当前的基因组证据和轮廓谱系追踪研究，这些研究促进了这些肿瘤起源细胞的当前知识。©2021作者。由Elsevier B.V.代表欧洲肝脏研究协会（EASL）出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
用...
本研究提出了一个利用检索增强产生（RAG）来增强大肠杆菌（E.COLI）基因组学中复杂生物信息学数据的解释和分析的框架。通过整合包括成对对准的生物信息学工具，NCBI注释，多序列对准（MSA）与大语言模型（LLM）（例如GPT O3-MINI），GEMINI 2.0 Advanced Flash Thinky Thinking Thinking Thinking Trusive trining实验模型以及Grok 3，我们的方法将实时数据的试验与动态数据的自然语言生成结合。这种集成使原始计算输出转换为连贯且可访问的叙述，从而有助于对基因组组织和基因功能的更深入了解。通过检索特定于域的知识来增强llm功能的RAG框架，然后将其用于完善和上下文化生成的见解。通过自定义提示工程，我们的系统合成了不同的数据集，以突出多个大肠杆菌菌株的基因组变异，保守同义和注释一致性的关键方面。通常，我们的工作表明，将抹布与传统的生物信息学方法整合在一起，为在微生物研究中为更有效，更准确的基因组分析铺平了强大，可扩展的解决方案，以将复杂的基因组数据集转化为具有动作能力的生物学见解。
色素生成，基因组混乱的机制
染色体碎裂、染色体合成和染色体复合等现象被称为染色体再生，它们构成了新型的复杂重排，包括许多仅位于少数染色体区域的基因组改变。近十年来，这些现象的发现改变了我们对染色体异常的形成及其病因的认识。尽管这些新的灾难性机制各有特点，但它们通常发生在单个细胞周期内，并且它们的出现与基因组不稳定性密切相关。人们已经提出了各种能够产生染色体再生的非排他性外源性或细胞机制。然而，最近的实验数据揭示了两个主要过程，这两个过程在染色体有丝分裂分离出现缺陷后，可产生一系列细胞事件，从而导致染色体再生。这些机制包括整合分离染色体物质的微核的形成，以及由于端粒融合而导致染色体物质周围出现染色质桥。在这两种情况下，受损染色体物质的碎裂、修复和传递的细胞和分子机制与染色体再生相关的复杂染色体重排的特征一致。在本综述中，我们介绍了每种类型的染色体再生，并描述了实验模型，这些模型可用于验证染色体再生事件的存在，并更好地了解其形成和传递的细胞机制，以及它们对基因组稳定性和可塑性的影响。21
二甲双胍用于帕金森病治疗
摘要：帕金森病 (PD) 是一种严重的神经退行性疾病，影响着 65 岁以上人口的约 2%。其特征是黑质纹状体多巴胺能神经元逐渐丧失，导致患者运动障碍。目前，只有对症治疗，无法抑制疾病进展。在这种情况下，抗糖尿病药物二甲双胍已被研究作为 PD 的潜在疾病改善剂，它是一种低成本且耐受性良好的药物，几十年来已成功用于治疗 2 型糖尿病。尽管二甲双胍的确切作用机制尚未完全阐明，但已知该药物会影响与 PD 病理相关的许多细胞通路。在这篇综述中，我们介绍了文献中支持二甲双胍神经保护作用的证据，即自噬上调、病理性 α -突触核蛋白种类的降解和线粒体功能的调节。本文还讨论了在接受二甲双胍治疗的糖尿病患者中开展的旨在评估长期服用二甲双胍与罹患 PD 风险之间相关性的流行病学研究。最后，我们对实验模型和临床研究中得到的有争议的结果进行了解释，从而为未来重新定位二甲双胍用于 PD 治疗的研究提供了可能的理论基础。
自噬在儿童脑肿瘤中的作用的最新进展
摘要：自噬是真核细胞中发生的一种降解过程，以维持体内平衡和细胞存活。在营养缺乏、缺氧或给药等应激条件下，自噬被诱导以抵消可能导致细胞死亡的途径。在癌症中，自噬起着矛盾的作用，既充当肿瘤抑制因子（通过清除细胞中受损的细胞器并抑制炎症，或者通过促进基因组稳定性和肿瘤适应性反应），又充当促生存机制以保护细胞免受化疗等应激的影响。神经源性儿科实体瘤代表了各种儿童癌症，具有独特的解剖位置、细胞来源和临床表现。这些肿瘤是儿童发病和死亡的主要原因，新的分子诊断和治疗方法对于延长生存期和降低发病率是必不可少的。本文回顾了我们对自噬调节如何在儿童脑肿瘤实验模型中表现出抗肿瘤特性的理解进展，这些脑肿瘤包括髓母细胞瘤 (MB)、室管膜瘤 (EPN)、儿童低级别和高级别胶质瘤 (LGG、HGG)、非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤 (ATRT) 和视网膜母细胞瘤 (RB)。我们还从临床角度讨论了针对自噬如何与这些特定的儿童肿瘤相关。