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Agisoft Metashape 用户手册 - 专业版，版本 1.5
概述 ................................................................................................................................ v 工作原理 ...................................................................................................................... v 关于手册 ...................................................................................................................... v 1. 安装和激活 ...................................................................................................................... 1 系统要求 ...................................................................................................................... 1 GPU 加速 ...................................................................................................................... 1 安装步骤 ...................................................................................................................... 2 演示模式的限制 ............................................................................................................. 3 激活步骤 ...................................................................................................................... 3 浮动许可证 ...................................................................................................................... 5 2. 拍摄场景 ...................................................................................................................... 8 设备 ............................................................................................................................. 8 相机设置 ...................................................................................................................... 8 物体/场景要求 ................................................................................................................ 8 图像预处理 ...................................................................................................................... 8 拍摄场景 ...................................................................................................................... 9 限制 ............................................................................................................................. 10 镜头校准 ...................................................................................................................... 11 规划任务 ................................................................................................................ 13 减少重叠 ................................................................................................................ 14 3. 常规工作流程 .............................................................................................................. 15 首选项设置 .............................................................................................................. 15 加载照片 ................................................................................................................ 16 对齐照片 ........................................................................................................................................ 21 构建密集点云 ...................................................................................................... 25 构建网格 .............................................................................................................. 26 构建模型纹理 .............................................................................................................. 29 构建平铺模型 .............................................................................................................. 32 构建数字高程模型 ...................................................................................................... 33 构建正射影像 ............................................................................................................. 35 保存中间结果 ............................................................................................................. 38 导出结果 ............................................................................................................. 39 4. 参考 ............................................................................................................................. 54 相机校准 ............................................................................................................. 54 设置坐标系 ............................................................................................................. 58 优化 ............................................................................................................................. 67 参考窗格中的错误是什么意思？ ................................................................ 70 使用编码和非编码目标 ...................................................................................... 71 5. 测量 .......................................................................................................................... 73 在 3D 模型上进行测量 ........................................................................................ 73 在 DEM 上进行测量 ............................................................................................. 75 植被指数计算 ...................................................................................................... 77 立体测量和矢量化 ...................................................................................................... 80 6. 编辑 ............................................................................................................................. 82 使用蒙版 ................................................................................................................ 82 编辑点云 ................................................................................................................ 86 对密集云点进行分类 ................................................................................................ 90 编辑模型几何图形 ................................................................................................ 91 形状 ................................................................................................................................................ 96 正射影像接缝线编辑 .............................................................................................. 98 移除照明 .............................................................................................................. 98
肠-肝-脑轴中的微生物群
人类肠道是数万亿微生物细胞的家园，拥有超过 1,000 种不同的微生物物种，它们对胃肠道的主要功能做出贡献，包括营养、粘膜免疫和病原体防御。胃肠道粘膜是将腔内环境与内部环境分隔开的主要界面，也是人体与肠腔内微生物世界相互作用的主要场所。胃肠道粘膜平铺时的表面面积估计高达 4,000 平方英尺，最重要的是，它包含允许双向宿主-微生物通信的适应结构。肠道屏障必须保证与微生物群进行营养和代谢物交换，但同时也要保护自己免受微生物世界的侵害。肠道屏障由三个主要部分组成，包括粘液层、完整的上皮单层和具有粘膜免疫细胞的固有层。这三层结构都有助于肠道屏障的良好运作。上皮单层不是静态结构，密封上皮细胞之间间隙的血管连接受肠道微生物群和饮食成分的调节。粘膜屏障下方还有一道额外的屏障，即肠道血管屏障，它控制进入全身循环的物质，并避免全身部位的细菌易位。肿瘤细胞也利用这一屏障进行向肝脏的转移。免疫系统既被微生物群激活，又通过释放免疫球蛋白 A 促进微生物群组成。当微生物群组成因炎症状况、饮食不当或抗生素治疗而发生变化时，粘膜屏障通透性会发生变化。微生物成分可以进入全身循环，并传播到肝脏和大脑等其他器官，从而产生全身炎症状态。这会导致我们在脉络丛中发现的大脑新血管屏障的调节，并导致焦虑行为的发展。
异构芯片集成打造超级芯片
本文介绍了一种新型超大面积集成电路 (ELAIC) 解决方案（我们称之为“巨型芯片”），适用于将不同类型的多个芯片（例如，内存、专用集成电路 [ASIC]、中央处理器 [CPU]、图形处理单元 [GPU]、电源调节）组合到通用互连平台上的单个封装中。巨型芯片方法有助于重新构建异构芯片平铺，以开发具有所需电路密度和性能的高度复杂系统。本文重点介绍了最近关于大面积超导集成电路连接多个单独芯片的研究，特别关注了在单个芯片之间形成的高密度电互连的处理。我们重新制造了各种巨型芯片组件，并使用多种技术（例如扫描电子显微镜 (SEM)、光学显微镜、共聚焦显微镜、X 射线）对其进行了表征，以研究集成质量、最小特征尺寸、硅含量、芯片间间距和间隙填充。二氧化硅、苯并环丁烯 (BCB)、环氧树脂、聚酰亚胺和硅基电介质用于间隙填充、通孔形成和重分布层 (RDL)。对于巨型芯片方法，通过减少芯片间 (D2D) 间隙和增加硅含量来提高热稳定性，从而使组装人员能够缓解不同基板/模块集成方案的热膨胀系数 (CTE) 不匹配的问题，这对于实现从回流到室温甚至低温操作的宽温度范围稳定性非常重要。 Megachip 技术有助于实现更节省空间的设计，并可容纳大多数异构芯片，而不会影响稳定性或引入 CTE 不匹配或翘曲。各种异构芯片
持续更新的数字高程模型 (CUDEM) 以支持沿海洪水建模
摘要：美国国家海洋和大气管理局 (NOAA) 国家环境信息中心 (NCEI) 生成从本地到全球范围的数字高程模型 (DEM)。总的来说，这些 DEM 对于确定沿海洪水的时间和范围以及改善社区准备、事件预报和预警系统至关重要。我们在 NCEI 启动了一个综合框架，即持续更新 DEM (CUDEM) 计划，其中包含无缝裸地、地形测深和测深 DEM，涵盖整个美国 (U.S.) 大西洋和墨西哥湾沿岸、夏威夷、美国领土和美国太平洋沿岸的部分地区。CUDEM 是目前公共领域中分辨率最高的整个美国大西洋和墨西哥湾沿岸的无缝描绘；沿海地形测深 DEM 的空间分辨率为 1/9 弧秒（~3 米），而离岸测深 DEM 则粗化为 1/3 弧秒（~10 米）。我们使用 NASA 的先进地形激光测高系统 (ATLAS) 仪器（该仪器安装在冰、云和陆地高程卫星 2 (ICESat-2) 观测站上）独立验证了 CUDEM 的陆地部分，并计算出相应的垂直平均偏差误差为 0.12 米 ± 0.75 米（一个标准差），总体 RMSE 为 0.76 米。我们使用免费开源软件 (FOSS) 通过标准化流程生成 CUDEM，并提供对我们代码存储库的开放访问。CUDEM 框架由系统化的平铺地理范围、空间分辨率以及水平和垂直基准组成，以便使用新的数据集合快速更新目标区域，尤其是风暴和海啸事件后。CUDEM 框架还能够将本地规模 DEM 中采集的高分辨率数据集合快速整合到 NOAA NCEI 的区域和全球 DEM 套件中。未来的研究工作将侧重于生成其他数据产品，例如空间明确的垂直误差估计和形态变化计算，以增强 CUDEM 计划的实用性和科学效益。
罗伯特（罗比）尼尔森
光学成像和光谱实验室（导师：Francisco Robles 博士）2021 年 4 月 - 至今 • 负责开发多光谱深紫外显微镜用于前列腺基质组织的无标记生物分子分析的项目。在六种波长下对多个根治性前列腺切除术组织学载玻片进行成像，并使用主成分分析分析多光谱图像数据，以比较健康组织与侵袭性癌症的平滑肌结构。与埃默里大学的病理学家合作评估研究结果并征求反馈意见。向 2023 年美国和加拿大病理学会 (USCAP) 年会提交了第一作者海报摘要。 • 对前列腺癌反应性基质的生物学进行了全面的文献综述。通过在数字病理图像上创建注释并向领域专家寻求有关其准确性的反馈，成功学习了如何确定前列腺癌的格里森等级和其他组织学特征。 • 从头开始独立创建整个幻灯片成像仪。编写了用于与 PCO 和 ThorLabs 设备交互的驱动程序，设计了自动对焦算法，并在 MATLAB GUI 中自动进行平铺图像捕获。 • 独立培训了两名学生操作实验室的紫外显微镜系统。 佐治亚理工学院系统研究实验室（导师：张福民博士） 2019 年 1 月 - 2021 年 4 月 • 2021 年新奥尔良美国控制会议接受的论文的合著者，该论文介绍了一种新颖的无衍生多智能体跟踪策略。 亲自负责编写和测试佐治亚理工学院 Robotarium 机器人的 MATLAB 代码，以使用 3 个智能体执行跟踪策略。 为论文撰写了实验结果部分，以记录 Robotarium 实验成功证实了控制策略数学的理论预测。 • 致力于使用 Xbee 模块和 OptiTrack 摄像头在物理 GT-MAB 飞艇上实现多智能体 2D 源搜索算法的 MATLAB 代码。 出版物
新发现的调节癌症支持基因表达的因素
我们预测，只有在两种蛋白质结合时，就会存在一个独特的分子，并且从使用分裂 - 涡轮注释3进行的分析中，我们还发现，许多转录调节剂与该复合物结合起作用。从以上结果来看，已经揭示了BOD1L与setD1a结合，并且比作为DNA修复调节剂更有帮助癌症生长和生存的转录启动子。 ■研究人员的评论（Chiba University医学研究生院Hoshii副教授）我们很高兴能够解决蛋白质 - 蛋白质相互作用的奥秘，这些蛋白质相互作用已经很长时间了。 SETD1A本身也引起了人们的关注，作为儿童疾病和精神分裂症的原因，因此我们希望这一发现将有助于癌症以外的其他疾病的治疗。 ■词汇表注释1）CRISPR平铺方法：一种通过设计基因编辑技术CRISPR/CAS9中用于单个基因的无数SGRNA来全面检查和识别在蛋白质上具有功能的位置的方法。注2）DEPMAP数据库：一个数据库，旨在鼓励发现癌症治疗靶标和开发治疗方法，以1,000多个癌细胞系进行的大规模CRISPR-CAS9筛选的结果。注3）分裂 - 涡轮增压：一种接近依赖性的标记方法，允许识别其周围蛋白质的标记，仅限于两种蛋白质相互作用时。 ■Paper information Paper title: BOD1L mediates chromatin binding and non-canonical function of H3K4 methyltransferase SETD1A Author: Takayuki Hoshii*, Sota Kikuchi, Tomoya Kujirai, Takeshi Masuda, Tomoko Ito, Satoshi Yasuda, Makoto Matsumoto, Bahityar Rahmutulla, Masaki Fukuyo，Takeshi Murata，Hitoshi Kurumizaka，Atsushi Kaneda *负责作者杂志名称：核酸研究doi：10.1093/nar/gkae605■参考材料1纸张1个纸张标题：SetD1A的非静脉功能调节setd1a的非催化功能。 10.1016/j.cell.2018.01.032■参考材料2纸张标题：setD1a在白血病杂志中调节血红素生物合成基因的转录暂停释放杂志名称：细胞报告DOI：10.1016/j.cellep.2022.1111727
在误差减少回路中使用神经网络的准强化学习对 100 个激光束阵列进行实验相位控制
近来，需要高平均功率激光束的应用数量急剧增加，涉及大型项目，如空间清洁 [1]、航天器推进 [2]、粒子加速 [3]，以及工业过程 [4] 或防御系统 [5]。激光光束组合是达到极高功率水平的最常用方法之一，特别是相干光束组合 (CBC) 技术 [6]。它们旨在对放大器网络传输的平铺激光束阵列的发射进行相位锁定，以产生高亮度的合成光束。由于实际激光系统（尤其是光纤激光系统）中阵列中光束之间的相位关系会随时间演变，因此这些技术必须通过伺服环路实时校正合成平面波的相位偏差。近年来，CBC 技术得到了广泛发展，探索了调整合成离散波前中各个相位的不同方法。它们可以分为两大类。在第一类中，测量阵列中光束的相位关系，然后进行校正 [7]。在第二种方法中，实际波前和期望波前之间的差异通过迭代过程得到补偿 [8]。在后一种情况下，优化算法驱动反馈回路，分析所有光束之间干涉的阵列相位状态的更多全局数据 [9,10]。这些技术通常更易于实施，所需电子设备更少，但需要更复杂的数值处理，其中一些技术在处理大量光束时速度会降低。最后一个问题与反馈回路中达到预期相位图所需的迭代次数有关，该迭代次数会随着要控制的相位数的增加而迅速增加。最近，人们研究了神经网络 (NN) 和机器学习，以期找到一种可能更简单、更有效的方法来实现相干光束组合。已发表的文献 [11] 中涉及的一种方案依赖于卷积神经网络 (VGG) 的直接相位恢复，然后一步完成相位校正，例如在自适应光学 NN 的开创性工作 [12]。 NN 用于将光束阵列干涉图样的强度（在透镜焦点处形成的远场或焦点外的图像、分束器后面的功率等）直接映射到阵列中的相位分布中。恢复初始相位图后，可以直接应用相位调制将相位设置为所需值。[11] 中报告的模拟表明，当阵列从 7 条光束增加到 19 条光束时，基于 CNN 的相位控制的精度会下降。这一限制在波前传感领域也得到了强调，因此 NN 通常仅用作初始化优化程序的初步步骤 [13]。另一种可能的方案是强化
基于中间结构DNA纳米技术的设计范例
1丁华大学生活科学生命科学学院，合成与系统生物学中心，中国北京100084 Tsinghua大学合成与系统生物学中心。2纽约大学化学系，纽约，纽约10003，美国＃这些作者同样贡献。 †已故。 *通讯作者。 电子邮件：bw@tsinghua.edu.cn（B.W. ）; yoel.ohayon@nyu.edu（Y.P.O.）。 在结构DNA纳米技术的早期开发中，引入了抽象中界作为一种基本跨界构型的类型。 然而，与基于常规连接的对应物相比，从多个中型结构络合物中对自组装的调查被忽略了。 在这项工作中，我们设计了标准化的组件链，以构建复杂的中置晶格。 在1-，2和3维晶格的自组装中展示了三个带有三个和四个臂的典型介质结构，这些构造是由既有脚手架 - 脚手架 - 式瓷砖方法构建的，也是脚手架折纸方法。 引言在该领域已经确定了各种交叉和交叉基序，特别是在理论研究占主导地位的结构DNA纳米技术的早期发展期间。 到1990年代中期，基于3臂和4臂常规连接的体系结构在DNA纳米技术的发展中占主导地位2-13。 值得注意的是，在已经普遍存在的基于紧凑的螺旋，二维（2D）和三维（3D）折纸的设计中，所有交叉方案均来自4- ARM常规连接14-16。 1b）。 s1）。2纽约大学化学系，纽约，纽约10003，美国＃这些作者同样贡献。†已故。*通讯作者。电子邮件：bw@tsinghua.edu.cn（B.W.）; yoel.ohayon@nyu.edu（Y.P.O.）。在结构DNA纳米技术的早期开发中，引入了抽象中界作为一种基本跨界构型的类型。然而，与基于常规连接的对应物相比，从多个中型结构络合物中对自组装的调查被忽略了。在这项工作中，我们设计了标准化的组件链，以构建复杂的中置晶格。在1-，2和3维晶格的自组装中展示了三个带有三个和四个臂的典型介质结构，这些构造是由既有脚手架 - 脚手架 - 式瓷砖方法构建的，也是脚手架折纸方法。引言在该领域已经确定了各种交叉和交叉基序，特别是在理论研究占主导地位的结构DNA纳米技术的早期发展期间。到1990年代中期，基于3臂和4臂常规连接的体系结构在DNA纳米技术的发展中占主导地位2-13。值得注意的是，在已经普遍存在的基于紧凑的螺旋，二维（2D）和三维（3D）折纸的设计中，所有交叉方案均来自4- ARM常规连接14-16。1b）。s1）。最近，出现了几个用于设计和构建线框DNA纳米结构17-20的建筑框架，并且毫无例外地，它们都是基于使用不同数量的双螺旋臂的常规连接。根据早期报告21中使用的命名法，分支的DNA连接包含从中央连接点辐射的双链体（图。1a，左右）;相反，一个反该功能由指向圆周方向的双链体组成（图。1a，右）;介质结混合了径向双链体和圆周的双工，侧面是一个中心点（图。我们使用X y / z x y作为命名法来描述某个连接构型（例如，常规连接，反式函数和中间结），其中x代表所涉及的链总数，y径向双层双臂臂的数量，z索引数量的配置变体数量。3臂和4臂DNA连接分别称为3 3和4 4，因为所有三个或四个双链体均为径向21。同样，4臂的触及式被称为4 0，因为没有径向臂（即，所有四个臂都是圆周的）21。由于链极性施加的限制，无法构建具有三个臂的触及术（图。只能通过3臂连接设计3 1个中孔配置，由一个径向臂和两个圆周的臂组成（图。1b，左）21。可用于两个径向臂和两个圆周臂的4臂设计可用的两种不同的配置（图。我们成功的自我组装，导致了各种中间结构1b，中间和右） - 1 4 2中间结构，包括交替的径向臂和圆周臂，以及2 4 2中间结构，包括成对的径向臂和圆周的臂21。以前已经研究了21，22的基本多链中含中含量的复合物的形成，但是自引入23引入以来，多个中二结构络合物的自组装成周期性的晶格仍未实现。在这里，我们通过设计标准化的组件链来完成这项未完成的任务，以进行自组装研究中级晶格。我们首先使用三种典型的介质结构（3 1，1 4 4 2和2 4 2）基于3臂和4臂中界设计和构建一维（1D）周期性晶格。然后，我们在离散晶格的自组装中应用了中间结构。我们采用了1 4 2中间结，使用无脚手架的平铺方法以及脚手架的DNA折纸方法来构建定义尺寸的矩形。除了单双链臂外，我们还设计了两个捆绑的双工，作为一个复合臂，用于2D和3D中型晶格。