这是一篇 PLOS 计算生物学教育论文。大脑以最小化某些成本的方式运作的想法在理论神经科学中普遍存在。由于成本函数本身并不能预测大脑如何找到最小值,因此需要对优化方法做出额外假设来预测生理量的动态。在这种情况下,最速下降(也称为梯度下降)通常被认为是大脑可能实现的优化算法原理。在实践中,研究人员通常将偏导数的向量视为梯度。然而,梯度的定义和最速方向的概念取决于度量的选择。由于度量的选择涉及大量自由度,因此基于梯度下降的模型的预测能力必须受到质疑,除非对度量的选择有严格的限制。在这里,我们对梯度下降的数学进行了教学回顾,并通过文献中的例子说明了使用梯度下降作为大脑功能原理的常见缺陷,并提出了限制度量的方法。
-FNP是NP:给定X的搜索版本,以及针对NP问题的多项式时间证书验证算法,找到任何证书y。- FP是FNP中的一组问题,其中Y可以通过多项式时间图灵机找到。(ZOO)-FBQP是存在BQP算法的一组关系R,该算法在输入x上找到任何满足的y(x,y)⊆r。(Aaronson09 [1])
i) 一种适用于通用 n 级量子系统的具有普遍有效性的无坐标算法;ii) 当量子发散函数(量子相对熵)满足数据处理不等式(DPI)时,则得到的量子度量满足 MP。
引入高突变率,短生成时间和大小的RNA病毒大小正在引起其宿主中遗传多样性的积累[1]。病毒种群的宿主内遗传多样性会影响治疗结果。它与药物分析的发育相关[2],影响细胞和组织的向量[3],传播风险[4]和疾病进展[5,6]。对宿主内遗传多样性的分析也可以提供对感染期间病毒演变的见解[7,8]。在过去的十年中,通过引入和成本范围使用下一代测序(NGS),对宿主内多样性的检测变得更加可行。ngs平台会产生大量的测序读数,通常长度很短,并且会受到放大和测序误差的影响[9]。近年来,已经开发了许多计算工具来区分技术错误和真正的生物学突变,并重建病毒性单倍型序列和
这项工作是在Ferheen Ayaz在格拉斯哥大学任职时完成的。作者的联系信息:伊德里斯·扎卡里亚(Idris Zakariyya),格拉斯哥大学,格拉斯哥,英国,idris.zakariyya@glasgow.ac.ac.uk; Ferheen Ayaz,城市,伦敦大学,伦敦,英国,ferheen.ayaz@city.ac.uk; Mounia Kharbouche-Harrari,法国Stmicroelectronics,Mounia.kharbouche-harrari@st.com;杰里米·辛格(Jeremy Singer),格拉斯哥大学,英国格拉斯哥,jeremy.singer@glasgow.ac.uk; Sye Loong Keoh,格拉斯哥大学,英国格拉斯哥,syeloong.keoh@ glasgow.ac.uk; Danilo Pau,意大利Stmicroelectronics,danilo.pau@st.com;何塞·卡诺(JoséCano),格拉斯哥大学,英国格拉斯哥,josecano.reyes@glasgow.ac.uk。
深层生成模型最近在建模图数据(包括动态图)方面取得了重大成功,其中拓扑和特征会随着时间的流逝而发展。但是,与视觉和自然语言领域不同,由于难以可视化其输出的难度,因此对动态图进行评估的动态图很具有挑战性。在这项工作中,我们开发了一个新的质量指标,用于评估动态图的生成模型。当前的动态图指标通常涉及将图形的连续进化转化为静态快照,然后应用常规的图形相似度度量。此方法有几个局限性:(a)将时间相关的事件模拟为I.I.D。样品,未能捕获动态图的不均匀演化; (b)缺乏对特征和拓扑敏感的统一措施; (c)它无法提供标量指标,需要没有明显优势的多个指标; (d)它需要明确实例化每个静态快照,从而导致不切实际的运行时间要求妨碍评估。我们提出了一个基于约翰逊 - 林斯特劳斯引理的新型度量,将随机投影直接应用于动态图数据。这导致了动态图相似性的表达性,标量和应用不可能的度量,从而克服了传统方法的局限性。我们还为连续时间动态图提供了全面的经验评估,这证明了与现有方法相比,我们的方法的有效性。我们的实施可从https://github.com/ryienh/jl-metric获得。
摘要:Facioscapulohumeral肌肉营养不良(FSHD)是一种令人衰弱的肌肉营养不良,具有变化,严重性和进展的变化。虽然仍然无法治愈这种疾病,但自从双鸡蛋ox 4(Dux4)基因的表观遗传压缩的潜在机制导致骨骼肌毒性以来,朝着FSHD疗法的进展加速了。这促进了新的疗法的快速发展,以靶向DUX4表达和下游失调,从而导致肌肉变性。这些发现和临床前翻译研究为等待临床试验评估的疗法开辟了新的途径。正如领域预期的FSHD试验一样,对于早期和II期和III期试验,需求已增长,对肌肉功能的更可靠和量化的结果度量的增长。促进纵向临床评估的高级工具将大大提高试验的潜力,以确定成功改善疾病进展或允许肌肉功能恢复的治疗剂。在这里,我们讨论了当前和新兴的FSHD结果指标以及研究人员可能在将此类措施应用于FSHD临床试验设计和实施中所面临的挑战。
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