引入高突变率，短生成时间和大小的RNA病毒大小正在引起其宿主中遗传多样性的积累[1]。病毒种群的宿主内遗传多样性会影响治疗结果。它与药物分析的发育相关[2]，影响细胞和组织的向量[3]，传播风险[4]和疾病进展[5，6]。对宿主内遗传多样性的分析也可以提供对感染期间病毒演变的见解[7，8]。在过去的十年中，通过引入和成本范围使用下一代测序（NGS），对宿主内多样性的检测变得更加可行。ngs平台会产生大量的测序读数，通常长度很短，并且会受到放大和测序误差的影响[9]。近年来，已经开发了许多计算工具来区分技术错误和真正的生物学突变，并重建病毒性单倍型序列和