可以通过所谓的单分子方法(例如染色质纤维自显影术[1],动态分子梳理[2],透射电子显微镜[3-5],原子力显微镜[6]和磁性Tweeezer [7,8]来分析具有不同拓扑的DNA分子的DNA分子。DNA特性很难通过计算机模拟[9-13]研究实验上的DNA特性。二维(2D)琼脂糖凝胶电泳是当前可用的最佳实验方法,可以同时鉴定具有不同拓扑的DNA分子[例如,超涂层(SC),catenated(catss),打结(cats)和打结(KN)分子(kN)分子]。该技术由在不同条件下进行的两个连续电泳分离组成,并在两个正交方向上运行(4-8)。在相对较低的电压(〜1 v/cm)下,在低度(〜0.4%)琼脂糖凝胶电泳中解析了第一维。第二维垂直于第一个维度,因此将整个凝胶的整个泳道用作凝胶井的替换,但在高度(〜1%)琼脂糖凝胶电泳(〜5–6.6 V/cm)处的高度(〜1%)琼脂糖凝胶电泳。2D凝胶最初是由Bell和Byers设计的,用于分离分支和线性分子[14],并且早期注意到该方法也可以成功地应用于研究DNA拓扑。2D凝胶被调整以同时检查具有不同DNA拓扑的成千上万个分子,例如SC形式,KN形式,部分复制的形式(命名为前蛋白酶),有或没有反向的叉子,完全重复的Catenanes(Cats)(cats)和复制中间体(RIS),以及包含针(RIS)(RIS)(RIS)[4,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,58]。2D琼脂糖凝胶电泳已广泛用于研究拓扑异构酶体外和体内的活性[29,30]。另外,2D凝胶也可以用作富集特定DNA分子的样品的制备方法,以后可以通过不同的技术进行检查[4,6,18,19,31,32]。质粒是研究DNA拓扑模型的宝贵工具。质粒的优势包括它们的易于分离,以及在纯化的DNA样品中定量测量DNA超串联,打结和搭配的能力[33]。在这里,我们提出了一种协议,其中2D凝胶用于分析三个
摘要。我们开发了一种加固学习剂,它通常会发现结节图的伸出交叉变化的最小序列,最多200个交叉点,因此在没有结的数字上给出了上限。我们已经使用它来确定57K节的打结数量。,我们以相反的签名示出了连接的结和,其中汇总的签名是覆盖的。该试剂发现了例子,其中的几个交叉变化在交叉集合中的几个变化导致双曲结。基于此,我们已经表明,给定满足某些轻度假设的结K和K',有一个连接的总和的图表,u(k) + u(k) + u(k')伸出的交叉点使任何一个更改它们中的任何一个都会导致质量结。作为副产品,我们获得了260万个不同的硬结图的数据集;他们中的大多数在35个过境点以下。假设没有打结的数字的添加性,我们已经确定了最多12个结节的43个打结数,而无结的数字是未知的。
图2。在模拟时间时l = 500的快照𝜏(a)0,(b)9.8×10 6和(c)1.9×10 7的EO。217 Kymoknot确定的打结区域是红色的,而未打结的聚合物部分为218彩色蓝色。(d)沿着DNA链的3 1 219 Trefoil结中包含的珠子指数的开始(红线)和末端(蓝线),用于用于在面板中生成快照的轨迹(a,b,c)。220(e)结,n结中的珠子数量是根据(d)计算的模拟时间的函数。221
topo II WT 、topo II CTD 在染色体组装过程中无法检测到。这些观察结果被解释为 CTD 施加的长停留时间有助于 topo IIα 催化连锁 8,37 和重组试验中的染色单体内缠结 8 。我们推测,对于本研究报告的 topo IIα 刺激的团块形成和 DNA 打结也是如此。尽管直接证据
用毛巾或衣服堵住门或通风口周围的开口,因为烟雾可能会从这些开口进入。用湿布捂住嘴。在窗户上放置一个信号。信号可以是任何能引起注意您所在位置的东西。例如,将窗帘打结。如果烟雾进入您的单位,请拨打 9-1-1 报告您的位置。保持低位,以呼吸最佳空气。不建议打破窗户。建筑物外部的烟雾通常会通过打开的窗户进入,破碎的玻璃可能会伤害下面的人。
许多材料,例如聚合物熔体,溶液,生物聚合物和纺织品,都是由纠缠的纤维组成的。这些系统中的纠缠显着影响其机械性能及其功能。我们介绍了聚合物,蛋白质和周期系统(TEPPP)软件中的拓扑纠缠,该软件能够测量此类系统中的拓扑和几何复杂性。尤其是该软件可以计算系统中每种构想或夹具的琼斯多项式的旋转,无论是打开还是封闭的琼斯多项式。特别是对于采用定期边界条件(PBC)的系统,该软件还允许使用周期性链接数和周期性的WRITHE计算PBC中的总成对纠缠。对于线性(开放)链,TEPPP可以计算所有这些拓扑参数(包括琼斯多项式),而无需任何闭合方案。此外,TEPPP还可以沿着链或一对链的不同长度尺度在不同的长度尺度上测量自我和成对的纠缠。通过对输入文件进行适当的预处理,该代码也可以用于星形或分支体系结构。我们提供了如何使用代码的示例,并提供了使用此软件包获得的聚合物中的纠缠效果的结果。我们展示了如何使用TEPPP来测量熔体中线性聚合物链的拓扑纠缠,从而揭示了以前从未见过的微妙纠缠过渡。我们还使用TEPPP分析了打结及其在二嵌段共聚物熔体中的位置,这表明打结定位过渡与这些系统中的层状disorder跃迁一致。最后,我们使用TEPPP揭示了SARS-COV-2峰值蛋白的某些拓扑结构,该结构指向包含S1/S2裂解位点的区域中有趣的结构。
1。引言结,视觉上复杂且有趣[38],体现了可口的性能和迷人的好奇心[11,38]。它们的形状,源自身体运动,充当操作的训练,激励精确的动作。物理创建的结,例如滑条结和Bowline结,共享一个来源,可能看起来相似,但在功能上的基础上有所不同。结是可配置的机器。成为越来越公认的[35],它们是构成学科研究的主题。他们在物理,力学,文化研究,生物学等中找到了应用。[1,19]。跨动物学,计算机科学,材料研究和机器人技术的合作探索了打结的生物体的独特功能[10,29]。结的数学研究影响现代学科[1,35],启发了结理论的抽象领域(
这项研究旨在开发一种基于形态学的模型,以预测聚合物与相分离结构的聚合物混合物的模量和拉伸强度。分析模型采用了打结和互连的骨骼结构(KISS)模型的几何方法,结合了不混合聚合物混合物的形态变化和组件的渗透阈值。通过假设各个形态态的特定厚度的薄界面层,可以解释聚合物/聚合物界面对机械性能的影响。使用IPP/PA,PP/PET和LDPE/PP聚合物混合物的实验数据评估了所提出的模型的预测能力,这些数据来自现有文献。结果在预测数据和观察到的数据之间建立了合理的规定。该模型的预测也与已建立的抗拉强度和杨氏混合物混合物模量的模型的预测进行了比较,这表明了其有效性。将界面区域纳入机械性能的建模过程中代表了所提出的模型的关键区别特征,从而增强了其与聚合物混合物的实际微结构的兼容性。此外,该模型对相对简单的数学计算的依赖提出了另一个关键优势。
摘要:液晶 (LC) 微液滴阵列是一种精巧的系统,由于其对表面性质变化的敏感性和强光学活性,具有广泛的应用,例如化学和生物传感。在这项工作中,我们利用自组装单层 (SAM) 对表面进行化学微图案化,并优先选择液晶占据的区域。利用不连续脱湿,将一滴液体拖到图案化表面上,展示了一种新颖、高产的方法,可将液晶限制在化学定义的区域中。通过改变液滴的大小和液晶相,证明了该方法的广泛适用性。虽然液滴的光学纹理由拓扑约束决定,但额外的 SAM 界面显示出锁定非均匀排列。表面效应高度依赖于尺寸,其中较大的液滴在向列相液滴中表现出不对称的指向矢结构,而在胆甾相液滴中表现出高度打结的结构。