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许多材料，例如聚合物熔体，溶液，生物聚合物和纺织品，都是由纠缠的纤维组成的。这些系统中的纠缠显着影响其机械性能及其功能。我们介绍了聚合物，蛋白质和周期系统（TEPPP）软件中的拓扑纠缠，该软件能够测量此类系统中的拓扑和几何复杂性。尤其是该软件可以计算系统中每种构想或夹具的琼斯多项式的旋转，无论是打开还是封闭的琼斯多项式。特别是对于采用定期边界条件（PBC）的系统，该软件还允许使用周期性链接数和周期性的WRITHE计算PBC中的总成对纠缠。对于线性（开放）链，TEPPP可以计算所有这些拓扑参数（包括琼斯多项式），而无需任何闭合方案。此外，TEPPP还可以沿着链或一对链的不同长度尺度在不同的长度尺度上测量自我和成对的纠缠。通过对输入文件进行适当的预处理，该代码也可以用于星形或分支体系结构。我们提供了如何使用代码的示例，并提供了使用此软件包获得的聚合物中的纠缠效果的结果。我们展示了如何使用TEPPP来测量熔体中线性聚合物链的拓扑纠缠，从而揭示了以前从未见过的微妙纠缠过渡。我们还使用TEPPP分析了打结及其在二嵌段共聚物熔体中的位置，这表明打结定位过渡与这些系统中的层状disorder跃迁一致。最后，我们使用TEPPP揭示了SARS-COV-2峰值蛋白的某些拓扑结构，该结构指向包含S1/S2裂解位点的区域中有趣的结构。
计算机物理通信
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