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鉴定弥漫性大 B 细胞淋巴瘤中的关键拷贝数驱动基因 ATP1B1 以及药物的潜在靶点
淋巴瘤是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，分为霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤。现有数据调查估计，2020年全球新发病例509,590例，淋巴瘤死亡人数超过248,724例（1）。弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是最常见的非霍奇金淋巴瘤，约占所有病例的30%，其中还包括特定亚型或疾病实体（2）。在目前的临床诊断和治疗策略中，R-CHOP（瑞妥昔单抗、环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松）是首选的治疗方案，具有良好的抑制疾病发展的能力（3）。许多患者要么复发，要么出现原发性难治性疾病并最终死于该病（4,5）。为DLBCL的检测和治疗提供新的诊疗思路，需要开展DLBCL生物标志物相关研究，并进一步探究相关分子机制，为DLBCL的临床治疗提供新的诊疗策略。
复制应力产生独特的DNA拷贝数改变和染色体量表损失
抽象背景：癌症染色体不稳定性的主要驱动力是复制应力，DNA复制的减慢或失速。尚不清楚如何连接复制应力和基因组不稳定性。蚜虫蛋白诱导的复制应力会在常见的脆弱部位诱导分裂，但是易于脆弱的确切原因，并且没有充分探索复制应力的急性基因组后果。结果：我们表征单个二倍体非转化细胞中的DNA拷贝数改变（CNA），这是由一个细胞周期在蚜虫或羟基脲存在下引起的。产生了多种类型的CNA，与不同的基因组区域和特征相关，观察到的拷贝数景观在蚜虫蛋白和羟基脲诱导的复制应力之间是不同的。将CNA与基因表达和单细胞复制时间分析的耦合细胞类型分析指向蚜虫中最复发的染色体尺度CNA的致病性大基因。这些在RPE1上皮细胞中的7号染色体上聚集在染色体上，但染色体在BJ成纤维细胞中。染色体臂水平CNA还会产生含有这些染色体的染色质和微核。结论：由复制应力驱动的染色体不稳定性通过局灶性CNA和染色体臂尺度的变化发生，后者仅限于很小的子集染色体区域，潜在地倾斜了癌症基因组的进化。复制应力的不同诱导者导致独特的CNA景观，从而提供了机会，从而得出了特定复制应力机械的拷贝数签名。单细胞CNA分析揭示了复制应力对基因组的影响，从而提供了对癌症中染色体不稳定性的分子机制的见解。
GENESPACE 追踪多个基因组中的感兴趣区域和基因拷贝数变异
摘要 许多分类群中多个染色体规模的参考基因组序列的开发已产生对分子进化模式和过程的高分辨率视图。尽管如此，利用跨多个基因组的信息仍然是几乎所有真核生物系统中的重大挑战。这些挑战包括研究染色体结构的进化、寻找数量性状基因座的候选基因以及检验有关物种形成和适应的假设。在这里，我们提出了 GENESPACE，它通过整合保守的基因顺序和直系同源性来解决这些挑战，以确定所有基因在多个基因组中的预期物理位置。我们通过从三个生物组织水平剖析存在-缺失、拷贝数和结构变异来证明这一实用性：跨越 3 亿年的脊椎动物性染色体进化、跨禾本科（草类）植物家族的多样性以及 26 个玉米品种。 GENESPACE R 包中构建和可视化同源直系同源性的方法为现有的基因家族和同源性程序提供了重要的补充，特别是在多倍体、杂交和其他复杂基因组中。
多粒子量子态的多拷贝计量
1 巴斯克大学理论物理学系 (UPV/EHU)，西班牙毕尔巴鄂 2 圣塞瓦斯蒂安国际物理中心 (DIPC)，西班牙圣塞瓦斯蒂安 3 维格纳物理研究中心，匈牙利布达佩斯 4 杜伦大学数学科学系，英国杜伦 5 格但斯克大学国际量子技术理论中心，波兰格但斯克 6 格但斯克理工大学国家量子信息中心应用物理与数学学院，波兰格但斯克 7 匈牙利科学院核研究所，匈牙利德布勒森 8 IKERBASQUE，巴斯克科学基金会，西班牙毕尔巴鄂
使用单拷贝测量学习量子态的下限
我们研究了量子断层扫描和阴影断层扫描的问题，方法是对未知 d 维状态的各个相同副本进行测量。我们首先重新审视已知的量子断层扫描下限 [ HHJ + 17 ]，精度为 ϵ（迹线距离），此时测量选择与先前观察到的结果无关，即，它们是非自适应的。我们通过适当分布之间的 χ 2 散度简洁地证明了这些结果。与之前的工作不同，我们不要求测量值由秩一运算符给出。当学习者使用具有恒定数量结果的测量值（例如，两个结果测量值）时，这会导致更强的下限。特别是，这严格建立了民间传说“泡利断层扫描”算法在样本复杂度方面的最优性。在非自适应情况下，我们还分别推导出使用任意和恒定结果测量学习秩为 r 的状态的 Ω ( r 2 d / ϵ 2 ) 和 Ω ( r 2 d 2 / ϵ 2 ) 的新界限。除了样本复杂度之外，学习量子态的一个具有实际意义的资源是所需的唯一测量设置的数量（即算法使用的不同测量的数量，每种测量可能具有任意数量的结果）。基于这种考虑，我们采用合适分布的 χ 2 散度测度集中来将我们的下限扩展到学习者从一组固定的 exp ( O ( d )) 个可能测量中执行可能的自适应测量的情况。这尤其意味着自适应性不会给我们带来使用可有效实现的单拷贝测量的任何优势。在目标是预测给定可观测量序列的期望值的情况下，我们也得到了类似的界限，这项任务称为阴影层析成像。最后，在可利用多项式大小电路实现的自适应单拷贝测量的情况下，我们证明了基于计算给定可观测量的样本均值的直接策略是最佳的。
ScienCell 绝对大鼠线粒体 DNA 拷贝数定量 qPCR 检测试剂盒 (ARMQ) 旨在直接比较平均 mtDNA 拷贝数
ScienCell 绝对大鼠线粒体 DNA 拷贝数定量 qPCR 检测试剂盒 (ARMQ) 旨在直接比较样本的平均 mtDNA 拷贝数。大鼠 mtDNA 引物组可识别并扩增大鼠 mtDNA 上最保守的区域之一，并且不会扩增核基因组 DNA 上的任何脱靶序列。单拷贝参考 (SCR) 引物组可识别并扩增大鼠 17 号染色体上 100 bp 长的区域，并作为数据标准化的参考。已知 mtDNA 拷贝数的参考基因组 DNA 样本可作为计算目标样本 mtDNA 拷贝数的参考。精心设计的引物确保：(i) 高效，实现可靠的定量；(ii) 无非特异性扩增。每个引物组都已通过 qPCR 验证，包括熔解曲线分析和凝胶电泳，以确保扩增特异性，并通过模板连续稀释来验证扩增效率。 2X GoldNStart TaqGreen qPCR Master Mix（目录号：MB6018a-1）是一种基于 SYBR ® Green 染料的 qPCR Master Mix，具有“热启动”特性。它在单个试管中包含 SYBR ® Green、dNTP、Taq DNA 聚合酶和惰性金色上样指示剂。通过 ScienCell 独特的化学修饰 Taq DNA 聚合酶实现的“热启动”特性可最大程度地抑制引物二聚体的形成。先进的缓冲液配方具有出色的特异性和效率，线性动态范围宽。惰性金色上样指示剂可更好地可视化和跟踪 qPCR 板或试管中的样品上样情况。
ScienCell 绝对大鼠线粒体 DNA 拷贝数定量 qPCR 检测试剂盒 (ARMQ) 旨在直接比较平均 mtDNA 拷贝数
ScienCell 绝对大鼠线粒体 DNA 拷贝数定量 qPCR 检测试剂盒 (ARMQ) 旨在直接比较样本的平均 mtDNA 拷贝数。大鼠 mtDNA 引物组可识别并扩增大鼠 mtDNA 上最保守的区域之一，并且不会扩增核基因组 DNA 上的任何脱靶序列。单拷贝参考 (SCR) 引物组可识别并扩增大鼠 17 号染色体上 100 bp 长的区域，并作为数据标准化的参考。已知 mtDNA 拷贝数的参考基因组 DNA 样本可作为计算目标样本 mtDNA 拷贝数的参考。精心设计的引物确保：(i) 高效，实现可靠的定量；(ii) 无非特异性扩增。每个引物组都已通过 qPCR 验证，包括熔解曲线分析和凝胶电泳，以确保扩增特异性，并通过模板连续稀释来验证扩增效率。 2X GoldNStart TaqGreen qPCR Master Mix（目录号：MB6018a-1）是一种基于 SYBR ® Green 染料的 qPCR Master Mix，具有“热启动”特性。它在单个试管中包含 SYBR ® Green、dNTP、Taq DNA 聚合酶和惰性金色上样指示剂。通过 ScienCell 独特的化学修饰 Taq DNA 聚合酶实现的“热启动”特性可最大程度地抑制引物二聚体的形成。先进的缓冲液配方具有出色的特异性和效率，线性动态范围宽。惰性金色上样指示剂可更好地可视化和跟踪 qPCR 板或试管中的样品上样情况。
Sciencell的绝对大鼠线粒体DNA拷贝数定量QPCR测定套件（ARMQ）旨在直接比较平均MTDNA副本NUM
Sciencell的绝对大鼠线粒体DNA拷贝数定量QPCR测定试剂盒（ARMQ）旨在直接比较样品的平均mtDNA拷贝数。大鼠mtDNA底漆集识别并放大了大鼠mtDNA上最保守的区域之一，并且不会放大核基因组DNA上的任何脱靶序列。单复制参考（SCR）引物集识别并放大了大鼠染色体17的100 bp长区域，并用作数据归一化的参考。具有已知mtDNA拷贝数的参考基因组DNA样品是计算目标样品的mtDNA拷贝数的参考。精心设计的底漆可确保：（i）值得信赖的量化效率高； （ii）没有非特异性扩增。通过QPCR验证了每个底漆集，并通过熔融曲线分析和凝胶电泳进行了扩增特异性，并通过模板系列稀释来验证。2倍Goldnstart Taqgreen QPCR Master Mix（CAT＃MB6018A-1）是SYBR®基于绿色染料的QPCR主混合物，具有“热启动”属性。它包含单个管中的SYBR®绿色，DNTP，TAQ DNA聚合酶和惰性金色载荷指示器。通过Sciencell独特的化学化学TAQ DNA聚合酶实现的“热启动”特性提供了对引物二聚体形成的最大抑制作用。高级缓冲仪公式提供了较高的特异性和效率，并具有较宽的线性动态范围。惰性金色加载指示器允许在QPCR板或试管中更好地可视化和跟踪样品加载。
TPQCI：一种基于拓扑的潜在方法，用于量化拷贝数变化的功能影响
通讯作者：私下生物统计学系印第安纳大学医学院和理查德·M·费尔班克斯公共卫生学院410 W 10th St.，Suite 3000印第安纳波利斯，印第安纳州印第安纳州，46202电子邮件：xioochun@iu.edu.edu.edu.edu电话：317-274-2696