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JACKIE：快速枚举全基因组单个
摘要 基于锌指蛋白、转录激活因子样效应子和 CRISPR 的基因组和表观基因组编辑和成像方法为研究基因组功能提供了强有力的工具。靶向序列设计对于这些实验的成功至关重要。尽管现有的设计软件主要侧重于设计特定元素的靶序列，但我们在此报告了 Jackie 和 Albert 的综合 K 聚体实例枚举器 (JACKIE) 的实现，这是一套用于枚举基因组中所有单拷贝和多拷贝位点的软件，这些位点可以合并用于基因组规模的设计，也可以与其他轨道一起加载到基因组浏览器中，以方便基于 Web 的图形用户界面设计。我们还实现了快速算法来识别靶向序列的序列邻域或脱靶计数，以便可以在合理的时间内在数百万个设计序列中识别出脱靶概率低的设计。我们展示了 JACKIE 设计的 CRISPR 位点簇在基因组成像中的应用。
微生物群落和硫酸盐还原
摘要：将分子分析和培养依赖性分离均组合在一起，以研究硫酸盐还原原核生物的多样性，并探索它们在全尺度厌氧消化体（Marrakech，Morocco）中的作用。在全球尺度上，使用16S rRNA基因测序，蛋白质细菌，杆菌植物，坚果，肌动杆菌，协同效应和euryarchaeota是最主要的门。古细菌的丰度（3.1–5.7％）与温度有关。MCRA基因范围为2.18×10 5到1.47×10 7基因拷贝。含有硫酸盐的总序列的5％的硫酸盐还原性的原核生物是peptococaccaceae，syntrophaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfovibrionaceaceae，syntrophobacteraceae，symtrophobacteraceae，desulfrophobacteraceae，desulfurellelaceae，desulfurellaceae，desulfobaceae。此外，DSRB基因的范围为2.18×10 5到1.92×10 7基因拷贝。结果表明，在厌氧消化过程中，对硫酸盐还原细菌的多样性和功能的探索可能在减少硫酸盐产量（一种不可能的副产品）中起关键作用。
遗传性癌症测试申请表2025.01.07
mtap del定义为两拷贝损失。体细胞改变（ALTS），从IHC，TMB和MSI的基因表达模式，PD-L1预测的免疫细胞浸润。融合，以避免任何潜在的偏见。卡方/Fisher的精确测试或Kruskal-Wallis检验用于评估统计显着性（p <0.05，Q <0.05，用于用于多次测试的错误发现率校正）。
CRISPR/Cas9 介导的 BnFAD2 和 BnFAE1 基因编辑改变了油菜中的脂肪酸谱
摘要：脂肪酸组成决定了油料作物油脂的品质，是遗传改良的重要目标。FAD2（脂肪酸脱氢酶2）和FAE1（脂肪酸延长酶1）是关键的脂肪酸合成基因，已成为遗传操作改变油料植物脂肪酸组成的重点研究对象。本研究以油菜品种CY2（含油量约50%；其中芥酸含量为40%）为营养品质，利用CRISPR/Cas9介导的BnFAD2和BnFAE1基因基因组编辑技术，获得新型敲除植物。设计两条引导RNA，分别针对一个拷贝的BnFAD2基因和两个拷贝的BnFAE1基因。通过序列分析，鉴定出一些在BnFAD2和BnFAE1基因的3个靶位点发生突变的株系。其中三个品系在 BnFAD2 和 BnFAE1 基因的所有三个靶位点均发生了突变。种子脂肪酸组成分析表明，所有三个位点的突变导致油酸含量（70–80%）与 CY2（20%）相比显著增加，芥酸含量大大降低，多不饱和脂肪酸含量略有下降。我们的结果证实了 CRISPR/Cas9 系统是改良这一重要性状的有效工具。
唇形科 (Blepharis ciliaris) 叶绿体基因组的完整表征 (Acanthoideae, 爵床科)
对沙特阿拉伯濒危药用植物 Blepharis ciliaris 的叶绿体基因组进行了测序和鉴定。采用 NOVOPlasty 技术从全基因组数据中组装出完整的叶绿体基因组。B. ciliaris 的 cp 基因组长度为 149,717 bp，GC 含量为 38.5%，呈环状四分结构；基因组含有一对反向重复序列（IRa 和 IRb 各 25,331bp），由大单拷贝（LSC，87,073 bp）和小单拷贝（SSC，16,998 bp）隔开。基因组中有 131 个基因，其中包括 79 个蛋白质编码基因、30 个 tRNA 和 4 个 rRNA；其中 113 个是特有的，其余 18 个在 IR 区重复。重复分析表明基因组包含所有类型的重复，回文出现的频率更高；分析还确定了总共 91 个简单序列重复 (SSR)，其中大多数是单核苷酸 A/T，位于基因间隔区中。本研究报道了 Blepharis 属的第一个 cp 基因组，为研究 B. ciliris 的遗传多样性以及解决核心 Acanthaceae 内的系统发育关系提供了资源。
在交替的供体 - 受体共聚物的半晶结构中，掺杂剂位置对极性开关P N机制的影响
Bharath Dyaga，Antoine Lemaire，Shubhradip Guchait，Huiyan Zeng，Bruno Schmaltz等。掺杂剂位置在交替的供体供体 - Acceptor拷贝剂的半晶结构中的影响对极性交换P极性交换P→N机械。材料杂志化学杂志C，2023，11（47），第16554-16562页。10.1039/D3TC02416D。 hal-0460287210.1039/D3TC02416D。hal-04602872
肿瘤免疫微环境的表征（...
mtap del定义为两拷贝损失。体细胞改变（ALTS），从IHC，TMB和MSI的基因表达模式，PD-L1预测的免疫细胞浸润。融合，以避免任何潜在的偏见。卡方/Fisher的精确测试或Kruskal-Wallis检验用于评估统计显着性（p <0.05，Q <0.05，用于用于多次测试的错误发现率校正）。
Lung-MAP 3.0 即将面世，提供多种 NGS 选项
MET 基因的额外拷贝数只是 MET 基因可能发生的一种异常变化。先前的研究表明，患有某些 MET 基因变化的患者可从使用阿米凡他单抗-vmjw 的治疗中获益。但需要更多研究才能知道该药物是否可以帮助控制具有额外 MET 拷贝的癌症。这项研究是一个了解阿米凡他单抗-vmjw 是否可以改善更多患者肺癌治疗的机会。
复制的合成起源的工程质粒
默认情况下，将RNase H处理的RNA结构折叠为RNA结构，以创建用于DNA聚合酶I（pol I）的底物以启动DNA复制。反义RNA是由重叠基因产生的，如果允许该基因与RNA底漆相互作用，则会诱导不启动DNA复制的替代折叠。由于反义RNA的浓度与质粒副本成正比，因此作为拷贝控制负反馈回路。（b）10