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基于宏基因组学的烟熏三文鱼能力测试......
1 博洛尼亚大学物理与天文学系，意大利博洛尼亚 40127；claudia.sala3@unibo.it 2 丹麦技术大学国家食品研究所基因组流行病学研究组，Kemitorvet, DK-2800 Kgs, 2800 Lyngby，丹麦；hamr@food.dtu.dk (HM)；tnpe@food.dtu.dk (TNP)；casper.sahl.poulsen@sund.ku.dk (CP)；fmaa@food.dtu.dk (FMA)；rshe@food.dtu.dk (RSH)；sjpa@food.dtu.dk (SJP) 3 德国联邦风险评估研究所生物安全部，德国柏林 12277； Josephine.gruetzke@bfr.bund.de 4 高致病性病毒，ZBS 1，生物威胁和特殊病原体中心，罗伯特·科赫研究所，13353 柏林，德国；BrinkmannA@rki.de（AB）；NitscheA@rki.de（AN） 5 APC 爱尔兰微生物组和 Vistamilk，Teagasc 食品研究中心，Moorepark，T12 YN60 Co. Cork，爱尔兰；paul.cotter@teagasc.ie（PDC）；fiona.crispie@teagasc.ie（FC） 6 监测和实验室服务部，动物和植物健康机构，APHA Weybridge，Addlestone，Surrey，KT15 3NB，英国；Richard.Ellis@apha.gov.uk 7 博洛尼亚大学实验、诊断和专科医学系，40127 博洛尼亚，意大利； gastone.castellani@unibo.it 8 欧洲分子生物学实验室、欧洲生物信息学研究所、Wellcome Genome Campus、Hinxton、Cambridge CB10 1SD、英国；amid@ebi.ac.uk 9 国家兽医研究所，Ulls väg 2B, 75189 Uppsala，瑞典；mikhayil.hakhverdyan@sva.se 10 微生物实验室，CEDEX 03, 44311 Nantes，法国；soizick.le.guyader@ifremer.fr (SLG)；julien.schae ffi er@ifremer.fr (JS) 11 博洛尼亚大学农业与食品科学系，40064 Ozzano dell'Emilia，意大利； gerardo.manfreda@unibo.it 12 流行病学和微生物基因组学，国家卫生实验室，L-3555 Dudelange，卢森堡；joel.mossong@lns.etat.lu (JM)；catherine.ragimbeau@lns.etat.lu (CR) 13 南洋理工大学食品技术中心 (NAFTEC)，南洋理工大学 (NTU)，62 Nanyang Dr，新加坡 637459，新加坡；jschlundt@ntu.edu.sg (JS)；moon.tay@ntu.edu.sg (MYFT) 14 博洛尼亚大学兽医学系，Via Tolara di Sopra 50，40064 Ozzano dell'Emilia，意大利 * 通讯地址：alessandra.decesare@unibo.it
探索宏基因组学：应用和未来方向。
宏基因组学的关键方法之一是DNA测序，这使我们能够确定微生物群落的遗传含量。高通量测序技术，例如下一代测序（NGS），通过从环境样品中对大量DNA进行快速且具有成本效益的测序，彻底改变了宏基因组学。元基因组测序生成大量数据，然后可以使用生物信息学工具对其进行分析，以识别和表征样本中存在的不同微生物分类单元，以及它们的功能潜力。宏基因组数据也可用于重建未培养的微生物的整个基因组，从而提供有关其生理学，代谢和进化史的见解。
尿路感染诊断的精确宏基因组学的优势
尿路感染（UTI）是人类常见的人类疾病，一生中至少有近50％的人影响成年女性（Sihra等，2018）。仅在美国，每年有超过100万人患有困难或慢性UTI。在临床环境中，UTI是成人抗生素处方的主要原因之一，它改变了尿路微生物组，并导致抗菌耐药性 - 近年来对公共卫生的重大挑战（McAdams等人，2019年； Finton等，2020年）。另一个重要的考虑因素是，复杂的感染性可以引发有害伤害的全身感染（Neugent等，2020； Kaushik等，2021）。此外，由于对大多数β-内酰胺抗生素的抵抗，UTI的临床管理变得更加困难（Rajabnia等，2019）。毫无疑问，尿路感染性会导致昂贵且无效的治疗和复发性疾病，并引发不良生活质量的结果（Zhang等，2022）。，很可能会有很多UTI诊断挑战来自配对一个矩阵和微生物组，该基质和微生物组有利于大量潜在病原体具有分子测试的当前限制（Mouraviev和McDonald，2018; Lee等人，2020; 2020; Jones-Freeman et; Jones-Freeman et al。，2021）。标准的肝病诊断方法通常是微生物培养和敏感性测试。但是，由于先前的抗生素暴露，敏感性差，难以培养或不可养殖的微生物的诊断产量经常受到影响，因此多达50％的症状女性（Price等，
俄亥俄虾（俄亥俄州宏ohione）ERSS
de Grave and Rogers（2013）将Macrobrachium Ohione列为以下美国的本地：弗吉尼亚州，德克萨斯州，南卡罗来纳州，阿拉巴马州，阿肯色州，阿肯色州，佛罗里达州，乔治亚州，伊利诺伊州，印第安纳州，路易斯安那州，路易斯安那州，密西西比州，密西西比州，密苏里州，密苏里州，北卡罗莱纳州，俄亥俄州，俄亥俄州和俄克拉荷马州。在美国De Grave and Rogers（2013）中的地位列出了以下美国的Macrobrachium Ohione作为本地：弗吉尼亚州，德克萨斯州，南卡罗来纳州，阿拉巴马州，阿肯色州，佛罗里达州，佛罗里达州，乔治亚州，伊利诺伊州，印第安纳州，印第安纳州，印第安纳州，路易斯安那州，路易斯安那州，密西西比州，密西西比州，密西西比州，密苏里州，北卡罗莱纳州，俄亥俄州，俄亥俄州和OKLAHAMA和OKLAHAMA和OKLAHAMA。来自De Grave and Rogers（2013）：“在其范围的部分地区，尤其是北部和密苏里州和俄亥俄河，该物种在最近几十年中变得非常罕见。”根据Benson（2023）的说法，Macrobrachium Ohione于2005年在佛罗里达州的Caloosahatchee流域的本地范围内记录。 此引言的状态尚不清楚。 在美国的现场贸易中，没有发现任何大ohione的人出售。 法规在美国境内未发现有关财产或贸易的特定物种规定。 来自本森（2023）的美国介绍方式：“很可能是诱饵桶 多年来，在其本地诱饵和人类消费中都有一种商业渔业（Bowles等，2000； Bauer和Delahoussaye，2008年）。 De Grave and Rogers（2013）的言论：“ Bowles等。来自De Grave and Rogers（2013）：“在其范围的部分地区，尤其是北部和密苏里州和俄亥俄河，该物种在最近几十年中变得非常罕见。”根据Benson（2023）的说法，Macrobrachium Ohione于2005年在佛罗里达州的Caloosahatchee流域的本地范围内记录。此引言的状态尚不清楚。在美国的现场贸易中，没有发现任何大ohione的人出售。法规在美国境内未发现有关财产或贸易的特定物种规定。来自本森（2023）的美国介绍方式：“很可能是诱饵桶多年来，在其本地诱饵和人类消费中都有一种商业渔业（Bowles等，2000； Bauer和Delahoussaye，2008年）。 De Grave and Rogers（2013）的言论：“ Bowles等。（2000）还提到了该物种发生在墨西哥东北部的沿海溪流中，但这并没有得到其他出版物的证实。”摘自Bauer和Delahoussaye（2008）：“其范围北部（包括密西西比州和俄亥俄州河流）的物种的衰落可能部分通过人类对少年迁移以及随后进行上游招募的影响来解释。”
通过宏节点集群简化量子计算......
连续变量簇状态与将量子比特编码为玻色子模式的 Gottesman-Kitaev-Preskill (GKP) 结合使用时，可实现基于容错测量的量子计算。对于四轨晶格宏节点簇状态，其构造由固定的低深度分束器网络定义，我们表明，Clifferd 门和 GKP 误差校正可以在单个传送步骤中同时实现。我们给出了实现 Clifferd 生成集的明确方法，并在簇状态和 GKP 资源有限压缩的情况下计算逻辑门错误率。我们发现，在 11.9–13.7 dB 的压缩下，可以实现与拓扑码阈值兼容的 10 − 2 – 10 − 3 的逻辑错误率。所提出的协议消除了先前方案中存在的噪声，并将容错所需的压缩置于当前最先进的光学实验范围内。最后，我们展示了如何直接在簇状态中产生可提取的 GKP 魔法状态。
各种微生物组的综合宏基因组分析
犬类肠道微生物组是兽医和人类健康研究的关键模型，但由于方法上的变化而出现了不一致的发现。本研究提出了一个三部分的数据集，以阐明DNA提取，底漆选择和测序平台如何影响微生物分析。首先，我们使用五个DNA隔离试剂盒，多个库协议和四个测序平台（Illumina Miseq/Novaseq，Ont Minion，Pacbio Sequel IIE），启用16S RRNA和Shotgun测序技术的直接比较。第二，我们使用Zymo高分子量（ZHMW）和Zymo Magbead（ZMB）提取试剂盒分析了八只共同犬的40个粪便样品，以评估纵向提取效果。第三，我们使用合成模拟群落和人/犬粪便样品评估了三个16S引物系统（标准ONT，PACBIO，并用退化碱基修饰）来量化底漆偏见。通过整合合成和生物学重复，该数据集提供了标准化资源，用于基准生物信息学管道并改善跨研究可比性。该研究生成了75.3FGB的新测序数据：ZHMW- ZMB比较的43.45FGB，22.61FGB用于引物评估，而单样本分析中的9.19FGB。与先验数据的31.5FGB结合在一起，总数据集超过106FGB，包括所有分析输出。这些资源提高了不同实验室工作流程的犬类肠道微生物组研究的方法论透明度和准确性。
印度尼西亚的家庭食物浪费：宏分析
在零售和消费者水平上的人均全球食品浪费，并通过预防，减少，回收和再利用大大减少了废物的产生[2]。这种浪费是一个问题，因为它对全球经济，粮食供应和环境产生了巨大的负面影响。根据粮农组织的说法，大约三分之一的用于人类消费的食物被浪费或不消耗（浪费）。食物浪费的总价值为13亿吨或9900亿美元。这种食物足以养活饥饿感的世界八分之一的人口[1，3]。该百分比约为归因于未消耗的食物的全球温室气体排放的8％至百分之十[4]。食物浪费还负担废物管理系统，加剧粮食不安全，使其成为一种
通过长期改善细菌宏基因组研究...
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
CRISPR 相关转座子的宏基因组学发现
摘要 CRISPR 相关转座子 (CAST) 会将 Cas 基因纳入 RNA 引导的转座。CAST 在基因组数据库中极为罕见；最近的调查报告称，Tn7 样转座子会将 IF、IB 和 VK 型 CRISPR 效应子纳入。在这里，我们通过对宏基因组数据库进行生物信息学搜索来扩展已报告的 CAST 系统的多样性。我们发现了所有已知 CAST 的新架构，包括级联效应子的新排列、新的自靶向模式和最小 VK 系统。我们还描述了已将 IC 型和 IV 型 CRISPR-Cas 系统纳入的新 CAST 家族。我们对非 Tn7 CAST 的搜索确定了将 Cas12a 纳入水平基因转移的推定候选者。这些新系统揭示了 CRISPR 系统如何与转座酶共同进化并扩展了可编程基因编辑工具包。