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Genomeocean：在大规模宏基因组组件上训练的有效基因组基础模型
补充图2。nf-k b调节肠道干细胞的增殖。（a）与野生型（ESG TS /+）相比，祖细胞特异性NF-K B耗竭（ESG TS /REL RNAI）10天后蝇的后肠。DNA用Hoechst（青色）标记的DNA，用ESG（黄色）标记的祖细胞，由ProS（Magenta）标记的肠内分泌细胞和由Armadillo（Magenta）标记的细胞边界。（b）与野生型相比，祖细胞特异性耗竭30天后蝇的后肠中肠。（c）野生型和祖细胞特异性的中肠中的pH3+有丝分裂细胞在10和30天后枯竭。使用ANOVA进行了显着性，然后进行成对Tukey测试。（d）pH3+细胞在IKK G同源物kenny（键）（e）在祖细胞特异性重击中的30天老蝇中每个核ESG+祖细胞的祖细胞特异性敲低后的pH3+细胞。（f）来自ESG TS，UAS-CFP，SU（H）-GFP的图像在祖细胞特异性耗竭30天后苍蝇。用ESG（黄色）和Notch阳性肠肠细胞前体标记的祖细胞（h）（Magenta）。（g）祖细胞池中祖细胞库内的su（h）+肠球前体的比例在特定于祖细胞的NF K B敲低时。使用学生的t检验发现了D，E和G的意义。A和B的比例尺为25 µm。A和B的比例尺为25 µm。
低生物量样品的宏基因组分析：JGI 用户设施视角
JGI 使命：提供先进的基因组学能力、大规模数据和专业知识，以支持全球研究界对复杂生物和环境系统的研究。我们通过负责任地管理我们的人员和资源来优化我们对社区的服务。
比较宏基因组的下一代测序和血液培养以诊断血液感染
结果：使用血液作为MNGS测试样品，宿主DNA的比例为99.9％，只有三种细菌，未检测到真菌。在MNG中使用血浆时，宿主DNA的比例约为97％，检测到84个细菌和两种真菌。值得注意的是，分别在43对血液和血浆样品中检测到16S rRNA NGS。血液培养物检测到49种细菌（23个革兰氏阴茎和26克阳性球菌）和4种真菌，其中14种细菌被临床微生物学家视为污染物。对于所有血液培养物，血浆CFDNA MNG检测到78.26％（19/23）革兰氏阴性杆，17％（2/12）革兰氏阳性球菌，没有真菌。与血液培养物相比，血浆CFDNA MNG的敏感性和特异性检测细菌和真菌分别为62.07％和57.14％。
宏基因组和病毒编码的CRISPR系统组件中的Bathyarchaeia病毒多样性
Bathyarchaeia代表了一类古细菌常见，并且在沉积生态系统中丰富。在这里，我们报告了56个在不同环境的宏基因组中鉴定出的谷胱甘肽病毒的元基因组组装基因组。基因共享网络和系统基因组学分析导致了四个病毒家族的提议，包括Realms Duplodnaviria和Adnaviria的病毒，以及古细菌特异性的纺锤形病毒。基因组分析这些病毒中发现了各种CRISPR元素。拟建家族“ Fuxiviridae”的病毒带有非典型类型IV-B CRISPR-CAS系统和Cas4蛋白，可能会干扰宿主免疫。Viruses of the family “ Chiyouviridae ”encode a Cas2-like endonuclease and two mini-CRISPR arrays, one with a repeat identical to that in the host CRISPR array, potentially allowing the virus to recruit the host CRISPR adaptation machinery to acquire spacers that could contribute to competition with other mobile genetic elements or to inhibit host defenses.这些发现提出了Bathyarchaeia Virome的轮廓，并瞥见了其反防卫机制。
利用宏基因组测序分析杭州市城市饮用水的微生物群落
虽然传统的依赖培养的方法可以有效检测某些微生物，但市政饮用水 (DW) 微生物组的综合组成，包括细菌、古菌和病毒，仍然未知。宏基因组测序为准确确定和分析 DW 的整个微生物群落打开了大门，全面了解 DW 物种多样性，特别是在 COVID-19 时代的公共卫生问题背景下。在这项研究中，我们发现大多数可培养细菌和一些粪便指示菌，如大肠杆菌和铜绿假单胞菌，在所有样品中均无法使用依赖培养的方法培养。然而，宏基因组分析表明，DW 样品中的主要细菌种类属于变形菌门和浮霉菌门。值得注意的是，甲基杆菌属在所有水样中最为丰富，其次是鞘氨醇单胞菌、芽生菌和固氮螺菌。虽然检测到了低水平的毒力相关因子，例如 Esx-5 VII 型分泌系统 (T7SS) 和 DevR/S，但仅在一个样本中以低丰度鉴定出红霉素抗性基因 erm (X)，一种 rRNA 甲基转移酶。在一些样本中鉴定出了与毒力和抗性基因相对应的宿主，包括分枝杆菌属。在一些 DW 样本中发现了微量的古细菌 DNA（Euryarchaeota、Cren archaeota）。使用胶体金和实时逆转录聚合酶链反应 (RT ‒ PCR) 方法，所有 DW 样本中的轮状病毒、柯萨奇病毒、人类肠道病毒和 SARS-CoV-2 等病毒均为阴性。然而，在一些 DW 样本中发现了编码新目逆转录病毒（Ortervirales）和疱疹病毒目的 DNA。整个微生物群落的代谢途径涉及细胞间通讯和信号分泌，有助于水中不同微生物种群之间的合作。本研究利用培养依赖方法和宏基因组测序结合生物信息学工具，深入了解了 COVID-19 大流行期间中国杭州 DW 的微生物群落和代谢过程。
解密温度与免疫之间的关系法国临床宏基因组学的性能
Methods In this observational study, we prospectively performed short-read shotgun metagenomics analysis as a second-line test (in cases of negative first-line test or when the symptoms were not fully explained by initial positive results) or as a first-line test in life-threatening situations requiring urgent non-targeted pathogen identification at the Necker-Enfants Malades Hospital (Paris, France).包括所有样本类型，临床适应症和患者人群。样品伴随着由高级临床医生或病理学家填写的强制性表格，该临床临床水平的可疑感染（定义为高或低）。我们使用多元逻辑回归中的优势比（ORS）评估了与MNGS病原体检测相关的变量（性别，年龄，免疫状态，感染的初始怀疑，指示和样本类型）。使用特定的PCR或培养技术进行了其他研究，以确认MNGS的阳性结果，或者尽管MNG造成阴性，但传染性怀疑何时特别高。
shvit：带有内存有效宏设计的单头视觉变压器
最近，有效的视觉变压器表现出出色的性能，并且在资源受限的范围内延迟较低。通常，他们在宏观水平上使用4×4贴片嵌入式和4阶段结构，同时在微观级别利用多头配置的同时注意力。本文旨在解决记忆效率高的人中所有设计级别的计算重复。我们发现，使用较大的修补茎不仅降低了内存访问成本，而且还通过利用令牌表示，从早期阶段降低了空间冗余，从而实现了态度性能。fur-hoverore，我们的初步分析表明，在早期阶段的注意力层可以用会议代替，并且后期阶段的几个注意力头在计算上是多余的。为了处理这一点，我们介绍了一个单头注意模块，该模块固有地预先预先冗余，并同时通过相结合的全局和本地信息来提高准确性。在解决方案的基础上，我们引入了Shvit，这是一种单头视觉变压器，获得了最先进的速度准确性权衡。例如，在ImagEnet-1k上，我们的SHVIT-S4在GPU，CPU和iPhone12移动设备上比MobileVitV2×1.0快3.3×，8.1×和2.4倍，而同时更准确。用于使用Mask-RCNN头对MS Coco进行的对象检测和实例分割，我们的模型分别在GPU和移动设备上表现出3.8×和2.0×下骨架潜伏期时，可以与FastVit-SA12进行比较。
宏基因组探测全球海洋基因组的分类和代谢基础的地图集
1坦佩雷大学，工程与自然科学学院，邮政信箱589，FI-33014，芬兰坦佩雷2环境资源分析DPT。科学学院。avda。elvas s/n。06071 Badajoz（西班牙）3陶瓷和玻璃研究所。csic。Kelsen 5。 28049马德里（西班牙）。Kelsen 5。28049马德里（西班牙）。
中风维持期（生活期）康复的影响......
1）佐伯悟、蜂须贺晶子、伊藤英明等：脑卒中后重返工作岗位的现状。 Stroke 41: 411–416, 2019 2) Edwards JD、Kapoor A、Linkewich E 等：年轻人中风后重返工作岗位：系统评价。Int J Stroke 13: 243–256, 2018 3) Tanaka Kotaka、Toyonaga Toshihiro：职业医生在帮助中风患者重返工作岗位中的作用。日本职业事故医学学会杂志 57: 29–38, 2009 4) Rabadi MH, Akinwuntan A, Gorelick P: 中风后驾驶商用机动车的安全性。中风 41: 2991–2996, 2010 5) Akinwuntan AE, Feys H, De Weerdt W 等：中风后驾驶预测：一项前瞻性研究。神经康复神经修复 20: 417–423, 2006 6) Sumiyoshi Chihiro, Sato Satomi, Toyoda Akihiro 等：中风患者恢复驾驶的程序 - 基于公共交通发展情况的比较 -。日本职业事故医学会杂志 66: 99–104, 2018 7) Chanmas G, Taveekitworachai P, Paliyawan P 等: 基于模拟器的中风驾驶评估系统中的驾驶场景和环境设置：系统评价。Top Stroke Rehabil 8: 1–9, 2023
