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利用 AMDirT 促进古代宏基因组数据的可访问、快速和适当的处理
1 莱布尼茨天然产物研究和感染生物学研究所汉斯·诺尔研究所“微观宇宙平衡”卓越集群，阿道夫·赖希魏因大街 23 号，耶拿，图林根州，07745，德国 2 马克斯·普朗克进化人类学研究所考古遗传学系，Deutscher Pl. 6，莱比锡，萨克森州，04103，德国 3 动物学系，乌普萨拉大学，Norbyvägen 18D，乌普萨拉，752 36，瑞典 4 考古遗传学相关研究组，莱布尼茨天然产物研究和感染生物学研究所 Hans Knöll 研究所，Adolf-Reichwein-Straße 23，耶拿，图林根州，07745，德国 5 古生物技术系，莱布尼茨天然产物研究和感染生物学研究所 Hans Knöll 研究所，Adolf-Reichwein-Straße 23，耶拿，图林根州，07745，德国 6 比较生物医学和食品科学系，帕多瓦大学，Viale dell'Università 16，Legnaro，帕多瓦，350250，意大利 7 分子生态学科和进化，全球研究所，健康与医学科学学院，哥本哈根大学，Øster Farimagsgade 5，哥本哈根 K，1353，丹麦 8 约克大学考古系 BioArCh，英国约克，YO10 5DD，英国 9 传播、感染、多样化和进化小组，马克斯普朗克地质人类学研究所，Kahlaische Str. 10，耶拿，图林根，07745，德国 10 哥本哈根大学健康与医学科学学院全球研究所全基因组学系，Oester Voldgade 44747，哥本哈根 K，1350，丹麦 11 莱顿大学考古科学系，Einsteinweg 2，莱顿，2333 CC，荷兰 12 耶拿弗里德里希席勒大学生态与进化研究所，耶拿，图林根，07743，德国 13 巴黎大学巴斯德研究所微生物古基因组学部门，CNRS UMR 2000，Rue du Docteur Roux 25-28，巴黎，法兰西岛，F-75015，法国 14 马克斯普朗克-哈佛研究中心古地中海考古学 (MHAAM)，马克斯普朗克进化人类学研究所，Deutscher Pl. 6，莱比锡，萨克森州，04103，德国 15
组织工程和再生医学，Bio- ...宏基因5月24日IR数据
我们正在领导医疗保健范式的变化，例如预测，预防，定制药物治疗和新药物开发，旨在使用个人基因组信息，医疗信息和提升（生活方式信息）等健康信息来实现最佳的个性化医学。
嵌合末端标记（METa）组装技术高效构建功能性宏基因组文库
摘要 功能性宏基因组文库是一种物理细菌文库，可以高通量捕获和表达微生物组基因，在无需测序和不依赖培养的宏基因组探索中发挥了重要作用。然而，这些文库的制备往往受到其高 DNA 输入要求和低克隆效率的限制。在这里，我们描述了一种新方法，即镶嵌末端标记 (METa) 组装，用于高效的功能性宏基因组文库制备。我们将标记技术应用于来自土壤和肠道微生物组的宏基因组 DNA，以制备 DNA 插入物，从而高通量克隆到功能性宏基因组文库中。所得 DNA 片段中镶嵌末端序列的存在与基于同源性的组装克隆协同作用，使克隆效率与传统的基于平头克隆的协议相比提高了 300 倍。我们表明，与使用最新协议制备的已发表文库相比，METa 组装的效率平均高出约 20 到 200 倍，只需 200 ng 输入 DNA 即可制备千兆碱基大小的文库。我们首先通过使用标准 5 mg 质量的土壤宏基因组 DNA 制备出一个 700 Gb 的文库来展示 METa 组装的实用性，这使得我们发现了新的诺尔丝菌素抗性基因和一种潜在的新抗性模式；其次通过使用仅 300 ng 的鹅粪便宏基因组 DNA 制备出一个 27 Gb 的文库，该文库捕获了大量四环素和粘菌素抗性基因。METa 组装为制备功能性宏基因组文库提供了一种简化、灵活且有效的方法，为低生物量或稀缺微生物组的遗传和生化研究开辟了新途径。
用于基于八八的近视脉络膜新生血管形成的映射宏工具
近视脉络膜新生血管形成（MCNV）是许多视网膜疾病中最常见的病理近视的最常见危险性综合体之一。光学相干断层扫描血管造影（OCTA）是一种新兴的非侵入性成像技术，最近被包括在MCNV的研究和处理中。但是，没有标准工具可以及时且可靠地分析MCNV的八颗图像。在这项研究中，我们提出了一个可自定义的ImageJ宏，该宏可自动使用八粒图像处理，并允许用户测量9个MCNV生物标志物。我们开发了一个三阶段图像处理管道，以使用宏来处理八幅图像。首先对图像进行手动描绘，然后使用高斯滤波器进行DINO。这是由Frangi滤波器和局部自适应阈值的应用。最后，使用墨西哥帽子过滤器获得了Skele的图像。从骨架化图像中计算出包括连接密度，容器直径和分形尺寸在内的九种血管生物标志物。在所有生物标志物的26八八张图像数据集上测试了宏。在计算的生物标志物值中出现了两个趋势。首先，病变大小的依赖参数（MCNV面积（mm 2）平均值= 0.65，SD = 0.46）显示较高的变化，而归一化参数（符合性密度（N/mm）：平均值= 10.24，SD = 10.63）在整个数据集中都是均匀的。计算值与现有文献中的手动调查一致。结果说明了我们的ImageJ宏是手动八片图像处理的替代方案，包括用于批处理处理和参数自定义的规定，提供了MCNV的系统，可靠的分析。
用于靶向整合的新型重组酶蛋白的宏基因组发现和筛选
• LSR-finder 是一种由 Editas 开发的生物信息学流程搜索算法，可以高精度地发现功能性 LSR。• 使用 LSR-finder 从公共宏基因组数据库中识别出数千个候选 LSR 及其 attB/attP 序列。• 根据聚类算法选择了 159 个代表性 LSR，以代表大多数 LSR，用于在人类细胞中进行高通量功能筛选。• 数百种新型 LSR 在人类细胞中表现出强大的重组和基因组整合活性和特异性。• 这些重组酶蛋白可能有助于开发新型基因编辑技术，该技术能够在体内敲入大型转基因，从而有可能针对其他治疗适应症。
采用宏模型技术进行混合SET-CMOS逻辑反相器的设计与仿真
为了提高超大规模集成器件（VLSI）的性能，电路小型化是研究人员面临的巨大挑战[1-3]。事实上，将MOSFET尺寸缩小到纳米级也会带来一些问题。例如，功耗增加以及MOSFET沟道中电场增大可能导致势垒破裂，从而产生更大的漏电流，这可能会损坏器件。随着技术的进步，CMOS已经可以制造出来[4]。然而，减小MOS晶体管尺寸会导致一些基本的物理效应：短沟道效应[5]、栅极氧化层和高场效应[6,7]。这些问题促使人们探索具有更大可扩展性潜力的后续技术，如单电子器件（SET）技术[8-11]。SET最近因其纳米级超低功耗而备受关注[12-16]。尽管 SET 具有这些有趣的特性，但它仍存在集成限制。主要问题是 SET 在室温下运行需要极小的岛容量，因此实际上意味着室温下运行的岛尺寸小于纳米 [17]。单电子元件的第二个主要问题是背景电荷的随机性。事实上，绝缘环境中捕获的单个带电杂质会使岛极化，在其表面产生 e 数量级的镜像电荷。该负载可有效地从外部负载中减去 [18]。SET 与 CMOS 技术的混合已成为下一代超小型 [19-21]、低功耗、高速纳米器件的有希望的候选者。为了了解基于 SET 的电路的特性并探索其应用，对该器件进行模拟和建模已变得非常重要 [22-25]。SET 模拟通常基于
宏蛋白质组学在“同一个健康”框架中用于阐明微生物 1
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-jg1mq-v2 ORCID：https://orcid.org/0000-0003-3280-9042 内容未经 ChemRxiv 同行评审。许可：CC BY 4.0
人类痰液样本中两种葡萄球菌病毒的宏基因组检测
1 西班牙马德里伊迪帕斯拉巴斯大学医院微生物学服务中心，28046； fernandolazaroperona@gmail.com（FL-P.）; elie.dahdouh@idipaz.es（ED）; serromansoto@gmail.com (SR-S.)； sonia23jr@gmail.com （SJ-R.）; juliogarciarodriguez@gmail.com (JG-R.) 2 癌症表观遗传学实验室，医学和分子遗传学研究所（INGEMM），拉巴斯大学医院，28046 马德里，西班牙； rodriguez.antolin.c@gmail.com 3 西班牙马德里 28046 拉巴斯大学医院内科服务部传染病科和热带及旅行医学科； fercalleprieto@gmail.com 4 西班牙马德里拉巴斯大学医院重症医学科，28046； alexander.agrifoglio@salud.madrid.org 5 西班牙马德里 28047 戈麦斯乌拉中央防御医院 CBRN 和传染病科； fmemnov@oc.mde.es * 通信地址：jesus.mingorance@idipaz.es;电话：+ 34-91-207-1625 † 这些作者对这项工作做出了同等贡献。
第 2 天 2025 年 2 月 28 日，星期五
SSY1 血液系统恶性肿瘤基因组医学的期望与挑战 演讲者：片冈圭介、福岛健太郎 演讲者：宫本敏宏、加藤基宏 主席：井筒浩二、前田贵宏（大塚制药株式会社）
2024粤港澳大湾区科学论坛澳门论坛
姜志宏Zhihong Jiang 澳门科技大学副校长、中药质量研究国家重点实验室主任、澳门药物及健康应用研究院院长、讲座教授Vice President, Director of State Key Laboratory of Quality Research in Chinese Medicine, Director of Macau Institute for Applied Research in Medicine and Health, Chair Professor, Macau University of Science and Technology