尽管转座因子之间的同源重组可通过促进染色体重排来驱动酵母基因组进化,但其潜在机制的细节尚未完全阐明。在酿酒酵母基因组中,最常见的转座子类别是逆转录转座子 Ty1。在本文中,我们探讨了 Cas9 诱导的针对 Ty1 因子的双链断裂 (DSB) 如何在该酵母物种中产生基因组改变。在 Cas9 诱导后,我们观察到染色体重排(例如缺失、重复和易位)显著增多。此外,我们发现有丝分裂重组率升高,导致杂合性丧失。通过 Southern 分析结合短读和长读 DNA 测序,我们揭示了逆转录转座子中诱导的重组的重要特征。几乎所有的染色体重排都反映了 Ty1 元件处 DSB 的修复,这是通过非等位基因同源重组实现的;成簇的 Ty 元件是染色体重排的热点。相反,大部分(约四分之三)等位基因有丝分裂重组事件在独特序列中存在断点。我们的分析表明,后一些事件反映了 Ty 元件中产生的断端的广泛处理,这些断端延伸到独特序列中,从而导致断裂诱导的复制。最后,我们发现单倍体和二倍体菌株对用于修复双链 DNA 断裂的途径有不同的偏好。我们的研究结果表明,逆转录转座子中的 DNA 损伤在推动基因组进化方面的重要性。
图1 - 酵母中染色体修复(CR)和外源修复(ER)途径的比较。A,ER和CR路径的概述。Cas9介导的DSB可以通过外源或染色体供体修复。er会导致外源供体的整合,而CR会重复现有的染色体供体。b,ER和CR途径的修复效率。使用一个ER供体或越来越多的CR供体引入和修复了CAS9 DSB。修复模板(LPA-REN-LPZ)旨在将LPA-T9-LPZ的CAS9目标位点突变为限制性核酸内切酶识别序列(REN),以促进筛选。对照显示在没有修复模板(无修复)和没有GRNA(无DSB)的情况下描述生存能力。生存能力(已修复的DSB的比例)。错误条代表S.D.三个生物学重复。c,不同大小的CR同源性区域的CR效率。cr模板具有从60 bp到280 bp的长度不等的同源区域,并将其整合到同一染色体基因座中,并用于修复Cas9 DSB。cr生存能力 1B。 错误条代表S.D. 三个生物学重复。1B。 错误条代表S.D. 三个生物学重复。1B。错误条代表S.D.三个生物学重复。
2016 年首次描述了通过插入编码额外结构域的大型序列获得特异性的抗体。在接触疟疾的个体中,来自白细胞相关免疫球蛋白样 1 ( LAIR1 ) 基因的外显子通过复制粘贴插入到免疫球蛋白重链编码区。几年后,发现了第二个例子,即来自白细胞免疫球蛋白样受体 B1 ( LILRB1 ) 基因的双外显子整合,该基因位于 LAIR1 附近。专门的高通量嵌合免疫球蛋白重链转录本表征揭示,来自遥远基因组区域(包括线粒体 DNA)的插入会导致人类抗体多样性。本综述描述了插入片段抗体的模式。在插入片段抗体生成背景下讨论了已知的 DNA 移动性方面的作用,例如基因组易位、基因转换和 DNA 脆弱性。最后,本综述介绍了为什么插入片段抗体在过去的库分析中被忽略,以及插入片段抗体如何有助于保护性免疫或自身反应性反应。
如果有两方符合以下(a)或(b)的情况。但是,如果子公司是《公司法》(2005 年法律第 86 号)第 2 条第 3 款和《公司法施行规则》(2006 年法务部令第 12 号)第 3 条所定义的子公司,则不在此限;下同。此外,如果子公司之一为《公司改组法》(1952 年法律第 172 号)第 2 条第 7 款所定义的改组公司(以下简称“改组公司”)或《民事改组法》(1999 年法律第 225 号)第 2 条第 4 款所定义的正在进行改组程序的公司(以下简称“改组程序”),则不在此限。 A.母公司(指公司法第2条第4项及公司法施行细则第3条所定义的母公司)
(a)存在资本关系的:当双方属于下列a类或b类情况时。但是,对于a,如果子公司是《公司法》(2005年法律第86号)第2条第3款及《公司法施行规则》(2006年法务部令第12号)第3条所定义的子公司(下同),或者a中的子公司之一为《企业改组法》(1952年法律第172号)第2条第7款所定义的改组公司(下称“改组公司”)或《民事改组法》(1999年法律第225号)第2条第4款所定义的处于改组程序中的公司(下称“改组程序”),则不在此限。 a) 存在母公司(指《公司法》第二条第四款及《公司法施行细则》第三条所规定的母公司,下同)与子公司关系的; b) 存在同一母公司的子公司关系的。 (一)存在人员关系的:双方符合下列a或b项之一的。但对于(a),这不适用于正在进行重组或重组的公司。 a) 一家公司的高管(指专职或兼职董事、会计顾问、审计师、执行官、常务董事、审计师或其他具有类似地位的人员,不包括公司外部高管;以下各款亦同)目前还担任另一家公司的高管时。 b) 一家公司的高管目前还担任另一家公司根据《公司重组法》第 67 条第 1 款或《民事再生法》第 64 条第 2 款任命的受托人时。 (c) 除 (a) 和 (b) 所列情形外,当发现存在可视为与 (a) 或 (b) 所列情形等资本或人事关系相同的一家公司中标,从而有效减轻了另一家公司提名暂停等措施的效果时。
7. 注意事项(参赛人员资格要求) (1)不符合《预算会计审计法》第七十条规定者。此外,未成年人、被监护人或接受协助的人,即使已经取得订立合同所必需的同意,也属于同一条款内有特殊事由的情况。 (2)不属于《预算会计审计法》第七十一条规定情形的。 (3)目前不受防卫省官房长官、防卫政策局局长、采购技术后勤局长或陆上自卫队参谋长根据“设备等及服务采购暂停提名指南”暂停提名的限制。 (4) 与前项规定暂停指定对象者有资本或人身关系,且无意与国防部签订与其同类物品买卖、制造或承包服务契约者。 (5)目前中止招标的企业原则上不允许进行分包。但有关部委暂停提名权人认识到确实有不可避免的情况时,不在此限。 (6)第四项中的“资本或者人身关系”,是指符合下列条件之一的情形: 1.存在资本关系的:当双方符合以下(1)或(2)的情况时。但是,以下情况除外:(1)子公司是《公司法》(2005年法律第86号)第2条第3款及《公司法施行规则》(2006年法务部令第12号)第3条所定义的子公司;下同);或(2)子公司之一为《企业改组法》(1952年法律第172号)第2条第7款所定义的改组公司(下称“改组公司”)或《民事改组法》(1999年法律第225号)第2条第4款所定义的处于改组程序中的公司(下称“改组程序”)。 (1)母公司(指公司法第2条第4款及公司法施行细则第3条所称的母公司,下同)与子公司之间存在关系的。 (2)同一母公司旗下的子公司之间存在关系的。 2. 存在人员关系的。
4.第2项中的“存在资本或者人身关系”是指满足下列任意一项条件的情况。 (1)存在资本关系的,是指当事双方符合下述(a)或(b)的情况。但是,(a)子公司为《公司法》(2005年法律第86号)第2条第3款及《公司法施行规则》(2006年法务部令第12号)第3条所定义的子公司的情况除外,下同。(b)子公司之一为《企业改组法》(1952年法律第172号)第2条第7款所定义的改组公司(以下简称“改组公司”)或《民事改组法》(1999年法律第225号)第2条第4款所定义的正在进行改组程序的公司(以下简称“改组程序”)的情况除外。 A. 存在母公司(指公司法第2条第4款及公司法施行细则第3条所定义的母公司;下同)与子公司关系时。 (a)两家公司属于同一母公司的子公司。 (2) 存在个人关系时:当双方符合以下(a)或(b)之一的情况时。但第(a)项不适用于正在进行重组或正在进行重组程序的公司。 A. 一家公司的高管(指专职或兼职的董事、会计顾问、审计师、执行官、常务董事、审计师或其他具有同等地位的人员,不包括公司外部的高管;下同)目前担任另一家公司的高管时。 (a) 一家公司的高管目前还担任另一家公司根据《公司重组法》第 67 条第 1 款或《民事再生法》第 64 条第 2 款任命的受托人。 除上述(1)、(2)所列情形外,存在资本或人员结构上相关的公司中标,从而有效减轻了另一家公司中止投标等措施的效果等可视为与上述(1)或(2)所列情形等同的资本或人员关系的情形。
7.注意事项(参赛资格要求) (1)不属于《预算会计审计法》第70条规定范围的人员。此外,未成年人、被监护人或接受协助的人,即使已经取得订立合同所必需的同意,也属于同一条款内有特殊事由的情况。 (2)不属于《预算会计审计法》第七十一条规定情形的。 (3)目前不受防卫省官房长官、防卫政策局局长、采购技术后勤局局长或陆上自卫队参谋长根据“设备等及服务采购暂停提名指南”暂停提名的限制。 (4) 与前项规定暂停指定对象者有资本或人身关系,且无意与国防部签订与其同类物品买卖、制造或承包服务契约者。 (5)目前中止招标的企业原则上不允许进行分包。但有关部委暂停提名权人认识到确实有不可避免的情况时,不在此限。 (6)第四项中的“资本或者人身关系”,是指符合下列条件之一的情形: 1.存在资本关系的:当双方符合以下(1)或(2)的情况时。但是,以下情况除外:(1)子公司是《公司法》(2005年法律第86号)第2条第3款及《公司法施行规则》(2006年法务部令第12号)第3条所定义的子公司;下同);或(2)子公司之一为《企业改组法》(1952年法律第172号)第2条第7款所定义的改组公司(下称“改组公司”)或《民事改组法》(1999年法律第225号)第2条第4款所定义的处于改组程序中的公司(下称“改组程序”)。 (1) 存在母公司(指公司法第二条第四款及公司法施行细则第三条所规定的母公司,下同)与子公司关系的。 (2) 存在同一母公司的子公司关系的。 2. 存在人员关系的。