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SMARTer Human TCR a/b 分析套件 v2 用户手册
SMARTer Human TCR a/b 分析试剂盒 v2（货号 634478 和 634479）可让用户分析来自人类 RNA 样本或直接来自细胞的 T 细胞受体 (TCR) 多样性。该试剂盒设计用于处理各种 RNA 输入量（RIN ≥8，取决于样本类型），并且已证明可以从少至 10 ng 至 1 µg 的外周血白细胞总 RNA、20 ng 至 200 ng 的全血总 RNA、1 ng 至 100 ng 的 T 细胞总 RNA 或 1,000 至 10,000 个纯化的全 T 细胞中生成高质量的测序文库。顾名思义，该试剂盒可用于在同一实验中或单独生成 alpha 和 beta 链多样性数据。使用该试剂盒生成的文库已编入索引，可在 Illumina® 平台上进行测序（详情请参阅附录 B）。
基因组学和人类遗传学年度评论 不依赖细胞生长的生化反应的全基因组筛选方法
全基因组筛选是全面了解生物现象分子机制的有效方法。然而，尽管它在过去几十年中广泛应用于各种生物目标，但将其应用于具有暂时和可逆生物输出的生化反应仍然是一项艰巨的挑战。为了揭示各种生化反应背后的分子机制，我们最近开发了复兴筛选方法，该方法结合了基于流式细胞术的细胞分选和从收集的细胞中重建文库。我们对传统全基因组筛选技术的改进已被证明能成功揭示感兴趣的生化反应的分子机制。在本文中，我们阐明了复兴筛选的技术基础，重点介绍了其在 CRISPR-Cas9 单向导 RNA (sgRNA) 文库筛选中的应用。最后，我们还讨论了全基因组筛选的未来，并描述了体外和体内筛选的最新成果。
低输入/FFPE 样本的选项
福尔马林固定石蜡包埋组织 (FFPE) 中的基因组 DNA 是基因组研究的常见来源，但由于固定损伤、碎片化和提取 DNA 的产量低，文库制备和测序具有挑战性。面对需要评估全基因组体细胞变异调用、正常边缘变异调用和甲基化状态的研究设计，输入的 FFPE DNA 数量和质量变得有限。用于生成全基因组测序和甲基化数据的既定方法（长读测序或标准短读 + 甲基化测序或阵列）需要高输入 DNA 数量和质量。生物模态 evoC 文库制备方法提供了一种替代化学方法，可实现标准全基因组测序，对 DNA 的输入要求低（<80ng），同时提供 5mC（和 5hmC 选项）调用。
HAMILTON NGS STARlet 上的 Oxford Nanopore 连接测序试剂盒 XL V14 自动化为 Nanopore Sequen 生成高质量 DNA 文库
资格设置和结果 为了在 NGS STARlet 上对 Oxford Nanopore SQK-LSK114-XL V14 V1.0 方法进行生物学验证，对 8 个（4 个阳性样本 + 4 个阴性对照）或 24 个样本（22 个阳性样本 + 2 个阴性对照）进行了生物学运行。作为输入材料，1 μg 全长（48 kB）噬菌体 Lambda DNA 用于 8 个样本的运行。对于 24 个样本的运行，1 μg 剪切（9kB）人类基因组 DNA 作为输入材料。使用 Thermo Fisher Scientific Qubit 4 荧光计和 Quant-iT™ 1X dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Thermo Fisher Scientific，#Q33232）测定从 8 个和 24 个样本的生物学验证运行中获得的文库的 DNA 浓度。平均样品产量为 344.3 ng（+/- 51.5 ng）
Hi-C 测序数据的无参考质量控制
Hi-C 是一种样品制备方法，它使高通量测序能够捕获 DNA 分子之间的全基因组空间相互作用。该技术已成功应用于解决具有挑战性的问题，例如染色质的 3D 结构分析、大型基因组组装的支架以及最近的元基因组组装基因组 (MAG) 的精确解析。然而，尽管不断改进，但制备 Hi-C 文库仍然是一个复杂的实验室协议。为了避免代价高昂的失败并最大限度地提高成功的可能性，建议进行认真的质量管理。当前的湿实验室方法仅提供对 Hi-C 文库质量的粗略分析，而使用的关键测序后质量指标迄今为止依赖于基于参考的读取映射。当参考可访问时，这种依赖会引发对质量的担忧，其中不完整或不准确的参考会扭曲最终的质量指标。我们提出了一种新的、无参考的方法，该方法推断出邻近连接产物的读取对的总分数。这种 Hi-C 文库质量量化仅需要少量测序数据，并且与其他特定应用标准无关。该算法建立在以下观察基础之上：邻近连接事件可能会产生样本中不会自然出现的 k 聚体。据我们所知，我们的软件工具 (qc3C) 是第一个实现无参考 Hi-C QC 工具的工具，并且还提供基于参考的 QC，使 Hi-C 能够更轻松地应用于非模型生物和环境样本。我们在模拟和真实数据集上描述了新算法的准确性，并将其与基于参考的方法进行了比较。
Auto-Mag® DNA片段分选纯化回收试剂（磁珠法）
Auto-Mag® DNA 片段分选纯化回收试剂（磁珠法）是一款基于顺磁珠技术开发的高性能试剂，专为满足 下一代测序 (NGS) 文库构建中的 PCR 产物、DNA 片段和 RNA 的纯化需求而设计，同时支持 DNA 片段的大 小分选与高效回收。在 PCR 产物纯化方面，该试剂提供了单管和 96/384 孔板两种灵活格式，通过优化的缓 冲液选择性地结合 >100 bp 的 PCR 扩增产物，利用简便的清洗步骤去除多余引物、核苷酸、盐和酶，最终 使用低盐洗脱缓冲液或水进行温和高效的洗脱。在 DNA 片段大小分选中，用户可通过调整试剂与 DNA 样 本的体积比，精准选择目标 DNA 片段范围，并通过结合、洗涤和洗脱的简单操作回收分布均匀、符合实验 需求的目标 DNA 片段。
HAMILTON NGS STARlet 上的 Oxford Nanopore 连接测序试剂盒 XL V14 自动化为 Nanopore Sequen 生成高质量 DNA 文库
资格设置和结果 为了在 NGS STARlet 上对 Oxford Nanopore SQK-LSK114-XL V14 V1.0 方法进行生物学验证，对 8 个（4 个阳性样本 + 4 个阴性对照）或 24 个样本（22 个阳性样本 + 2 个阴性对照）进行了生物学运行。作为输入材料，1 μg 全长（48 kB）噬菌体 Lambda DNA 用于 8 个样本的运行。对于 24 个样本的运行，1 μg 剪切（9kB）人类基因组 DNA 作为输入材料。使用 Thermo Fisher Scientific Qubit 4 荧光计和 Quant-iT™ 1X dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Thermo Fisher Scientific，#Q33232）测定从 8 个和 24 个样本的生物学验证运行中获得的文库的 DNA 浓度。平均样品产量为 344.3 ng（+/- 51.5 ng）
自动化治疗性寡核苷酸生物转化的MS分析
- 图1。根据完整的母体药物结构（包括TAG修饰，寡核苷酸序列）自动生成MS搜索文库（在siRNA序列的情况下包含感官和反义链），核酸酶动作和预定义的代谢反应，从而实现全面的代谢概况。
罗氏测序解决方案
图 3. 与手动提取相比，从 MagNA Pure 24 和 MagNA Pure 96 系统提取的 cfDNA 具有更高的测序覆盖率和更少的重复读取。使用 MagNA Pure 24 cf ds 4000 hp 方案、MagNA Pure 96 cfdna ds 4000 方案或手动方案，从 4 mL 血浆中分离的 cfDNA 制备靶标富集文库。使用 KAPA HyperPrep Kit 和 SeqCap EZ Human Oncology Panel (2.75 Mb)，将每个样本的 cfDNA 总产量用作 HyperCap 2.0 工作流程的输入。在捕获靶标之前，对文库进行多路复用；每次捕获都包含从三个提取工作流程中获得的样本。在 NextSeq 500 (2 x 75 bp) 上进行测序。在分析之前，将原始读取随机下采样至 6M。每个条形图代表 5 次重复提取的平均值；误差线表示标准差。
大肠杆菌中的全基因组 CRISPR-Cas9 筛选确定了有效靶向的设计规则
图 1. 全基因组 Cas9 杀灭筛选揭示了大规模消耗模式。a) 在携带受 Ptet 启动子控制的 cas9 的大肠杆菌菌株 LC-E19 中引入全基因组的向导 RNA 文库。细胞在 1nM aTc 存在下生长，并在诱导前和诱导后几小时对向导 RNA 文库进行测序。b) 散点图显示基因组周围向导的 log2FC。黑线表示窗口大小为 6kb 的移动平均值（圆外线：log2F=2，圆心：log2F=-6）。c) aTc 诱导 2H、4H 和 6H 后基因组周围向导 RNA 消耗的移动平均值。d) 在不同向导 RNA 存在下进行 Cas9 诱导后的延时显微镜检查。e) qPCR 测量的质粒拷贝数倍数变化，以非靶向对照为标准。点表示独立的生物学重复，黑条表示中位数。