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斑马鱼神经素项目数据库
描述：成人斑马鱼模型的神经行为和生理数据的数据库，通过为斑马鱼遗传信息提供了可用的存储库，通过提供动态的，开放的访问数据存储库，这些数据库是全面的，经过精心策划的Zebrafish Neurobafish Neurobobehavioral实验的结果收集的。截至2012年5月，它包含超过4500多个实验结果，来自75多种独特的生理和行为测试以及330种不同的药物治疗。ZNP结合了该领域发表的工作的经过验证和策划的数据，以提高对使用成人斑马鱼模型有兴趣的研究人员的当前知识的可访问性。总体而言，该计划将允许研究人员快速审查数据，并使用这些模型指导他们的研究。数据和协议提交现在正在接受。
和 keap1b 基因敲除斑马鱼
Keap1 – Nrf2 通路是一种进化保守的机制，可保护细胞免受氧化应激和亲电试剂的侵害。在稳态条件下，Keap1 与 Nrf2 相互作用并导致其快速蛋白酶体降解，但当细胞暴露于氧化应激/亲电试剂时，Keap1 会感知它们，导致 Keap1 – Nrf2 相互作用不当和 Nrf2 稳定。因此，Keap1 被认为是 Nrf2 激活的“抑制剂”和“应激传感器”。有趣的是，鱼类和两栖动物有两种 Keap1（Keap1a 和 Keap1b），而哺乳动物、鸟类和爬行动物只有一种。系统发育分析表明，哺乳动物 Keap1 是鱼类 Keap1b 的直系同源物，而不是 Keap1a。在本研究中，我们使用斑马鱼遗传学研究了 Keap1a 和 Keap1b 之间的差异和相似之处。我们构建了 keap1a 和 keap1b 的斑马鱼基因敲除系。两种基因敲除系的纯合突变体均可存活且可育。在两种突变幼虫中，Nrf2 靶基因的基础表达和抗氧化活性均以 Nrf2 依赖的方式上调，表明 Keap1a 和 Keap1b 均可作为 Nrf2 抑制剂发挥作用。我们还分析了 Nrf2 激活剂萝卜硫素对这些突变体的影响，发现 keap1a- ，而非 keap1b- ，基因敲除幼虫对萝卜硫素有反应，表明两种 Keap1 的压力/化学感应能力不同。
斑马鱼作为精神障碍综合模型的研究进展
精神疾病作为国际疾病的重要组成部分，严重危害人类的健康和社会稳定，其发病机制复杂，发病率逐年上升。为了尽快分析精神疾病的发病机制，寻找针对性的精神疾病药物治疗，迫切需要建立更加合理的动物模型。斑马鱼因与人类基因组同源性高，脑组织与人极为相似，且易于实现全身光学可视化和高通量筛选，在众多的精神疾病动物模型中脱颖而出。通过模拟人类的行为测试和社会学分析，结合分子分析等检测手段，可以建立有价值的优质斑马鱼精神疾病模型。本文重点综述了斑马鱼模型模拟人类精神疾病的研究进展，综述了各种行为表征手段、所用设备、工作原理，总结了各种精神疾病斑马鱼模型的建模方法；提出了当前面临的挑战和未来的发展趋势，为探索精神障碍的机制和治疗策略提供理论支持。
斑马鱼胚胎显微注射 - NET
此方案是使用已停产的 Cas9 蛋白版本 (Alt-R Sp Cas9 Nuclease 3NLS) 开发的。目前可用的产品 (Alt-R Cas9 Nuclease V3) 具有改进的 NLS，应以相同的体积和浓度直接替换到此方案中。IDT 建议使用 Alt-R™ Sp Cas9 Nuclease V3 与 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA 结合使用，以生成核糖核蛋白编辑复合物，从而在大多数目标位点上实现高编辑效率。查看 Alt-R CRISPR-Cas9 用户指南，了解如何将核糖核蛋白转染哺乳动物细胞系（可在 www.idtdna.com/CRISPR 上找到）。
斑马鱼溶酶体贮积症建模
溶酶体贮积症 (LSD) 是一类由 70 种代谢紊乱组成的疾病，其特征是溶酶体蛋白突变导致贮积物积聚、多器官病变（通常涉及神经退化）以及大量患者的早期死亡。除了需要更有效的治疗方法外，还存在着对疾病病因的进一步了解，这可能揭示新的途径和药物靶点。在过去的几十年里，随着诱变技术的进步显著提高了哺乳动物和非哺乳动物系统中模型生成的效率，模型生物的研究促进了对疾病相关途径的了解。在本综述中，我们重点介绍了 LSD 的非哺乳动物模型，特别关注斑马鱼，这是一种脊椎动物模型生物，与哺乳动物具有显著的遗传和代谢相似性，同时还具有独特的优势，例如光学透明性和适合高通量应用。我们研究已发表的斑马鱼 LSD 模型及其报告的表型，探讨特定生物体的优势和局限性，并讨论可能提供潜在解决方案的最新技术创新。
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斑马鱼胚胎的脂质转染
斑马鱼是发育和生物医学研究中广泛使用的模型生物，具有体外受精、胚胎透明和与人类遗传相似等优点。然而，将外源遗传物质引入斑马鱼胚胎的传统方法，尤其是显微注射，带来了巨大的技术挑战并限制了通量。为了解决这个问题，我们开发了一种新方法，利用 Lipofectamine LTX 通过脂质转染将核酸有效地递送到斑马鱼胚胎中。我们的方案绕过了显微注射的需要，提供了一种经济高效、高通量且用户友好的替代方案。该方案概述了斑马鱼基因递送的新策略，以提高该模型系统中遗传研究的效率和范围。
斑马鱼胚胎的先天免疫信号
由于先天免疫与适应性反应明显分离，因此，外部发育的斑马鱼胚胎代表了一种有用的体内模型，用于识别对细菌感染反应的先天宿主决定因素。在这里，我们对胚胎先天性免疫反应对感染的胚胎免疫反应进行了时间课程的转录组分析研究和基因本体分析，并用两种模型沙门氏菌菌株引起致命感染或衰减反应。对感染的转化反应以及无毒的LPS O-抗原突变菌株均显示出明显的保守性，并在其他脊椎动物模型和人类细胞中检测到的宿主反应，包括编码细胞表面受体的诱导，信号中间体，转录因子和炎症介体的诱导。此外，我们的研究导致鉴定了一系列新型免疫反应基因和感染标志物，其未来功能特征将支持脊椎动物基因组注释。从时间序列和细菌菌株比较中，包括MMP9在内的基质金属蛋白酶基因是最一致的感染反应性基因之一。纯化的沙门氏菌鞭毛蛋白也强烈诱导MMP9表达。使用敲低分析，我们表明该基因是鞭毛蛋白受体TLR5和衔接子MyD88的斑马鱼同系物的下游。此外，鞭毛蛋白介导的其他发病标志物（包括IL1B，IL8和CXCL-C1C）的诱导降低了TLR5敲低时降低，以及假定的负TLR途径调节剂IRAK3的表达。最后，我们表明IL1b，MMP9和IRAK3的诱导需要MyD88依赖性信号传导，而在沙门氏菌感染期间，IFN1和IL8诱导了MyD88独立的诱导。