先进的光纤解决方案一种直接且不显眼地编织到织物中的基于光纤的条形码可以通过自动分拣设备中的传统光谱仪快速读取,从而完成从初始制造到重复使用的整个循环。为了实现这种光纤条形码,林肯实验室国防织物发现中心和密歇根大学的研究人员设计了一种光子光纤,其可调整的周期性可以提供织物组成材料的光学特征。开发过程使用由交替层市售聚合物(即聚碳酸酯和聚甲基丙烯酸甲酯)薄膜组成的预制件,将这些层热拉伸成层厚度小于 5 微米的微纤维。可以通过拉伸过程控制光纤的光子反射和吸收特性,以创建不同织物特有的聚合物组合。
1遗迹研究所和海洋科学,托里亚拉大学,鲁斯德拉塔纳博士,托里亚拉601,马达加斯加; jamal.mahafin@ihsm.mg 2 Marbec,UniversityÉmontpellier,IRD,CNRS,Ifremer,34090,法国蒙彼利埃; Jean-dominique.durand@ird.fr 3水生环境中的顾问组织,法国Ravine des Cabris 97432; pierre.valade@ocea.re(p.v.); adeline.collet@ocea.re(A.C。)4 ISEM,CNRS,蒙彼利埃大学,IRD,EPHE,34000,法国蒙彼利埃; frederique.cequeira@umontpellier.fr 5 Entropy,IRD,联盟大学,CNRS,New-Calé大学,IFREMER,IFREMER,C/O HALIEUTIC INSTITUTE和MARINE SCIENCES和MARINE SCIENCES,TOLIARA,TOLIARA,RUE,RAUE RABESANDRATANAS,TOLIARA 601,MADAGAGASCARCARASTARA,MADAGAGASCARANGARA; dominique.ponton@ird.fr *通信:henitsoa.jaonalison@gmail.com;这样的。: +261-342-775-130
大规模并行报告基因检测 (MPRA) 是一种高通量方法,用于评估数千个候选顺式调控元件 (CRE) 的体外活性。在这些检测中,候选序列被克隆到由独特 DNA 序列标记的报告基因的上游或下游。然而,标签序列本身可能会影响报告基因的表达,并导致测量的顺式调控活性出现重大潜在偏差。在这里,我们提出了一种基于序列的方法来校正标签序列特异性效应,并表明我们的方法可以显著减少这种变异源并提高 MPRA 对功能性调控变体的识别。我们还表明我们的模型可以捕获与 mRNA 转录后调控相关的序列特征。因此,这种新方法不仅有助于提高 MPRA 实验中对调控信号的检测,而且还有助于设计更好的 MPRA 协议。
配置条形码为扫描仪提供指令,以解析2D条形码中包含的数据。扫描仪将遵循这些说明,直到否则进行配置。例如,如果扫描了UOS配置条形码,则该扫描仪将准备接收并将UOS条形码解码到库存记录的适当字段中,直到扫描其他配置条形码为止。配置条形码也可以拆除以“重置”扫描仪,如果对库存管理系统,EHR或IIS的配置出现任何问题。请注意,配置条形码将与扫描仪制造商提供的设置条形码不同,如果需要重置,也可能需要撤销。
条形码印刷在纸质或合成材料上,背景为白色。如果因任何原因(如老化、磨损或表面污染)导致背景变暗,则会影响条形码的扫描能力。如果条形码仅供短时间使用,如印刷在运输箱上的条形码,则这通常不是问题。如果需要无限期地使用条形码,则需要特别考虑印刷在什么基材上(纸质还是合成材料)以及是否需要一些二次保护,如透明层压板。条形码需要永久保存,需要远距离扫描,通常印刷在反光材料上,以最大限度地提高对比度和扫描距离,同时使条形码相对坚不可摧。
唯一识别单个细胞的分子条形码技术受到条形码测量限制的阻碍。通过测序读取不会保留组织中细胞的空间组织,而成像方法保留了空间结构,但对条形码序列不太敏感。在这里,我们介绍了一种基于图像读取短(20bp)DNA条形码的系统。在这个称为Zombie的系统中,噬菌体RNA聚合酶在固定细胞中转录工程条形码。随后通过荧光原位杂交检测所得RNA。使用竞争匹配和错配探针,Zombie可以准确区分条形码中的单核苷酸差异。该方法允许原位读取密集的组合条形码库和由CRISPR碱基编辑器产生的单碱基突变,而无需在活细胞中表达条形码。Zombie可在多种环境中发挥作用,包括细胞培养、鸡胚和成年小鼠脑组织。通过成像灵敏地读取紧凑和多样化的DNA条形码的能力将促进广泛的条形码和基因组记录策略。
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牛津纳米孔 Flongle 简介:本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序:牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪,越来越受欢迎。它相对便宜(起价 1000 美元),小巧便携,可生成长读长(1000 个碱基对),并实时测序,这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸(A、C、T、G)在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷,因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle:纳米孔流动槽有两种类型,常规流动槽适用于大型项目(成本约为 1,000 美元),Flongle 2 流动槽适用于小型实验(每个流动槽成本约为 90 美元)。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高,但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元!因此,必须将样本汇集在一起进行测序,也就是说,将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本,需要用条形码标记样本,以便识别它们。DNA 宏条形码:DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因(传统上是线粒体 COI 基因)进行测序,然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体,以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码,并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码:在我们的实验室中,我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5(昆虫)方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因(也可以使用其他基因,如 12S 和 16S 6 ),在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何
摘要:在全球生物多样性面临的威胁不断升级的情况下,DNA 条形码是评估和监测物种多样性的重要方法。我探索了 DNA 条形码作为一种强大而可靠的生物多样性评估工具的潜力。首先全面回顾现有文献,深入研究 DNA 条形码的理论基础、方法和应用。广泛研究了各种 DNA 区域(如 COI 基因)作为通用条形码的适用性。此外,在 DNA 条形码的背景下评估了不同 DNA 测序技术和生物信息学工具的优势和局限性。为了评估 DNA 条形码的有效性,对包括陆地、淡水和海洋栖息地在内的各种生态系统进行了采样。从收集的样本中提取的 DNA 经过目标条形码区域的扩增和测序。将获得的 DNA 序列与参考数据库进行比较,可以对采样的生物进行识别和分类。研究结果表明,即使在形态鉴定具有挑战性的情况下,DNA 条形码也能准确识别物种。此外,它还揭示了隐蔽和濒危物种,有助于保护工作。我还通过分析遗传数据来研究遗传多样性模式和不同分类群之间的进化关系。这项研究有助于加深对 DNA 条形码及其在生物多样性评估中的适用性的了解。这种方法的优势(例如速度、准确性和成本效益)以及有待改进的领域被强调。通过解开遗传密码,DNA 条形码增强了我们对生物多样性的了解,支持保护计划并为生态系统的可持续管理提供基于证据的决策。
莫桑比克的鱼类学省份是全球鱼类分歧的热点。在这项研究中,我们应用了DNA条形码,以鉴定莫桑比克海岸的鱼类动物的组成。确定了143种属于104属,59个家庭和30个命令的物种。Species内COI序列的总体K2P距离范围为0.00%至1.51%,而种间距离范围为3.64%至24.49%。此外,根据IUCN红色的受威胁物种的红色清单,露出15种受威胁物种,其中弹性分支是最有代表性的群体。另外,该研究还发现了以前在该地理区域中未记录的四个新物种,包括Boleophthalmus dussumieri,Maculabatis Gerrardi,Hippocam-pus kelloggi和Miniatus。这项研究代表了利用分子参考来探索莫桑比克沿岸的鱼类动物区系的第一个实例。我们的结果表明,DNA条形码是对莫桑比克水域中鱼类鉴定和描述的可靠技术。本研究中建立的DNA条形码库将是促进对鱼类多样性和指导未来保护计划的理解的宝贵资产。