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高通量 DNA 条形码技术用于测定禁食期间圈养极度濒危马来虎 (Panthera tigris jacksoni) 的肠道微生物组
马来虎 ( Panthera tigris jacksoni ) 是马来西亚半岛的极度濒危物种。为了模拟老虎不每天捕猎的野外环境，许多野生动物保护区并不每天喂食老虎。然而，禁食对圈养马来虎肠道菌群的影响仍然未知。这项研究旨在通过比较禁食和正常喂养条件下圈养马来虎的微生物群落来表征其肠道菌群。这项研究是在马来西亚半岛的马六甲动物园进行的，马来虎每周一禁食。总共收集了 10 个马来虎粪便样本、2 个孟加拉虎（外群）和 4 个狮子（外群）的粪便样本，并进行了针对 16S rRNA V3-V4 区域的宏条形码分析。总的来说，我们在马来虎样本中确定了 14 个门、87 个科、167 个属和 53 种肠道微生物组。本研究发现的潜在有害细菌属包括梭杆菌、拟杆菌、狭义梭菌 1、
使用...对混合样本进行 DNA 元条形码编码 - Aguirre Lab
牛津纳米孔 Flongle 简介：本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序：牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪，越来越受欢迎。它相对便宜（起价 1000 美元），小巧便携，可生成长读长（1000 个碱基对），并实时测序，这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸（A、C、T、G）在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷，因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle：纳米孔流动槽有两种类型，常规流动槽适用于大型项目（成本约为 1,000 美元），Flongle 2 流动槽适用于小型实验（每个流动槽成本约为 90 美元）。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高，但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元！因此，必须将样本汇集在一起进行测序，也就是说，将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本，需要用条形码标记样本，以便识别它们。DNA 宏条形码：DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因（传统上是线粒体 COI 基因）进行测序，然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体，以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码，并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码：在我们的实验室中，我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5（昆虫）方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因（也可以使用其他基因，如 12S 和 16S 6 ），在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何
通过DNA条形码Beivy J. Kolondam
摘要。DNA条形码已用于识别鱼类，尤其是用于认证渔业产品。在加工金枪鱼产品的身份验证过程中，DNA条形码的准确性和该过程所需的少量组织样品需要进行DNA条形码。作为标准基因标记，COI基因在区分几种鱼类中存在缺点。这项研究旨在检查DNA条形码测定金枪鱼物种的线粒体NADH脱氢酶2（ND2）基因标记物的能力。在13种金枪鱼组（蓝鳍金枪鱼，黄鳍金枪鱼和其他金枪鱼组）中，ND2基因的1,042 bp基因内的变异表现出比标记基因更好的性能（COI基因，CyB基因和16S rRNA基因），用于DNA条形码。有296个观察到的种间变异点，其中49点能够区分Thunnus属的成员和其他金枪鱼属。没有所有比较物种的相同序列。最终结果提供了通过DNA条形码和实际方法发展ND2基因物种鉴定金枪鱼的前景（例如pcr-rflp）用于金枪鱼产品的身份验证。关键词：蓝鳍金枪鱼，DNA条形码，ND2基因，金枪鱼，黄鳍金枪鱼。简介。DNA条形码的使用在鱼类和渔业的身份验证中表现出重要作用（Rasmussen＆Morrissey 2008）。许多加工的鱼类产品都标有与所使用的鱼成分不匹配的标签（Xiong et al 2019）。通常，形态学特征用于识别多种金枪鱼，但这需要高技能的人力资源。如今，这种方法很难用于识别已经以菲力和鱼类罐头鱼类形式的产品（Bottero等，2007）。另一方面，消费者有权被告知购买的原始和加工金枪鱼所购买的商品的身份，因此继续进行适当的识别方法很重要（Aranishi等人，2005年）。使用DNA条形码技术的前景为精确物种识别打开了机会，即使仅来自少数组织标本（Dudu等，2016年）。专门针对金枪鱼，仍然使用了来自线粒体DNA的几个基因的测序，因为它可以可靠地区分这些鱼类（Wulansari et al，2015）。
dendrobium moschatum（银行）SW的DNA条形码。标本
自然界分布稀疏的树突属是最大的兰花科之一。DNA条形码可能是快速，准确鉴定树突物种的最佳选择。本研究的目的是使用DNA条形码技术来描述树突物种。在这里，我们使用了dendrobium sp的标本。从Makawanpur的Brindaban植物园（540 m ASL）收集为测试对象。我们从标本中放大并测序了三个叶绿体基因座，RBCL（Rorose-1,5-双磷酸羧化酶），MATK（成熟酶K）和PSBA-TRNH（基因间间隔）。我们从NCBI中检索了十二个质体序列，代表了六种树枝状物种（D. Candidum，D。Crepidatum，D。Chrysanthum，D。Denneanum，D。Fimbriatum和D. Moschatum）在尼泊尔报道。同样，还检索了一个质子质体的质体胶质体，以用作组外。从每个登录中提取RBCL，MATK和PSBA-TRNH的各个对齐序列。使用Mega X的最大似然方法进行进化分析。结果表明，与用单个基因座序列生成的序列相比，与所有三个基因座（RBCL，MATK和PSBA-TRNH）的组合序列产生的进化树更好。但是，需要其他标记才能提高准确性。
模拟群落的 DNA 条形码突显了评估新热带鱼类多样性时的潜在偏差
图 1 研究框架 (a) 和所分析模拟群落的描述，包括不同物种组成和 DNA 输入、评估的标记和用于生物多样性评估的代理 (b)。所有模拟群落均使用来自圣弗朗西斯科河流域 (SFRB) 和热基蒂尼奥尼亚河流域 (JQRB) 的物种构建。 (1) 标准化圣弗朗西斯科河模拟群落 (SFmc) 包含来自 SFRB 的 23 个物种，具有相同的 DNA 浓度 (10 ng/ μ L) 和 (2) 使用不同 DNA 浓度偏斜的 SFmc。 (3) 圣弗朗西斯科和热基蒂尼奥尼亚河组合模拟群落 (SFJQmc) 使用来自标准化热基蒂尼奥尼亚河模拟群落 (JQmc) JQmc 和 SFmc 的 38 个独特物种构建。 (4) 标准化热基蒂尼奥尼亚河模拟群落 (JQmc) 由来自 JQRB 的 23 个物种组成，使用相同浓度的 DNA 构建。 （5）JQmc skewed：由来自 JQRB 的 23 个物种组成的模拟群落，采用 DNA 浓度倾斜构建。
印度尼西亚的黑蝇（Diptera：simuliidae）的DNA条形码
©作者2023。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
量子增强条形码解码和模式识别
抽象背景早期曲霉素（TXA）治疗可减少创伤性脑损伤（TBI）后的头部损伤死亡。，我们使用在Crash-3试验期间（不闪烁之前）在常规临床实践中获得的脑扫描来检查TXA在TBI中的作用机理。具体来说，我们探讨了TXA对颅内出血和梗塞的潜在影响。方法这是嵌套在Crash-3试验中的前瞻性物质，这是一项孤立头部损伤患者的TXA的随机安慰剂对照试验（在10分钟内加载剂量1 g，然后在8小时内1 g输注）。Crash-3试验患者在2012年7月至2019年1月之间招募。当前物质的参与者是在英国10家医院招收的试验患者的一部分，在马来西亚的4家医院，他们在28天内的常规临床实践中至少进行了一次CT头部扫描。主要结果是在随机分析后进行的CT扫描中测量的掌内出血（IE，挫伤）的体积。次要结局是进行性颅内出血（随机分析后CT显示出> 25％的体积> 25％在随机分别CT中看到的新型颅内出血），颅内内出血（在随机后CT上看到的任何出血CT中的任何出血，但在随机性ct中都没有，但在随机性前CT），脑损坏的任何类型（脑造成的脑部），在任何类型的脑海中都可以看出，只能看到任何类型的刺激性，可以看到，遍及脑部的刺激性，均被视为毫无疑问。前随机分析）和颅内出血体积（脑内 +脑室内 +硬膜下 +硬膜外）的人（在接受神经外科手术疏散的患者）中。结果包括1767例患者。我们计划进行敏感性分析，不包括在基线时受伤重伤的患者。二分法结果，并使用线性混合模型进行连续结果。三分之一的患者的基线GC（格拉斯哥昏迷评分）为3（n = 579），24％的患者具有单侧或双侧无反应学生。46％的患者被扫描前随机化和随机分析（n = 812/1767），仅扫描19％的患者，仅扫描前随机化（n = 341/1767），仅在随机化后扫描35％（n = 614/1767）。在所有患者中，没有证据表明TXA
光子纤维织入服装：耐用的条形码织物标签
先进的光纤解决方案一种直接且不显眼地编织到织物中的基于光纤的条形码可以通过自动分拣设备中的传统光谱仪快速读取，从而完成从初始制造到重复使用的整个循环。为了实现这种光纤条形码，林肯实验室国防织物发现中心和密歇根大学的研究人员设计了一种光子光纤，其可调整的周期性可以提供织物组成材料的光学特征。开发过程使用由交替层市售聚合物（即聚碳酸酯和聚甲基丙烯酸甲酯）薄膜组成的预制件，将这些层热拉伸成层厚度小于 5 微米的微纤维。可以通过拉伸过程控制光纤的光子反射和吸收特性，以创建不同织物特有的聚合物组合。
基因组网络动态重新布线的自发，条形码转座系统
在细菌中，天然转座子动员可以驱动自适应基因组重排。在这里，我们以这种能力为基础，并开发了一个可诱导的，自传播的转座子平台，用于整个基因组诱变和细菌中基因网络的动态重新布线。我们首先使用该平台研究转座子功能对平行大肠杆菌种群进化对各种碳源利用和抗生素耐药性表型的影响。然后，我们开发了一个模块化，组合装配管道，用于用合成或内源基因调节元素（例如，诱导型启动子）以及DNA条形码的转座子功能化。我们可以在交替的碳源上进行平行的发展，并证明了诱导性，多基因表型的出现，并且可以持续地跟踪条形码的转座子的易于性，以识别基因网络的致病性重新旋转。这项工作建立了一个合成的转座子平台，可用于优化工业和治疗应用的菌株，例如，通过重新布置基因网络来改善各种原料的增长，并有助于解决有关已雕刻出了极端基因网络的动态过程的基本问题。
印度尼西亚林博托湖芒格拜鱼 (Glossogobius aureus) 的 DNA 条形码、系统发育树和遗传距离
摘要 .芒格拜鱼（Glossogobius aureus）是林博托湖的一种具有经济价值的本地鱼类。随着湖泊生态系统的破坏，当地鱼类面临的压力也越来越大。芒格拜鱼种群的减少说明了这一点。总体而言，当地社区将芒格拜鱼视为特有鱼类。芒格拜鱼的保护工作需要从 DNA 角度进行分析。本研究旨在探索芒格拜鱼物种的身份，分析遗传距离并构建系统发育树。从林博托湖采集鱼样并运送到哥伦打洛州立大学渔业与海洋科学学院的实验室进行形态学和计数分析。对组织取样用 PCR 进行 DNA 条形码分析。DNA 测序基于 PCR。分析表明，从林博托湖采集的所有芒格拜鱼样本都属于同一个物种，即 G. aureus。 DNA 条形码结果得到了与参考序列 99-100% 的相似性测试、单个 manggabai 样本的系统发育树序列以及显示亲缘关系的单个参考鱼序列的支持。关键词：DNA 条形码、鱼类物种身份、林博托湖、相似性指数。简介。林博托湖是位于印度尼西亚哥伦打洛省的生态系统资源，覆盖哥伦打洛县和哥伦打洛市地区。从地理上看，林博托湖位于低地，周围环绕着石灰岩山丘，有 23 条支流作为入口，1 条支流作为出口。林博托湖对该地区至关重要，因为它具有多种生态、社会和经济功能。因此，政府已将林博托湖列为国家战略区。